Para começar, abra a página da Web do Visual Dynamics ou VD e clique em login para acessar a tela de login do sistema. Após o login, a área de envio da simulação, os tutoriais e as estatísticas de uso podem ser acessados. Para envio de simulação de enzimas APO, clique em nova simulação na barra lateral e clique no botão APO.
Carregue a proteína gratuita 4mgv. pdb e selecione o campo AMBER94 Força. Selecione o modelo de água TIP3P, seguido pela caixa Cúbica.
Selecione uma distância de 0,5 nanômetro entre a proteína e a borda da caixa. Marque a opção executada em nossos servidores para executar a simulação. Usando UCSF Chimera, abra o complexo ligante de proteína 4mgv.
pdv, clique em resíduo e defina o código como D5I. Em seguida, em arquivo, clique em salvar PDB, selecione salvar apenas átomos selecionados, defina o nome do arquivo como ligante. PDB e clique em Salvar.
Vá para o servidor Bio2Byte ACPYPE e envie o ligante gerado. pdb dos arquivos de saída. Clique em nova simulação, seguido de ligante de proteína.
Carregue a proteína gratuita 4mgv. pdb e selecione os arquivos de ligante preparados no ACPYPE seguido pelo MBER94 Force Field. Selecione o modelo de água TIP3P seguido pela caixa cúbica e selecione a distância de 0,5 nanômetro entre a proteína e a borda da caixa.
Marque a opção executada em nossos servidores para executar a simulação. Clique em minhas simulações na barra lateral e, em seguida, em baixar arquivos MDP para baixar os arquivos de configuração de simulação usados. Clique em comandos para baixar a lista de comandos executados pela plataforma e clique em GROMACS Log para baixar o arquivo LOG contendo as saídas de comando GMX.
Clique em resultados para baixar os arquivos gerados pelos comandos GMX e, finalmente, clique nos gráficos da figura para baixar gráficos para analisar cada etapa da simulação em formato de imagem e XVG para o computador. A estrutura da proteína exibiu um desvio quadrático médio de menos de 2,5 angstroms, e o raio de duração mostrou que a proteína manteve sua compactação nas coordenadas X, Y e Z durante a simulação de cinco nanossegundos. A distância média de flutuação de cada aminoácido na estrutura da proteína, conforme mostrado pela flutuação da raiz quadrada média, permaneceu consistente ao longo da simulação de cinco nanossegundos.
O sistema se estabilizou com uma força máxima de menos de 1000 quilojoules por mol por nanômetro durante o processo de minimização de energia.
