<p class="jove_content"> O financiamento foi fornecido pela The Gordon e Betty Moore Foundation concede e da National Science Foundation conceder MCB-0702125. </p>

<ol>
	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Science</em>. <b>257</b> (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <b>71</b> (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Natl. Acad. Sci. USA</em>. <b>87</b> (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Nature</em>. <b>437</b> (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Natl. Acad. Sci. USA</em>. <b>105</b> (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Environ Microbiol</em>. <b>11</b> (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

<p class="jove_content"> A investigação da expressão gênica por comunidades microbianas naturais tem se tornado comum nos últimos anos como um meio para explorar os papéis e funções ecológicas dos microrganismos. Usado em combinação com a detecção, quantificação e caracterização de microrganismos marinhos, análises de expressão gênica pode ser usada para ligar filogenia para funcionar em comunidades microbianas naturais. Muitas técnicas para orientar a expressão do gene funcional contar com sondas específicas ou conjuntos...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-<em>free</em></td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROB<em>Express</em> Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROB<em>Enrich</em> kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

<p class="jove_content">Análogo a metagenômica, transcriptômica ambiental (metatranscriptómica) recupera e seqüências de mRNAs ambientais a partir de um assemblage microbiana sem o conhecimento prévio do que genes a comunidade pode estar expressando. Assim, ele fornece a perspectiva mais imparcial sobre a expressão gênica comunidade<em&gt; In situ</em&gt;. Protocolos ambientais transcriptômica são tecnicamente difícil, uma vez mRNAs procarióticos geralmente falta a poli (A) caudas que fazem o isolamento de mensagens eucarióticas relativamente simples<sup&gt; 1</sup&gt; E por causa da meia vida relativamente curto de mRNAs<sup&gt; 2</sup&gt;. Além disso, mRNAs são muito menos abundante do que rRNAs em extratos totais de RNA, assim, um fundo rRNA muitas vezes supera os sinais de mRNA. No entanto, as técnicas para superar algumas dessas dificuldades têm sido recentemente desenvolvidos. Um procedimento para analisar transcriptomes ambiental através da criação de bibliotecas clone usando primers aleatórios para reverter-transcrever e amplificar mRNAs ambiental foi descrita recentemente foi bem sucedido em dois diferentes ambientes naturais, mas os resultados foram influenciados pela seleção dos primers aleatórios usado para iniciar a síntese de cDNA<sup&gt; 3</sup&gt;. Avanços na amplificação linear de mRNA evitaria a necessidade de primers aleatórios na etapa de amplificação e tornar possível a utilização de menos material de partida diminuindo o tempo de coleta e processamento de amostras e, assim, minimizar a degradação do RNA<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In vitro</em&gt; Métodos de transcrição para RNAm ampliando envolvem polyadenylating o mRNA e incorporando um promotor T7 na extremidade 3 do transcrito. RNA amplificado (ARNA) pode então ser convertido em cDNA dupla fita usando hexâmeros aleatória e diretamente sequenciado por pyrosequencing<sup&gt; 5</sup&gt;. A primeira utilização deste método na Estação ALOHA demonstrado a sua utilidade para a caracterização de expressão gênica comunidade microbiana<sup&gt; 6</sup&gt;.</p>

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Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

<p class="jove_content">Nós apresentamos um método para gerar cDNA de mRNA ambiental. Em geral, o total de RNA é a primeira coletados do ambiente, rRNA é seletivamente removido, mRNA é seletivamente amplificado, e cDNA sintetizado a partir do pool de mRNA enriquecido é seqüenciado. Seqüências recuperadas podem ser anotados usando técnicas padrão de bioinformática para identificar os genes expressos.</p>

Analisando Expressão Gênica de comunidades microbianas Marinha usando transcriptômica Ambiental

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

analyzing-gene-expression-from-marine-microbial-communities-using

Research

JoVE Journal

Biology

12.4K visualizações.  University of Georgia (UGA). Nós apresentamos um método para gerar cDNA de mRNA ambiental. Em geral, o total de RNA é a primeira coletados do ambiente, rRNA é seletivamente removido, mRNA é seletivamente amplificado, e cDNA sintetizado a partir do pool de mRNA enriquecido é seqüenciado. Seqüências recuperadas podem ser anotados usando técnicas padrão de bioinformática para identificar os genes expressos.