1 Para começar, 2 abra o banco de dados de Farmacologia dos Sistemas de Medicina Tradicional Chinesa 3. 4 Usando a caixa de pesquisa de nome químico, 5 pesquise os nomes dos ingredientes selecionados 6 para baixar os arquivos de estrutura 3D correspondentes 7 no formato Mol2. 8 Para baixar as estruturas cristalinas dos principais alvos, 9 abra o banco de dados de proteínas RCSB.
10 Na caixa de pesquisa, 11 pesquise os nomes dos alvos 12 e baixe os 13 arquivos de estrutura cristalina correspondentes no formato PDB. 14 Importe ingredientes e arquivos de estrutura alvo 15 no software de análise. 16 Clique em Editar e, em seguida, em Excluir água para excluir as moléculas de água.
17 Para adicionar hidrogênios, clique em Editar, Hidrogênios e Adicionar. 18 Defina os ingredientes como ligante. 19 Selecione alvos inteiros como o receptor 20 e execute o encaixe cego.
21 Para determinar a faixa de acoplamento molecular, 22 selecione o receptor e o ligante em sequência. 23 Clique em Grade e, em seguida, em Caixa de grade para ajustar a caixa de grade 24 para incluir todo o modelo. 25 Clique em Arquivo e Fechar para salvar o status atual da caixa de grade 26 e salve os arquivos no formato GPF.
27 Agora clique em Executar e Executar Auto Grid Quatro, 28 clique em Nome do arquivo de parâmetro e Procurar, 29 para selecionar o arquivo GFP. 30 Em seguida, clique no botão Iniciar. 31 Para acoplamento molecular, 32 abra o documento automático quatro e clique em encaixe, Macromolécula, 33 e defina o nome do arquivo rígido para selecionar o receptor.
34 Em seguida, clique em Docking, Ligand e abra, 35 ou escolha selecionar o ligante. 36 Agora clique em Docking 37 e Search Parameters para definir os algoritmos de operação. 38 Em seguida, clique em Acoplamento e Parâmetros de encaixe 39 para definir os parâmetros de encaixe.
40 Selecione o arquivo DPF e clique no botão de inicialização. 41 Salve os arquivos no formato DPF. 42 Clique em Analisar, Encaixe, 43 e abra para selecionar o arquivo DLG.
44 Em seguida, clique em Analisar e Macromolécula 45 para abrir o receptor. 46 Agora clique em Analisar, Confirmações e Jogar, 47 classificado por energia para analisar os resultados. 48 Por fim, clique em Set Play, 49 e escreva complexo para salvar os resultados no formato PDBQT.
50 Importe os arquivos de encaixe para o PyMOLE, 51 em seguida, selecione o ligante e clique em Ação, Localizar, 52 Contratos Polares e para outros átomos e objeto 53 para exibir as ligações de hidrogênio entre os ligantes 54 e o ambiente externo. 55 Clique na única letra C para mudar de cor. 56 Clique em Ação e extrair objeto.
57 Clique em Mostrar, depois em Varas, 58 para mostrar a estrutura do receptor em bastão, 59 identificar os resíduos conectados aos ligantes 60 e mostrar a estrutura da vara. 61 Em seguida, clique em Assistente e Medição 62 e clique em dois átomos em sequência. 63 Clique em Rótulo e depois em Resíduo para mostrar o rótulo dos resíduos.
64 Se necessário, ajuste a cor de fundo e a transparência. 65 Por fim, clique em Arquivo e, em seguida, em Exportar imagem como 66 para salvar a imagem. 67 No grupo dermatite atópica, 68 A análise do banco de dados GEO revelou que 69 de P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 e P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 e CASP Three foram regulados negativamente.
72 A análise de docking confirmou a interação 73 entre os componentes ativos do SDG 74 e as proteínas-alvo potenciais 75, indicando seu papel significativo no tratamento do eczema anal. 76 O índigo e a berberrubina demonstraram forte atividade de ligação 77 com energia inferior a menos cinco quilocalorias por MOL, 78 enfatizando seu potencial terapêutico.
