Este trabalho contou com o apoio da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), da Fundação para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico em Saúde (Fiotec), do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Epidemiologia da Amazônia Ocidental - INCT-EpiAmO, da Fundação Rondônia de Amparo ao Desenvolvimento das Ações Científicas e Tecnológicas e à Pesquisa do Estado de Rondônia (FAPERO), a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

1. Acesso ao software e registro de novo usuário
<ol><li>Visite a página da Web do Visual Dynamics (VD). Clique no ícone +Registrar no canto superior direito para criar uma conta. Registre-se para usar o software. NOTA: Somente endereços de e-mail institucionais são permitidos. O usuário receberá uma notificação por e-mail assim que seu registro for aprovado.</li>
	<li>Clique em Login no canto superior direito para acessar a tela de login do sistema. Preencha os campos de nome de usuário/e-mail e senha e clique em Entrar. Após o login, o usuário terá acesso à sua área de envio de simulação. Eles também podem visualizar tutoriais e estatísticas de uso do VD.</li>
</ol>2. Submissão de simulação de apoenzima
<ol><li>Clique em Nova Simulação na barra lateral esquerda. Na tela que aparece, clique no botão APO, que se refere à apoenzima.</li>
	<li>Carregue o arquivo 4mvg.pdb de proteína grátis. Selecione o campo de força AMBER94 (ou qualquer outra opção apropriada). NOTA: 4mvg.pdb pode ser obtido no Arquivo Suplementar 1 ou baixado diretamente do Protein Data Bank (PDB).</li>
	<li>Selecione o modelo de água TIP3P. Selecione a caixa cúbica. Selecione a distância de 0,5 nm entre a proteína e a borda da caixa. NOTA: As opções selecionadas são apenas sugestões. Todas as outras opções funcionam no VD.</li>
	<li>Marque a opção Executar em Nossos Servidores para executar a simulação com os arquivos e parâmetros enviados. Após clicar em Executar simulação, o usuário verá a evolução das etapas da simulação na tela e receberá uma notificação por e-mail sobre o status da simulação após a conclusão.</li>
</ol>3. Submissão de Simulação de Enzima Complexada com Ligante Preparado em ACPYPE
<ol><li>Usando o UCSF Chimera20, abra o complexo proteína-ligante 4mgv.pdb41, em Selecionar, clique em Resíduo e defina o código como D5I. Em seguida, em Arquivo, clique em Salvar PDB, selecione Salvar Somente Átomos Selecionados, defina o nome do arquivo como ligand.pdb e clique em Salvar.</li>
	<li>Envie o arquivo ligand.pdb gerado na etapa anterior para o servidor Bio2Byte ACPYPE42, a partir dos arquivos de saída, ligand_NEW.itp e ligand_NEW.pdb serão os utilizados e fornecidos neste experimento. NOTA: Os arquivos ligand_NEW.itp e ligand_NEW.pdb podem ser obtidos no Arquivo Suplementar 2 e no Arquivo Suplementar 3.</li>
	<li>Clique em Nova Simulação na barra lateral esquerda. Clique no botão Proteína + Ligante (preparado em ACPYPE).</li>
	<li>Carregue o arquivo 4mvg.pdb de proteína grátis. Selecione os Arquivos Ligantes preparados no ACPYPE: ligand_NEW.itp e ligand_NEW.pdb. Selecione o campo de força AMBER94.</li>
	<li>Selecione o modelo de água TIP3P. Selecione a caixa cúbica. Selecione a distância de 0,5 nm entre a proteína e a borda da caixa. As opções selecionadas são apenas sugestões. Todas as outras opções funcionam no VD.</li>
	<li>Marque a opção Executar em Nossos Servidores para executar a simulação com os arquivos e parâmetros enviados. Após clicar em Executar simulação, o usuário verá a evolução das etapas da simulação na tela e receberá uma notificação por e-mail sobre o status da simulação após a conclusão.</li>
</ol>4. Acessando os resultados da simulação
<ol><li>Clique em Minhas simulações na barra lateral esquerda.</li>
	<li>Clique em Baixar arquivos MDP para baixar os arquivos de configuração de simulação usados pela plataforma para o computador do usuário.</li>
	<li>Faça o download dos elementos de simulação conforme descrito abaixo.<ol><li>Clique em Comandos para baixar a lista de comandos executados pela plataforma para o computador do usuário.</li>
		<li>Clique em GROMACS Log para baixar o arquivo de log que contém as saídas do comando .gmx em sequência para o computador do usuário.</li>
		<li>Clique em Resultados para baixar arquivos gerados por comandos .gmx, como _npt.gro, _pr.edr, _pr.tpr, _pr_PBC.gro e pr_PBC.xtc para o computador do usuário.</li>
		<li>Clique em Figura Gráfica para baixar gráficos para analisar cada etapa da simulação em formato de imagem e .xvg para o computador do usuário.</li>
	</ol></li>
</ol>

Dinâmica Visual: Simplificando Simulações de Dinâmica Molecular

<ol>
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Gromacs developmet and developers Available from: <a target="_blank" href="https://www.gromacs.org/development.html">https://www.gromacs.org/development.html</a> (2023)</li><li>Andrio, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BioExcel+building+blocks,+a+software+library+for+interoperable+biomolecular+simulation+workflows.">BioExcel building blocks, a software library for interoperable biomolecular simulation workflows.</a> Sci Data. 6 (1), 169 (2019).</li><li>P&#225;ll, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneous+parallelization+and+acceleration+of+molecular+dynamics+simulations+in+GROMACS.">Heterogeneous parallelization and acceleration of molecular dynamics simulations in GROMACS.</a> J Chem Phys. 153 (13), 134110 (2020).</li></ol>

Os autores não têm nada a divulgar.

Automatizar processos não é fácil, mas também é menos difícil do que reprogramar um sistema do zero. Gromacs é atualmente o software de simulação molecular mais popular e é constantemente atualizado. O Departamento de Química Biofísica da Universidade de Groningen inicialmente o desenvolveu, e agora é mantido pelo Laboratório de Ciências da Vida da Universidade de Estocolmo43.
Para qualquer novo usuário, aprender técnicas de simulação é uma longa jor...

De acordo com a definição da IUPAC, MD é o procedimento de simulação que consiste em calcular o movimento de átomos em uma molécula ou de átomos individuais ou moléculas em sólidos, líquidos e gases, de acordo com as leis do movimento de Newton. As forças que atuam sobre os átomos, necessárias para simular seu movimento, são comumente calculadas usando campos de força da mecânica molecular1. Pode ser aplicado a qualquer fenômeno que busque extrair informações em nível molecular e muitas vezes atômico2.
A DM é uma das técnicas incorporadas à bioinformática, especificamente à bioinformática estrutural. Com ele, é possível obter características cinéticas e termodinâmicas de estruturas biomoleculares. Por exemplo, estabilidade macromolecular, identificação de sítios alostéricos, elucidação de mecanismos de atividade enzimática, reconhecimento molecular e propriedades de complexos com pequenas moléculas, associação entre proteínas, enovelamento de proteínas e sua hidratação3. Além disso, a DM permite uma ampla gama de estudos, incluindo o design molecular (amplamente utilizado no design de medicamentos), na determinação da estrutura e seu refinamento (raios-X, RMN e modelagem de proteínas)3. Os resultados obtidos ao final de um MD são os mais ricos e completos em termos de simulação não quântica4. A DM clássica é muito mais eficiente do que se poderia esperar de uma consideração completa da física dos sistemas biomoleculares devido ao número de aproximações substanciais. Notavelmente, os efeitos dinâmicos quânticos são geralmente ignorados3. No entanto, implementar um experimento de MD não é trivial5. Requer conhecimento de computação, especialmente o Terminal Linux, já que a maioria dos softwares de bioinformática estrutural é feita para isso. Mesmo com esse conhecimento, aprender os comandos e a parametrização do Gromacs é outra curva de aprendizado íngreme.
Desde sua primeira aplicação à biologia em 19776, muito evoluiu devido ao aumento do processamento computacional e à codificação aprimorada. Há mais de duas décadas, foi lançado o primeiro software MD destinado a problemas biológicos, ou seja, Gromacs7, AMBER8 e NAMD9.
Desde suas primeiras versões, esses softwares ainda continuam sendo os mais usados e citados. No entanto, eles continuam com as mesmas dificuldades comuns de implementação que afligem os pesquisadores que não são especialistas em computação5. Alguns têm etapas complexas de instalação e configuração, às vezes exigindo amplo conhecimento sobre o hardware em que serão executados para obter o máximo dele e documentação técnica altamente centrada no computador. É necessária uma maneira mais fácil de interagir com eles, além da linha de comando e dos parâmetros infinitos.
Uma interface atua como intermediária entre o processo lógico a ser realizado e o humano10. O paradigma de como o software é executado evoluiu à medida que os recursos de computação melhoraram. O primeiro paradigma digital foram as interfaces de linha de comando (CLI), seguidas pela evolução para as interfaces gráficas de usuário (GUI) conhecidas11. Seguindo o ciclo evolutivo, a interface produzida pela World Wide Web (ou simplesmente WEB) é considerada uma evolução das GUIs11. Esses três paradigmas atualmente coexistem dependendo dos desenvolvedores. Os aplicativos CLI usam comandos textuais no console do sistema operacional. Os aplicativos GUI, também chamados de áreas de trabalho gráficas, usam uma interface gráfica composta de janelas, botões e outros componentes. É específico e pré-programado para um sistema operacional. A principal diferença da CLI é o uso do mouse como elemento adicional na interação homem-máquina12. As aplicações WEB, apesar de serem confundidas com uma GUI, são mais complexas de desenvolver, mas são mais versáteis e de longe as mais ágeis em operação. Além disso, dependem apenas de um software intérprete denominado navegador, que possibilita que a aplicação cliente se comunique com o servidor por meio de uma rede independente do sistema operacional13.
O software de bioinformática estrutural geralmente usa paradigmas CLI e GUI. Alguns exemplos de software clássico que usam CLI são o Modeller14 para modelagem de similaridade, o Autodock15 para acoplamento molecular e o Gromacs16 para dinâmica molecular. Exemplos de softwares que adotam o tipo GUI são SwissPDBviewer17, Pymol18, VMD19, UCSF Chimera20, Autodock tools15, PyRx21, Biovia22, Maestro23 e Moe24, entre outros.
Com o surgimento das tecnologias Hypertext Markup Language versão 5 (HTML5)25, Cascading Style Sheets (CSS)26 e Javascript27 , entre outras, muitas aplicações de bioinformática estrutural puderam ser trazidas para a WEB, tornando-se assim mais acessíveis. Exemplos de modelagem de similaridade de servidores WEB são o MODWEB28, que usa o Modeller14 como back-end e o Swissmodel29. Exemplos de servidores de aplicativos da Web para docking molecular são Haddock30, Swissdock31, Cluspro32, Dockthor33 e outros.
Enquanto as metodologias de análise estrutural, modelagem e encaixe evoluíram dos paradigmas CLI para GUI e, finalmente, para WEB, o MD continua a ser suportado principalmente pela execução de linha de comando (tipo CLI). Algumas boas iniciativas têm surgido para melhorar esse panorama. Exemplos dessas iniciativas são a implementação de plug-ins em softwares existentes, como o plug-in QwikMD para VMD34, o plug-in GROMACS para PyMOL e a opção Molecular Dynamics Simulation no UCSF Chimera20, alguns aplicativos CLI novos e mais fáceis, como ASGARD35, Gmx_qk36 e CHAPERONg37, e uma plataforma web robusta, BioBB-Wfs38. Embora o uso desses plugins e aplicativos seja um avanço, sua implementação ainda é um desafio para a maioria dos pesquisadores não qualificados. Dificuldades comuns incluem problemas na instalação e configuração do software MD, que muitas vezes comprometem a execução completa da simulação5.
Em 2022, o software Visual Dynamics para simulação computacional baseada na web foi disponibilizado pelo Laboratório de Bioinformática e Química Medicinal da Fiocruz Rondônia39. Sua versão inicial foi construída em Python e Flask, permitindo simulações de sistemas com proteínas livres (apoenzimas) por apenas 2 ns. Posteriormente, foi aprimorado para incluir uma versão de simulação automatizada com ligantes preparados usando PRODRG40.
O VD foi construído para auxiliar todos os pesquisadores da área de biofísica estrutural, biotecnologia e áreas afins que possuem limitações no conhecimento computacional; a ferramenta permite que esses pesquisadores testem suas hipóteses envolvendo simulações de MD a partir de qualquer sistema operacional e sem acesso a um computador de alto desempenho (HPC). O objetivo deste trabalho é apresentar as novas funcionalidades do Visual Dynamics versão 3.0. Além disso, visa introduzir um protocolo de uso atualizado para a ferramenta e destacar as limitações a serem abordadas no futuro, juntamente com as estatísticas de uso até o presente momento (Figura 1).

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>ACPYPE Server</td>
			<td>Bio2Byte</td>
			<td></td>
			<td>Available at https://www.bio2byte.be/acpype/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GRACE software</td>
			<td>Plasma Laboratory at the Weizmann Institute of Science</td>
			<td></td>
			<td>Available at https://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GROMACS software</td>
			<td>GROMACS Team</td>
			<td></td>
			<td>Installation instructions at https://manual.gromacs.org/current/install-guide/index.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The structure of the FK506-binding protein 
			From Plasmodium vivax complexed with the 
			inhibitor D5</td>
			<td>RCSB Protein Data Bank</td>
			<td></td>
			<td>Available at https://www.rcsb.org/structure/4mgv 
			Already contains the ligand complexed to the macromolecule.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

new features in visual dynamics 3.0

A Dinâmica Visual (VD) é uma ferramenta web que visa facilitar o uso e a aplicação da Dinâmica Molecular (MD) executada no Gromacs, permitindo que usuários sem familiaridade computacional executem simulações de curta duração para fins de validação, demonstração e ensino. É verdade que os métodos quânticos são os mais precisos. No entanto, atualmente não há viabilidade computacional para realizar os experimentos que o MD realiza. A ferramenta descrita aqui tem recebido melhorias contínuas ao longo dos últimos dois anos. Este protocolo descreverá o que é necessário para executar uma simulação em VD com um complexo proteína-ligante previamente preparado em ACPYPE e algumas direções gerais sobre os outros modelos de simulação disponíveis. Para a simulação detalhada, será utilizada a proteína ligadora de FK506 de Plasmodium vivax complexada com o inibidor D5 (PDB ID: 4mgv), e todos os arquivos utilizados serão fornecidos. Observe que este protocolo dirá todas as opções a serem usadas para alcançar os mesmos resultados apresentados, mas essas opções não são necessariamente as únicas disponíveis.

According to the IUPAC definition, MD is the simulation procedure that consists of computing the motion of atoms in a molecule or of individual atoms or molecules in solids, liquids, and gases, according to Newton&#39;s laws of motion. The forces acting on atoms, necessary to simulate their motion, are commonly calculated using force fields from molecular mechanics1. It can be applied to any phenomenon that seeks to extract information at a molecular and often atomic level2.
MD is one of the techniques incorporated into bioinformatics, specifically structural bioinformatics. With it, it is possible to obtain kinetic and thermodynamic characteristics of biomolecular structures. For example, macromolecular stability, identification of allosteric sites, elucidation of mechanisms of enzymatic activity, molecular recognition and properties of complexes with small molecules, association between proteins, protein folding, and its hydration3. Furthermore, MD enables a wide range of studies, including molecular design (widely used in drug design), in determining the structure and its refinement (X-ray, NMR, and protein modeling)3. The results obtained at the end of an MD are the richest and most complete in terms of non-quantum simulation4.Classical MD is much more efficient than might be expected from a full consideration of the physics of biomolecular systems due to the number of substantial approximations. Notably, quantum dynamical effects are usually ignored3. However, implementing an MD experiment is not trivial5. It requires knowledge of computing, especially the Linux Terminal, as most structural bioinformatics software is made for it. Even with that knowledge, learning Gromacs commands and parametrization is another steep learning curve.
Since its first application to biology in 19776, much has evolved due to increased computational processing and improved coding. More than two decades ago, the first MD software intended for biological problems was launched, namely Gromacs7, AMBER8, and NAMD9.
Since their first versions, these software still remain the most used and cited. However, they continue with the same common implementation difficulties that plague researchers who are not computer specialists5.&#160;Some have complex installation and configuration steps, sometimes requiring extensive knowledge about the hardware it will run on to get the most out of it and highly computer-centric technical documentation. An easier way to interface with them, aside from the command line and infinite parameters, is needed.
An interface acts as an intermediary between the logical process to be performed and the human10. The paradigm of how software is executed has evolved as computing resources have improved. The first digital paradigm was the command line interfaces (CLI) followed by the evolution to the known graphical user interfaces (GUI)11. Following the evolutionary cycle, the interface produced by the World Wide Web (or simply WEB) is considered an evolution of GUIs11. These three paradigms currently co-exist depending on developers. CLI applications use textual commands on the operating system console. GUI applications, also called graphical desktops, use a graphical interface made up of windows, buttons, and other components. It is specific and pre-programmed for an operating system. The main difference from the CLI is the use of the mouse as an additional element in human-machine interaction12. WEB applications, despite being confused with a GUI, are more complex to develop but are more versatile and by far the most agile in operation. Furthermore, they only depend on an interpreter software called a browser, which makes it possible for the client application to communicate with the server through a network independent of the operating system13.
Structural bioinformatics software most commonly use CLI and GUI paradigms. Some examples of classic software that use CLI are Modeller14 for similarity modeling, Autodock15 for molecular docking, and Gromacs16 for molecular dynamics. Examples of software that adopt the GUI type are SwissPDBviewer17, Pymol18, VMD19, UCSF Chimera20, Autodock tools15, PyRx21, Biovia22, Maestro23, and Moe24, among others.
With the emergence of Hypertext Markup Language version 5 (HTML5)25, Cascading Style Sheets (CSS)26, and Javascript27 technologies, among others, many structural bioinformatics applications could be brought to the WEB, thus becoming more accessible. Examples of similarity modeling WEB servers are MODWEB28, which uses Modeller14 as a back-end and Swissmodel29. Examples of web application servers for molecular docking are Haddock30, Swissdock31, Cluspro32, Dockthor33, and others.
While structural analysis, modeling, and docking methodologies evolved from CLI paradigms to GUI and finally to WEB, MD continues to be mostly supported by command line execution (CLI type). Some good initiatives have emerged to improve this panorama. Examples of these initiatives are the implementation of plugins in existing software, such as QwikMD plugin to VMD34, GROMACS Plugin to PyMOL, and the Molecular Dynamics Simulation option in UCSF Chimera20, some new and easier CLI applications, such as ASGARD35, Gmx_qk36, and CHAPERONg37, and a robust web platform, BioBB-Wfs38.&#160;Although the use of these plugins and applications is an advance, their implementation is still a challenge for most unskilled researchers. Common difficulties include problems installing and configuring the MD software, which often compromise the full execution of the simulation5.
In 2022, the Visual Dynamics software for web-based computational simulation was made available by the Laborat&#243;rio de Bioinform&#225;tica e Qu&#237;mica Medicinal at Fiocruz Rond&#244;nia39. Its initial version was built in Python and Flask, allowing simulations of systems with free proteins (apoenzymes) for only 2 ns. Subsequently, it was enhanced to include an automated simulation version with ligands prepared using PRODRG40.
VD was built to assist all researchers in the field of structural biophysics, biotechnology, and related areas who have limitations in computational knowledge; the tool allows these researchers to test their hypotheses involving MD simulations from any operational system and without access to a high-performance computer (HPC). The purpose of this work is to present the new features of Visual Dynamics version 3.0. Additionally, it aims to introduce an updated usage protocol for the tool and highlight the limitations to be addressed in the future, along with usage statistics up to the present moment (Figure 1).

Autor em destaque: Simplificando a dinâmica visual para simplificar as simulações de dinâmica molecular usando Gromacs

Novos recursos no Visual Dynamics 3.0

Our objective is to provide the academic community with a tool that facilitates preparation and simulation using molecular dynamics. Is it possible to provide this goal in our web application? Is it possible for a beginner use it effectively?We seek to answer these questions with our software. There are many challenges in molecular dynamics. The ones that stand out among are the preparation in parameterization of ligands, the learning curve of simulation guidelines, the simulation time, and the implementation of new analysis.We are mainly addressing the learning curve for beginning research in creating a secret pipeline to guide all users, from beginners to advanced. The high demand for access to this tool demonstrates a gap in bioscience research. We believe that the development of this tool represents a significant advancement in the use and learning of molecular dynamics.Consequently, more people will be able to implement these tests in their research. In the future, we intend to expand the parameterization and execution of complex simulation with more force fields.

O VD fornece uma execução de simulação totalmente autônoma que não requer intervenção do usuário ou recursos computacionais fornecidos pelo usuário. Depois de enviar uma simulação para execução, o usuário pode deixá-la, desligar suas máquinas e a simulação continuará em execução. Ele também permite que os usuários acessem os resultados de qualquer dispositivo, seja um laptop ou dispositivo móvel.
Como exemplo de uso de VD em modo automatizado através da WEB, o teste f...

O Visual Dynamics é uma ferramenta de código aberto que acelera implementações e aprendizado em simulação de dinâmica molecular usando Gromacs. O protocolo apresentado irá guiá-lo através das etapas para realizar uma simulação proteína-ligante preparada no ACPYPE com facilidade e etapas gerais para outros modelos de simulação.

Visual Dynamics (VD) is a web tool that aims to facilitate the use and application of Molecular Dynamics (MD) executed in Gromacs, allowing users without ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

New Features in Visual Dynamics 3.0

412 visualizações.  Oswaldo Cruz Rondônia Foundation. Nosso objetivo é fornecer à comunidade acadêmica uma ferramenta que facilite a preparação e simulação usando dinâmica molecular. É possível fornecer esse objetivo em nosso aplicativo da web? É possível para um iniciante usá-lo de forma eficaz?Procuramos responder a essas perguntas com nosso software. Existem muitos desafios na dinâmica molecular. Os que se destacam entre eles são a preparação em parametrização de ligantes, a curva de...

Vídeo: Autor em destaque: Simplificando a dinâmica visual para simplificar as simulações de dinâmica molecular usando Gromacs

Visual Dynamics (VD) is a web tool that aims to facilitate the use and application of Molecular Dynamics (MD) executed in Gromacs, allowing users without computational familiarity to run short-time simulations for validation, demonstration, and teaching purposes. It is true that quantum methods are the most accurate. However, there is currently no computational feasibility to carry out the experiments that MD performs. The tool described here has continuously received improvements over the course of the last couple of years. This protocol will describe what is needed to run a simulation in VD with a protein-ligand complex previously prepared in ACPYPE and some general directions on the other simulation models available. For the detailed simulation, the FK506-binding protein from Plasmodium vivax complexed with the inhibitor D5 (PDB ID: 4mgv) will be used, and all files used will be provided. Note that this protocol will tell every option to be used to achieve the same results presented, but these options are not necessarily the only ones available.

Visual Dynamics is an open-source tool that accelerates implementations and learning in molecular dynamics simulation using Gromacs. The presented protocol will guide you through the steps to perform a protein-ligand simulation prepared in ACPYPE with ease and general steps to other simulation models.

Bioquímica

Molecular Dynamics Simulations with Visual Dynamics for Protein-Ligand Complex Studies

To begin, open the Visual Dynamics or VD webpage and click on login to access the system login screen. After logging in, the simulation submission area, tutorials, and usage statistics can be accessed. For APO enzymes simulation submission, click on new simulation in the sidebar and click on the button APO.Upload the free protein 4mgv. pdb file and select the AMBER94 Force field. Select the TIP3P water model, followed by the Cubic box.Select 0.5 nanometer distance between the protein and the box edge. Check the option run in our servers to execute the simulation. Using UCSF Chimera, open the protein ligand complex 4mgv.pdv, click residue, and set the code to D5I. Then under file, click save PDB, select save selected atoms only, set the file name to ligand. pdb, and click save.Go to the Bio2Byte ACPYPE server and submit the generated ligand. pdb file from the output files. Click on new simulation, followed by protein ligand.Upload the free protein 4mgv. pdb file and select the ligand files prepared in ACPYPE followed by MBER94 Force Field. Select the TIP3P water model followed by the Cubic box, and select 0.5 nanometer distance between protein and box edge.Check the option run in our servers to execute the simulation. Click on my simulations in the sidebar, and then on download MDP files to download the simulation configuration files used. Click commands to download the list of commands executed by the platform, and click GROMACS Log to download the LOG file containing GMX command outputs.Click results to download files generated by the GMX commands, and finally, click figure graphics to download graphs for analyzing each simulation step in image and XVG format to the computer. The protein backbone exhibited a root mean square deviation of less than 2.5 angstroms, and the radius of duration showed that the protein maintained its compactness in X, Y, and Z coordinates during the five nanosecond simulation. The average fluctuation distance of each amino acid in the protein structure, as shown by root mean square fluctuation, remained consistent throughout the five nanosecond simulation.The system stabilized with a maximum force of less than 1000 kilojoules per mol per nanometer during the energy minimization process.