Time-Resolved Флуоресценция Изображения и анализ вторжения раковых клеток в 3D-модель сфероидов

Резюме

Здесь представлен протокол по изготовлению сфероидного устройства визуализации. Это устройство позволяет динамические или продольные флуоресценции изображения сфероидов раковых клеток. Протокол также предлагает простую процедуру обработки изображений для анализа вторжения раковых клеток.

Аннотация

Вторжение раковых клеток из первичной опухоли в соседние здоровые ткани является ранним шагом в метастазах. Инвазивные раковые клетки представляют собой серьезную клиническую проблему, поскольку после их распространения не существует эффективного метода их ликвидации. Лучшее понимание механизмов, регулирующих вторжение раковых клеток может привести к разработке новых мощных методов лечения. Из-за их физиологического сходства с опухолями, сфероиды, встроенные в коллаген, я был широко использован исследователями для изучения механизмов, регулирующих вторжение раковых клеток во внеклеточную матрицу (ECM). Однако этот анализ ограничен (1) отсутствием контроля над встраиванием сфероидов в ЭКМ; (2) высокая стоимость коллагена I и стеклянных нижних блюд, (3) ненадежная иммунофлуоресцентная маркировка, из-за неэффективного проникновения антител и флуоресцентных красителей и (4) трудоемкой обработки изображений и количественной оценки данных. Для решения этих проблем мы оптимизировали трехмерный (3D) сфероидный протокол для изображения флуоресцентно помеченных раковых клеток, встроенных в коллаген I, либо используя покадровые видео или продольную визуализацию, и анализируем вторжение раковых клеток. Во-первых, мы описываем изготовление сфероидного устройства визуализации (SID) для надежного встраивания сфероидов в минимальный объем коллагена I, снижая стоимость анализа. Далее мы разграничим шаги для надежной маркировки флуоресценции живых и фиксированных сфероидов. Наконец, мы предлагаем простой в использовании макрос Фиджи для обработки изображений и количественной оценки данных. В целом, эта простая методология обеспечивает надежную и доступную платформу для мониторинга вторжения раковых клеток в коллаген I. Кроме того, этот протокол можно легко модифицировать в соответствии с потребностями пользователей.

Введение

Во время прогрессирования рака, раковые клетки могут приобрести пестрый и инвазивный фенотип, что позволяет им избежать опухолевой массы и вторгнуться в окружающие^{ткани 1}. В конце концов, эти инвазивные раковые клетки могут достичь и расти внутри вторичных органов, процесс, называемый метастазирование^{рака 1}. Метастазы вызывает более 90% смертей, связанных с раком². Одна из причин этого заключается в том, что, хотя локализованные опухоли клинически управляемы, эффективных методов для ликвидации инвазивных раковых клеток после метастатического распространения не существует. Таким образом, появление инвазивных раковых клеток и переход от локализованных к инвазивным заболеваниям создает серьезную клиническую проблему. Определение того, как раковые клетки инициировать и поддерживать инвазивное поведение может привести к разработке новых мощных методов лечения.

3D-модель сфероидов является идеальной платформой для исследования подвижного поведения раковых клеток под контролем, но физиологически релевантных условий³. Действительно, в этом анализе, сфероиды раковых клеток встроены внутри внеклеточной матрицы (ECM), например коллагена I, который имитирует упрощенную опухоль. Затем визуализация используется для визуализации вторжения раковых клеток из сфероида в коллагеновую матрицу. Однако многочисленные проблемы ограничивают эту процедуру.

Первая проблема возникает на этапе встраивания, где жидкий коллаген матрицы может распространяться по поверхности блюда, в результате чего сфероид коснуться нижней части блюда. Следовательно, клетки сфероида распространяются на двумерной (2D) поверхности, нарушая трехмерную (3D) сфероидную морфологию. Увеличение объема коллагена является эффективным, но дорогостоящим решением. Чтобы предотвратить распространение клеток на 2D-поверхности, сохраняя при этом минимальный объем коллагена, мы разработали устройство сфероидной визуализации (SID), охвачив 1 мм толщиной, 3-луночное полидиметилсилоксан (PDMS) вставить на стеклянное дно блюдо.

Второй проблемой сфероидного анализа является маркировка раковых клеток в сфероидах, которая ограничена плохим проникновением антител и флуоресцентных красителей, эффект, который увеличивается с размером сфероида. В то время как идеальным решением для маркировки клеток является создание клеточных линий, стабилизированно выражаюющих флуоресцентный белок (ы), этот вариант в основном ограничивается увековеченными клеточными линиями и ограничен наличием флуоресцентных белковых химер. Здесь мы описываем оптимизированный протокол для иммунофлуоресценции окрашивания фиксированных сфероидов, а также эффективное использование цитоплазмического красителя для обозначения клеток непосредственно перед встраиванием сфероида.

Третьей проблемой сфероидного анализа является отсутствие простых макросов Фиджи для полуавтоматической количественной оценки вторжения клеток с течением времени. Для решения этой задачи мы описываем простую методологию анализа сфероидной области с течением времени. В качестве примеров мы иллюстр работаем с преимуществами этого протокола, используя линии ячеек 4T1 и 67NR.

протокол

1. Изготовление устройства для визуализации сфероидов (SID) для оптимизации встраивания сфероидов (длительность 1 день)

1. Создайте спейсер с помощью 3D-принтера(рисунок 1A, B и дополнительный файл 1).
2. Взвесить соотношение базового полимера 10:1 (wt/wt) в пластиковом стаканчике (например, 20 г базового полимера этилбензена и 2 г кросслинкера силиконовой смолы для создания полидиметилсилоксана (PDMS)».
3. Тщательно смешайте раствор PDMS в пластиковом стаканчике с помощью одноразовой пипетки.
4. Поместите пластиковый стаканчик в вакуумную камеру, чтобы удалить пузырьки воздуха из смеси. Быстро отпустите вакуумное давление, чтобы удалить небольшое количество воздуха, захваченного на поверхности смеси и рассеять оставшиеся пузырьки воздуха.
5. Инкубировать 3D печатный спейсер при 100 градусов по Цельсию в течение 5 минут, чтобы увеличить его гибкость.
6. Очистите две стеклянные пластины, которые будут использоваться для создания формы PDMS тщательно, вытирая их 100% изопропанол. Если стеклянные пластины ранее были использованы для отливки PDMS, не забудьте удалить все оставшиеся старые PDMS, осторожно соскоб стеклянные пластины с лезвием бритвы и вытирая их 100% изопропанола.
7. Постройте форму, поместив 3D печатный спейсер флеш между двумя чистыми стеклянными пластинами.
8. Печать формы с помощью больших клипов связующего на внешних краях стеклянных пластин. Поместите два связующего клипа на нижний край и один на верхнем углу.
9. Осмотрите верхнюю часть формы, чтобы убедиться, что спейсер заподлицо со стеклянными пластинами. Это гарантирует, что деформаций не будет и что будет создан овый лист PDMS.
   ПРИМЕЧАНИЕ: Если полученный лист не имеет однородной толщины, клипы должны быть слегка отрегулированы.
10. Вырезать кончик одноразовой пипетки (2 см от кончика) и добавить смесь PDMS на медленной и постоянной скоростью в верхнем левом углу формы. Налейте смесь медленно, чтобы предотвратить создание больших воздушных карманов.
11. Поместите форму в вакуумную камеру, чтобы удалить пузырьки воздуха, которые образовались во время заливки.
12. Лечить PDMS путем инкубации плесени при 100 градусов по Цельсию в течение 1 ч.
13. Извлеки плесень из инкубатора и дайте ей остыть на ощупь.
14. Удалите зажимы связующего звена и стеклянные пластины с промекающего, содержащего вылеченную PDMS.
15. Используйте лезвие бритвы, чтобы прорезать уплотнение, которое было создано со всех четырех сторон формы между спейсером и стеклянной пластиной. Со всеми четырьмя сторонами нарезать, начать потянув друг от друга плесень, чтобы выявить лист PDMS в spacer.
16. Тщательно очистить новый лист PDMS от spacer с помощью пинцета.
17. На режущей коврике выбивает из листа диски PDMS диаметром 17,5 мм, а затем пробивает три равномерно распределенных отверстия диаметром 5,5 мм, используя различные размеры биопсии ударов. Здесь эти 3-луноные диски PDMS называются "вставки"(рисунок 1C).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Нониформные порезы, сделанные в PDMS, или неисправное связывание с помощью плазменной обработки, могут привести к будущим утечкам.
18. Очистите каждую вставку, аккуратно удалив частицы пыли с помощью ленты.
19. Вставьте вставки на кусок односторонней ленты и оберните ленту вокруг крышки 10-сантиметровой чашки Петри.
20. Поместите крышку чашки Петри в плазменную машину вместе с открытыми 35-мм стеклянными нижней посудой.
21. Активируйте поверхность вставок и стекла с помощью плазменной обработки в течение 1 мин при 300 мТорр. Ручная плазменная палочка может быть использована.
22. Используя пинцет, быстро прикрепите перевернутую, т.е. обработанную сторону,одной вставки (рисунок 1D)к стеклянной части стеклянной нижней тарелки(рисунок 1E). Повторите для всех блюд.
23. Используйте указательный палец и большой палец, чтобы применить равномерное давление при повороте стеклянного дна блюдо. Это обеспечит стабильную защиту вставки к стеклянной нижней тарелке.
24. Инкубировать СИДС(рисунок 1F) при 60 градусов по Цельсию в течение 20 минут, чтобы укрепить адгезию между стеклом и PDMS.
25. Выполните второй раунд плазменной обработки на СИД, используя те же настройки, что и в шаге 1.21 или с ручной палочкой. Это сделает свободную поверхность PDMS придерживаться поли-L-лизина в растворе покрытия (см. 1.26).
26. Свежеприготовь следующие решения.
    1. Решение для покрытия: 1x PBS, содержащий 0,01% (vol/vol) поли-L-лизин (например, добавить 10 л 0,1% (vol/vol) поли-L-лизин до 90 л 1x PBS.
    2. Перекрестный раствор: Дистиллированная вода, содержащая 1x (vol/vol) глутаралдегид (например, добавить 10 йл 10x глутаралдегида до 90 йл дистиллированной воды).
    3. Решение для хранения: 1x PBS, содержащий 10x (vol/vol) Пенициллин-Стрептомицин (например, добавить 1 мл 100x пенициллина-стрептомицина до 9 мл 1x PBS).
27. Добавьте 35 мкл раствора покрытия на каждое отверстие и инкубировать в течение 1 ч при комнатной температуре.
28. Аспирировать поли-L-лизин и промыть весь СИД 3 раза дистиллированной водой.
29. Добавьте 35 МКЛ кросссингового раствора на каждое отверстие, инкубировать в течение 30 минут при комнатной температуре.
30. Аспирировать перекрестный раствор и промыть весь СИД 3 раза дистиллированной водой.
31. Добавить 70% этанола в каждый СИД и поместить под ультрафиолетовый (УФ) свет в течение 30 мин.
32. Под капотом, аспирировать этанол и промыть SID 3 раза с дистиллированной водой.
33. Добавьте 2,5 мл раствора для хранения данных на каждый СИД.
    ПРИМЕЧАНИЕ: На данном этапе СИД могут храниться при 4 градусах Цельсия в течение недели. Было отмечено, что прочность связывания между PDMS и стеклом уменьшается с течением времени. Помимо недели, пользователям рекомендуется проверить СИД на потенциальную утечку перед использованием. Для этого оспирировать решение для хранения и добавить 35 МКЛ 1x PBS в каждое отверстие. После использования, PDMS вставки могут быть очищены от стеклянной нижней посуды. Для достижения оптимальной очистки стеклянного дна посуды, несколько моет с изопропанолом и соляной кислотой должны быть использованы для удаления остатков PDMS.

2. Образование сфероидов и встраивание в коллаген (длительность 4 дня)

ПРИМЕЧАНИЕ: Для живой визуализации сфероидов, продольно или в покадровых видео, используйте клеточную линию, выражают цитоплазмический и/или ядерный флуоресцентный белок. Если такая линия ячейки доступна, следуйте шагам, описанным в этом разделе. Кроме того, в разделе 3 предлагается протокол для обозначения раковых клеток в сфероидах с использованием цитоплазмического красителя.

1. Форма сфероидов 4T1 и / или 67NR клеток с использованием техники висячие капли,^{как ранее описано 4,5,6,7}, с 3000 клеток / 40 йл капли и 3-дневное время инкубации. Добавьте бычий atelocollagen I решение последнего и поддерживать все решения на льду, во все времена.
2. Определите правильно сформированные сфероиды с помощью ярко-полевого микроскопа.
3. Заполните коническую трубку 15 мл с 8 мл предварительно разогретой полной среды.
4. Соберите сфероиды с помощью трубы P1000 и перенесите в коническую трубку 15 мл. Влажный кончик пипетки путем пипетки некоторые полные среды в и из, чтобы предотвратить сфероиды от прилипания к внутренней стенке кончика пипетки и ограничить потерю сфероидов.
5. Разрешить сфероидов опускаться на дно трубки и тщательно мыть сфероиды путем обмена среды. Повторите дважды.
6. Подготовье раствора коллагена 5 мг/мл I в соответствии с рекомендациями производителя (альтернативная процедура геля, см. примерный расчет ниже). Замените дистиллированную воду на полную среду. При расчете объема среды, которая будет использоваться, примите во внимание, что сфероиды будут добавлены в 20 л полной среды, например, для одного SID, 3 x 30 (3 x 30) х 20% и 108 л коллагена 5 мг/мл я необходим (подготовить 20% дополнительно для учета потери труб при обработке вязкой жидкости); 22 л полной среды - 10,8 л 10хТ PBS - 1,2 л из 1 М НаОХ ( 54 л коллагена 10 мг/мл коллагена I запасов).
7. Соберите все сфероиды в 20 МКЛ среды, используя P200 пипетки, и добавить их в раствор коллагена I подготовлен в шаге 2.6.
8. Медленно смешайте раствор, трубя вверх и вниз, чтобы избежать неоднородности в концентрации коллагена I, ограничивая образование пузырьков. Держите раствор на льду.
9. Удалите раствор для хранения из SID (ы) и мыть 3 раза с 3 мл 1x PBS. После окончательной стирки оставьте SID (ы) сухой, чтобы не разбавить раствор коллагена I.
10. Запустите таймер и раздайте 30 МКЛ раствора коллагена I, содержащего один сфероид в одно из трех отверстий SID. Визуально убедитесь, что один сфероид содержится в 30 МКЛ.
11. Повторите шаг 2.10 в два раза больше, чтобы заполнить все 3 отверстия SID.
12. Используйте наконечник пипетки 10 йл для повторного центра сфероида, если он расположен недалеко от границы PDMS. Если два или три сфероида в конечном итоге обойтись в одном из отверстий, тот же кончик пипетки могут быть использованы для отделить сфероиды друг от друга. Остановите таймер.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Часто инвертирование SID вверх ногами и вверх, на протяжении всего периода полимеризации коллагена I и затвердевания, гарантирует, что сфероид расположен в вертикальном центре слоя ECM, и предотвращает вторжение клеток в 2D. Частота инвертирования (переворачивания) должна быть максимальной. Поскольку частота переворачивания контролируется сфероидным "временем дозирования", измеренным в 2.10-2.12, время дозирования должно быть сведено к минимуму. В нашей лаборатории время раздачи составляет в среднем 2 минуты.
13. Чтобы вертикально центр сфероида в коллагеновом слое, переверните SID вверх дном и инкубировать при 37 градусов по Цельсию для дозирования времени.
14. Переверните SID вверх и инкубировать при 37 градусов по Цельсию для дозирования времени.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Продолжительность времени, которое сфероиды проводят в перевернутой ориентации, должна быть равна времени, затяжная в перевернутой ориентации.
15. Повторите шаги 2.13 и 2.14 в течение 30 минут, пока коллаген I не полимеризуется.
16. Добавьте 2,5 мл полной среды/SID и при необходимости приобретите изображение сфероидов для первоначальной точки времени.
17. Повторите шаги 2.10-2.16, если используется несколько СИД.

3. Флуоресценция маркировки сфероидов

1. Изображения в реальном времени (длительность 6-7 дней)
   ПРИМЕЧАНИЕ: Если имеется клеточная линия, выражаюющая цитоплазмический и/или ядерный флуоресцентный белок, следуйте шагам, описанным в разделе 2. В качестве альтернативы для цитоплазмической маркировки предлагается следующий протокол.
   1. Следуйте шагам 2.1-2.5 протокола, описанного в разделе 2.
   2. Разбавить цитоплазмический краситель до 25 МКМ в 200 МКЛ без сыворотки среды.
      ПРИМЕЧАНИЕ: В то время как красный цитоплазмический краситель используется в этом эксперименте, любой другой доступный цвет должен быть подходящим. Раковые клетки были помечены внутри сфероидов с использованием ядерных красителей, разбавленных до 20 МКм в 200 МКЛ без сыворотки среды (см. Таблицу материалов).
   3. После окончательной стирки, resuspend сфероидов в цитоплазмы или раствора ядерного красителя и инкубировать при комнатной температуре в течение 20 минут, защищенных от света.
      ПРИМЕЧАНИЕ: При этом подходе маркировка клеток в сфероидной центре не будет эффективной. Для достижения маркировки всех клеток, инкубация может быть продлена на ночь, поставив блюдо на рокер. Альтернативы описаны в обсуждении.
   4. Вымойте сфероиды 3 раза в полной среде.
   5. Приступайте к шагам 2.6-2.17 протокола, описанным в разделе 2.
   6. Изображение сфероидов с помощью замедленной визуализации каждые 10 минут в течение 24-72ч (рисунок 2), или с помощью продольной визуализации, ежедневно, на срок до 7 дней(рисунок 3). Используйте лазерный сканирующий конфокальный микроскоп, 10-х воздушную цель (0,4 численное отверстие и 3,1 мм рабочего расстояния), 1024 х 1024 пикселей, время экспозиции 8 мк/пиксель, пинхол 90 мкм, 6 х 15 мкм z-шагов и 3 поля зрения, содержащие один сфероид.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Для обработки времени изображения, использовать минимальную мощность лазера и оборудовать микроскоп с экологической камерой с температурой, влажностью и контролем газа. Культура встроенных сфероидов при 37 градусов по Цельсию для 8 ч или на ночь до изображения, чтобы свести к минимуму время на микроскоп.
2. Иммунофлуоресценция окрашивания сфероидов (длительность 2 дня)
   ПРИМЕЧАНИЕ: Описанная здесь процедура адаптирована и оптимизирована из ранее опубликованных^{протоколов 8,9}. Этот метод может быть использован после протокола, изложенного в разделах 2 и 3.1.
   1. Свежеприготовь следующие решения.
      1. Решение для фиксации: 1x PBS, содержащий 4% PFA (vol/vol), добавить 5 мл 16% (vol/vol) PFA до 15 мл 1x PBS.
      2. Исправление и пермеабилизация раствора: 1x PBS, содержащий 4% PFA (vol/vol) и 0,5% Triton X-100 (vol/vol) (например, добавить 50 мл Triton X-100 до 10 мл фиксируя раствора).
      3. Блокирующий раствор: 1x PBS, содержащий 1% FBS (vol/vol) и 1% BSA (wt/vol) (например, растворить 100 мг BSA в 10 мл 1x PBS, затем добавить 100 л FBS).
      4. Стиральное решение: 1x PBS, содержащий 0,05% Tween 20 (vol/vol) (например, добавить 25 мл Tween 20 до 50 мл 1x PBS).
   2. Удалите культурную среду из SID (ы) и мыть один раз с теплым 1x PBS.
   3. Добавьте 2 мл крепления и проницаемого раствора на СИД и инкубировать при комнатной температуре в течение 5 минут.
   4. Удалите решение для фиксации и пермеабилизации и добавьте 2 мл раствора фиксации на СИД и инкубировать при комнатной температуре в течение 20 минут.
   5. Вымойте 3 раза с стиральный раствор.
   6. Добавьте 2 мл блокирующего раствора на СИД и инкубировать при 4 градусов по Цельсию в течение 24 ч с легкой тряской.
      ПРИМЕЧАНИЕ: На этом этапе, образцы могут быть инкубированы при 4 градусов по Цельсию, в выходные дни. Обратите внимание, что более длительное время блокировки может помешать процедуре маркировки иммунофлюоресценции.
   7. Разбавить первичные антитела в блокирующий раствор.
   8. Добавьте 150 МКЛ блокирующего раствора с первичными антителами/хорошо в пластине из 48 колодец.
   9. Используя тонкие пинцеты, тщательно отсоедините вилку коллагена, содержащую сфероид, и перенесите в колодец. Повторите, если помечены несколько сфероидов. Протрите любую жидкость, которая может оставаться на пинцете при работе с различными антителами, чтобы предотвратить загрязнение.
   10. Инкубировать на ночь при 4 градусов по Цельсию с легкой тряской.
   11. Добавьте 300 мкл стирального раствора в пустые и полные колодцы.
   12. Тщательно перенесите вилку коллагена, содержащего сфероид, в «мытье» хорошо.
   13. Вымойте 3 раза раствором для мытья в течение 2 ч, при комнатной температуре и с легкой тряской.
       ПРИМЕЧАНИЕ: Передача пробки коллагена я, содержащий сфероид, вместо того, чтобы аспирировать решения, может помочь уменьшить потерю образца и повреждения образца.
   14. Разбавить вторичные антитела, 4',6-диамидино-2-фенилиндол (DAPI) и/или фаллоидин в блокирующего растворе.
   15. Добавьте 150 МКЛ блокирующего раствора со вторичными антителами, DAPI и/или фаллоидином на колодец.
   16. Используя пинцет, тщательно перенесите коллагеновую вилку, содержащую сфероиды, в колодец. Повторите, если помечены несколько сфероидов.
   17. Инкубировать при комнатной температуре в течение 1 ч с легкой тряской.
   18. Повторите шаги 3.2.11 и 3.2.12.
   19. Вымойте 3 раза раствором для мытья в течение 30 минут, при комнатной температуре с легкой тряской.
   20. Используя лезвие бритвы, разрежьте 3-луночное PDMS вставку на три части, так что каждая часть содержит отверстие.
   21. Поместите два куска PDMS на слайд микроскопа.
   22. Добавьте каплю монтажа раствора с помощью наконечника P200 с отрезанием конца. Предотвратить образование пузырьков.
   23. Тщательно перенесите коллаген, который я подключаю к каждому отверстию.
       ПРИМЕЧАНИЕ: Если сфероид был расположен в верхней части коллагена штепсельной вилки, инвертировать коллагена плагин так, что сфероид заканчивается ближе к стеклянной крышкой.
   24. Поместите крышку сверху и печать с помощью ленты.
   25. Пусть образец высохнет при комнатной температуре в течение 10 минут, защищенный от света.
   26. Храните образцы при 4 градусах Цельсия, защищенных от света до визуализации.

4. Обработка изображений для анализа вторжения рака с течением времени

ПРИМЕЧАНИЕ: Формат, необходимый для этого макроса, является одноканалю x,y,t изображение, сохраненное в .tiff файла.

1. Если было приобретено несколько z-ломтиков(т.е. изображение x,y,z,t), откройте изображение на Фиджи и выберите изображение | Стеки | Проект. Рекомендуется использовать опцию Max Intensity. Кроме того, для запуска макроса можно использовать один z-срез. Сохраните изображение в качестве .tiff файла.
2. Создайте отдельную папку «Обработка» на рабочем столе.
3. Выберите файл | Сохранить как | Последовательность изображений. Используйте формат TIFF, обновьте число цифр в зависимости от количества кадров, проверьте поле, чтобы использовать метку среза в качестве имени файла и выберите Ok. Выберите папку "Обработка", созданную в шаге 2.
4. Откройте одно изображение из папки "Обработка". Это должно быть изображение x,y, соответствующее одной точке времени.
5. Выберите изображение | Отрегулируйте | Авто Порог. В меню высадки выберите метод Попробуйте все и проверьте поле на наличие белых объектов на черном фоне.
6. Появляется монтажное изображение, показывающее результат для каждого автоматизированного метода порогового значения.
7. Определите лучший автоматизированный метод порогового значения, например RenyIEntropy.
8. Чтобы подтвердить выбор для автоматизированного метода порогового значения, откройте любое другое изображение из папки "Обработка" и проверьте выбранный метод порогового значения с помощью image | Отрегулируйте | Авто порог.
9. Закройте все изображения.
10. Скачать макрос SpheroidAreaTime(Дополнительный файл 2).
11. Откройте макрос Фиджи путем перетаскивания и падения.
12. В строке 58 при необходимости обновить автоматизированный метод порогового значения.
13. В строке 62 обновим диапазон размеров в зависимости от размеров ячейки.
14. Выберите Run.
15. Выберите папку "Обработка" и ввемите в папку "Обработка" в качестве родительской папки, а затем выберите Ok.
16. После того, как запуск закончен, сохраните таблицу "Summary". В первом столбце указано название изображения; третья колонна указывает на область сфероидов; шестая, седьмая и восемь колонн определяют параметры эллипса, установленного на сфероиде.
17. Папка "Обработка" теперь содержит обработанное изображение для каждой точки времени с расширением _SpheroidArea.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Если сфероидный центр тусклый, заполните его белым с помощью инструментов отбора, для всех точек времени, а затем перейти к шагу 3. Аналогичным образом, пространство вокруг сфероида может быть заполнено черным, чтобы "очистить" изображение. Если изображение чистое, прокомментируете строку 61, чтобы ускорить запуск.

Результаты

Благодаря своей биосовместимости, PDMS широко используется для микрофабрики ограниченных скважин, марок и форм, которые произвели революцию в микропаттернации и микрофлюидных устройств. В описанной здесь методике он используется для создания СИД, настраиваемых скважин, которые оптими?...

Обсуждение

3D печатный спейсер был разработан для создания 1-мм толщиной листов PDMS, которые затем могут быть использованы для легкого создания различных форм PDMS, как того требуют экспериментальные приложения. Благодаря простоте его изготовления и свободе изменять конструкцию, этот метод литья PDMS ?...

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
1 N NaOH	Honeywell Fluka	60-014-44
10X Dulbecco’s phosphate-buffered saline (PBS)	Gibco	SH30028.LS
16% paraformaldehyde (PFA)	Alfa Aesar	43368-9M
1X Dulbecco’s phosphate-buffered saline (PBS)	Gibco	20012027
4’,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI)	Invitrogen	D1306
48-well plate	Falcon	T1048
Alexa Fluor 647 phalloidin	Life Technologies	A20006
Anti cortactin antibody	Abcam	ab33333	1 to 200 dilution
Anti E-cadherin antibody	Invitrogen	13-1900	1 to 100 dilution
Bovine atelocollagen I solution (Nutragen)	Advanced Biomatrix	501050ML
Bovine serum albumin (BSA)	Sigma Aldrich	A4503-50G
CellTracker Red CMTPX Dye	Invitrogen	C34552
Conical tubes	Falcon	352095
Coverslips	FisherBrand	12-548-5E
Disposable container	Staples		Plastic cups
Disposable transfer pipette	Thermo Scientific	202
DMEM	Fisher Scientific	11965118
Double-faced tape	Scotch
Ethanol	Sigma Aldrich	E7023-500ML
Fetal bovine serum (FBS)	Bio-Techne	S11550
Fluoromount-G	eBioscience	00-4958-02
Glutaraldehyde	Sigma Aldrich	G5882-100mL
Hoescht nuclear stain	Thermo Fischer	62249
Isopropanol	Thermo Fischer	S25371A
MatTek dish (glass bottom dish)	MatTek Corporation	P35G-1.5-14-C
Methyl cellulose	Sigma Aldrich	M6385-100G
MilliQ water
Penicilin/streptomycin solution	Thermo Fischer	15140122
Petri dish	Corning	353003
Pipet tips	Fisherbrand	02-707
Pipets	Gilson	F167300
Poly-L-Lysine	Sigma	P8920
Primary antibodies, user specific
Rat Tail Collagen I	Corning	47747-218
Razor Blade	Personna	74-0001
Secondary antibodies, user specific
Slides	Globe Scientific	1354W-72
Sylgard 184 Silicone	Dow Corning	4019862
Tape	Scotch
Triton X100	Sigma Aldrich	10789704001
Tween 20	Sigma Aldrich	655204-100ML