Большинство эукариотических геномов содержат уникальную группу из транспонирующих элементов, которые называются ретротранспозонами или транспозонами класса I.В отличие от ДНК-транспозонов, или транспозонов класса II, ретротранспозоны используют механизм копирования и вставки, что означает, что копия транспозона переходит к новому сайту на геноме. Существует два типа ретротранспозонов-длинные концевые повторы, или ретротранспозоны LTR;И non-LTR ретротранспозоны, причём оба вида используют разные механизмы транспозиции. Ретротранспозоны LTR состоят из 5 7 кбайт длинное кодирующего белок региона, фланкированного с обеих сторон длинными концевыми повторами, обычно от 250 до 600 пар оснований по длине.

В этих LTR содержатся последовательности энхансера и промотера для транскрипции. Кодирующий регион очень похож на тот, что есть у ретровирусного генома, состоящий из из генов, тесно связанных с гаг и пол генами ретровирусов. Следовательно, LTR ретротранспозоны тоже известны, как ретровирусные ретротранспозоны.

Однако в отличие от ретровирусов, ретротранспозоны LTR не кодируют ген env, и, следовательно не могут сформировать вирусную оболочку. Пока ген пол кодирует ферменты, такие как протеаза, обратная транскриптаза, интеграза и RNase H, ген gag кодирует этструктурные булки, которые могут образовывать сходную с вирусом частицу. Механизм транспозиции элементов LTR также напоминает ретровирусную репликацию в клетках хозяина.

Во-первых, РНК-полимераза II клетки-хозяина связывается с пятым праймером LTR и начинает транскрибирование ретротранспозонов в одну цепь РНК. Затем промежуточная РНК обработывается ферментами клетки-хозяина, чтобы добавить 5 первичных кэпов и 3 первичных поли-а хвоста. Затем зрелая РНК транспортируется в цитоплазму и транслируется в белки.

мРНК и белковые продукты затем собераются и формируют сходную с вирусом частицу. Внутри этой частицы РНК обратно-транскрибируется в одноцепочечную копию ДНК. После этого следует Деградация РНК-нити с помощью РНase H, и синтез дополняющей ДНК цепи, ведущий к двухцепочечной ДНК.

Эта линейная двух-цепочечная ДНК связана интегразой на обоих концах для формирования стабильного комплекса под названием интасома, которая может быть транспортирована обратно в ядро и поставлена в новое положение на геноме хозяина. Ретротранспозоны LTR могут сделать несколько копий себя в том же клетка, который используя это механизм репликации.