Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.
Method Article
Здесь мы описываем метод микроаспирации одной клетки для разделения инфицированных амеб. Для того, чтобы отделить вирусные субпопуляции в Vermamoeba vermiformis, инфицированных faustoviruses и неизвестных гигантских вирусов, мы разработали протокол подробно ниже и продемонстрировали его способность отделить два низкого изобилия новых гигантских вирусов.
Во время процесса кокультуры амебы, более одного вируса могут быть изолированы в одном колодце. Ранее мы решили эту проблему путем разбавления конечных точек и/или флуоресценции активированной сортировки клеток (FACS), применяемой к вирусной популяции. Однако, когда вирусы в смеси имеют схожие морфологические свойства и один из вирусов размножается медленно, наличие двух вирусов обнаруживается на стадии сборки генома и вирусы не могут быть разделены для дальнейшей характеристики. Чтобы решить эту проблему, мы разработали процедуру микроаспирации, которая позволяет отделять и клонировать очень похожие вирусы. В настоящей работе мы представляем, как эта альтернативная стратегия позволила нам отделить небольшие вирусные субпопуляции clandestinovirus ST1 и Usurpativirus LCD7, гигантские вирусы, которые растут медленно и не приводят к амебальному лисису по сравнению с литиком и быстрорастущим Фаустовирус. Контроль чистоты оценивался по специфическим усиливанию генов, и для дальнейшей характеристики были созданы вирусы.
Нуклеоцитоплазмамические крупные ДНК-вирусы (NCLDV) чрезвычайно разнообразны, определяемые четырьмя семьями, которые заражают эукариоты1. Первые описанные вирусы с геномами выше 300 кбит/с были Phydcodnaviridae, в том числе Paramecium бурсария хлореллы вирус 1 PBCV12. Изоляция и первое описание Мимивируса, показали, что размер вирусов удвоился как с точки зрения размера частицы (450 нм) и длины генома (1,2 Мб)3. С тех пор многие гигантские вирусы были описаны, как правило, изолированы с помощью амебы совместной культуры процедуры. Несколько гигантских вирусов с различными морфологиями и генетическим содержанием могут быть выделены из клеток Acanthamoeba sp., включая Марсельскиевирусы, Пандоравирусы, Питховирусы, Молливирус, Седратвирусы, Pacmanvirus, Tupanvirus, и в последнее время Медузавирус4,5,6,7,8,9,10,11,12, 13,14,15,16,17. Параллельно изоляция Vermamoeba vermiformis позволила изоляции и описания гигантских вирусов Faustovirus, Kaumoebavirus, и Орфеовирус18,19,20. Другие гигантские вирусы были изолированы с их принимающей протеистов, таких как кафетерий roenbergensis21, Aureococcus anophagefferens22, Chrysochromulina ericina23, и Бодо saltans 24. Все эти изоляции были результатом увеличения числа групп, работающих над изоляцией и введением обновлений стратегии высокой пропускной связи25,26,27,28,таких как улучшение системы совместной культуры с использованием цитометрии потока.
В 2016 году мы использовали стратегию, связывающую кокультуру и цитометрию потока, чтобы изолировать гигантские вирусы27. Эта стратегия была разработана для увеличения количества образцов, чтобы диверсифицировать протистов, используемых в качестве клеточных опор, и быстро обнаружить лиза клеточной поддержки. Система была обновлена путем добавления дополнительного шага, чтобы избежать предварительной молекулярной биологии идентификации и быстрого обнаружения неизвестной вирусной популяции, как в случае Pacmanvirus29. Соединение цитометрии потока к сортировке клеток позволило разделить смесь мимивируса и седратвируса А1130. Однако позже мы столкнулись с ограничениями разделения и обнаружения этих вирусных субпопуляций цитометрией потока. После секвенирования, когда мы собрали геномы Faustovirus ST125 и Faustovirus LCD7 (неопубликованные данные), мы удивительно обнаружили в каждой сборке два дополнительных генома двух новых вирусов, не идентифицированных в базах данных общественного генома. Однако ни цитометрия потока, ни электронная микроскопия передачи (ТЭМ) не показали, что амебы были заражены двумя различными вирусами: Clandestinovirus ST1 и Usurpativirus LCD7. Мы разработали специальные ПЦР-системы для усиления маркеров Фаустовируса, Усурпативируса и кландедестовируса соответственно на основе их геномов; нашей целью было наличие систем на основе ПЦР, которые позволяют проверить чистоту разделенных вирусов. Однако, конечная точка разбавления и потока цитометрии не удалось разделить их. Изоляция этой единственной вирусной популяции была трудной, поскольку ни морфология, ни репликационные элементы популяций кландестовируса и узурпативируса не были охарактеризованы. Мы обнаружили только одну вирусную популяцию цитометрией потока из-за перекрытия двух популяций (проверено после эффективного разделения). Мы пытались разделить их с помощью сортировки одной частицы на 96-колодцах пластинах, но не наблюдали никаких цитопатических эффектов, и мы не обнаружили ни кландестовируса, ни усурпативируса при усилении ПЦР. Наконец, только сочетание разбавления конечной точки, за которым последовало микроапиратное амеба, позволило отделить эти два гигантских вируса с низким изобилием от фаустовирусов. Этот метод разделения является объектом этой статьи.
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
1. Культура Амебы
2. Распространение фондового вируса в Amoebae
ПРИМЕЧАНИЕ: Перед разбавлением, важно культуры запас образца для получения достаточного количества свежей культуры, а затем приступить к фильтрации.
3. Разбавление конечных точек
4. Одноклеточная микроаспирация
5. ПЦР скрининг
ПРИМЕЧАНИЕ: После 4-го шага систематический скрининг ПЦР имеет решающее значение для подтверждения разделения. В обоих Усурпативирус / Фаустовирус и Подпольовирус / Фаустовирус, проектирование и применение конкретных грунтовки и зонд системы были сделаны с помощью Primer-BLAST онлайн32 (Таблица 2).
6. Производство и очистка вирусов
7. Отрицательная опрыски и трансмиссионная микроскопия
ПРИМЕЧАНИЕ: Bou Khalil et al. ранее опубликовали этот протокол27.
8. Характеристика подпольноговируса ST1 и усурпативирусного LCD7
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Одноклеточная микроаспирация — это процесс микроманипуляции, оптимизированный в данной рукописи(рисунок 1). Этот метод позволяет захватить округлые, инфицированные амебы(Рисунок 2)и его выпуск в новой пластине, содержащей неинфицированных аме...
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Продолжительность обработки микроаспирации одной ячейки и ее хорошее функционирование зависят от оператора. Различные этапы эксперимента требуют точности. Использование микроманипуляций компонентов рабочей станции должно находиться под постоянным контролем, наблюдая за процессом...
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Всем авторам нечего раскрывать.
Авторы хотели бы поблагодарить как Jean-Pierre Baudoin, так и Оливье Мбарек за их советы и Клэр Андреани за ее помощь в коррекции и модификации английского языка. Эта работа была поддержана грантом от французского государства, управляемым Национальным исследовательским агентством в рамках программы «Инвестиции в будущее» с помощью anR-10-IAHU-03 (Инфекция Медитерране) и Региона Провансальских Альп Лазурный берег и европейское финансирование FEDER PRIMI.
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Agarose Standard | Euromedex | Unkown | Standard PCR |
AmpliTaq Gold 360 Master Mix | Applied Biosystems | 4398876 | Standard PCR |
CellTram 4r Oil | Eppendorf | 5196000030 | Control the cells during the microaspiration process |
Corning cell culture flasks 150 cm2 | Sigma-aldrich | CLS430825 | Culture |
Corning cell culture flasks 25 cm2 | Sigma-aldrich | CLS430639 | Culture |
Corning cell culture flasks 75 cm2 | Sigma-aldrich | CLS430641 | Culture |
DFC 425C camera | LEICA | Unkown | Observation/Monitoring |
Eclipse TE2000-S Inverted Microscope | Nikon | Unkown | Observation/Monitoring |
EZ1 advanced XL | Quiagen | 9001874 | DNA extraction |
Glasstic Slide 10 with Counting Grids | Kova International | 87144E | Cell count |
Mastercycler nexus | Eppendorf | 6331000017 | Standard PCR |
Microcapillary 20 µm | Eppendorf | 5175 107.004 | Microaspiration and release of cells |
Micromanipulator InjectMan NI2 | Eppendorf | 631-0210 | Microcapillary positioning |
Nuclease-Free Water | ThermoFischer | AM9920 | Standard PCR |
Optima XPN Ultracentrifuge | BECKMAN COULTER | A94469 | Virus purification |
Petri dish 35 mm | Ibidi | 81158 | Culture/observation |
Sterile syringe filters 5 µm | Sigma-aldrich | SLSV025LS | Filtration |
SYBR green Type I | Invitrogen | unknown | Fluorescent molecular probes/flow cytometry |
SYBR Safe | Invitrogen | S33102 | Standard PCR; DNA gel stain |
Tecnai G20 | FEI | Unkown | Electron microscopy |
Type 70 Ti Fixed-Angle Titanium Rotor | BECKMAN COULTER | 337922 | Virus purification |
Ultra-Clear Tube, 25 x 89 mm2 | BECKMAN COULTER | 344058 | Virus purification |
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи
Запросить разрешениеThis article has been published
Video Coming Soon
Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены