Сверхбыстрое секвенирование нового поколения на основе ампликонов при неплоскоклеточном немелкоклеточном раке легкого

Резюме

Увеличение количества молекулярных биомаркеров, подлежащих тестированию для лечения неплоскоклеточного немелкоклеточного рака легкого (NS-NSCLC), привело к разработке быстрых и надежных методов молекулярного обнаружения. Мы описываем рабочий процесс для оценки геномных изменений у пациентов с НС-НМРЛ с использованием подхода сверхбыстрого секвенирования нового поколения (NGS).

Аннотация

За последние несколько лет значительно возросло количество молекулярных изменений, которые необходимо исследовать для таргетной терапии пациентов с неплоскоклеточным немелкоклеточным раком легкого (НС-НМРЛ). Выявление молекулярных аномалий является обязательным для оптимального лечения пациентов с распространенным или метастатическим НМРЛ, что позволяет назначать таргетную терапию с улучшением общей выживаемости. Тем не менее, эти опухоли развивают механизмы резистентности, на которые потенциально можно воздействовать с помощью новых методов лечения. Некоторые молекулярные изменения также могут модулировать реакцию на лечение. Молекулярная характеристика NS-NSCLC должна быть выполнена в сжатые сроки (ТАТ), менее чем за 10 рабочих дней, как рекомендовано международными рекомендациями. Кроме того, происхождение биопсий тканей для геномного анализа разнообразно, и их размер постоянно уменьшается с развитием менее инвазивных методов и протоколов. Следовательно, перед патологоанатомами встает задача применения эффективных молекулярных методов, сохраняя при этом эффективную и быструю стратегию диагностики. В этой статье мы опишем сверхбыстрый рабочий процесс секвенирования нового поколения (NGS) на основе ампликонов, используемый в повседневной практике при диагностике пациентов с НС-НМРЛ. Мы показали, что эта система способна идентифицировать современные молекулярные мишени, используемые в прецизионной медицине в торакальной онкологии, в соответствующем ТАТ.

Введение

За последнее десятилетие развитие таргетной и иммунотерапии значительно повысило общую выживаемость (ОВ) при неплоскоклеточном немелкоклеточном раке легкого (НС-НМРЛ)^1,2. В связи с этим количество обязательных генов и молекулярных мишеней для анализа при лечении НС-НМРЛ увеличилось за последние несколько лет^{на 3,4}.

Современные международные рекомендации рекомендуют тестировать EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, RET и MET при диагностике распространенного NS-NSCLC

протокол

Все процедуры были одобрены местным комитетом по этике (Human Research Ethics Committee, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Tumorothèque BB-0033-00025). От всех пациентов было получено информированное согласие на использование образцов и сгенерированных данных. Все образцы были получены от пациентов с диагнозом NS-NSCLC в LPCE (Ницца, Франция) в период с 20 сентября по 31 января 2022 г. в рамках оказания медицинской помощи.

1. Подготовка образцов ДНК и РНК FFPE с помощью автоматизированного прибора очистки (API) (время обработки: 5 ч 15 мин)

1. Запустите планировку на приборе.
   1. Включите прибор и войдите ....

Результаты

Используя представленную здесь процедуру, подробно описанную в наших недавних публикациях²¹, мы разработали оптимальный рабочий процесс для оценки молекулярных изменений в качестве рефлекторного тестирования в рутинной клинической практике для диагностики у пациентов ?.......

Обсуждение

Разработка подхода NGS на основе сверхбыстрого ампликона в качестве рефлекторного тестирования для оценки молекулярных изменений при диагностике любой стадии NS-NSLC является оптимальным вариантом для выявления всех рекомендованных и новых биомаркеров в NS-NSCLC

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 well hard shell plate clear	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	4483354
Adhesive PCR Plate Foil	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	AB0626
AutoLys M tube	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A38738	FFPE sample processing tubes
Genexus Barcodes 1-32 HD	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40261
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40269
Genexus Pipette Tips	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40266
Genexus Purification Instrument	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A48148	Automated purification instrument (API)
Genexus Sequencing Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40271
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40263
Genexus Integrated Sequencer	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45727
Ion Torrent  Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45539
Oncomine  Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD)	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A46291