Comece baixando a estrutura do complexo proteína-proteína. Para isso, navegue até a página inicial do banco de dados de proteínas e insira o ID do PDB na caixa de pesquisa principal. Na página principal da estrutura, clique em baixar arquivos e, em seguida, em montagem biológica 1 para baixar os arquivos no formato PDB-gz.
Abra a estrutura baixada no UCSF Chimera. Navegue até ferramentas, estrutura/edição e clique em alterar IDs de cadeia. Renomeie a segunda cadeia, inicialmente rotulada como A para B.Em seguida, clique em favoritos, seguido pelo painel do modelo.
Selecione o modelo com as duas correntes e clique no botão agrupar/desagrupar para separar cada cadeia em um modelo diferente. Em seguida, selecione os dois modelos e clique no botão copiar/combinar. Insira um novo nome para o modelo combinado, marque fechar modelos de origem e clique em OK.
Clique em selecionar, depois em cadeia e confirme se as cadeias no dímero agora estão identificadas como A e B.Clique em arquivo e salve PDB para salvar a estrutura editada como um novo arquivo PDB. Para identificar o segmento alvo na proteína ligante, navegue até o servidor BUDE Alanine Scan. Clique no botão escolher arquivo em estrutura, faça upload e carregue o arquivo PDB salvo.
Na próxima página, verifique se a estrutura foi carregada corretamente e insira um nome para o trabalho no servidor. Defina as cadeias A como um receptor e B como o ligante e clique no botão iniciar varredura para enviar o trabalho. Quando o trabalho estiver concluído, clique em mostrar resultados para abrir a página de resultados.
Na lista de resíduos, selecione o trecho de resíduos previsto para interagir melhor com a superfície de ligação alvo. Usando este protocolo, um segmento de aminoácido interagindo com a superfície de ligação IRF5 foi previsto. Usando mutagênese computacional de varredura de alanina, um segmento de 13 aminoácidos foi previsto das posições 424 a 436, com o motivo PLXIS começando na arginina 432.
