Самоорганизация сложных двумерных фигур из одноцепочечной ДНК Плитка

Резюме

DNA tiling is an effective approach to make programmable nanostructures. We describe the protocols to construct complex two-dimensional shapes by the self-assembly of single-stranded DNA tiles.

Аннотация

Current methods in DNA nano-architecture have successfully engineered a variety of 2D and 3D structures using principles of self-assembly. In this article, we describe detailed protocols on how to fabricate sophisticated 2D shapes through the self-assembly of uniquely addressable single-stranded DNA tiles which act as molecular pixels on a molecular canvas. Each single-stranded tile (SST) is a 42-nucleotide DNA strand composed of four concatenated modular domains which bind to four neighbors during self-assembly. The molecular canvas is a rectangle structure self-assembled from SSTs. A prescribed complex 2D shape is formed by selecting the constituent molecular pixels (SSTs) from a 310-pixel molecular canvas and then subjecting the corresponding strands to one-pot annealing. Due to the modular nature of the SST approach we demonstrate the scalability, versatility and robustness of this method. Compared with alternative methods, the SST method enables a wider selection of information polymers and sequences through the use of de novo designed and synthesized short DNA strands.

Введение

Предыдущая нуклеиновой кислоты самосборка работа ^1-25 привел к успешному строительству различных сложных структур, в том числе ДНК ^{2 - 5,8,10 - 13,17,23} или РНК ^7,22 периодическая ^{3,4,7, 22} и алгоритмическое ⁵ двумерные решетки, ленты и трубки ^{10,12 4,12,13,} 3D кристаллы ^{17, 11} и многогранники конечными, 2D форм ^7,8. Особенно эффективный метод ДНК-оригами scaffolded, в результате чего один эшафот нить сложена многими коротких вспомогательных цепей основных сформировать сложную форму ^{9,14 - 16,18 - 21,25.}

Мы недавно сообщили, способ построения дискретных наноструктур с заданными 2D форм с использованием одноцепочечной плитки (SST), и продемонстрировал структуры со сложностью, сравнимой с ДНК-оригами ^26. Это статьи обе адаптация нашей более ранней работе ²⁶ и подробно описывает протоколы для организации индивидуально адресуемых SSTs в сложных конечных 2D форм с четко заданных размеров (длины и ширины) и морфологии. Одним из ключевых преимуществ метода SST является ее модульность. Каждый компонент ССТ структуры служит модульный блок строительства в сборке, а также различные подмножества этих ТПМ производить различные формы. Таким образом, мы установили общую платформу для построения наноструктур с заданными размерами и формами из коротких, синтетических нитей ДНК.

ТПМ содержит четыре области, каждая длиной 10 или 11 нуклеотидов (рис 1а). В ТПМ связать таким образом, что их параллельные спирали создать решетку ДНК удерживаемых вместе кроссовера связей. Каждый кроссовер фосфата между доменами 2 и 3. Фосфат растягивается искусственно на схемах для наглядности. Кроссоверы расположены два спиральных витков (21 баз) друг от друга (<сильный> 1В). Композитные прямоугольники называются по своим размерам в количестве спиралей и спиральных витков. Например, прямоугольник, что шесть спиралей в ширину и восемь витков спирали длиной ссылаются как 6H × 8Т прямоугольника. ТПМ могут быть опущены, добавляться или иначе переставить, чтобы создать структуры произвольных форм и размеров (рис 1в). Например, прямоугольная конструкция может быть свернута в трубку с нужной длины и радиуса (рис 1D).

В качестве альтернативы, прямоугольная ССТ решетки можно рассматривать как молекулярный холста из SST пикселей, каждый 3 нм 7 нм. В этом исследовании мы используем молекулярную полотно 310 полнометражных внутренних ТПМ, 24 ТПМ полнометражные составляющие левой и правой границы, и 28 половинной длины ТПМ, образующие верхние и нижние границы. Холст имеет 24 двойных спиралей ДНК, связанные с кроссоверов, и каждый спираль содержит 28 витков спирали (294 оснований) и, следовательно, называют24H × 28T прямоугольной холсте. 24H × 28T холсте имеет молекулярную массу, аналогичную из ДНК-оригами структуры, созданной из фага М13 эшафот.

протокол

1. ДНК последовательность дизайн

1. Используйте программное обеспечение UNIQUIMER ²⁷ проектировать SST-конечное структуру, указав количество двойных спиралей, длин верхней и нижней спирали для каждой двойной спирали, и образец кроссовера создать 24H × 28T холсте. После определения этих параметров, общая архитектура (нить состав и расположение комплементарность) показано графически в программе.
2. Создание последовательностей для нитей заданной структуры для удовлетворения расположение дополнительности и дополнительные требования (если таковые имеются). Дизайн последовательностей ДНК путем минимизации симметрию последовательности ²⁸ (для большинства структур).
   1. Создание нуклеотидов (А, С, G и T) случайным образом по одному.
   2. Соответствие нуклеотиды, комплементарные тем, генерируется по правилу спаривания оснований: Т и наоборот; С до G, и наоборот.
   3. Не используйте повторяющиеся сегменты за восемь или девять нуклеотидов. Когда такой представительесть сегменты появляются во время проектирования, мутировать наиболее недавно сформированные нуклеотидов до требование повторения сегмента не выполняется.
   4. Не используйте четыре последовательных A, C, G или Т баз.
   5. Используйте предварительно указанные нуклеотиды в точках одноцепочечных сцепления (например Т и G, как двадцать первой и двадцать второй нуклеотидов, соответственно, для большинства из нитей), чтобы избежать скольжения баз вокруг точек сцепления (например, если оба двадцать первого и двадцать второй нуклеотиды были T, это было возможно для двадцать первого нуклеотида связываться с нуклеотида, что двадцать второй нуклеотид должен связываться с).
3. Изменение последовательности ДНК вручную стрептавидин маркировки, трансформации прямоугольников в пробирки, формирование различных прямоугольников и труб в различных масштабах, и для предотвращения агрегации, вызванной подверженных доменов на SST.
   1. Заменить открытые домены на границе молекулярной холсте с поли-Т TRACTS.
   2. Для стрептавидин- маркировки, дизайн сегменты ручку (дополнительную сегмента добавляется в компонент цепи, которые могут связываться с комплементарной коллегой, такие как анти-ручки нити) такие, что они могут разместиться анти-ручки прядь с 3 'модификации биотина.
   3. Для превращения прямоугольника в трубку, удалить верхние и нижние строки из прямоугольника и вставить новую строку которого ТПМ есть определенный взаимодополняемости в соответствующих плитки на второй верхней строке и второй нижней строке.
   4. Для открытой одноцепочечной области различных форм, заменить поли-Т сегментов 10-11 нуклеотидов длиной, или покрытия с защитой кромок, которые являются комплементарными к открытой области, и заканчиваться 10-11 нуклеотидов длинных сегментов поли-T.

2. Подготовка молекулярной Canvas

1. Получить компонент нити ДНК указанных последовательностей, растворенных в РНКазы свободной воды из oligonucleotiде производителем в V нижних 96-луночных с олигонуклеотидов, синтезированных на 10 нмоль шкале со стандартным обессоливания. Центрифуга также пластины 96 с нитями ДНК примерно за 10 с при 600 х г.
   1. Пипетка 1 мкл из каждой из лунок с 362 нитей ДНК для 24H × 28T прямоугольника (фиг.3А) при 100 мкМ на нити (производитель спецификации) в 2 мл пробирку. Добавить 138 мкл дистиллированной деионизированной Н ₂ О в 2 мл пробирку с получением концентрированного раствора в нити смеси в концентрации 200 нМ в цепи.
2. Добавьте 50 мкл 200 нМ маточный раствор из нитей смеси 10 мкл 10X буфера А отжига (50 мМ Трис, рН 7,9, 10 мМ ЭДТА, 250 мМ MgCl _2), и 40 мкл дистиллированной деионизированной Н ₂ O до 0,2 мл ПЦР трубки. Это делает 100 мкл пробы молекулярного холста в 1X отжига буфера А (5 мМ Трис, рН 7,9, 1 мМ ЭДТА, 25 мМ MgCl _2).
3. Отжига SAMPLе течение 17 ч в термоциклере охлаждения от 90 ° С до 25 ° С. Программа термоциклер следующим образом: снижает частоту от 90 ° C до 61 ° C с постоянной скоростью 5 мин на ° C; снижает частоту от 60 ° C до 25 ° C с постоянной скоростью в течение 20 мин на ° C; и инкубируют при 4 ° С, пока образец не может быть выведен из термоячейке.
4. Приготовьте родной 2% агарозном геле.
   1. Мера 2,4 г агарозы в 600 мл химический стакан. Добавить 120 мл 0.5X TBE буфере (44,5 мМ Трис-борат, рН 8,3, 1 мМ ЭДТА) и 30 мл дистиллированной деионизированной воды в химический стакан.
   2. Микроволновая печь в течение 3 мин (или 40 - 60 сек более после кипячения). Пополнение потери воды при испарении путем добавления 30 мл воды, что помогает поддерживать концентрацию агарозы в геле на уровне 2%.
   3. Вихревой содержимое стакана в течение 1 мин в бане с холодной водой. Добавить 1 мл 1,2 М MgCl ₂ (чтобы концентрацию 10 мМ MgCl ₂ в геле) и предварительно окрасить гель остроумиеH 6 мкл SYBR безопасной красителя (1: 20000).
   4. Вылейте гель решение в коробке сухой гель и вставьте 1,5 мм 12 а гель-электрофореза гребень. Дают раствору затвердеть в течение 15 - 30 мин на ровной платформе.
   5. Налейте гель рабочего буфера (44,5 мМ Трис-борат, рН 8,3, 1 мМ ЭДТА, и 10 мМ MgCl ₂₎ в коробку геля. Нагрузка 2 - 3 мкл 1 кб ДНК лестницы в лунку агарозном геле. Смешайте 4 мкл 6X бромфенолового синего красителя (0,25% бромфенолового синего, 5 мМ Трис, 1 мМ ЭДТА, 10 мМ MgCl ₂ и 30% глицерина) с 20 мкл образца молекулярной холста и загрузить решение в другой скважине агарозном геле.
5. Запуск родной 2% агарозном в течение 2 ч при 100 V в бане с ледяной водой (бромфенола синего, показанном на синий, работает быстрее, чем компонент нитей, так что может служить индикатором, что если 2 ч время работы уместно).
6. Изображение геля с использованием сканера гель с соответствующим фильтром для SYBR безопасной пятна (фиг.2В ).
7. На синего света трансиллюминаторе, вырезать доминирующую группу с аналогичным мобильности полосы 1500 пар оснований 1 кб ДНК лестницы, используя острый чистый лезвие. Поместите нужный кусок геля (ы) в колонке спина, а затем разгромить гель на мелкие части, используя микропробирку пестик. Центрифуга при 438 мкг в течение 3 мин при 4 ° С.
8. Измерить концентрацию ДНК с использованием ультрафиолетового спектрофотометра при длине волны 260 нм.
   1. Используйте 2 мкл сверхчистой ДНКазы / РНКазы дистиллированной воды, заготовка для калибровки машины.
   2. Использование эквивалентный объем собранного образца из колонки спина, чтобы получить оценку концентрации ДНК. Измеренное значение концентрации ("" = нг / мкл), полученные при УФ поглощению на длине волны 260 нм поможет определить коэффициент разбавления для АСМ и ПЭМ изображения.
   3. Преобразование измеренной концентрации от "а" (нг / мкл), чтобы "б" (нМ) после б = × 10 ⁶ / (330 &# 215; число нуклеотидов).
      Примечание: Молекулярная масса нуклеотида 330 г / моль. Рассчитывается молярное значение концентрации будет определить коэффициент разбавления для АСМ и ПЭМ изображений. Как в случае с 24H × 28T прямоугольника, общая измерения для очищенной пробы составляет около 10 - 60 нг / мкл. В число нуклеотидов для такой структуры 14616 Да, молярная концентрация составляет примерно 2 - 12 нм. Конечная концентрация определяется выходом сбора (~ 20 - 50%) от центрифугирования и объема полосы гель вырезали (чем больше объем, тем более разбавленной очищенного образца).

3. Атомно-силовая микроскопия изображений

1. Лупиться слюду, прикрепленный к металлической образец диска с помощью скотча, чтобы получить плоскую поверхность и поместите образец диска на этапе визуализации.
2. Добавить 40 мкл 1X буферного отжига А затем 5 мкл (2 - 5 нм) очищенного образца 24H × 28Tпрямоугольник на свежем сколе слюды. Разрешить смесь урегулировать в течение примерно 2 мин.
3. Установите АСМ нитрида кремния кантилевера чип на держатель кантилевера. Используйте треугольный наконечник C (резонансную частоту, F ₀ = 40 - 75 кГц; пружины K = 0,24 Нм ^-1) для визуализации.
4. Изображение образец в режиме жидкости разговоров. Используйте следующие параметры изображения для сканирования: сканирование размер 2 мкм, 1024 линий для разрешения, и скорость сканирования 0,5 - 1 Гц (рис 2С).
5. Если необходимо, добавить 10 мкл или более 10 мм раствор NiCl ₂ чтобы повысить прочность ДНК-связывающего слюды ^29.

4. Подготовка проб для маркировки Стрептавидином

1. Вручную дизайн 24H × 28T прямоугольника таким образом, что ручка пряди на определенных местах включены, чтобы быть дополнением к анти-ручки нитей с модификацией биотином, которые в свою очередь способны связываться с streptavidв частности.
   1. Изменить молекулярную полотно присоединение ", сегмент 3 17 нуклеотидов, состоящую из последовательности нуклеотидов двух (TT) в качестве разделителя и 15 нуклеотидов ручку (GGAAGGGATGGAGGA) к 14 плиток в верхнем ряду и 14 плиток на дне строка прямоугольника (рис 3а) для обозначения границы. Эта последовательность комплементарна 3 'биотин модифицированной анти-ручки нити (TCCTCCATCCCTTCC-биотин).
2. Для внутреннего маркировки, прикрепить 3 "17 нуклеотидов сегмент 8 внутренних плитки и плитки 6 граничных прямоугольника (рис 4а).
   1. Смешайте 28 прядей с ручками (краевой) маркировки с остальными составными прядей 24H × 28T прямоугольника (334 прядей), чтобы сделать 200 нМ маточного раствора. Смешайте 14 прядей с ручками (внутренние маркировки) с остальной частью компонентов прядей 24H × 28T прямоугольника (348 прядей), чтобы получить 200 нМ маточного раствора.
3. Для боundary маркировки, добавить 50 мкл 200 нМ маточный раствор из нитей, 6 мкл 100 мкМ биотина изменены анти-ручки нитей, 10 мкл 10X буфера А отжига и 34 мкл дистиллированной деионизированной водой до 0,1 - 0,2 мл ПЦР пробирки. Конечная концентрация компонента нити 100 нМ, а конечная концентрация анти-биотин ручка модифицированной нить 6000 нМ. Следует отметить, что 28 молекулы анти-биотин обработки модифицированного нити связываются с 24H × 28T прямоугольника так анти-биотин обработки модифицированного нити превышает 100%, чтобы сделать связывание благоприятным.
4. Для внутреннего маркировки, добавить 50 мкл 200 нМ маточный раствор из нитей, 3 мкл внутреннего анти-биотин обработки модифицированного нити на 100 мкм, 10 мкл 10-кратного буфера А отжига, 37 мкл дистиллированной деионизированной водой до 0,1 - 0,2 мл ПЦР пробирки. Конечная концентрация компонента нити 100 нМ, а конечная концентрация анти-биотин ручкой modifi ред прядь 3000 нМ. Обратите внимание, что 14 молекул анти-ручка биотин изменены нити связываются с 24H × 28T прямоугольника так анти-биотин обработки модифицированной цепи превышает 100%, чтобы сделать обязательным благоприятным.
5. Отжиг образцов в обе термоциклере в течение 17 ч, используя шаги, описанные в разделе 2.3.
6. Приготовьте родной 2% агарозном геле, как описано в шагах 2,4.
7. Очищают как образцы, как описано в шагах 2.5.
8. Измерьте концентрации желаемых структур ДНК, как описано в шагах 2.6.

5. Атомно-силовая микроскопия Для Стрептавидином маркировки

1. Изображение каждый образец с использованием АСМ, как описано в шаге 3 (фиг.3В и 4В).
2. После первого раунда изображений, добавить 40 мкл 1X буферного отжига А затем 1 мкл стрептавидина на 10 мг / мл в образце. Разрешить смесь урегулировать в течение примерно 2 минут до reimaging (цифры 3C и 4C).

_title "> 6. Преобразование прямоугольника в трубку

1. Для разработки трубку на основе прямоугольника, сохранить все составные ТПМ в месте, за исключением верхней и нижней строк. Введение новой строки которого ТПМ разработаны путем конкатенации верхние и нижние половины плитки их соответствующих столбцов с образованием циклического исходного прямоугольника в трубку конформации (фиг.5А).
2. Смешайте новую строку нитей (14 прядей) с составных прядей 24H × 28T прямоугольника исключением верхних и нижних рядов (336 прядей), чтобы получить 200 нМ маточного раствора.
3. Следуйте очистка гель шаги 2.2 - 2.7 (рис 5б).

7. Трансмиссия электронный микроскоп изображений

1. Взвешивают 0,06 г формиата уранила в 3 мл дистиллированной воды, чтобы приготовить 2% -ного водного раствора формиата уранила пятен. Фильтр 2% водный формиат уранила пятна раствора с использованием 0,2 мкм фильтр, прикрепленный к шприцу.
   1. Добавьте 5 мкл5 N NaOH до 1 мл отфильтрованного раствора красителя. Кратко вихрь решение и центрифуги при 20000 х г.
2. Тлеющего разряда углеродных покрытием сетки (сторона с покрытием вверх) со следующими настройками: 25 мА, 45 с, 0,1 мбар, и отрицательной полярности высокого напряжения.
3. Используйте самозакрывающиеся щипцы, чтобы захватить свечение разрядника обработанную сетку от края.
4. Внесите 3,5 мкл образца на сетке в течение 4 мин. Используйте кусок фильтровальной бумаги впитывать от образца путем приведения фильтровальную бумагу в контакте с сеткой со стороны.
5. Сразу добавить 3,5 мкл окрашивающим раствором на сетке в течение 1 мин.
6. Фитиль от пятна, как в 7.4 и удерживайте фильтровальную бумагу против сетки за 1 - 2 мин.
7. Перевести сетку в ТЭМ держателя образца и изображения, используя JEOL JEM-1400 работает при 80 кВ с увеличением в диапазоне от 10 К до 80 К (рис 5C).

8. Построение произвольных форм Использование MoleculAR Холст

1. Определить форму и выбрать нити, которые соответствуют форме на молекулярном холсте. Для треугольной формы, например, выбрать 206 OUT 362 прядей для молекулярной холсте.
2. Заменить подвергается домен (то есть, вдоль гипотенузы треугольника) с сегментом поли-T 10 - 11 нуклеотидов (конструкции 1 на фиг.6А), или добавить ребро протектора, комплементарную к открытой области, и завершить его с 10 - 11 нуклеотидов длиной поли-Т сегмент (конструкция 2 на рис 6A) для предотвращения агрегации.
   ПРИМЕЧАНИЕ: Просто отжига SSTs, которые соответствуют пикселям треугольника (без использования протектор пряди) приведет к агрегации и образованию отдельной не группы продукции на геле. Используйте дизайн край протектор для различных форм, как это эффективно более ресурсов; она требует только четырех дополнительных наборов нитей (рис 6в) по сравнению с 14 дополнительных наборов в дизайне замены (фигуре 6В).
3. Создать нити библиотеки для 310 пикселей молекулярной холсте, который включает в себя базовый набор (362 SST холст), набор 1 * (краевые протекторы, которые связываются с доменом 1 из SST), набор 2 * (краевые протекторы, которые связываются с доменом 2 из SST), набор 3 * (краевые протекторы, которые связываются с доменом 3 в SST), и набор из 4 * (краевые протекторы, которые связываются с доменом 4 в SST), чтобы дать в общей сложности 1344 края покровителей.
4. Центрифуга также пластины 96 для различных наборов для примерно 10 сек. Пипеткой из желаемых нити из пластин для того, чтобы сделать исходный раствор для определенной формы.
   1. Для форме треугольника с защитой кромок, пипетки 1 мкл 206 прядей из основного набора, 0 из множества 1 *, 0 из множества 2 *, 0 из множества 3 * и 24 прядей из множества 4 * в 2 мл центрифуге труба. Добавьте 20 мкл дистиллированной деионизированной воды к трубке, чтобы сделать 400 нм исходного раствора из цепей ДНК.
5. Добавьте 50 мкл 400 нМ маточного раствора ДНК Стра NDS, 10 мкл 10X буфера В отжига (50 мМ Трис, рН 7,9, 10 мМ ЭДТА, 125 мМ MgCl ₂₎ и исходный раствор 40 мкл дистиллированной деионизированной Н ₂ O до 0,2 мл ПЦР-пробирку. Это делает 100 мкл пробы треугольника в 1X отжига буфера В (5 мМ Трис, рН 7,9, 1 мМ ЭДТА, 12,5 мМ MgCl ₂₎ с нитей в концентрации примерно 200 нм в цепи.
6. Отжиг смеси в термоциклере в течение 17 ч, как описано в шаге 2.3.
7. Приготовьте родной 2% агарозном геле, как описано в шаге 2.4.
8. Очищают образец, как описано в шаге 2.5.
9. Измерить концентрацию ДНК, как описано в шаге 2.6.
10. Изображение образец под АСМ, как описано в шаге 3 (рис 7С и 7D).
11. Выберите и смешайте пряди для различных форм с помощью той же библиотеки нитей. Отжига различные решения и объединить очищенные образцы различных форм, чтобы сэкономить время АСМ.

jove_title "> 9 Дополнительно:. Робот автоматизации дизайн формы и жидких Смешивание

1. Использование программы пользовательского MATLAB, чтобы помочь конструкцию сложной формы.
2. Использование программного обеспечения для доставки инструкции в виде последовательности пипетирования к обработчику робота жидкости. Используйте жидкий обработчик робота, чтобы выбрать и смешать нити, которые составляют целевую форму.
   ПРИМЕЧАНИЕ: дизайн Форма и прядь смешивания был автоматизирован, чтобы уменьшить человеческие ошибки и сделать строительство менее трудоемким.

10. Прямоугольники и трубы в различных масштабах

1. Построить различных размеров прямоугольников (рисунок 10), просто изменяя число параллельных спиралей (H) и число витков спирали (Т).
2. Следуйте шаг 3 для конкретного размера прямоугольника.
3. Следуйте шаг 6 для конкретного размера трубы.

Результаты

Самосборка ТПМ (рисунок 1) даст 24H × 28T прямоугольника, как показано на рисунке 2. Последовательности ДНК для различных ТПМ могут быть изменены / оптимизированы для того, чтобы стрептавидин маркировку (рисунок 3 и 4), преобразование прямоугольник в трубо...

Обсуждение

На стадии формирования структуры, важно поддерживать соответствующую концентрацию катионов магния (например., 15 мМ) в цепи ДНК смеси самосборке ДНК-наноструктур. Аналогичным образом, на стадии агарозном геле характеристика / очистки, важно, чтобы соответствующее концентрацию кат?...

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
DNA Strands	Integrated DNA Technology		Section 3.1
SYBR Safe DNA gel stain	Invitrogen	S33102	Section 3.4.2
Freeze'N Squeeze DNA Gel Extraction Spin Columns	BIO-RAD	731-6166	Section 3.6
Bruker's Sharp Nitride Lever Probes	Bruker AFM Probes	SNL10	Section 4.3
Safe Imager 2.0 Blue Light Transilluminator	Invitrogen	G6600	Section 3.6
Centrifuge 5430R	Eppendorf	5428 000.414	Section 3.6
Transmission Electron Microscope	Jeol	Jem 1400	Section 7.4
Multimode 8	Veeco		Section 4
Typhoon FLA 9000 Laser Scanner	GE Heathcare Life Sciences	28-9558-08	Section 3.5
Ultrapure Distilled water	Invitrogen	10977-023	Section 3.7.1
Mica disk	SPI Supplies	12001-26-2	Section 4.1
Steel mounting disk	Ted Pella, Inc.	16218	Section 4.1
carbon coated copper grid for TEM	Electron Microscopy Sciences	FCF400-Cu	Section 7.2
tweezers	Dumont	0203-N5AC-PO	Section 7.31
glow discharge system	Quorum Technologies	K100X	Section 7.2
DNA Engine Tetrad 2 Peltier Thermal Cycler	BIO-RAD	PTC–0240G	Section 3.3
Owl Easycast B2 Mini Gel Electrophoresis Systems	ThermoScientific	B2	Section 3.4.3
Seekam LE Agarose 500G	Lonza	50004	Section 3.4.1
GeneRuler 1kb Plus DNA Ladder, Ready-To-Use 75-20000bp	ThermoScientific	SM1333	Section 3.4.4
Nanodrop 2000c UV-vis Spectrophotometer	ThermoScientific		Section 3.7
0.2 um filter	Corning Inc.	431219	Section 7.1.2