JoVE Logo
АВТОРЫ
СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ

Войдите в систему

Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.

В этой статье

  • Резюме
  • Аннотация
  • Введение
  • протокол
  • Результаты
  • Обсуждение
  • Раскрытие информации
  • Благодарности
  • Материалы
  • Ссылки
  • Перепечатки и разрешения

Резюме

Описано здесь протокол для изучения взаимодействия между эндобиотики и кишечника человека микробиоты с использованием in vitro пакетных систем брожения.

Аннотация

Микроорганизмы кишечника человека в последнее время стали важной целью исследований в области укрепления здоровья человека и профилактики заболеваний. Следовательно, исследования взаимодействия между эндобиотиками (например, препаратами и пребиотиками) и микрофлорой кишечника стали важной темой исследования. Тем не менее, эксперименты in vivo с человеческими добровольцами не являются идеальными для таких исследований из-за биоэтики и экономических ограничений. В результате, животные модели были использованы для оценки этих взаимодействий in vivo. Тем не менее, исследования моделей на животных по-прежнему ограничены соображениями биоэтики, в дополнение к различным композициям и разнообразию микробиоты у животных по сравнению с людьми. Альтернативной стратегией исследования является использование пакетных экспериментов брожения, которые позволяют оценить взаимодействия между эндобиотиками и кишечной микробиотой in vitro. Для оценки этой стратегии, бифидобактерии (Bif) экзополисахариды (EPS) были использованы в качестве представителя ксенобиотик. Затем взаимодействия между Bif EPS и микрофлорой кишечника человека были исследованы с помощью нескольких методов, таких как тонкослойная хроматография (TLC), бактериальный композиционный анализ сообщества с 16S rRNA гена высокой пропускной способности секвенирования, и газовой хроматографии короткоцепочечных жирных кислот (СКФО). Представлен протокол для изучения взаимодействия между эндобиотики и кишечной микрофлоры кишечника человека с использованием in vitro пакетных ферментации систем. Важно отметить, что этот протокол также может быть изменен для изучения общих взаимодействий между другими эндобиотиками и кишечной микробиотой.

Введение

Микробиота кишки играет важную роль в функционировании кишечника человека и в здоровье хозяина. Следовательно, кишечная микробиота в последнее время стали важной мишенью для профилактики заболеваний и терапии1. Кроме того, кишечные бактерии взаимодействуют с клетками кишечника и регулируют фундаментальные процессы пребывания, включая метаболическую деятельность, наличие питательных веществ, модуляцию иммунной системы и даже функцию мозга и принятие решений2,3 . Эндобиотики обладают значительным потенциалом для влияния на бактериальный состав и разнообразие кишечной микробиоты. Таким образом, взаимодействие между эндобиотиками и микрофлорой кишечника человека привлекло все большее внимание к исследованиям4,5,6,7,8,9.

Трудно оценить взаимодействие между эндобиотиками и микрофлорой кишечника человека in vivo из-за биоэтики и экономических ограничений. Например, эксперименты, исследующие взаимодействие между эндобиотиками и микрофлорой кишечника человека, не могут быть проведены без разрешения Управления по контролю за продуктами и лекарствами, а набор добровольцев обходится дорого. Следовательно, животные модели часто используются для таких исследований. Тем не менее, использование моделей животных ограничено из-за различных композиций микробиоты и разнообразия в животных против человека связанных общин. Альтернативный метод in vitro для изучения взаимодействий между эндобиотиками и микрофлорой кишечника человека — это использование экспериментов по пакетной культуре.

Экзополисахариды (EPS) являются пребиотиками, которые вносят значительный вклад в поддержание здоровья человека10. Различные EPS, которые состоят из различных моносахаридных композиций и структур могут проявлять различные функции. Предыдущие анализы определили состав Bif EPSs, которые являются репрезентативными ксенобиотами, предназначенными в текущем исследовании11. Однако связанные с хост метаболическими эффектами не были учтены в отношении состава и разнообразия EPS.

В описанном здесь протоколе используется фекальная микробиота от 12 добровольцев для брожения Bif EPS. Тонкослойная хроматография (TLC), ген 16S rRNA высокой пропускной способности секвенирования, и газовая хроматография (ГК) затем используются в комбинации для исследования взаимодействий между ЭПС и микрофлоры кишечника человека. Отличительными преимуществами этого протокола по сравнению с экспериментами in vivo являются его низкая стоимость и избегание вмешательства в обмен веществ хозяина. Кроме того, описанный протокол может быть использован в других исследованиях, которые исследуют взаимодействия между эндобиотиками и микрофлорой кишечника человека.

протокол

Этот протокол следует руководящим принципам комитета по этике Хунаньского университета науки и инженерии (Хунань, Китай) и Университета Чжэцзян Гуншань (Чжэцзян, Китай).

1. Подготовка бактерий

  1. Приготовление бифидобактерий среднего бульона
    1. Смешайте следующие компоненты в 950 мл дистиллированной воды: экстракт мяса, 5 г/л; дрожжевой экстракт, 5 г/л; казеин пептон, 10 г/л; соевого, 5 г/л; глюкоза, 10 г/л; K2HPO4, 2.04 г/l; MgSO47H2O, 0,22 г/л; MnSO4. Н20, 0,05 г/л; NaCl, 5 г/л; Твина 80, 1 мл; соляной раствор, 40 мл (CaCl2.2H2O, 0.25 г/л; KH2PO4, 1 г/л; NaHCO3, 10 г/л; NaCl, 2 г/л); и резазурин, 0,4 мл (2,5 мг/л). Отрегулируйте рН до 6,8 с 2 M NaOH.
    2. Автоклав при температуре 121 градусов по Цельсию в течение 15 мин и дайте бульону остыть до комнатной температуры (RT) при анаэробных условиях (10% Н2,10% CO2,80% N2). Добавьте к среде фильтрованные цистеин-HCl (0,5 г/л) и мупироцин (5 мг/л).
  2. Добавьте аликот (50 л) замороженного Бифидобактерии в культурную трубку с 5 мл бифидобактерий среднего бульона в анаэробных условиях, затем культуру в анаэробном инкубаторе на 24 ч при 37 градусах Цельсия.

2. Подготовка бифидобактериальных EPS

  1. Подготовка PYG агар-среды
    1. Смешайте следующее: пептон, 20 г/л; дрожжевой экстракт, 10 г/л; глюкоза, 5 г/л; NaCl, 0.08 г/л; CaCl2, 0.008 г/л; MgSO47H2O, 0,008 г/л; K2HPO4, 0.04 г/l; KH2PO4, 0.04 г/l; NaHCO3, 0,4 г/л; агар, 12 г/л. Отрегулируйте рН до 7,2 с помощью 10 М НаОХ.
    2. Автоклав средств массовой информации при 121 градусах по Цельсию в течение 15 мин и охладить до 50 градусов по Цельсию. Затем, на 1 л среднего, добавить 0,5 мл фильтр-стерилизованного витамина K1 раствор (1 г витамина К1 растворенный в 99 мл 99% этанола), 5 мл раствора гемина (0,5 г гемина, растворенного в 1 мл 1 мл/л NaOH , затем доведено до 100 мл с дистиллированной водой, и 0,5 г цистеина-HCl.
    3. Перед заливкой пластин PYG добавьте в среду фильтр-стерилизованный 5-бромо-4-хлоро-3-индорил к-Д-галактопиранозид (X-Gal, 0,06 г/л), LiCl'3H2O (5,7 г/л) и мопироцин (5 мг/л).
      ПРИМЕЧАНИЕ: X-Gal и LiCl.3H2O позволяют идентифицировать колонии B. longum на плитах через изменения окраски.
  2. Прививать 20 зл b. longum штаммов (шаг 1.2) к PYG пластин и поместить в анаэробный инкубатор при 37 градусах по Цельсию для 72 ч.
  3. Соберите слизистые бактериальные колонии из пластин PYG с помощью взвешивания совок, а затем полностью resuspend в 10 мл фосфат-буфера солей (PBS) с помощью вихря осциллятор.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Бактериальные и EPS смеси должны быть полностью приостановлены вихрем или пипетки вверх и вниз неоднократно, пока волокна полностью растворяются в PBS.
  4. Centrifuge подвески на 6000 х г в течение 5 мин.
  5. Тщательно перенесите супернационты в новую центрифугу и полностью перемешайте с тремя томами холодного 99% этанола путем повторной инверсии и смешивания.
  6. Centrifuge смесь на 6000 х г в течение 5 мин и полностью удалить супернациантов.
  7. Удалите осадки из центрифуговых трубок путем соскабливания и сушки экстрактов EPS на ночь с помощью вакуума скорости.

3. Подготовка ферментации среды

  1. Подготовка базовой культуры среднего VI
    1. Смешайте следующее: пептон, 3 г/л; триптон, 3 г/л; дрожжевой экстракт, 4,5 г/л; муцин, 0,5 г/л; желчные соли No 3, 0,4 г/л; Накл, 4,5 г/л; КЛ, 2,5 г/л; MgCl2No6H2O, 4,5 г/л; 1 мл Tween 80; CaCl2.6H2O, 0.2 g/l; KH2PO4, 0,4 г/л; MgSO4No7H2O, 3.0 г/л; MnCl2No4H2O, 0,32 г/л; FeSO47H2O, 0,1 г/л; CoSO47H2O, 0,18 г/л; CaCl22H2O, 0,1 г/л; NSO4No7H2O, 0,18 г/л; CuSO4No5H2O, 0,01 г/л; и NiCl2No6H2O, 0,092 г/л. Отрегулируйте рН до 6,5 с 1 М HCl.
    2. Приготовьте гемин и цистеин, как это делается в разделе 2.1 и добавить после автоматического и охлаждения.
  2. Подготовьте культурные носители, содержащие различные источники углерода, с помощью носителя VI базы. Перед автоклавированием добавьте 8 г/л волокон Bif EPS в средний VI, состоящий из группы ВИЗБиф. Кроме того, добавьте 8 г/л крахмала к среднему VI, чтобы представлять группу ВИЗ крахмал. Наконец, средний VI без добавления источника углерода используется в качестве элемента управления (группа VI).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Bif EPS и крахмал сначала растворяются в горячей воде с помощью магнитного агитатора, а затем смешиваются с подготовленным VI средой.
  3. Автоклав все носители при 121 градусов по Цельсию в течение 15 минут и дайте охладиться на RT.
  4. Передача подобразца (5 мл) каждой среды в культуры труб в анаэробных инкубатор, и хранить оставшиеся носители на 4 кв. c.

4. Подготовка образца фекального образца человека

  1. Соберите свежие образцы фекалий сразу же после свежей дефекации от здоровых взрослых добровольцев человека с помощью кала контейнеры, а затем использовать для подготовки шлама.
    ПРИМЕЧАНИЕ: До сбора образцов, все добровольцы должны быть проверены, чтобы обеспечить не прием антибиотиков, пробиотиков или пребиотических методов лечения, по крайней мере 3 месяца до пожертвование образцов. Кроме того, все доноры должны предоставить информированное письменное согласие.
  2. Перенесите свежий фекальный образец (1 г) до 10 мл от 0,1 м анаэробных PBS (pH 7.0) в стеклянные стаканы, а затем используйте стеклянные стержни для приготовления 10% (w/v) шлама.
  3. Используйте сито 0,4 мМ для фильтрации фекальной суспензии. Затем используйте подобразие фильтрованной суспензии для проведения экспериментов по брожению парочной культуры, а оставшуюся часть хранится при -80 градусов по Цельсию для дальнейшего анализа.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Шаги 4.2-4.3 проводятся в анаэробной камере.

5. Брожение партии in vitro

  1. Добавьте отфильтрованную фекальную суспензию (500 кв.м), к среде брожения, приготовленной в шаге 3.2 в анаэробной камере, затем инкубацию при 37 градусах Цельсия.
  2. Соберите 2 мл ферментированных образцов при 24 ч и 48 ч в анаэробной камере, а затем центрифуге за пределами камеры при 6000 х г в течение 3 мин.
  3. Тщательно перенесите супернационты в новую центрифугу, которая будет использоваться для анализа полисахаридной деградации и короткоцепочечных жирных кислот (СКФА).
  4. Храните центрифугивальные гранулы при -80 градусах Цельсия и впоследствии используйте для экстракции геномной ДНК бактериальной.

6. Деградация EPS человеческой фекальной микробиотой

  1. Загрузите 0,2 л ферментированных супернатантов на предварительно покрытые кремнезема гель-60 TLC алюминиевые пластины, а затем высушить с помощью сушилки для волос.
  2. Разработка пластин в 20 мл раствора для формичной кислоты/н-бутанола/воды (6:4:1, v:v:v) и высушите с помощью сушилки для волос.
  3. Замочите пластины в реагент орцинола красить, а затем высушить с помощью сушилки для волос.
    1. Подготовка реагентов орцинола путем растворения 900 мг лихенола в 25 мл дистиллированной воды, а затем добавить 375 мл этанола. Впоследствии концентрированную серную кислоту следует медленно добавлять и тщательно смешивать раствор.
  4. Нагрейте пластины при температуре 120 градусов по Цельсию в течение 3 мин в печи для выпечки и оценить деградацию EPS путем измерения полос TLC.

7. Влияние EPS на кишечную микробиоту кишечника человека

  1. Заморозка-оттепель оригинальные фекальные образцы, подготовленные в шаге 4.3 и ферментированных образцов, подготовленных в шаге 5.4.
  2. Извлеките бактериальную геномную ДНК (gDNA) из всех образцов с помощью комплекта для удаления геномной геномной ДНК стула в соответствии с инструкциями производителя.
  3. Определить концентрации ДНК, его цельности и распределение размеров с помощью микроспектрофотометра и электрофорасиса агар-геля.
  4. Проведение ПЦР бактериальных генов 16S rRNA из извлеченных гДНК с использованием следующих ранее описанных вперед и обратных грунтовок12:
    -форвард праймер (штрих-код грунт 338F): ACTCCTACGGGAGGCAGCA
    -Обратная грунтовка (806R): GGACTACHVGGGTWTCTAAT
    Используйте следующие условия теплового цикла:
    1. 94 кК в течение 5 мин.
    2. 94 градуса по Цельсию на 30 с.
    3. 55 градусов по Цельсию на 30 с.
    4. 72 кК в течение 1 мин.
    5. Повторите 2-4 для 35 циклов
    6. 72 кК в течение 5 мин.
    7. 4 градуса по Цельсию удерживайте до снятия с теплового велосипедиста.
  5. Проведение высокой пропускной способности продуктов ПЦР в компании по секвенированию ДНК с использованием ультра-высокой пропускной способности микробного анализа сообщества.
  6. Получить чистые, высококачественные последовательности с помощью количественных исследования в микробной экологии (ЦИИМЕ) последовательности анализа трубопровода13.
  7. Определите операционные таксономические единицы (OTUs) для 16S rRNA генных последовательностей с более чем 97% нуклеотидного сходства с помощью биоинформатики инструментов, таких как Mothur программного обеспечения Suite14.
  8. Выберите репрезентативную последовательность из каждого OTU и используйте классификатор RDP вместе с таксономической базой данных SILVA для классификации репрезентативных последовательностей15.
  9. Рассчитайте охват Гуда, альфа-метрики разнообразия (включая индекс Симпсона и Шеннона) и богатство (наблюдаемое количество OTUs) с помощью инструментов биоинформатики16.

8. Влияние EPS на производство SCFA кишечной микробиотой человека

  1. Добавьте ферментированные супернацианты (1 мл), приготовленные в ступенчатые центрифуги от 5,3 до 2 мл.
  2. Добавьте 0,2 мл 25% метафосфорной кислоты в каждый из образцов и тщательно перемешайте растворы путем вихря.
  3. Centrifuge смеси на 13000 х г в течение 20 минут и передать супернационты на свежие трубки.
  4. Одновременно, подготовить решения 120 мМ уксусных, пропионических, бутидровых, изобутырикных, валериковых и изовалеральных кислот. Затем добавьте 1 мл каждой подготовленной кислоты до 1,2 мл 25% метафосфорной кислоты и используйте в качестве стандартных коктейлей.
  5. Фильтр улики образцов с помощью мембраны 0,22 мкм.
  6. Обнаружение концентраций SCFA с использованием высокопроизводительной газовой хроматографии в соответствии с ранее описанными протоколами11,17.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Для газовой хроматографии (ГК) используется колонка InertCap FFAP (0,25 мМ х 30 м х 0,25 мкм). Затем концентрации SCFA количественно очисляются на основе пиковых областей с использованием одноточечного внутреннего стандартного метода в пакете программного обеспечения GC Solution.

Результаты

Производство слизистой ОБОЛОЧКи может наблюдаться в B. longum культур на PYG пластин после анаэробной инкубации для 72 ч (рисунок1A). Центрифугация культуры царапин, а затем этанола осадков и высыхания, привело к сбору целлюлозы, как EPS (Рисунок 1B). Сушеные EPS...

Обсуждение

За последнее десятилетие был достигнут значительный прогресс в понимании состава и деятельности микрофлоры кишечника человека. Как следствие этих исследований, концепция голобиона возникла, которая представляет собой взаимодействие между хостом и связанных с ними микробных сообщес...

Раскрытие информации

Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов. Цифры были приведены в Инь и др. 11.

Благодарности

Это исследование было профинансировано Национальным фондом естественных наук Китая (No 31741109), Фондом естественных наук Хунаня (No 2018JJ3200), а также программой строительства прикладной характерной дисциплины в Хунаньском университете науки и техники. Мы благодарим LetPub (www.letpub.com) за лингвистическую помощь в подготовке этой рукописи.

Материалы

NameCompanyCatalog NumberComments
0.22 µm membrane filtersMilliporeSLGP033RBUse to filter samples
0.4-mm SieveThermo Fischer308080-99-1Use to prepare human fecal samples
5-bromo-4-chloro-3-indolyl β-D-galactopyranoside (X-Gal)SolarbioX1010Use to prepare color plate
AceticSigma-Aldrich71251Standard sample for SCFA
AgarSolarbioYZ-1012214The component of medium
Anaerobic chamberElectrotek AW 400SGBacteria culture and fermentation
AutoclaveSANYOMLS-3750Use to autoclave
Bacto soytoneSigma-Aldrich70178The component of medium
Baking ovenShanghai Yiheng Scientific Instruments Co., LtdDHG-9240AUse to heat and bake
Beef ExtractSolarbioG8270The component of medium
Bifidobacterium longum ReuterATCCATCC® 51870™Bacteria
Bile SaltsSolarbioYZ-1071304The component of medium
ButyricSigma-Aldrich19215Standard sample for SCFA
CaCl2SolarbioC7250Salt solution of medium
Capillary columnSHIMADZU-GLInertCap FFAP (0.25 mm × 30 m × 0.25 μm)Used to SCFA detection
Casein PeptoneSigma-Aldrich39396The component of medium
CentrifugeThermo ScientificSorvall ST 8Use for centrifugation
CoSO4.7H2OSolarbioC7490The component of medium
CuSO4.5H2OSolarbio203165The component of medium
Cysteine-HClSolarbioL1550The component of medium
EthanolSigma-AldrichE7023Use to prepare vitamin K1
FeSO4.7H2OSolarbioYZ-111614The component of medium
Formic AcidSigma-Aldrich399388Used to TLC
Gas chromatographyShimadzu CorporationGC-2010 PlusUsed to SCFA detection
Glass beakerFisher ScientificFB10050Used for slurry preparation
GlucoseSolarbioG8760The component of medium
HaeminSolarbioH8130The component of medium
HClSigma-Aldrich30721Basic solution used to adjust the pH of the buffers
IsobutyricSigma-Aldrich46935-UStandard sample for SCFA
Isovaleric AcidsSigma-Aldrich129542Standard sample for SCFA
K2HPO4SolarbioD9880Salt solution of medium
KClSolarbioP9921The component of medium
KH2PO4SolarbioP7392Salt solution of medium
LiCl.3H2OSolarbioC8380Use to prepare color plate
Meat ExtractSigma-Aldrich-Aldrich70164The component of medium
Metaphosphoric AcidSigma-AldrichB7350Standard sample for SCFA
MgCl2.6H2OSolarbioM8160The component of medium
MgSO4.7H2OSolarbioM8300Salt solution of medium
MISEQIlluminaMiSeq 300PE systemDNA sequencing
MnSO4.H20Sigma-AldrichM8179Salt solution of medium
MupirocinSolarbioYZ-1448901Antibiotic
NaClSolarbioYZ-100376Salt solution of medium
NaHCO3Sigma-Aldrich792519Salt solution of medium
NanoDrop ND-2000NanoDrop TechnologiesND-2000Determine DNA concentrations
NaOHSigma-Aldrich30620Basic solution used to adjust the pH of the buffers
n-butanolChemSpider71-36-3Used to TLC
NiCl2Solarbio746460The component of medium
OrcinolSigma-Aldrich447420Used to prepare orcinol reagents
PropionicSigma-Aldrich94425Standard sample for SCFA
QIAamp DNA Stool Mini KitQIAGEN51504Extract bacterial genomic DNA
Ready-to-use PBS powderSangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.A610100-0001Used to prepare the lipid suspension
ResazurinSolarbioR8150Anaerobic Equipment
Speed Vacuum ConcentratorLABCONCOCentriVapUse to prepare EPSs
StarchSolarbioYZ-140602Use to the carbon source
Sulfuric AcidSigma-Aldrich150692Used to prepare orcinol reagents
T100 PCRBIO-RAD1861096PCR amplification
TLC aluminium sheetsMerckMillipore116835Used to TLC
Trypticase PeptoneSigma-AldrichZ699209The component of medium
TryptoneSigma-AldrichT7293The component of medium
Tween 80SolarbioT8360Salt solution of medium
ValericSigma-Aldrich75054Standard sample for SCFA
Vitamin K1Sigma-AldrichV3501The component of medium
Vortex oscillatorScientific IndustriesVortex.Genie2Use to vortexing
Yeast ExtractSigma-AldrichY1625The component of medium
ZnSO4.7H2OSigma-AldrichZ0251The component of medium

Ссылки

  1. Maarten, V. D. G., Blottière Hervé, M., Doré, J. Humans as holobionts: implications for prevention and therapy. Microbiome. 6 (1), 81 (2018).
  2. Allen, A. P., Dinan, T. G., Clarke, G., Cryan, J. F. A psychology of the human brain-gut-microbiome axis. Social and Personality Psychology Compass. 11 (4), e12309 (2017).
  3. Arora, T., Bäckhed, F. The gut microbiota and metabolic disease: current understanding and future perspectives. Journal of Internal Medicine. 280, 39-349 (2016).
  4. Maurice, C., Haiser, H., Turnbaugh, P. Xenobiotics shape the physiology and gene expression of the active human gut microbiome. Cell. 152 (1-2), 39-50 (2013).
  5. Carmody, R. N., Turnbaugh, P. J. Host-microbial interactions in the metabolism of therapeutic and diet-derived xenobiotics. Journal of Clinical Investigation. 124 (10), 4173-4181 (2014).
  6. Lu, K., Mahbub, R., Fox, J. G. Xenobiotics: interaction with the intestinal microflora. ILAR Journal. 56 (2), 218-227 (2015).
  7. Taguer, M., Maurice, C. The complex interplay of diet, xenobiotics, and microbial metabolism in the gut: implications for clinical outcomes. Clinical Pharmacology & Therapeutics. 99 (6), 588-599 (2016).
  8. Anubhav, D., Meenakshi, S., Shankar, G. T., Mande, S. S., Wilson, B. A. Xenobiotic metabolism and gut microbiomes. PLoS One. 11 (10), e0163099 (2016).
  9. Koppel, N., Rekdal, V. M., Balskus, E. P. Chemical transformation of xenobiotics by the human gut microbiota. Science. 356 (6344), 1246-1257 (2017).
  10. Hidalgo-Cantabrana, C., et al. Genomic overview and biological functions of exopolysaccharide biosynthesis in Bifidobacterium spp. Applied and Environmental Microbiology. 80 (1), 9-18 (2014).
  11. Liu, G., et al. Effects of bifidobacteria-produced exopolysaccharides on human gut microbiota in vitro. Applied Microbiology and Biotechnology. , 1-10 (2018).
  12. Tang, R., et al. Gut microbial profile is altered in primary biliary cholangitis and partially restored after UDCA therapy. Gut. 67 (3), 534-541 (2018).
  13. Kuczynski, J., et al. Using QIIME to analyze 16S rRNA gene sequences from microbial communities. Current Protocols in Microbiology. 27 (1), 1-28 (2012).
  14. Hiltemann, S. D., Boers, S. A., van der Spek, P. J., Jansen, R., Hays, J. P., Stubbs, A. P. Galaxy mothur Toolset (GmT): a user-friendly application for 16S rRNA gene sequencing analysis using mothur. GigaScience. , (2018).
  15. Wang, Q., Garrity, G. M., Tiedje, J. M., Cole, J. R. Naïve Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy. Applied and Environmental Microbiology. 73 (16), 5261-5267 (2007).
  16. Schloss, P. D., et al. Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. Applied and Environmental Microbiology. 75 (23), 7537-7541 (2009).
  17. Bai, S., et al. Comparative study on the in vitro effects of pseudomonas aeruginosa and seaweed alginates on human gut microbiota. Plos One. 12 (2), e0171576 (2017).
  18. Zhang, Z., Xie, J., Zhang, F., Linhardt, R. J. Thin-layer chromatography for the analysis of glycosaminoglycan oligosaccharides. Analytical Biochemistry. 371, 118-120 (2007).
  19. Simon, J. C., Marchesi, J. R., Mougel, C., Selosse, M. A. Host-microbiota interactions: from holobiont theory to analysis. Microbiome. 7 (5), (2019).
  20. Postler, T. S., Ghosh, S. Understanding the Holobiont: how microbial metabolites affect human health and shape the immune system. Cell Metabolism. 26 (1), 110-130 (2017).
  21. Kramer, P., Bressan, P. Humans as superorganisms: how microbes, viruses, imprinted genes, and other selfish entities shape our behavior. Perspectives on Psychological Science. 10 (4), 464-481 (2015).
  22. Malfertheiner, P., Nardone, G. Gut microbiota: the forgotten organ. Digestive Diseases. 29 (6), (2011).
  23. Andoh, A. The gut microbiota is a new organ in our body. The Japanese journal of Gastro-Enterology. 112 (11), 1939-1946 (2015).
  24. Mika, A., Van, W. T., González, A., Herrera, J. J., Knight, R., Fleshner, M. Exercise is more effective at altering gut microbial composition and producing stable changes in lean mass in juvenile versus adult male f344 rats. PLoS One. 10 (5), e0125889 (2015).
  25. Hugenholtz, F., de Vos, W. M. Mouse models for human intestinal microbiota research: a critical evaluation. Cellular and Molecular Life Sciences. 75 (1), 149-160 (2018).
  26. Takagi, R., et al. A single-batch fermentation system to simulate human colonic microbiota for high-throughput evaluation of prebiotics. PLoS One. 11 (8), e0160533 (2016).
  27. Ning, T., Gong, X., Xie, L., Ma, B. Gut microbiota analysis in rats with methamphetamine-induced conditioned place preference. Frontiers in Microbiology. 8 (1), 1620 (2017).

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи

Запросить разрешение

Смотреть дополнительные статьи

150in vitro

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Конфиденциальность

Условия эксплуатации

Политика

СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ

РЕКОМЕНДОВАТЬ БИБЛИОТЕКЕ

НОВОСТИ JoVE

Исследования

Образование

АВТОРЫ

Библиотекарь

О JoVE

Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены