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DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

BC Cancer Research Centre

University of British Columbia - UBC

DNA methylation regulates gene expression primarily through modification of chromatin structure. Global methylation studies have revealed biologically relevant patterns of DNA methylation in the human genome affecting sequences such as gene promoters, gene bodies, and repetitive elements. Disruption of normal methylation patterns and subsequent gene expression changes have been observed in several diseases especially in human cancers. Immunoprecipitation (IP)-based methods to evaluate methylation status of DNA have been instrumental in such genome-wide methylation studies. This review describes techniques commonly used to identify and quantify methylated DNA with emphasis on IP based platforms. In an effort to consolidate the wealth of information and highlight critical aspects of methylated DNA analysis, sample considerations, experimental and bioinformatic approaches for analyzing genome-wide methylation profiles, and the benefit of integrating DNA methylation data with complementary dimensions of genomic data are discussed.

Methylation analysis by DNA immunoprecipitation.

DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x8C03;&#x8282;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6539;&#x9020;&#x3002;&#x5168;&#x7403;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5F71;&#x54CD;&#x57FA;&#x56E0;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x3001; &#x57FA;&#x56E0;&#x673A;&#x6784;&#x7B49;&#x91CD;&#x590D;&#x5143;&#x7D20;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x76F8;&#x5173;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x5728;&#x51E0;&#x79CD;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x764C;&#x75C7;&#x4E2D;&#x770B;&#x5230;&#x4E86;&#x6270;&#x4E71;&#x6B63;&#x5E38;&#x7684;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x6A21;&#x5F0F;&#x548C;&#x540E;&#x7EED;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x6C89;&#x6DC0; (IP)-&#x57FA;&#x4E8E;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8BC4;&#x4F30;&#x7684; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x72B6;&#x6001;&#x5728;&#x53D1;&#x6325;&#x4E86;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x68C0;&#x8BA8;&#x63CF;&#x8FF0;&#x901A;&#x5E38;&#x7528;&#x6765;&#x8BC6;&#x522B;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x4E0E;&#x57FA;&#x4E8E; IP &#x7684;&#x5E73;&#x53F0;&#x4E3A;&#x91CD;&#x70B9;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x5DE9;&#x56FA;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x4FE1;&#x606F;&#x548C;&#x7A81;&#x51FA;&#x7684;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7684; DNA &#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x65B9;&#x9762;&#xFF0C;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6837;&#x54C1;&#x6CE8;&#x610F;&#x4E8B;&#x9879;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5206;&#x6790;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x548C; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x6570;&#x636E;&#x7ED3;&#x5408;&#x4E92;&#x8865;&#x5C3A;&#x5BF8;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x597D;&#x5904;&#x3002;

&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7684; DNA &#x6C89;&#x6DC0;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

M&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN r&#xE9;gule l&#x26;#39;expression g&#xE9;nique principalement par la modification de structure de la chromatine. Des &#xE9;tudes de m&#xE9;thylation mondiales ont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; des tendances biologiquement pertinentes de m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN dans le g&#xE9;nome de l&#x26;#39;homme affectant des s&#xE9;quences telles que les promoteurs des g&#xE8;nes, les organismes de g&#xE8;nes, et les &#xE9;l&#xE9;ments r&#xE9;p&#xE9;titifs. Perturbation des profils de m&#xE9;thylation normaux et les changements ult&#xE9;rieurs de l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes ont &#xE9;t&#xE9; observ&#xE9;es dans plusieurs maladies en particulier dans les cancers humains. Immunopr&#xE9;cipitation (IP) bas&#xE9;s sur des m&#xE9;thodes pour &#xE9;valuer l&#x26;#39;&#xE9;tat de m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN ont jou&#xE9; un r&#xF4;le dans de telles &#xE9;tudes de m&#xE9;thylation du g&#xE9;nome entier. Cette revue d&#xE9;crit les techniques couramment utilis&#xE9;es pour identifier et quantifier l&#x26;#39;ADN m&#xE9;thyl&#xE9; en mettant l&#x26;#39;accent sur les plates-formes bas&#xE9;es IP. Dans un effort pour consolider la richesse de l&#x26;#39;information et mettre en &#xE9;vidence les aspects essentiels de l&#x26;#39;analyse ADN m&#xE9;thyl&#xE9;, les consid&#xE9;rations d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage, des approches exp&#xE9;rimentales et bioinformatiques pour l&#x26;#39;analyse des profils de m&#xE9;thylation du g&#xE9;nome entier, et l&#x26;#39;avantage d&#x26;#39;int&#xE9;grer des donn&#xE9;es m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN avec des dimensions compl&#xE9;mentaires de donn&#xE9;es g&#xE9;nomiques sont discut&#xE9;s.

Analyse de la m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN immunopr&#xE9;cipitation

DNA-Methylierung regelt die Genexpression in erster Linie durch &Auml;nderung der Chromatin-Struktur. Global-Methylierung Studien ergaben biologisch relevanten Muster der DNA-Methylierung im menschlichen Genom Sequenzen wie gen-Promotoren, Gen stellen und sich wiederholenden Elemente beeinflussen. St&ouml;rung des normalen Methylierungsmuster und nachfolgende Gen Ausdruck &Auml;nderungen in mehrere Krankheiten vor allem in menschlichen Krebserkrankungen beobachtet worden. Immunopr&auml;zipitation (IP)-basierte Methoden DNA Methylierung Status ausgewertet wurden ma&szlig;geblich an solche genomweiten Methylierung-Studien. Diesen Bericht beschreibt Techniken, die h&auml;ufig zum Identifizieren und quantifizieren methylierte DNA mit Schwerpunkt auf IP-basierte Plattformen. In dem Bem&uuml;hen, die F&uuml;lle an Informationen zu konsolidieren und kritische Aspekte methylierte DNA-Analyse werden Beispiel &Uuml;berlegungen, experimentelle und bioinformatische Ans&auml;tze zur Analyse von genomweiten Methylierung-Profile und den Nutzen der Integration von DNA-Methylierungs-Daten mit komplement&auml;ren Dimensionen der genomischen Daten erl&auml;utert.

Analyse der Methylierung von DNA-Immunopr&auml;zipitation.

La metilazione del DNA regola l&#39;espressione genica principalmente attraverso la modificazione della struttura della cromatina. Metilazione globale studi hanno rivelato biologicamente rilevanti pattern di metilazione del DNA nel genoma umano che interessano sequenze quali elementi ripetitivi, corpi gene e promotori del gene. Rottura del pattern di metilazione normale e cambiamenti di espressione genica successive sono state osservate in diverse malattie soprattutto nei tumori umani. Immunoprecipitazione (IP)-metodi di base per valutare lo stato di metilazione del DNA sono state strumentali in tali studi genome-wide metilazione. Questa recensione descrive tecniche comunemente usate per identificare e quantificare il DNA metilato con enfasi sulle piattaforme IP basata. Nel tentativo di consolidare la ricchezza di informazioni ed evidenziare gli aspetti critici dell&#39;analisi del DNA metilato, considerazioni di campione, sperimentale e approcci di bioinformatica per l&#39;analisi dei profili di metilazione genome-wide e il vantaggio di integrare dati di metilazione del DNA con dimensioni complementari di dati genomici sono discussi.

Analisi di metilazione di DNA immunoprecipitazione.

DNA&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x4E3B;&#x306B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x4FEE;&#x98FE;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x672C;&#x4F53;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x53CD;&#x5FA9;&#x7684;&#x306A;&#x8981;&#x7D20;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;DNA&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6B63;&#x5E38;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x6DF7;&#x4E71;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x764C;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x75BE;&#x60A3;&#x3067;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; DNA&#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x72B6;&#x614B;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;IP&#xFF09;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x200B;&#x200B;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306B;&#x5C3D;&#x529B;&#x3057;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;IP&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x4E0A;&#x3067;&#x91CD;&#x8996;&#x3057;&#x305F;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;DNA&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5B9A;&#x91CF;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x7D71;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;DNA&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x8003;&#x616E;&#x4E8B;&#x9805;&#x3001;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3068;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5074;&#x9762;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x76F8;&#x88DC;&#x7684;&#x306A;&#x5BF8;&#x6CD5;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;DNA&#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x7D71;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306E;&#x5229;&#x70B9;&#x306F;&#x3001;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x52AA;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

DNA&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x89E3;&#x6790;

DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; chromatin &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC218;&#xC815;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC8FC;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; &#xC870;&#xC808;. &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD504;&#xB85C;&#xBAA8;&#xD130; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBAB8;&#xACFC; &#xBC18;&#xBCF5;&#xC801;&#xC778; &#xC694;&#xC18C; &#xAC19;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xBC1D;&#xD600; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xBC18; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xD328;&#xD134; &#xBC0F; &#xD6C4;&#xC18D; &#xC9C4; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC758; &#xC7A5;&#xC560; &#xD2B9;&#xD788; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC554; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Immunoprecipitation (IP)-DNA&#xC758; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xB97C; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC218;&#xB2E8;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774; &#xAC80;&#xD1A0;&#xC5D0;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; IP &#xAE30;&#xBC18; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;&#xC5D0; &#xC911;&#xC810;&#xC744; &#xB450;&#xACE0; methylated DNA&#xB97C; &#xACC4;&#xB7C9; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD569; &#xD558; &#xACE0; methylated DNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xCE21;&#xBA74;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574;, &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC0D8;&#xD50C; &#xACE0;&#xB824; &#xC0AC;&#xD56D; &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xBCF4;&#xC644;&#xC801;&#xC778; &#xCC28;&#xC6D0; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xD1B5;&#xD569;&#xC758; &#xD61C;&#xD0DD;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; bioinformatic &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

DNA immunoprecipitation&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xBD84;&#xC11D;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Metilaci&#xF3;n del ADN regula la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica principalmente a trav&#xE9;s de la modificaci&#xF3;n de la estructura de la cromatina. Estudios mundiales han puesto de manifiesto los patrones de metilaci&#xF3;n biol&#xF3;gicamente relevantes de la metilaci&#xF3;n del ADN en el genoma humano que afecta a las secuencias, tales como los promotores de genes, los organismos de genes y elementos repetitivos. La alteraci&#xF3;n de los patrones de metilaci&#xF3;n normales y los posteriores cambios de expresi&#xF3;n g&#xE9;nica se han observado en varias enfermedades, especialmente en los c&#xE1;nceres humanos. Inmunoprecipitaci&#xF3;n (IP) basados &#x200B;&#x200B;en los m&#xE9;todos para evaluar el estado de metilaci&#xF3;n del ADN han sido fundamentales en estos estudios de metilaci&#xF3;n del genoma completo. Esta revisi&#xF3;n se describen las t&#xE9;cnicas utilizadas para identificar y cuantificar ADN metilado con &#xE9;nfasis en las plataformas basadas en IP. En un esfuerzo por consolidar la riqueza de la informaci&#xF3;n y resaltar los aspectos cr&#xED;ticos de an&#xE1;lisis de ADN metilado, las consideraciones de ejemplo, los enfoques experimentales y bioinform&#xE1;ticas para el an&#xE1;lisis de todo el genoma perfiles de metilaci&#xF3;n, y el beneficio de la integraci&#xF3;n de los datos de la metilaci&#xF3;n del ADN, con dimensiones complementarias de la informaci&#xF3;n gen&#xF3;mica se discuten.

El an&#xE1;lisis por metilaci&#xF3;n del ADN inmunoprecipitaci&#xF3;n

Microarray &#xBC0F; &#xC815;&#xB7C9;&#xC801; PCR &#xC2DD; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xBD84;&#xC11D;&#xD560; &#xB54C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xACE0;&#xB824; &#xC0AC;&#xD56D;&#xC774; &#xC0DD; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864;&#xB85C; &#xC801;&#xC808; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB610;&#xB294; &#xCC38;&#xC870; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC120;&#xD0DD; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB294; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569; &#xAC04;&#xC758; &#xD45C;&#xD604; &#xCC28;&#xB3D9; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xBA74; &#xD2B9;&#xD788; &#xC911;&#xC694;. &#xB610;&#xD55C;, &#xCC38;&#xC870; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8; (&#xC608;: &#xD3D0; &#xC554;)&#xC5D0; &#xC801;&#xD569; &#xD55C; &#xB610; &#xB2E4;&#xB978; &#xC801;&#xB2F9; &#xD55C; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; (&#xC608;: &#xC720; &#xBC29; &#xC554;). &#xD604;&#xC7AC;, &#xC8FC;&#xC694; &#xC811;&#xADFC; &#xCC38;&#xC870; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xD45C;&#xD604; &#xD558; &#xACE0; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC77C;&#xC815; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD45C;&#xD604; microarray &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB9C8;&#xC774;&#xB2DD;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC11C; &#xC8FC;&#xC758; &#xD574;&#xC57C; &#xD560; &#xC0AC;&#xC804;&#xC5D0; &#xBD84;&#xC11D;, &#xB300; &#xBCF8; &#xC815;&#xADDC;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC694;&#xAD6C; &#xC774;&#xBA70; &#xC5BB;&#xC740; &#xCE21;&#xC815;&#xC740; &#xC0C1;&#xB300;, &#xC644;&#xC804; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740;. &#xB610;&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xBC18; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xB514;&#xC9C0;&#xD138; &#xC591;&#xC801; &#xCD9C;&#xB825; &#xC808;&#xB300; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654; ensues, &#xCC38;&#xC870; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB354; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xB418;&#xC5B4; &#xC11C;.

&#xC9C4; &#xC2DD; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC38;&#xC870; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC;.

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3068;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;PCR&#x767A;&#x73FE;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8003;&#x616E;&#x4E8B;&#x9805;&#x306F;&#x3001;&#x5185;&#x56E0;&#x6027;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x53C2;&#x7167;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x9069;&#x5207;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5DEE;&#x52D5;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#xB7;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x9593;&#x3067;&#x767A;&#x73FE;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x5834;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x7279;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x3042;&#x308B;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x80BA;&#x304C;&#x3093;&#xFF09;&#x306B;&#x9069;&#x3057;&#x305F;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x4E73;&#x764C;&#xFF09;&#x306B;&#x9069;&#x3055;&#x306A;&#x3044;&#x5834;&#x5408;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E3B;&#x306A;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x9593;&#x3067;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x767A;&#x73FE;&#x3057;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;&#x4E00;&#x5B9A;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6CE8;&#x610F;&#x3059;&#x3079;&#x304D;&#x70B9;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x524D;&#x306B;&#x6210;&#x7E3E;&#x8A3C;&#x660E;&#x66F8;&#x306E;&#x6B63;&#x898F;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8981;&#x4EF6;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x5024;&#x306F;&#x7D76;&#x5BFE;&#x7684;&#x3001;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x3067;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;&#x30C7;&#x30B8;&#x30BF;&#x30EB;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x306A;&#x51FA;&#x529B;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x5225;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x7D76;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x306F;&#x3059;&#x3055;&#x307E;&#x3058;&#x3044;&#x3001;&#x3068;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x6B63;&#x78BA;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;

&#x5206;&#x6790;&#x82AF;&#x7247;&#x548C;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#x8868;&#x8FBE;&#x6570;&#x636E;&#x65F6;&#x4E00;&#x4E2A;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x8003;&#x8651;&#x662F;&#x9002;&#x5F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x662F;&#x5185;&#x6E90;&#x6027;&#x63A7;&#x4EF6;&#x6216;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x793A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x65F6;&#xFF0C;&#x6B64;&#x6B65;&#x9AA4;&#x662F;&#x5C24;&#x5176;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587; &#xFF08;&#x4F8B;&#x5982;&#x80BA;&#x764C;&#xFF09; &#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x53EF;&#x80FD;&#x4E0D;&#x9002;&#x5408;&#x5728;&#x53E6;&#x4E00;&#x4E2A; &#xFF08;&#x4F8B;&#x5982;&#x4E73;&#x764C;&#xFF09;&#x3002;&#x76EE;&#x524D;&#xFF0C;&#x4E3B;&#x8981;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x6807;&#x8BC6;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x8DE8;&#x4E00;&#x7EC4;&#x793A;&#x4F8B;&#x6D89;&#x53CA;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x8868;&#x8FBE;&#x548C;&#x76F8;&#x5BF9;&#x6052;&#x5B9A;&#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x6316;&#x6398;&#x3002;&#x8FD9;&#x91CC;&#x7684;&#x8B66;&#x544A;&#x662F;&#x5206;&#x6790;&#x524D;, &#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x89C4;&#x8303;&#x5316;&#x7684;&#x8981;&#x6C42;&#x548C;&#x83B7;&#x5F97;&#x7684;&#x6D4B;&#x91CF;&#x503C;&#x662F;&#x76F8;&#x5BF9;&#x7684;&#x4E0D;&#x662F;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x3002;&#x6216;&#x8005;&#xFF0C;&#x7531;&#x4E8E;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x4E3A;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6570;&#x5B57;&#x5B9A;&#x91CF;&#x8F93;&#x51FA;&#xFF0C;&#x968F;&#x4E4B;&#x4EA7;&#x751F;&#x7EDD;&#x5BF9;&#x91CF;&#x5316;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x9274;&#x5B9A;&#x53D8;&#x5F97;&#x66F4;&#x51C6;&#x786E;&#x3002;

&#x57FA;&#x4E8E;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x8BC6;&#x522B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

An important consideration when analyzing both microarray and quantitative PCR expression data is the selection of appropriate genes as endogenous controls or reference genes. This step is especially critical when identifying genes differentially expressed between datasets. Moreover, reference genes suitable in one context (e.g. lung cancer) may not be suitable in another (e.g. breast cancer). Currently, the main approach to identify reference genes involves the mining of expression microarray data for highly expressed and relatively constant transcripts across a sample set. A caveat here is the requirement for transcript normalization prior to analysis, and measurements obtained are relative, not absolute. Alternatively, as sequencing-based technologies provide digital quantitative output, absolute quantification ensues, and reference gene identification becomes more accurate.

A sequence-based approach to identify reference genes for gene expression analysis.

Une consid&#xE9;ration importante lors de l&#x26;#39;analyse &#xE0; la fois puces &#xE0; ADN et des donn&#xE9;es quantitatives d&#x26;#39;expression PCR est la s&#xE9;lection de g&#xE8;nes que les contr&#xF4;les appropri&#xE9;s endog&#xE8;nes ou des g&#xE8;nes de r&#xE9;f&#xE9;rence. Cette &#xE9;tape est particuli&#xE8;rement critique lors de l&#x26;#39;identification des g&#xE8;nes diff&#xE9;rentiellement exprim&#xE9;s entre les ensembles de donn&#xE9;es. En outre, les g&#xE8;nes de r&#xE9;f&#xE9;rence appropri&#xE9;s dans un contexte (le cancer du poumon, par exemple) peut ne pas convenir dans un autre (le cancer du sein, par exemple). Actuellement, l&#x26;#39;approche principale pour identifier les g&#xE8;nes de r&#xE9;f&#xE9;rence implique l&#x26;#39;extraction de donn&#xE9;es de biopuces d&#x26;#39;expression pour les transcriptions fortement exprim&#xE9;s et relativement constant &#xE0; travers un ensemble d&#x26;#39;&#xE9;chantillons. Une mise en garde ici, c&#x26;#39;est l&#x26;#39;exigence de la normalisation transcription avant l&#x26;#39;analyse, et les mesures obtenues sont relatifs et non absolus. Sinon, comme le s&#xE9;quen&#xE7;age des technologies de fournir une sortie num&#xE9;rique quantitative, la quantification absolue d&#xE9;coule, et l&#x26;#39;identification des g&#xE8;nes de r&#xE9;f&#xE9;rence devient plus pr&#xE9;cise.

Une approche bas&#xE9;e sur la s&#xE9;quence pour identifier les g&#xE8;nes de r&#xE9;f&#xE9;rence pour l&#x26;#39;analyse d&#x26;#39;expression g&#xE9;nique

Eine wichtige &Uuml;berlegung bei der Analyse von Microarray und quantitative PCR-Ausdruck-Daten ist die Auswahl der entsprechenden Gene als endogene Steuerelemente oder Referenz-Gene. Dieser Schritt ist besonders kritisch, wenn die Identifizierung der Gene differenziell ausgedr&uuml;ckt zwischen Datasets. Dar&uuml;ber hinaus Verweis Gene geeignet in einem Kontext (z.B. Lungenkrebs) m&ouml;glicherweise nicht geeignet, in einem anderen (z.B. Brustkrebs). Derzeit beinhaltet der wichtigste Ansatz, Referenz-Gene zu identifizieren die Gewinnung von Ausdruck Microarray Daten f&uuml;r stark exprimierten und relativ konstant Abschriften &uuml;ber eine Sample-Set. Eine Einschr&auml;nkung hier ist die Voraussetzung f&uuml;r die Normalisierung der Abschrift vor der Analyse und Messungen gewonnen sind, relativ, nicht absolut. Alternativ als Sequenzierung-basierten Technologien quantitative Digitalausgang bieten und absolute Quantifizierung erfolgt Verweis gen Identifikation genauer wird.

Ein Sequenz-Ansatz zur Identifizierung von Genen der Verweis f&uuml;r die Genexpressionsanalyse.

Una considerazione importante quando analisi microarray sia dati di espressione di PCR quantitativi &egrave; la selezione dei geni appropriati controlli endogeni o geni di riferimento. Questo passaggio &egrave; particolarmente importante quando l&#39;identificazione di geni differenzialmente espressi tra il DataSet. Inoltre, geni di riferimento adeguate in un contesto (ad esempio il cancro del polmone) possono non essere adatti in un altro (ad esempio tumore al seno). Attualmente, l&#39;approccio principale per identificare geni di riferimento comporta l&#39;estrazione dei dati di microarray di espressione per le trascrizioni relativamente costante e altamente espresse attraverso una serie di campione. Un avvertimento qui &egrave; il requisito per la normalizzazione di trascrizione prima dell&#39;analisi, e le misure ottenute sono relativi, non assoluti. In alternativa, tecnologie di sequenziamento forniscono un output digitale quantitativa, quantificazione assoluta deriva, e identificazione di gene di riferimento diventa pi&ugrave; accurato.

Un approccio basato su sequenze per identificare geni di riferimento per l&#39;analisi di espressione genica.

Una consideraci&#xF3;n importante en el an&#xE1;lisis de microarrays y cuantitativos, tanto los datos de expresi&#xF3;n de la PCR es la selecci&#xF3;n de genes adecuados como controles end&#xF3;genos o genes de referencia. Este paso es especialmente importante cuando la identificaci&#xF3;n de genes expresados &#x200B;&#x200B;diferencialmente entre los conjuntos de datos. Por otra parte, los genes de referencia adecuados en un contexto (por ejemplo, c&#xE1;ncer de pulm&#xF3;n) puede no ser adecuado en otro (por ejemplo el c&#xE1;ncer de mama). En la actualidad, el principal enfoque para identificar los genes de referencia consiste en la extracci&#xF3;n de datos de microarrays de expresi&#xF3;n de transcripciones altamente expresado y relativamente constante a trav&#xE9;s de un conjunto de muestras. Una advertencia aqu&#xED; es el requisito para la normalizaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n antes del an&#xE1;lisis, y las mediciones obtenidas son relativas, no absolutas. Alternativamente, como la secuenciaci&#xF3;n basadas en las tecnolog&#xED;as de proporcionar una salida cuantitativa digital, cuantificaci&#xF3;n absoluta se produce, y la identificaci&#xF3;n de genes de referencia se hace m&#xE1;s preciso.

Un enfoque basado en la secuencia para identificar los genes de referencia para el an&#xE1;lisis de expresi&#xF3;n g&#xE9;nica

&#x5316;&#x7597;&#x8010;&#x836F;&#x662F;&#x4EE4;&#x4EBA;&#x6CAE;&#x4E27;&#x7684;&#x80BA;&#x764C;&#x60A3;&#x8005;&#x9884;&#x540E;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x7814;&#x7A76;&#x96C6;&#x4E2D;&#x4E8E;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x62A5;&#x544A;&#x8868;&#x660E; microRNA (&#x7C73;&#x5C14;) &#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x8FD8;&#x5728;&#x5316;&#x7597;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x4E3E;&#x8DB3;&#x8F7B;&#x91CD;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x6539;&#x53D8;&#xFF0C;&#x7C73;&#x5C14;&#x4F4D;&#x70B9;&#x5728;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587;&#x4E2D;&#x7684;&#x5316;&#x7597;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x5C1A;&#x672A;&#x8FDB;&#x884C;&#x8C03;&#x67E5;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x5E94;&#x7528;&#x7EFC;&#x5408;&#x7684;&#x3001; &#x591A;&#x5C42;&#x9762;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x67E5;&#x660E;&#x4E0E;&#x5316;&#x7597;&#x836F;&#x7269;&#x8010;&#x836F;&#x548C;&#x5229;&#x7528;&#x516C;&#x5F00;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x836F;&#x7269;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x7684; Mirna&#xFF0C;&#x7C73;&#x5C14;&#x5EA7;&#x4F4D;&#x6570;&#x3001; &#x7C73;&#x5C14;&#x8868;&#x8FBE;&#x548C; mRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x6570;&#x636E;&#x590D;&#x5236;&#x4ECE;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x8D44;&#x6E90;&#x3002;&#x717D;&#x52A8;&#x903B;&#x8F91;&#x9010;&#x6B65;&#x6218;&#x7565;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x5177;&#x4F53; Mirna &#x4E0E;&#x51E0;&#x79CD;&#x5316;&#x7597;&#x836F;&#x7269;&#x6297;&#x6027;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x5E76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x539F;&#x5219;&#x793A;&#x8303;&#x5982;&#x4F55;&#x53EF;&#x80FD;&#x5229;&#x7528;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x4E2D;&#x83B7;&#x5F97;&#x6709;&#x5173;&#x82B1;&#x67B6;&#x5B50;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684;&#x8BC1;&#x660E;&#x3002;

MicroRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x7528;&#x91CF;&#x6539;&#x5EFA;&#x548C;&#x80BA;&#x764C;&#x7684;&#x836F;&#x7269;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;

Chemotherapy resistance is a key contributor to the dismal prognoses for lung cancer patients. While the majority of studies have focused on sequence mutations and expression changes in protein-coding genes, recent reports have suggested that microRNA (miRNA) expression changes also play an influential role in chemotherapy response. However, the role of genetic alterations at miRNA loci in the context of chemotherapy response has yet to be investigated. In this study, we demonstrate the application of an integrative, multidimensional approach in order to identify miRNAs that are associated with chemotherapeutic resistance and sensitivity utilizing publicly available drug response, miRNA loci copy number, miRNA expression, and mRNA expression data from independent resources. By instigating a logical stepwise strategy, we have identified specific miRNAs that are associated with resistance to several chemotherapeutic agents and provide a proof of principle demonstration of how these various databases may be exploited to derive relevant pharmacogenomic results.

MicroRNA gene dosage alterations and drug response in lung cancer.

R&#xE9;sistance &#xE0; la chimioth&#xE9;rapie est un facteur cl&#xE9; pour les pronostics sombres pour les patients du cancer du poumon. Alors que la majorit&#xE9; des &#xE9;tudes ont mis l&#x26;#39;accent sur les mutations et les changements de s&#xE9;quence d&#x26;#39;expression dans g&#xE8;nes codant des prot&#xE9;ines, des rapports r&#xE9;cents ont sugg&#xE9;r&#xE9; que les changements d&#x26;#39;expression de microARN (miARN) jouent &#xE9;galement un r&#xF4;le influent dans r&#xE9;ponse &#xE0; la chimioth&#xE9;rapie. Cependant, le r&#xF4;le des alt&#xE9;rations g&#xE9;n&#xE9;tiques &#xE0; des loci miRNA dans le contexte de r&#xE9;ponse &#xE0; la chimioth&#xE9;rapie n&#x26;#39;a pas encore &#xE9;t&#xE9; &#xE9;tudi&#xE9;. Dans cette &#xE9;tude, nous d&#xE9;montrons l&#x26;#39;application d&#x26;#39;une approche globale et multidimensionnelle afin d&#x26;#39;identifier les miARN qui sont associ&#xE9;es &#xE0; la r&#xE9;sistance et la sensibilit&#xE9; chimioth&#xE9;rapeutique en utilisant la r&#xE9;ponse aux m&#xE9;dicaments accessibles au public, loci miRNA copier le num&#xE9;ro, l&#x26;#39;expression du miARN et des donn&#xE9;es d&#x26;#39;expression d&#x26;#39;ARNm de ressources ind&#xE9;pendantes. Par l&#x26;#39;incitation, une strat&#xE9;gie logique progressive, nous avons identifi&#xE9; miRNAs sp&#xE9;cifiques qui sont associ&#xE9;es &#xE0; une r&#xE9;sistance &#xE0; plusieurs agents chimioth&#xE9;rapeutiques et fournir une preuve de la d&#xE9;monstration principe de la fa&#xE7;on dont ces diff&#xE9;rentes bases de donn&#xE9;es peuvent &#xEA;tre exploit&#xE9;es pour d&#xE9;river des r&#xE9;sultats pertinents pharmacog&#xE9;nomiques.

Modifications microARN Gene dosage et la r&#xE9;ponse aux m&#xE9;dicaments dans le cancer du poumon

Chemotherapie-Resistenz ist eine Schl&uuml;sselfigur f&uuml;r die d&uuml;steren Prognosen f&uuml;r Patienten mit Lungenkrebs. W&auml;hrend die Mehrzahl der Studien auf Sequenz-Mutationen und Ausdruck &Auml;nderungen im Protein-kodierenden Gene konzentriert haben, haben die j&uuml;ngsten Berichte vorgeschlagen, dass MicroRNA (MiRNA) Ausdruck &Auml;nderungen in der Chemotherapie als Antwort auch eine einflussreiche Rolle spielen. Allerdings hat die Rolle der genetischen Ver&auml;nderungen bei MiRNA Loci im Zusammenhang mit der Chemotherapie-Antwort noch untersucht werden. In dieser Studie zeigen wir die Anwendung der integrativen, mehrdimensionalen Ansatz um MiRNAs zu identifizieren, die mit chemotherapeutischen Widerstand und Empfindlichkeit Nutzung &ouml;ffentlich zug&auml;nglicher Ansprechens, MiRNA Loci Anzahl, MiRNA-Ausdruck und mRNA Ausdruck Daten aus unabh&auml;ngigen Ressourcen kopieren. Durch eine logische schrittweise Strategie Anstiftung, haben wir bestimmte MiRNAs identifiziert, die Resistenz gegen verschiedene Chemotherapeutika zugeordnet sind und belegen Sie einen Grundsatz Demonstration wie diese verschiedenen Datenbanken ausgenutzt werden k&ouml;nnen, um die relevanten pharmakogenomischer Ergebnisse ableiten.

MicroRNA Genver&auml;nderungen Dosierung und Ansprechens bei Lungenkrebs.

Chemioterapia la resistenza &egrave; un fattore chiave per il triste prognosi per pazienti affetti da cancro del polmone. Mentre la maggior parte degli studi si &egrave; concentrati sulle mutazioni di sequenza e cambiamenti di espressione di geni codificanti proteine, rapporti recenti hanno suggerito che cambiamenti di espressione di microRNA (miRNA) giocano anche un ruolo influente nella risposta di chemioterapia. Tuttavia, il ruolo delle alterazioni genetiche a miRNA loci nel contesto della risposta chemioterapia deve ancora essere studiata. In questo studio, ci dimostrano l&#39;applicazione di un approccio multidimensionale, integrativo al fine di identificare i miRNAs che sono associati con chemioterapico resistenza e sensibilit&agrave; che utilizzano risposta farmaco pubblicamente disponibile, miRNA loci copia numero, espressione di miRNA e dati di espressione di mRNA da risorse indipendenti. Istigando una logica strategia graduale, abbiamo identificato miRNAs specifici che sono associate a resistenza a diversi agenti chemioterapici e fornire una prova di dimostrazione di principio di come questi vari database possono essere sfruttati per ricavare risultati pertinenti farmacogenomica.

Alterazioni di dosaggio gene MicroRNA e risposta di droga nel cancro del polmone.

&#x5316;&#x5B66;&#x7642;&#x6CD5;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x306F;&#x80BA;&#x304C;&#x3093;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x60B2;&#x60E8;&#x306A;&#x4E88;&#x5F8C;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8CA2;&#x732E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x306F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306B;&#x7126;&#x70B9;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#xFF08;miRNA&#xFF09;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x5316;&#x5B66;&#x7642;&#x6CD5;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x529B;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5316;&#x5B66;&#x7642;&#x6CD5;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x5185;&#x3067;&#x306E;miRNA&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x304C;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;miRNA&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x306E;&#x6570;&#x3001;miRNA&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x30EA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x306E;mRNA&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x3057;&#x3001;&#x516C;&#x7684;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x85AC;&#x7269;&#x53CD;&#x5FDC;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x5316;&#x5B66;&#x7642;&#x6CD5;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x3068;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;miRNA&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x7D71;&#x5408;&#x7684;&#x3001;&#x591A;&#x6B21;&#x5143;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x9069;&#x7528;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8AD6;&#x7406;&#x7684;&#x306A;&#x6BB5;&#x968E;&#x7684;&#x306A;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x6247;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5316;&#x5B66;&#x7642;&#x6CD5;&#x5264;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;miRNA&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x85AC;&#x7406;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x5C0E;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x60AA;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306E;&#x539F;&#x7406;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x80BA;&#x764C;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;microRNA&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x91CF;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x85AC;&#x7269;&#x53CD;&#x5FDC;

&#xD654;&#xD559; &#xC694;&#xBC95; &#xC800;&#xD56D; &#xD3D0; &#xC554; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC74C;&#xCE68;&#xD55C; prognoses&#xC5D0; &#xD575;&#xC2EC; &#xAE30;&#xC5EC;&#xC790; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xCD08;&#xC810;&#xC744; &#xB9DE;&#xCD94;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;, &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xCD5C;&#xADFC; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xB294; microRNA (&#xBBF8;&#xB974;) &#xC2DD; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB610;&#xD55C; &#xD654;&#xD559; &#xC694;&#xBC95; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC601;&#xD5A5;&#xB825; &#xC788;&#xB294; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD560; &#xC81C;&#xC548; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xD654;&#xD559; &#xC694;&#xBC95; &#xC751;&#xB2F5;&#xC758; &#xB9E5;&#xB77D;&#xC5D0;&#xC11C; miRNA loci&#xC5D0; &#xC720;&#xC804; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC740; &#xC544;&#xC9C1; &#xC870;&#xC0AC;&#xC5D0;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; miRNA loci &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xB9AC;&#xC18C;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218; &#xBBF8;&#xB974; &#xD45C;&#xD604;&#xACFC; mRNA &#xC2DD; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBCF5;&#xC0AC;, miRNAs &#xD654;&#xD559;&#xC694;&#xBC95; &#xC800;&#xD56D;&#xACFC; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xACF5;&#xAC1C;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC57D;&#xBB3C; &#xBC18;&#xC751; &#xAC10;&#xB3C4;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD1B5;&#xD569;, &#xB2E4;&#xCC28;&#xC6D0; &#xC811;&#xADFC; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB17C;&#xB9AC;&#xC801; stepwise &#xC804;&#xB7B5; &#xC0AC;&#xC8FC;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xD654;&#xD559;&#xC694;&#xBC95; &#xC5D0;&#xC774;&#xC804;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xC800;&#xD56D; &#xBC0F; &#xD30C;&#xC0DD; &#xAD00;&#xB828; pharmacogenomic &#xACB0;&#xACFC; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; &#xC218; &#xC774;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xB370;&#xBAA8; &#xC6D0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xD2B9;&#xC815; miRNAs &#xD30C;&#xC545; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MicroRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCF5;&#xC6A9;&#xB7C9; &#xBCC0;&#xACBD; &#xBC0F; &#xD3D0;&#xC554;&#xC758; &#xC57D;&#xBB3C; &#xBC18;&#xC751;.

Resistencia a la quimioterapia es un factor clave en el pron&#xF3;stico sombr&#xED;o para aquellos pacientes con c&#xE1;ncer de pulm&#xF3;n. Mientras que la mayor&#xED;a de los estudios se han centrado en la secuencia de mutaciones y cambios de expresi&#xF3;n en genes codificadores de prote&#xED;nas, los informes recientes han sugerido que el microRNA (miRNA) los cambios de expresi&#xF3;n tambi&#xE9;n juegan un papel influyente en la respuesta a la quimioterapia. Sin embargo, el papel de las alteraciones gen&#xE9;ticas en los loci miRNA en el contexto de la respuesta a la quimioterapia a&#xFA;n no se ha investigado. En este estudio, se demuestra la aplicaci&#xF3;n de un enfoque integral, multidimensional, con el fin de identificar miRNAs que est&#xE1;n asociadas con resistencia a la quimioterapia y la sensibilidad de la utilizaci&#xF3;n de la respuesta al f&#xE1;rmaco a disposici&#xF3;n del p&#xFA;blico, los loci miARN copiar el n&#xFA;mero, la expresi&#xF3;n de miRNA, y los datos de expresi&#xF3;n de ARNm de recursos independientes. Por instigaci&#xF3;n de una estrategia paso a paso l&#xF3;gico, hemos identificado miRNAs espec&#xED;ficos que est&#xE1;n asociados con la resistencia a varios agentes quimioter&#xE1;picos y proporcionar una prueba de demostraci&#xF3;n de principio de c&#xF3;mo estas diversas bases de datos pueden ser explotadas para obtener resultados relevantes de farmacogen&#xF3;mica.

Alteraciones en los genes microARN dosis y respuesta a f&#xE1;rmacos en el c&#xE1;ncer de pulm&#xF3;n

Inhibitor von Kappa leichte Polypeptid gen Enhancer in B-Zellen, Kinase Beta (IKBKB) (IKK-&beta;/IKK-2), die NF-&kappa;B aktiviert, ist ein Substrat des KEAP1-CUL3-RBX1 E3-Ubiquitin Ligase-komplexes, zielbewu&szlig;t Komplex in NF-&kappa;B-Signalweg-Verordnung. Wir untersuchten komplexes Bauteil gen St&ouml;rung als neuartige genetische Mechanismus der NF-&kappa;B Aktivierung bei nicht-kleinzelligem Lungenkrebs.

Genetische St&ouml;rung KEAP1/CUL3 E3 Ubiquitin Ligase komplexer Bauteile ist ein wichtiges Instrument der NF-KappaB-Signalweg-Aktivierung bei Lungenkrebs.

Inibitore di kappa polipeptide leggero gene enhancer in cellule B, beta chinasi (IKBKB) (IKK-&beta;/IKK-2), che attiva il NF-&kappa;B, &egrave; un substrato del complesso KEAP1-CUL3-RBX1 E3-ubiquitina ligasi, implicando questo complesso nel regolamento pathway NF-&kappa;B. Abbiamo studiato la rottura del gene componente complessa come un romanzo meccanismo genetico dell&#39;attivazione di NF-&kappa;B nel carcinoma polmonare non a piccole cellule.

Disturbo genetico di componenti complessi KEAP1/CUL3 E3 ubiquitina ligasi &egrave; un meccanismo chiave di attivazione di pathway NF-kappaB nel cancro del polmone.

Kappa &#x8F7B;&#x591A;&#x80BD;&#x57FA;&#x56E0;&#x589E;&#x5F3A; B &#x7EC6;&#x80DE;&#x6FC0;&#x9176; &beta; (IKBKB) (IKK-&beta;/IKK-2&#xFF09;&#xFF0C;&#x6FC0;&#x6D3B; NF-&kappa; B&#xFF0C;&#x662F; KEAP1-CUL3-RBX1 E3-&#x6CDB;&#x7D20;&#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x886C;&#x5E95;&#xFF0C;&#x7275;&#x8FDE;&#x8FD9;&#x590D;&#x6742;&#x7684; NF-&kappa; B &#x901A;&#x8DEF;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8C03;&#x67E5; NF-&kappa; B &#x6D3B;&#x5316;&#x7684;&#x975E;&#x5C0F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x80BA;&#x764C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x673A;&#x5236;&#x590D;&#x6742;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E2D;&#x65AD;&#x3002;

KEAP1/CUL3 E3 &#x6CDB;&#x7D20;&#x8FDE;&#x63A5;&#x9176;&#x6210;&#x5206;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x4E2D;&#x65AD;&#x662F; NF &#x6D3B;&#x5316;&#x901A;&#x8DEF;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x5728;&#x80BA;&#x764C;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

Inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase beta (IKBKB) (IKK-Î²/IKK-2), which activates NF-ÎºB, is a substrate of the KEAP1-CUL3-RBX1 E3-ubiquitin ligase complex, implicating this complex in NF-ÎºB pathway regulation. We investigated complex component gene disruption as a novel genetic mechanism of NF-ÎºB activation in non-small cell lung cancer.

Genetic disruption of KEAP1/CUL3 E3 ubiquitin ligase complex components is a key mechanism of NF-kappaB pathway activation in lung cancer.

Inhibiteur de la l&#xE9;g&#xE8;re kappa polypeptide activateur du g&#xE8;ne dans les cellules B, la kinase b&#xEA;ta (IKBKB) (IKK-&#x3B2;/IKK-2), qui active NF-kB, est un substrat du complexe Keap1-CUL3-RBX1 E3-ubiquitine ligase, impliquant ce complexe dans la r&#xE9;gulation de la voie NF-kB. Nous avons &#xE9;tudi&#xE9; complexe disruption g&#xE9;nique composant en tant que nouveau m&#xE9;canisme g&#xE9;n&#xE9;tique de l&#x26;#39;activation de NF-kB dans les non-small cell lung cancer.

Perturbation de la g&#xE9;n&#xE9;tique KEAP1/CUL3 E3 ubiquitine ligase composants complexes est un m&#xE9;canisme cl&#xE9; de activation de la voie NF-kappaB dans le cancer du poumon

&#x3BA;&#x8EFD;&#x30DD;&#x30EA;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x306E;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x306F;&#x3001;B&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306F;&#x3001;NF-&#x3BA;B&#x3092;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x3B2;&#xFF08;IKBKB&#xFF09;&#xFF08;IKK-&#x3B2;/IKK-2&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x304C;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3001;KEAP1-CUL3-RBX1 E3-&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x57FA;&#x8CEA;&#x3067;&#x3042;&#x308B;NF-&#x3BA;B&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x975E;&#x5C0F;&#x7D30;&#x80DE;&#x80BA;&#x764C;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;NF-&#x3BA;B&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7834;&#x58CA;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

KEAP1/CUL3 E3&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30C1;&#x30F3;&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x30BC;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7834;&#x58CA;&#x306F;&#x3001;&#x80BA;&#x764C;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;NF-&#x3BA;B&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xCE74;&#xD30C; &#xBE5B; polypeptide &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC99D;&#xAC15; B &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; NF-&kappa;B, KEAP1-CUL3-RBX1 E3 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xB9AC;&#xAC00; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xAE30;&#xD310;, &#xB2C8; &#xBCA0;&#xD0C0; (IKBKB) (IKK-&beta;/IKK-2),&#xC774; &#xB2E8;&#xC9C0; NF &kappa;B &#xD1B5;&#xB85C; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8;&#xC758; &#xC5B5;&#xC81C; &#xBB3C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC870;&#xC0AC; &#xBE44; &#xC791;&#xC740; &#xC138;&#xD3EC; &#xD3D0;&#xC554;&#xC5D0;&#xC11C; NF &kappa;B &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC758; &#xC18C;&#xC124;&#xC744; &#xC720;&#xC804; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC911;&#xB2E8;.

KEAP1/CUL3 E3 &#xC720;&#xBE44;&#xD034;&#xD2F4; &#xB9AC;&#xAC00; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC131;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xC7A5;&#xC560; &#xD3D0;&#xC554;&#xC5D0;&#xC11C; NF kappaB &#xD1B5;&#xB85C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC758; &#xD575;&#xC2EC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xC774;&#xB2E4;.

Inhibidor de la ligera kappa polip&#xE9;ptido potenciador del gen en las c&#xE9;lulas B, la cinasa beta (IKBKB) (IKK-&#x3B2;/IKK-2), que activa la NF-kB, es un sustrato del complejo Keap1-CUL3 RBX1-E3-ubiquitina ligasa, lo que implica este complejo en la regulaci&#xF3;n de NF-kB. Hemos investigado la interrupci&#xF3;n complejo de genes componente como un nuevo mecanismo gen&#xE9;tico de activaci&#xF3;n de NF-kB en el c&#xE1;ncer no microc&#xED;tico de pulm&#xF3;n de c&#xE9;lulas.

La alteraci&#xF3;n gen&#xE9;tica de los componentes KEAP1/CUL3 E3 ubiquitina ligase complejos es un mecanismo clave de activaci&#xF3;n de la v&#xED;a NF-kappaB en el c&#xE1;ncer de pulm&#xF3;n

&#x76EE;&#x7684;&#xFF1A; &#x98DF;&#x7BA1;&#x817A;&#x764C; (EAC) &#x662F;&#x81F4;&#x547D;&#x6027;&#x7684;&#x6076;&#x6027;&#x80BF;&#x7624;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5F00;&#x53D1;&#x4ECE;&#x764C;&#x524D;&#x72B6;&#x51B5;&#xFF0C;&#x98DF;&#x7BA1; (BE)&#x3002;&#x76EE;&#x524D;&#xFF0C;&#x6CA1;&#x6709;&#x7ECF;&#x8FC7;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x7684;&#x7B80;&#x5355;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x9884;&#x6D4B;&#x54EA;&#x4E9B;&#x75C5;&#x4EBA;&#x4F1A;&#x8FDB;&#x5C55;&#x5230;&#x9009;&#x7BA1;&#x4F1A;&#x3002;&#x9A7E;&#x9A76;&#x9009;&#x7BA1;&#x4F1A;&#x80BF;&#x7624;&#x53D1;&#x751F;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x673A;&#x5236;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x4E86;&#x89E3;&#x9700;&#x8981;&#x786E;&#x5B9A;&#x65B0;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x9776;&#x70B9;&#x548C;&#x53D1;&#x5C55;&#x751F;&#x7269;&#x6807;&#x5FD7;&#x7269;&#x80FD;&#x591F;&#x786E;&#x5B9A;&#x5C06;&#x53D7;&#x76CA;&#x4E8E;&#x6FC0;&#x8FDB;&#x7684;&#x65B0;&#x8F85;&#x52A9;&#x6CBB;&#x7597;&#x7684;&#x9AD8;&#x5371;&#x75C5;&#x4EBA;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x96C7;&#x4E86;&#x8BC6;&#x522B;&#x65B0;&#x57FA;&#x56E0;&#x53C2;&#x4E0E;&#x53EF;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6709;&#x7528;&#x7684;&#x4E34;&#x5E8A;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684;&#x9009;&#x7BA1;&#x4F1A;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7EFC;&#x5408;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8BBE;&#x8BA1;&#xFF1A; &#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x62FC;&#x8D34;&#x8DEF;&#x5F84;&#x6570;&#x7EC4;&#x8BA1;&#x7B97;&#x5168;&#x606F;&#x56FE;&#x7528;&#x6765;&#x6807;&#x8BC6;&#x526F;&#x672C;&#x7F16;&#x53F7; (CN) &#x6539;&#x5EFA; 20 EACs &#x5728;&#x91CD;&#x8981;&#x5730;&#x533A;&#x548C;&#x5339;&#x914D;&#x7684;&#x662F;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7684; 10&#x3002;CN &#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x7EFC;&#x5408;&#x786E;&#x5B9A;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x764C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x6269;&#x589E;&#x533A;&#x57DF;&#x5185;&#x548C;&#x591A;&#x4E2A;&#x9644;&#x52A0;&#x7684;&#x793A;&#x4F8B;&#x7EC4;&#x7FA4;&#x88AB;&#x8BC4;&#x5B9A;&#x4E3A;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x5019;&#x9009;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x7ED3;&#x679C;&#xFF1A; &#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A; RFC3 &#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x90E8;&#x5C0F;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x764C;&#x57FA;&#x56E0;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7684; ~ 25%&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x9009;&#x7BA1;&#x4F1A;&#x653E;&#x5927;&#x3002;RFC3 &#x5728; BE &#x4E5F;&#x653E;&#x5927;&#x4ECE;&#x75C5;&#x4EBA;&#x7684;&#x9009;&#x7BA1;&#x4F1A;&#x6000;&#x653E;&#x5927;&#x3001; &#x548C;&#x4E4B;&#x95F4;&#x975E;&#x6076;&#x6027;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x548C;&#x9009;&#x7BA1;&#x4F1A;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;CN &#x6536;&#x76CA;&#x65F6;&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x5176;&#x4ED6;&#x764C;&#x75C7;&#x79CD;&#x7C7B;&#x548C; RFC3 &#x7EC4;&#x5408;&#x5F0F;&#x6291;&#x5236;&#x589E;&#x6B96;&#x53CA;&#x7887;&#x6CCA;&#x5904;&#x72EC;&#x7ACB;&#x751F;&#x957F;&#x7684;&#x80BF;&#x7624;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E0E;&#x589E;&#x52A0; CN&#xFF0C;&#x4F46;&#x5BF9;&#x90A3;&#x4E9B;&#x6CA1;&#x6709;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6CA1;&#x6709;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;RFC3 &#x7684;&#x9AD8;&#x8868;&#x8FBE;&#x662F;&#x5173;&#x8054;&#x5728;&#x591A;&#x4E2A;&#x764C;&#x75C7;&#x75C5;&#x4EBA;&#x9884;&#x540E;&#x8F83;&#x5DEE;&#x3002;&#x7ED3;&#x8BBA;: RFC3 &#x662F;&#x5728;&#x9009;&#x7BA1;&#x4F1A;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x5019;&#x9009;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;RFC3 DNA &#x6269;&#x589E;&#x4E5F;&#x662F;&#x666E;&#x904D;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E0A;&#x76AE;&#x764C;&#x7C7B;&#x578B;&#x548C; RFC3 &#x8868;&#x8FBE;&#x53EF;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x9884;&#x540E;&#x6807;&#x8BB0;&#x3002;

&#x7EFC;&#x5408;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x786E;&#x5B9A; RFC3 &#x6269;&#x589E;&#x7684;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x764C;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x98DF;&#x7BA1;&#x817A;&#x764C;&#x3002;

PURPOSE: Esophageal adenocarcinoma (EAC) is a lethal malignancy that can develop from the premalignant condition, Barrett's esophagus (BE). Currently, there are no validated simple methods to predict which patients will progress to EAC. A better understanding of the genetic mechanisms driving EAC tumorigenesis is needed to identify new therapeutic targets and develop biomarkers capable of identifying high-risk patients that would benefit from aggressive neoadjuvant therapy. We employed an integrative genomics approach to identify novel genes involved in EAC biology that may serve as useful clinical markers.EXPERIMENTAL DESIGN: Whole genome tiling-path array CGH was used to identify significant regions of copy number (CN) alteration in 20 EACs and 10 matching BE tissues. CN and gene expression data were integrated to identify candidate oncogenes within regions of amplification and multiple additional sample cohorts were assessed to validate candidate genes.RESULTS: We identified RFC3 as a novel, candidate oncogene activated by amplification in ~25% of EAC samples. RFC3 was also amplified in BE from a patient whose EAC harbored amplification, and was differentially expressed between non-malignant and EAC tissues. CN gains were detected in other cancer types and RFC3 knockdown inhibited proliferation and anchorage-independent growth of cancer cells with increased CN, but had little effect on those without. Moreover, high RFC3 expression was associated with poor patient outcome in multiple cancer types.CONCLUSIONS: RFC3 is a candidate oncogene amplified in EAC. RFC3 DNA amplification is also prevalent in other epithelial cancer types and RFC3 expression could serve as a prognostic marker.

Integrative Genomics Identified RFC3 as an Amplified Candidate Oncogene in Esophageal Adenocarcinoma.

OBJECTIF: ad&#xE9;nocarcinome de l&#x26;#39;oesophage (EAC) est une tumeur maligne mortelle qui peut se d&#xE9;velopper &#xE0; partir de l&#x26;#39;&#xE9;tat pr&#xE9;canc&#xE9;reux, de l&#x26;#39;&#x153;sophage de Barrett (BE). Actuellement, il n&#x26;#39;existe pas de m&#xE9;thodes valid&#xE9;es simples pour pr&#xE9;dire quels patients vont progresser &#xE0; l&#x26;#39;EAC. Une meilleure compr&#xE9;hension des m&#xE9;canismes g&#xE9;n&#xE9;tiques de conduite tumorigen&#xE8;se EAC est n&#xE9;cessaire pour identifier de nouvelles cibles th&#xE9;rapeutiques et d&#xE9;veloppent des biomarqueurs capables d&#x26;#39;identifier les patients &#xE0; haut risque qui pourraient b&#xE9;n&#xE9;ficier de la th&#xE9;rapie n&#xE9;oadjuvante agressive. Nous avons employ&#xE9; une approche g&#xE9;nomique int&#xE9;grative pour identifier de nouveaux g&#xE8;nes impliqu&#xE9;s dans la biologie EAC qui peut servir aussi utile CONCEPTION markers.EXPERIMENTAL clinique: Whole CGH tableau g&#xE9;nome carrelage-chemin a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9; pour identifier les r&#xE9;gions importantes du nombre de copies (CN) l&#x26;#39;alt&#xE9;ration des 20 EAC et 10 correspondant BE tissus. Donn&#xE9;es d&#x26;#39;expression g&#xE9;nique du CN et ont &#xE9;t&#xE9; int&#xE9;gr&#xE9;es afin d&#x26;#39;identifier les oncog&#xE8;nes candidats au sein des r&#xE9;gions d&#x26;#39;amplification et de multiples cohortes d&#x26;#39;&#xE9;chantillons suppl&#xE9;mentaires ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;valu&#xE9;s pour valider genes.RESULTS candidats: Nous avons identifi&#xE9; RFC3 comme un roman, oncog&#xE8;ne candidat activ&#xE9;e par amplification en ~ 25% des &#xE9;chantillons de la CAE. RFC3 a &#xE9;galement &#xE9;t&#xE9; amplifi&#xE9;e en BE &#xE0; partir d&#x26;#39;un patient dont l&#x26;#39;EAC nourrissait d&#x26;#39;amplification, et a &#xE9;t&#xE9; exprim&#xE9; de mani&#xE8;re diff&#xE9;rentielle entre les tissus non-malignes et l&#x26;#39;EAC. Les gains du CN ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9;s dans d&#x26;#39;autres types de cancer et RFC3 knockdown inhibe la prolif&#xE9;ration et ind&#xE9;pendante de l&#x26;#39;ancrage de croissance des cellules canc&#xE9;reuses avec le CN a augment&#xE9;, mais il y avait peu d&#x26;#39;effet sur ceux qui n&#x26;#39;ont pas. En outre, haute expression RFC3 a &#xE9;t&#xE9; associ&#xE9;e &#xE0; un pronostic des patients pauvres dans types.CONCLUSIONS cancer sont multiples: RFC3 est un oncog&#xE8;ne candidat amplifi&#xE9; dans l&#x26;#39;EAC. RFC3 amplification de l&#x26;#39;ADN est &#xE9;galement r&#xE9;pandu dans d&#x26;#39;autres types de cancers &#xE9;pith&#xE9;liaux et RFC3 expression pourrait servir de marqueur pronostique.

Int&#xE9;gratif de g&#xE9;nomique Identifi&#xE9; RFC3 comme un oncog&#xE8;ne candidat amplifi&#xE9; dans l&#x26;#39;ad&#xE9;nocarcinome oesophagien

Zweck: Esophageal Adenokarzinom (EAC) ist eine t&ouml;dliche B&ouml;sartigkeit, die aus der pr&auml;maligne Bedingung, Barrett-&Ouml;sophagus (BE) entwickeln kann. Derzeit gibt es keine validierten einfachen Methoden vorherzusagen, welche Patienten in EAC &uuml;bergehen werden. Ein besseres Verst&auml;ndnis der genetischen Mechanismen fahren EAC Tumorentstehung ist erforderlich, neue therapeutische Ziele und entwickeln Biomarker identifizieren Patienten mit hohem Risiko, die von aggressiven Neoadjuvante Therapie profitieren w&uuml;rden. Wir Besch&auml;ftigten einen integrative Genomics-Ansatz zur Identifizierung von neuartige Genen in der EAC-Biologie, die als n&uuml;tzliche klinische Marker dienen kann.EXPERIMENTELLES DESIGN: Gesamte Genom-Fliesen-Pfad-Array CGH wurde verwendet, um signifikante Regionen der Kopie Zahl (CN) Ver&auml;nderung in 20 EACs und 10 passende BE Gewebe zu identifizieren. CN und Gen-Ausdruck-Daten wurden integriert, um Kandidaten Onkogene in Regionen der Verst&auml;rkung zu identifizieren, und mehrere weitere Beispiel-Kohorten wurden zum &Uuml;berpr&uuml;fen von Kandidatengenen beurteilt.Ergebnisse: Wir identifizierten RFC3 als Roman, Kandidat Onkogen durch Verst&auml;rkung im ~ 25 % der EAC-Beispiele aktiviert. RFC3 wurde auch verst&auml;rkt in BE aus einem Patienten deren EAC hegte Verst&auml;rkung und wurde zwischen nicht-maligner differenziell ausgedr&uuml;ckt und EAC Gewebe. CN-Gewinne wurden festgestellt bei anderen Krebsarten und RFC3 Niederschlag gehemmt Verbreitung und Verankerung-unabh&auml;ngigen Wachstum von Krebszellen mit erh&ouml;hter CN, aber hatte kaum Auswirkungen auf diejenigen ohne. Dar&uuml;ber hinaus war hohe RFC3 Ausdruck mit ung&uuml;nstigen Patienten Verlauf bei mehreren Krebsarten in Verbindung gebracht.Fazit: RFC3 ist ein Kandidat-Onkogen in EAC verst&auml;rkt. RFC3 DNA-Amplifikation ist auch weit verbreitet in anderen epithelialen Krebsarten und RFC3 Ausdruck als prognostische Marker dienen k&ouml;nnte.

Integrative Genomics identifiziert RFC3 als eine verst&auml;rkte Kandidat Oncogene in Speiser&ouml;hrenkrebs Adenokarzinom.

SCOPO: Adenocarcinoma esofageo (EAC) &egrave; un tumore maligno letale che pu&ograve; svilupparsi dalla condizione precancerose, esofago di Barrett (BE). Attualmente, non ci sono semplici metodi convalidati per predire quali pazienti progredir&agrave; a EAC. Una migliore comprensione dei meccanismi genetici guida tumorigenesi EAC &egrave; necessaria per identificare nuovi bersagli terapeutici e sviluppare biomarkers in grado di identificare i pazienti ad alto rischio che potrebbero trarre beneficio dalla terapia neoadiuvante aggressivo. Abbiamo impiegato un approccio integrativo genomica per identificare nuovi geni coinvolti nella biologia EAC che possa servire da indicatori clinici utili.DISEGNO sperimentale: Matrice di affiancamento-percorso intero genoma CGH &egrave; stato utilizzato per identificare regioni significative di copia numero (CN) alterazione 20 EACs e 10 BE tessuti di corrispondenza. Dati di espressione genica e CN sono stati integrati per identificare gli oncogeni candidati all&#39;interno delle regioni di amplificazione e pi&ugrave; coorti campione supplementare sono stati valutati per convalidare geni candidati.RISULTATI: Abbiamo identificato RFC3 come un romanzo, oncogene candidato attivato dall&#39;amplificazione in ~ 25% dei campioni EAC. RFC3 inoltre &egrave; stato amplificato in essere da un paziente cui EAC harbored amplificazione e fu differenzialmente espressi tra non maligne e tessuti EAC. CN guadagni sono stati riscontrati in altri tipi di cancro e atterramento RFC3 inibisce la proliferazione e la crescita ancoraggio-indipendente delle cellule tumorali con aumentato CN, ma ha avuto poco effetto su quelli senza. Inoltre, alta espressione di RFC3 &egrave; stato associato con scarso risultato paziente in pi&ugrave; tipi di cancro.CONCLUSIONI: RFC3 &egrave; un oncogene candidato amplificato in EAC. L&#39;amplificazione del DNA RFC3 &egrave; inoltre prevalente in altri tipi di cancro epiteliale e RFC3 espressione potrebbe servire come indicatore prognostico.

Integrative Genomics identificato RFC3 come un Oncogene candidato amplificato in Adenocarcinoma esofageo.

&#x76EE;&#x7684;&#xFF1A;&#x98DF;&#x9053;&#x817A;&#x764C;&#xFF08;EAC&#xFF09;&#x306F;&#x524D;&#x764C;&#x72B6;&#x614B;&#x3001;&#x30D0;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C8;&#x98DF;&#x9053;&#xFF08;BE&#xFF09;&#x304B;&#x3089;&#x958B;&#x767A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x81F4;&#x547D;&#x7684;&#x306A;&#x60AA;&#x6027;&#x816B;&#x760D;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x3068;&#x3053;&#x308D;&#x3001;&#x60A3;&#x8005;&#x306F;EAC&#x306B;&#x9032;&#x884C;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7C21;&#x5358;&#x200B;&#x200B;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x304C;&#x691C;&#x8A3C;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002; EAC&#x816B;&#x760D;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x99C6;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6CBB;&#x7642;&#x6A19;&#x7684;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3001;&#x7A4D;&#x6975;&#x7684;&#x306A;&#x30CD;&#x30AA;&#x30A2;&#x30B8;&#x30E5;&#x30D0;&#x30F3;&#x30C8;&#x7642;&#x6CD5;&#x306E;&#x6069;&#x6075;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x9AD8;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x60A3;&#x8005;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3002;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30D1;&#x30B9;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;CGH&#x306F;20 EACs&#x3068;10&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x6570;&#xFF08;CN&#xFF09;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#xFF1A;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;&#x6709;&#x7528;&#x306A;&#x81E8;&#x5E8A;markers.EXPERIMENTAL DESIGN&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x50CD;&#x304F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;EAC&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x65B0;&#x898F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x7D71;&#x5408;&#x7684;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x63A1;&#x7528;&#x4E00;&#x81F4;&#x3059;&#x308B;&#x7D44;&#x7E54;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; CN&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x5897;&#x5E45;&#x3057;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x30B3;&#x30DB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x5185;&#x306E;&#x5019;&#x88DC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x7279;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x7D71;&#x5408;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5019;&#x88DC;genes.RESULTS&#x3092;&#x691C;&#x8A3C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3057;&#x305F;&#xFF1A;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;EAC&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x301C;25&#xFF05;&#x3067;&#x5897;&#x5E45;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x3001;&#x5019;&#x88DC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;RFC3&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; RFC3&#x3082;&#x3001;&#x305D;&#x306E;EAC&#x304B;&#x304F;&#x307E;&#x3063;&#x5897;&#x5E45;&#x60A3;&#x8005;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x3082;&#x306E;&#x3067;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5DEE;&#x52D5;&#x975E;&#x60AA;&#x6027;&#x3068;EAC&#x7D44;&#x7E54;&#x9593;&#x3067;&#x767A;&#x73FE;&#x3055;&#x305B;&#x305F;&#x3002; CN&#x30B2;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x4ED6;&#x306E;&#x304C;&#x3093;&#x306E;&#x7A2E;&#x985E;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3068;RFC3&#x30CE;&#x30C3;&#x30AF;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x306F;&#x7D30;&#x80DE;&#x5897;&#x6B96;&#x3068;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x305F;CN&#x3068;&#x764C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x8DB3;&#x5834;&#x975E;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x5897;&#x6B96;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x306A;&#x3044;&#x3082;&#x306E;&#x306B;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x9AD8;RFC3&#x5F0F;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x304C;&#x3093;types.CONCLUSIONS&#x306E;&#x8CA7;&#x3057;&#x3044;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x8EE2;&#x5E30;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#xFF1A;RFC3&#x306F;EAC&#x3067;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5019;&#x88DC;&#x764C;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; RFC3 DNA&#x306E;&#x5897;&#x5E45;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x4E0A;&#x76AE;&#x764C;&#x306E;&#x7A2E;&#x985E;&#x306B;&#x3082;&#x6D41;&#x884C;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;RFC3&#x5F0F;&#x306F;&#x4E88;&#x5F8C;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3064;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;

&#x7D71;&#x5408;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x98DF;&#x9053;&#x817A;&#x764C;&#x3067;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5019;&#x88DC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;RFC3&#x3092;&#x8B58;&#x5225;

&#xBAA9;&#xC801;: &#xC2DD;&#xB3C4; &#xC120; &#xC554; (EAC) premalignant &#xC870;&#xAC74;, &#xBC30; &#xB7FF;&#xC758; &#xC2DD;&#xB3C4; (BE)&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xCE58;&#xBA85;&#xC801;&#xC778; &#xC545;&#xC131; &#xC885;&#xC591; &#xC774;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC;, &#xC5B4;&#xB290; &#xD658;&#xC790;&#xAC00; EAC&#xB97C; &#xC9C4;&#xD589;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xD558; &#xC544;&#xBB34; &#xC720;&#xD6A8;&#xD55C; &#xAC04;&#xB2E8;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC774; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. EAC tumorigenesis &#xC6B4;&#xC804; &#xC720;&#xC804; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC758; &#xB354; &#xB098;&#xC740; &#xC774;&#xD574;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xCE58;&#xB8CC; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC801;&#xADF9;&#xC801;&#xC778; neoadjuvant &#xC694;&#xBC95;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xC810;&#xC744; &#xC5BB;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xACE0; &#xC704;&#xD5D8; &#xD658;&#xC790;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xB9C8;&#xCEE4;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD544;&#xC694;&#xAC00; &#xC788;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC720;&#xC6A9;&#xD55C; &#xC784;&#xC0C1; &#xB9C8;&#xCEE4; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; EAC &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD1B5;&#xD569; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xCC44;&#xD0DD;.&#xC2E4;&#xD5D8; &#xB514;&#xC790;&#xC778;: &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xAE30;&#xC640; &#xACBD;&#xB85C; &#xBC30;&#xC5F4; CGH 20 Eacs&#xC5D0; &#xBCF5;&#xC0AC; &#xBC88;&#xD638; (CN) &#xBCC0;&#xACBD;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC601;&#xC5ED; &#xBC0F; 10 &#xC77C;&#xCE58; &#xB420; &#xC870;&#xC9C1;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. CN &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD45C;&#xD604; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xD1B5;&#xD569; &#xD6C4;&#xBCF4; oncogenes &#xC99D;&#xD3ED;&#xC758; &#xC601;&#xC5ED; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xCD94;&#xAC00; &#xC0D8;&#xD50C; &#xB3D9;&#xB8CC; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD588;&#xB2E4;.&#xACB0;&#xACFC;: &#xC18C;&#xC124;, &#xD6C4;&#xBCF4; oncogene EAC &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; ~ 25%&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xD558; &#xC5EC; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xB85C; rfc3&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4;. Rfc3&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xB204;&#xAD6C;&#xC758; EAC &#xC99D;&#xD3ED;&#xC744; &#xC228;&#xACA8; &#xC8FC; &#xC168; &#xACE0; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xBE44; &#xC545;&#xC131; &#xC0AC;&#xC774; &#xCC28;&#xB3D9; &#xD45C;&#xD604; &#xD588;&#xB2E4; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; BE&#xC758; &#xC99D;&#xD3ED;&#xACFC; EAC &#xC870;&#xC9C1;. CN &#xC774;&#xB4DD;&#xC744; &#xB2E4;&#xB978; &#xC554; &#xC885;&#xB958;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC80;&#xC0C9; &#xB41C; &#xBC0F; RFC3 &#xCD5C;&#xC800;&#xC758; &#xD655;&#xC0B0; &#xBC0F; &#xC99D;&#xAC00; CN&#xC73C;&#xB85C; &#xC554; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC575;&#xCEE4;&#xB9AC;&#xC9C0; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xC131;&#xC7A5; &#xC800;&#xD574; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xADF8; &#xC5C6;&#xC774; &#xC791;&#xC740; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCCE4;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xB192;&#xC740; RFC3 &#xC2DD; &#xAC00;&#xB09C;&#xD55C; &#xD658;&#xC790; &#xACB0;&#xACFC; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC554; &#xC885;&#xB958;&#xC640; &#xC5F0;&#xAD00; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;.&#xACB0;&#xB860;: RFC3 &#xD6C4;&#xBCF4; oncogene EAC&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. RFC3 DNA &#xC99D;&#xD3ED; &#xB2E4;&#xB978; &#xC0C1;&#xD53C; &#xC554; &#xC885;&#xB958; &#xC720;&#xD589; &#xC774;&#xB2E4;&#xACFC; RFC3 &#xC2DD; &#xC804;&#xC870; &#xD45C;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD1B5;&#xD569; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xC2DD;&#xB3C4; &#xC120; &#xC554;&#xC5D0; &#xC99D;&#xD3ED;&#xB41C; &#xD6C4;&#xBCF4; Oncogene RFC3 &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

OBJETIVO: El adenocarcinoma de es&#xF3;fago (EAC) es un tumor maligno letal que puede desarrollarse a partir de la condici&#xF3;n premaligna, el es&#xF3;fago de Barrett (EB). En la actualidad, no existen m&#xE9;todos validados simples para predecir qu&#xE9; pacientes progresar&#xE1; a la CAO. Una mejor comprensi&#xF3;n de los mecanismos gen&#xE9;ticos de conducci&#xF3;n tumorig&#xE9;nesis EAC es necesaria para identificar nuevas dianas terap&#xE9;uticas y desarrollar biomarcadores que permitan identificar pacientes de alto riesgo que se beneficiar&#xED;an de la terapia neoadyuvante agresiva. Se emple&#xF3; un enfoque de gen&#xF3;mica integradora para identificar nuevos genes involucrados en la biolog&#xED;a de la CAO que puede servir como &#xFA;til DISE&#xD1;O markers.EXPERIMENTAL cl&#xED;nica: genoma completo mosaico de la ruta CGH array fue utilizado para identificar regiones importantes del n&#xFA;mero de copias (CN), alteraci&#xF3;n en 20 y 10 EAC coincidente ser tejidos. Los datos de NC y el gen de expresi&#xF3;n se han integrado para identificar oncogenes candidatos dentro de las regiones de amplificaci&#xF3;n y varias cohortes de muestras adicionales fueron evaluados para validar genes.RESULTS candidatos: Se identificaron RFC3 como una novela, candidato a oncog&#xE9;n activado por la amplificaci&#xF3;n de ~ 25% de las muestras de la CAO. RFC3 tambi&#xE9;n fue amplificado en el ser de un paciente cuya EAC albergaba la amplificaci&#xF3;n, y se expres&#xF3; diferencialmente entre los tejidos no malignos y EAC. NC ganancias se han detectado en otros tipos de c&#xE1;ncer y la ca&#xED;da RFC3 inhibir la proliferaci&#xF3;n y crecimiento independiente de anclaje de las c&#xE9;lulas cancerosas con NC aument&#xF3;, pero tuvo poco efecto sobre los que no tienen. Por otra parte, de alta expresi&#xF3;n RFC3 se asoci&#xF3; con la salud del enfermo de c&#xE1;ncer en types.CONCLUSIONS m&#xFA;ltiples: RFC3 es un oncog&#xE9;n candidato amplificado en la CAO. RFC3 amplificaci&#xF3;n de ADN es tambi&#xE9;n frecuente en otros tipos de c&#xE1;ncer epitelial y RFC3 expresi&#xF3;n podr&#xED;a servir como un marcador pron&#xF3;stico.

Larissa A. Pikor

Department of Integrative Oncology

BC Cancer Research Centre

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses