Поддержке грантов от канадского института исследований в области здравоохранения, канадские Stroke сети и Альберта Heritage Foundation для медицинских исследований.

Rotorod ходьбе аппарата Rotorod был вращающийся цилиндр, 4 см в диаметре, фиксированные 35 см над землей и заключены в прозрачную оргстекла. Цилиндр rotorod была покрыта текстурированной резиновое покрытие, что облегчает сцепление с дорогой. Этаже аппарат был покрыт слоем пены для предотвращения травм, когда животные падали. Небольшой электродвигатель при условии, власть превращать rotorod через резиновый ремень. Rotorod был создан, чтобы повернуть один раз в 5 сек Видеозаписи и кинематики Высокоскоростной цифровой видеокамеры был использован для фильма животных, используя выдержку 1000 секунды. Передняя, ​​боковая, и сзади были сняты в то время как животное шел по rotorod. Двухрукавной Nikon, MII источник холодного света и один набор волоконно-оптических огни были использованы для обеспечения адекватного освещения во время записи. Ленты были проанализированы кадр за кадром использованием Sony DSR 20 DV CAM палубе. Видео кадры были получены с помощью захвата кадра и Macintosh компьютер. Процедура тестирования и анализа Для того чтобы оценить различия между ходьбе движения 6-OHDA и контрольных крыс, видео-записи из послеоперационных дней 15 - 30 (после любого восстановления после поражения может быть как ожидается, будет в основном завершен) были рассмотрены два независимых Наблюдатели слепы к условиям эксперимента. Нигростриатной 6-OHDA поражения вызывали в правом полушарии, в результате прочного нарушения в левой передних и задних конечностей. Рейтинговой шкале был разработан для скорости позы крыс и активизации движения передними конечностями (Whishaw и соавт., 2003). Пять компонентов активизации были оценены: <ol><li> осанка, рейтинг позе было сделано путем изучения положения крысы на барабане; </li><li> подъема и выпуска, часть степпинг цикл, в котором лапа была снята из барабана; </li><li> нести, часть степпинг цикл, в котором конечность была проведена выше барабан, как крысы продвинулись вперед; </li><li> заранее, часть в местах, недоступных в котором конечность была расширена, чтобы восстановить контакт с барабаном, а также </li><li> размещения, в котором лапу был помещен обратно на барабан. </li></ol> Использовались следующие критерии для определения нормального движения: <ul><li> Поза: тело крысы была ориентирована на барабан с поднятой головой вверх. </li><li> Поднимите и релиз: плеча, локтя и запястья согнуты повышения лапы от поверхности барабана. </li><li> Carry: лапа проходит над поверхностью барабана, цифры слабо согнуты, и цифра советы сосредоточены на средней линии тела. Advance: конечности вытянуты вперед с цифрами переход от полусогнутом состоянии расширить и открытую позицию. </li><li> Размещение: конечность распространяется на плечах, локтях и запястьях и цифры открыты к месту лапу вперед и на поверхности барабана, с цифрой 2 (вторая цифра от средней линии), расположенный примерно в центре крысы тела. </li></ul> Каждое движение было оценено по 3-балльной шкале: 1 = / движения напоминал дератизация, 0,5 = / движение появилось немного ненормальным, и 0 = / движение было явно ненормальным (Whishaw и др., 2003.). Это рейтинговой шкале затем был использован для оценки пять активизации движения от каждой крысы на послеоперационные дни 1, 3, 5, 7, 9 и 15. Очки, набранные пять мер были усреднены для каждой крысы на каждый день, и результаты подвергаются дисперсионного анализа с дней повторных измерений. Обзор rotorod ходить в 6-OHDA и контрольных крыс Масштаб движения рейтинга была применена к послеоперационным сессий тест для качественного анализа движения. Во время теста сессий, 6-OHDA поражения группа получила значительно более низкие показатели, чем в контрольной группе, F (1,8) = 33,2, р &lt;0,001, но не было никакого существенного влияния Test Day, не было значительных Группа на основании результатов испытаний взаимодействия день. Оценки активизации затем были проанализированы отдельно с передней конечности в качестве переменной (для 6-OHDA крыс передних конечностей контралатеральной на поражение против передних конечностей ипсилатерального на поражение, ибо контрольных крыс, левой лапой по сравнению с правой лапы). Существовал существенного влияния передних конечностей, F (1,40) = 15,8, р &lt;0,01, и не было значимого взаимодействия Группе передних конечностей, F (1,40) = 15,0, р &lt;0,01. Последующие т-тестов показали, что контралатеральной к поражением передних конечностей из 6-OHDA группа получала значительно меньше баллов, чем ипсилатерального до поражения передних конечностей или передние конечности у контрольных крыс, которые не отличались. Для того чтобы определить, какие компоненты движения способствовал плохой оценки получены 6-OHDA группы, меры осанкии отдельных компонентов активизации цикла от ипсилатерального и контралатерального передние конечности 6-OHDA группе по сравнению с значениями, полученными от контрольных крыс. 6-OHDA группы отличались в позу и все степпинг компоненты, сделанные контралатеральной конечности, но ни один из компонентов ипсилатеральных конечностей (р &lt;0,05). Качественные и описательные различия в позе в контроле и 6-OHDA крыс В контрольной крысы, голова держится в горизонтальном положении, и поддержка передних конечностей и задние конечности оседлали барабан формирования поддержки арки. 6-OHDA крысы обычно ходил с головой вниз с их нарушениями передних конечностей (со стороны зрителя) расположены ближе друг к другу и выше на поверхности барабана, чем произошло за ипсилатеральной конечности или конечностей контрольных крыс (см. видео для дератизация с оценка «1» для осанки, а 6-OHDA поражения животных со счетом «0»). Как правило, аномалии осанки можно увидеть с первого взгляда от относительного положения головы крысы. Передних конечностей степпинг В контрольной последовательности, степпинг лапы поднимают, сгибая плечо, локоть и запястье. Как конечность поднимается, цифры слабо согнуты, и конечность поднимается намного выше поверхности барабана. Когда конечность передовой, она распространяется на плечи, локти и запястья, и как он будет помещен цифры распространяются и открытой. По сравнению с контрольными крысами, амплитуды всех компонентов DA-обедненного крыс контралатеральной на поражение конечностей, ослабляется. Конечностей релизы барабан позже, поднимается меньше, и выдвигается короткое расстояние, чем это управление передней конечности. Кроме того, когда конечности сняты, цифры согнуты больше, и, когда конечность помещается, цифры распространяются и открыли меньше, чем у дератизация. Контроль передних конечностей поднимается как только он достигнет верхней части барабана, запястья согнуты поднимать лапы вверх и вперед, и запястье расширяется, насколько это конечностей авансы. В отличие от 6-OHDA крысы контралатеральной для поражения передних конечностей осуществляется дальнейшее каудально движением барабана, и таким образом релизы позже с запястья еще продлен. Сгибание запястья, как представляется, пассивные и встречается в виде цифр осуществляется назад на движение барабан, а когда лапы приносят вперед, лапы и предплечья не поднял четко от поверхности барабана. Передних конечностей в дератизация выходит далеко вперед и цифры открыты конечностей авансы. Как конечность помещается, то он помещается с движением арпеджио, с цифрой 5 связавшись поверхности барабана первым, а затем последовательно цифры 4, 3 и 2. В отличие от лимба 6-OHDA крысы поднимается и расширенные менее, цифры распространены меньше, и они входят в контакт поверхности барабана почти одновременно с «пощечину». Видео показывает передних конечностей активизации движений в управление животное, которое было забито, как &quot;1&quot;, и лапы активизации движения в 6-OHDA поражения животных, которые были в основном оценивается как &quot;0&quot;. Задние конечности степпинг Существовали также нарушения в контралатеральной до поражения задних конечностей 6-OHDA крыс. Как управлять задней конечности движется назад, по-видимому, чтобы выдвинуть против поворота барабана, и как он делает это, пальцами вращать наружу. Как конечность движется вперед, нога качнулся наружу. Задней конечности 6-OHDA крыса движется прямо назад с вращением барабана и если что-то, оказывается немного внутрь. Как конечность движется вперед, ноги осуществляется непосредственно вперед. Подножья дератизация колебания наружу и, как это передовой, пальцы находятся выше лодыжки и пальцы ног расширяться. При размещении контроль крысы, палец 5 контактов поверхности барабана первый и вес распределяется между пальцами и ладонью. С другой стороны, пальцы 6-OHDA крысы согнуты во время переноса и размещения производится без движения арпеджио. Пальцы дератизация выпускаются в обратном шаблон арпеджио, как палец 5 поднимается первым и ног 1 поднимается последним. Это движение не хватало в 6-OHDA поражения в то время как крысы сохранила свою лодыжку согнутой позы во время выполнения движения. Снова заранее движения 6-OHDA крысы ослабляются, с конечностей менее exorotated, поднял меньше, а передовые меньше, чем у дератизация. В качестве контрольных крыс размещать свои пальцы, они распространяются и открыл, таким, что палец 5 пунктов по сравнению с боков тело крысы. Toe 5 контактов барабана первый следуют остальные пальцы так, что крысы поддержал ее вес на носок советы. Для 6-OHDA крыса, пальцы несколько согнуты, как нога переносится, пальцы ниже к горизонтальной по отношению к лодыжке, там меньше открытие пальцы, когда нога находится на барабане. Длины шага также несколько короче, чем у контрольных крыс. Для количественной оценки различия между продолжениеРОЛ и 6-OHDA задних движения конечностей, компоненты лифта и освобождения, выполнять, продвижение и размещение оценивались по 3-балльной шкале, как и передние конечности. Меры были сделаны из видео-записи, сделанные на послеоперационных 20-й день, и три цикла шага были оценены для каждой крысы. Существовали значительные различия группы F (1,8) = 47,6, р &lt;0,001. Последующие т-тестов на компонентах указано, что все компоненты контрольных крыс получили значительно более высокие показатели, чем компоненты 6-OHDA крыс. Видео показывает задней конечности активизации движений в управление животное, которое было забито, как &quot;1&quot;. Задние конечности активизации движения в 6-OHDA показано на видео, в основном, рейтингу со счетом «0».

<ol>
	<li>Chang, J. W., Wachtel, S. R., Young, D., Kang, U. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biochemical+and+anatomical+characterization+of+forepaw+adjusting+steps+in+rat+models+of+Parkinson's+disease:+studies+on+medial+forebrain+bundle+and+striatal+lesions.">Biochemical and anatomical characterization of forepaw adjusting steps in rat models of Parkinson's disease: studies on medial forebrain bundle and striatal lesions.</a> Neuroscience. 88, 617-628 (1999).</li><li>Metz, G. A., Tse, A., Ballermann, M., Smith, L. K., Fouad, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+unilateral+6-OHDA+rat+model+of+Parkinson's+disease+revisited:+an+electromyographic+and+behavioural+analysis.">The unilateral 6-OHDA rat model of Parkinson's disease revisited: an electromyographic and behavioural analysis.</a> Eur J Neurosci. 22, 735-744 (2005).</li><li>Miklyaeva, E. I., Castaneda, E., Whishaw, I. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Skilled+reaching+deficits+in+unilateral+dopamine-depleted+rats:+impairments+in+movement+and+posture+and+compensatory+adjustments.">Skilled reaching deficits in unilateral dopamine-depleted rats: impairments in movement and posture and compensatory adjustments.</a> J Neurosci. 14, 7148-7158 (1994).</li><li>Miklyaeva, E. I., Martens, D. J., Whishaw, I. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impairments+and+compensatory+adjustments+in+spontaneous+movement+after+unilateral+dopamine+depletion+in+rats.">Impairments and compensatory adjustments in spontaneous movement after unilateral dopamine depletion in rats.</a> Brain Res. 68, 23-40 (1995).</li><li>Morrissey, T. K., Pellis, S. M., Pellis, V. C., Teitelbaum, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Seemingly+paradoxical+jumping+in+cataleptic+haloperidol-treated+rats+is+triggered+by+postural+instability.">Seemingly paradoxical jumping in cataleptic haloperidol-treated rats is triggered by postural instability.</a> Behav Brain Res. 35, 195-207 (1989).</li><li>Muir, G. D., Whishaw, I. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+locomotor+recovery+following+corticospinal+tract+lesions:+measurement+of+ground+reaction+forces+during+overground+locomotion+in+rats.">Complete locomotor recovery following corticospinal tract lesions: measurement of ground reaction forces during overground locomotion in rats.</a> Behav Brain Res. 103, 45-53 (1999).</li><li>Muir, G. D., Whishaw, I. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ground+reaction+forces+in+locomoting+hemiparkinsonian+rats:+a+definitive+test+for+impairments+and+compensations.">Ground reaction forces in locomoting hemiparkinsonian rats: a definitive test for impairments and compensations.</a> Exp Brain Res. 126, 307-314 (1999).</li><li>M, O. l. s. s. o. n., Nikkhah, G., Bentlage, C., Bjorklund, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Forelimb+akinesia+in+the+rat+Parkinson+model:+differential+effects+of+dopamine+agonists+and+nigral+transplants+as+assessed+by+a+new+stepping+test.">Forelimb akinesia in the rat Parkinson model: differential effects of dopamine agonists and nigral transplants as assessed by a new stepping test.</a> J Neurosci. 15, 3863-3875 (1995).</li><li>Schallert, T., DeRyck, M., Whishaw, I. Q., Ramirez, V. D., Teitelbaum, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Excessive+bracing+reactions+and+their+control+by+atropine+and+LDOPA+in+an+animal+analog+of+Parkinsonism.">Excessive bracing reactions and their control by atropine and LDOPA in an animal analog of Parkinsonism.</a> Exp Neurol. 64, 33-43 (1979).</li><li>Schallert, T., Norton, D., Jones, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+clinically+relevant+unilateral+rat+model+of+Parkinsonian+akinesia.">A clinically relevant unilateral rat model of Parkinsonian akinesia.</a> J Neural Transpl Plasticity. 3, 332-333 (1992).</li><li>Whishaw, I. Q., Gorny, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arpeggio+and+fractionated+digit+movements+used+in+prehension+by+rats.">Arpeggio and fractionated digit movements used in prehension by rats.</a> Behav Brain Res. 60, 15-24 (1994).</li><li>Whishaw, I. Q., O'Connor, W. T., Dunnett, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+contributions+of+motor+cortex,+nigrostriatal+dopamine+and+caudate-putamen+to+skilled+forelimb+use+in+the+rat.">The contributions of motor cortex, nigrostriatal dopamine and caudate-putamen to skilled forelimb use in the rat.</a> Brain. 109, 805-843 (1986).</li><li>Whishaw, I. Q., Pellis, S. M., Gorny, B., Kolb, B., Tetzlaff, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proximal+and+distal+impairments+in+rat+forelimb+use+in+reaching+follow+unilateral+pyramidal+tract+lesions.">Proximal and distal impairments in rat forelimb use in reaching follow unilateral pyramidal tract lesions.</a> Behav Brain Res. 56, 59-76 (1993).</li><li>Whishaw, I. Q., Woodward, N. C., Miklyaeva, E., Pellis, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+limb+use+by+control+rats+and+unilateral+DA-depleted+rats+in+the+Montoya+staircase+test:+movements,+impairments+and+compensatory+strategies.">Analysis of limb use by control rats and unilateral DA-depleted rats in the Montoya staircase test: movements, impairments and compensatory strategies.</a> Behav Brain Res. 89, 167-177 (1997).</li></ol>

Целью настоящего исследования было изучить вопрос о rotorod тест для грызунов навыков передвижения могут быть использованы для качественного рассмотрения осанку, лапы степпинг и задних конечностей вмешалась в нервной системе ранения крыс. Для анализа, крысы с односторонним истощения DA и контрольн?...

A correction was made to: <a href="http://www.jove.com/video/1030/">Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat</a>. An additional paragraph was added to the discussion, the abstract was modified, and another reference was included.
Additional reference:
15. Whishaw IQ, Li K, Whishaw PA, Gorny B, Metz GA. Distinct forelimb and hind limb stepping impairments in unilateral dopamine-depleted rats: use of the rotorod as a method for the qualitative analysis of skilled walking. J Neurosci Meth 126, 13-23 (2003).
Revised Abstract:
High speed videoanalysis of the details of movement can provide a source of information about qualitative aspects of walking movements. When walking on a rotorod, animals remain in approximately the same place making repetitive movements of stepping. Thus the task provides a rich source of information on the details of foot stepping movements. Subjects were hemi-Parkinson analogue rats, produced by injection of 6-hydroxydopamine (6-OHDA) into the right nigrostriatal bundle to deplete nigrostriatal dopamine (DA). The present report provides a video analysis illustration of animals previously were filmed from frontal, lateral, and posterior views as they walked (15). Rating scales and frame-by-frame replay of the video records of stepping behavior indicated that the hemi-Parkinson rats were chronically impaired in posture and limb use contralateral to the DA-depletion. The contralateral limbs participated less in initiating and sustaining propulsion than the ipsilateral limbs. These deficits secondary to unilateral DA-depletion show that the rotorod provides a use task for the analysis of stepping movements.
Additional Discussion Paragraph:
A more detailed presentation of the present study has been made (Whishaw et al, 2003), but the present study presents the video support describing the stepping movement in the good and affected limbs of unilateral dopamine-depleted rats. For the analysis, rats with unilateral DA depletions and control rats were video recorded from front, lateral and posterior views. A rating scale of posture and forelimb movements indicated that stepping movements were chronically impaired following surgery. Examination of limb movements indicated that whereas the DA-depleted rats could use the limbs contralateral to the lesion for support, they received minimal use for shifting weight. The results of this study indicate that the rotorod task, in addition to providing quantitative measures of motor impairments, can also provide insights into the qualitative impairments.
Original Abstract:
The rotorod test, in which animals walk on a rotating drum, is widely used to assess motor status in laboratory rodents. Performance is measured by the duration that an animal stays up on the drum as a function of drum speed. Here we report that the task provides a rich source of information about qualitative aspects of walking movements. Because movements are performed in a fixed location, they can readily be examined using high-speed video recording methods. The present study was undertaken to examine the potential of the rotorod to reveal qualitative changes in the walking movements of hemi-Parkinson analogue rats, produced by injection of 6-hydroxydopamine (6-OHDA) into the right nigrostriatal bundle to deplete nigrostriatal dopamine (DA). Beginning on the day following surgery and then periodically over the next two months, the rats were filmed from frontal, lateral, and posterior views as they walked on the rotorod. Behavior was analyzed by frame-by-frame replay of the video records. Rating scales of stepping behavior indicated that the hemi-Parkinson rats were chronically impaired in their posture and in the use of the limbs contralateral to the DA-depletion. The contralateral limbs not only displayed postural and movement abnormalities, they participated less in initiating and sustaining propulsion than did the ipsilateral limbs. These findings not only reveal new deficits secondary to unilateral DA-depletion, but also show that the rotorod can provide a robust tool for the qualitative analysis of movement.

A correction was made to: <a href="http://www.jove.com/video/1030/">Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat</a>. An additional paragraph was added to the discussion, the abstract was modified and another reference was included.

Erratum: Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat

use of rotorod as a method for the qualitative analysis of walking in rat

Rotorod испытания, в которых животные ходить на вращающемся барабане, широко используется для оценки состояния двигателя в лабораторных грызунов. Производительность измеряется длительность, что животное остается на барабан в зависимости от скорости барабана. Здесь мы сообщаем, что задача содержит богатый источник информации о качественных аспектов движения ходьбы. Потому что движения выполняются в определенном месте, они могут быть легко изучены с помощью высокоскоростных методов записи видео. Настоящее исследование было предпринято для изучения потенциала rotorod выявить качественные изменения в ходьбе движения геми-Паркинсона крыс аналога, производится путем введения 6-hydroxydopamine (6-OHDA) в правую нигростриатной расслоение к разрушающим нигростриатной допамина (ДА ). Начиная с операции следующий день, а затем периодически в течение ближайших двух месяцев, крысы были сняты с фронтальной, боковой и задней просмотра, как они шли по rotorod. Поведение была проанализирована кадр за кадром воспроизведения видеозаписей. Рейтинговые шкалы активизации поведения показали, что полу-Паркинсона крыс хроническими нарушениями в их осанке и в использовании конечностей контралатеральной для DA-истощение. Контралатеральной конечности не только отображаются постуральной и движения аномалии, они участвовали менее в инициировании и поддержании движения, чем ипсилатеральных конечностей. Эти данные не только выявить новые дефицит вторичных односторонних DA-истощение, но и показать, что rotorod может обеспечить надежный инструмент для качественного анализа движения.

Watch this Scientific Journal Video about Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat at JoVE.com

Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat

Rotorod тест используется для оценки состояния двигателя в ходьбе движение геми-Паркинсона крыс аналога.

Использование Rotorod как метод Качественный анализ Прогулка по Крыса

High speed videoanalysis of the details of movement can provide a source of information about qualitative aspects of walking movements. When walking on a ...

use-rotorod-as-method-for-qualitative-analysis-walking

Research

JoVE Journal

Biology

12.9K Views.  University of Lethbridge. Rotorod тест используется для оценки состояния двигателя в ходьбе движение геми-Паркинсона крыс аналога.

Video: Use of Rotorod as a Method for the Qualitative Analysis of Walking in Rat

Pyrosequencing: A Simple Method for Accurate Genotyping

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a tremendous amount of data available comes an explosion of genotyping methods. Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. It also has the ability to identify tri-allelic, indels, short-repeat polymorphisms, along with determining allele percentages for methylation or pooled sample assessment. In addition, there is a standardized control sequence that provides internal quality control. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.


Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.

Пиросеквенирования: Простой метод для точного генотипирования

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a ...

The Structure of Skilled Forelimb Reaching in the Rat: A Movement Rating Scale

Skilled reaching for food is an evolutionary ancient act and is displayed by many animal species, including those in the sister clades of rodents and primates. The video describes a test situation that allows filming of repeated acts of reaching for food by the rat that has been mildly food deprived. A rat is trained to reach through a slot in a holding box for food pellet that it grasps and then places in its mouth for eating. Reaching is accomplished in the main by proximally driven movements of the limb but distal limb movements are used for pronating the paw, grasping the food, and releasing the food into the mouth. Each reach is divided into at least 10 movements of the forelimb and the reaching act is facilitated by postural adjustments. Each of the movements is described and examples of the movements are given from a number of viewing perspectives. By rating each movement element on a 3-point scale, the reach can be quantified. A number of studies have demonstrated that the movement elements are altered by motor system damage, including damage to the motor cortex, basal ganglia, brainstem, and spinal cord. The movements are also altered in neurological conditions that can be modeled in the rat, including Parkinson's disease and Huntington's disease. Thus, the rating scale is useful for quantifying motor impairments and the effectiveness of neural restoration and rehabilitation. Because the reaching act for the rat is very similar to that displayed by humans and nonhuman primates, the scale can be used for comparative purposes. from a number of viewing perspectives. By rating each movement element on a 3-point scale, the reach can be quantified. A number of studies have demonstrated that the movement elements are altered by motor system damage, including damage to the motor cortex, basal ganglia, brainstem, and spinal cord. The movements are also altered in neurological conditions that can be modeled in the rat, including Parkinson's disease and Huntington's disease. Thus, the rating scale is useful for quantifying motor impairments and the effectiveness of neural restoration and rehabilitation.

Experiments on animals were performed in accordance with the guidelines and regulations set forth by the University of Lethbridge Animal Care Committee in accordance with the regulations of the Canadian Council on Animal Care.

The skilled reaching scale divides the movement by a forelimb in a reach for food act into composite elements each of which are evaluated with a three-point scale. The rating scale is described for a normal rat and can be applied toward evaluating neurological motor disorders.

Структура Квалифицированные передних конечностей Достижение в Крыса: Шкала Движение Рейтинг

Skilled reaching for food is an evolutionary ancient act and is displayed by many animal species, including those in the sister clades of rodents and ...

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

Лестница Rung Прогулки Задача: Система подсчета очков и ее практическое применение.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

Analysis of the Development of a Morphological Phenotype as a Function of Protein Concentration in Budding Yeast

Gene deletion and protein overexpression are common methods for studying functions of proteins. In this article, we describe a protocol for analysis of phenotype development as a function of protein concentration at population and single-cell levels in Saccharomyces cerevisiae. Although this protocol is based on the overexpression of a protein, it can easily be adapted for morphological phenotypes dependent on suppression of protein expression. Our lab is interested in studying the signaling properties of the endocytic adaptor protein epsin. To that purpose we used a dominant negative approach in which we over-expressed the conserved Epsin N-Terminal Homology (ENTH) domain in order to interfere with the functions of endogenous epsin-2 (Ent2 or YLR206W). We observed that overexpression of the ENTH domain of Ent2 (ENTH2) in wild type cells led to a cell division defect that is dependent on the mislocalization of a family of scaffolding proteins, septins.

Gene deletion and protein overexpression are common methods for studying functions of proteins. In this article, we describe a protocol for analysis of phenotype development as a function of protein concentration at population and single-cell levels in Saccharomyces cerevisiae.

Анализ развития Морфологические Фенотип как функция концентрации белка в почкующихся дрожжей

Gene deletion and protein overexpression are common methods for studying functions of proteins. In this article, we describe a protocol for analysis of ...

Microinjection of Medaka Embryos for use as a Model Genetic Organism

In this video, we demonstrate the technique of microinjection into one-cell stage medaka embryos. Medaka is a small egg-laying freshwater fish that allows both genetic and embryological analyses and is one of the vertebrate model organisms in which genome-wide phenotype-driven mutant screens were carried out 1, as in zebrafish and the mouse. Divergence of functional overlap of related genes between medaka and zebrafish allows identification of novel phenotypes that are unidentifiable in a single species 2, thus medaka and zebrafish are complementary for genetic dissection of vertebrate genome functions.
To take advantage of medaka fish whose embryos are transparent and develop externally, microinjection is an essential technique to inject cell-tracers for labeling cells, mRNAs or anti-sense oligonucleotides for over-expressing and knocking-down genes of interest, and DNAs for making transgenic lines.

Medaka and zebrafish are complementary for genetic dissection of vertebrate genome functions. This protocol highlights the key points for successful microinjection into medaka embryos, an important technique for embryological and genetic analysis using medaka and zebrafish in a laboratory.

Микроинъекция эмбрионов оризии для использования в качестве модели Генетические организма

In this video, we demonstrate the technique of microinjection into one-cell stage medaka embryos. Medaka is a small egg-laying freshwater fish that allows ...

A Simple Method for Imaging Arabidopsis Leaves Using Perfluorodecalin as an Infiltrative Imaging Medium

The problem of acquiring high-resolution images deep into biological samples is widely acknowledged1. In air-filled tissue such as the spongy mesophyll of plant leaves or vertebrate lungs further difficulties arise from multiple transitions in refractive index between cellular components, between cells and airspaces and between the biological tissue and the rest of the optical system. Moreover, refractive index mismatches lead to attenuation of fluorophore excitation and signal emission in fluorescence microscopy. We describe here the application of the perfluorocarbon, perfluorodecalin (PFD), as an infiltrative imaging medium which optically improves laser scanning confocal microscopy (LSCM) sample imaging at depth, without resorting to damaging increases in laser power and has minimal physiological impact2. We describe the protocol for use of PFD with Arabidopsis thaliana leaf tissue, which is optically complex as a result of its structure (Figure 1). PFD has a number of attributes that make it suitable for this use3. The refractive index of PFD (1.313) is comparable with that of water (1.333) and is closer to that of cytosol (approx. 1.4) than air (1.000). In addition, PFD is readily available, non-fluorescent and is non-toxic. The low surface tension of PFD (19 dynes cm-1) is lower than that of water (72 dynes cm-1) and also below the limit (25 - 30 dyne cm-1) for stomatal penetration4, which allows it to flood the spongy mesophyll airspaces without the application of a potentially destructive vacuum or surfactant. Finally and crucially, PFD has a great capacity for dissolving CO2 and O2, which allows gas exchange to be maintained in the flooded tissue, thus minimizing the physiological impact on the sample. These properties have been used in various applications which include partial liquid breathing and lung inflation5,6, surgery7, artificial blood8, oxygenation of growth media9, and studies of ice crystal formation in plants10. Currently, it is common to mount tissue in water or aqueous buffer for live confocal imaging. We consider that the use of PFD as a mounting medium represents an improvement on existing practice and allows the simple preparation of live whole leaf samples for imaging.

A Simple Method for Imaging Arabidopsis Leaves Using Perfluorodecalin as an Infiltrative Imaging Medium

We describe the use of perfluorodecalin as an infiltrative mounting medium. This is a simple method for improving depth of imaging in Arabidopsis thaliana leaf tissue with minimal physiological impact.

Простой метод для работы с изображениями Arabidopsis Листья Использование Perfluorodecalin как инфильтративный Средний изображений

The problem of acquiring high-resolution images deep into biological samples is widely acknowledged1. In air-filled tissue such as the spongy mesophyll of ...

The Use of Chemostats in Microbial Systems Biology

Cells regulate their rate of growth in response to signals from the external world. As the cell grows, diverse cellular processes must be coordinated including macromolecular synthesis, metabolism and ultimately, commitment to the cell division cycle. The chemostat, a method of experimentally controlling cell growth rate, provides a powerful means of systematically studying how growth rate impacts cellular processes - including gene expression and metabolism - and the regulatory networks that control the rate of cell growth. When maintained for hundreds of generations chemostats can be used to study adaptive evolution of microbes in environmental conditions that limit cell growth. We describe the principle of chemostat cultures, demonstrate their operation and provide examples of their various applications. Following a period of disuse after their introduction in the middle of the twentieth century, the convergence of genome-scale methodologies with a renewed interest in the regulation of cell growth and the molecular basis of adaptive evolution is stimulating a renaissance in the use of chemostats in biological research.

Cell growth rate is a regulated process and a primary determinant of cell physiology. Continuous culturing using chemostats enables extrinsic control of cell growth rate by nutrient limitation facilitating the study of molecular networks that control cell growth and how those networks evolve to optimize cell growth.

Использование Хемостаты в Микробная системной биологии

Cells regulate their rate of growth in response to signals from the external world. As the cell grows, diverse cellular processes must be coordinated ...

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the function and regulation of protein folding was studied in vitro, in isolated tissue culture cells and in unicellular organisms. Recent studies have uncovered links between protein homeostasis (proteostasis), metabolism, development, aging, and temperature-sensing. These findings have led to the development of new tools for monitoring protein folding in the model metazoan organism Caenorhabditis elegans. In our laboratory, we combine behavioral assays, imaging and biochemical approaches using temperature-sensitive or naturally occurring metastable proteins as sensors of the folding environment to monitor protein misfolding. Behavioral assays that are associated with the misfolding of a specific protein provide a simple and powerful readout for protein folding, allowing for the fast screening of genes and conditions that modulate folding. Likewise, such misfolding can be associated with protein mislocalization in the cell. Monitoring protein localization can, therefore, highlight changes in cellular folding capacity occurring in different tissues, at various stages of development and in the face of changing conditions. Finally, using biochemical tools ex vivo, we can directly monitor protein stability and conformation. Thus, by combining behavioral assays, imaging and biochemical techniques, we are able to monitor protein misfolding at the resolution of the organism, the cell, and the protein, respectively.

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

To study the relationship between protein homeostasis, stress and aging, we monitored changes in protein folding by following protein dysfunction, protein localization in the cell and protein stability at the organismal, cellular and protein levels, using the genetically tractable metazoan Caenorhabditis elegans as a model system.

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the ...

A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples

The efficacy of DNA extraction protocols can be highly dependent upon both the type of sample being investigated and the types of downstream analyses performed. Considering that the use of new bacterial community analysis techniques (e.g., microbiomics, metagenomics) is becoming more prevalent in the agricultural and environmental sciences and many environmental samples within these disciplines can be physiochemically and microbiologically unique (e.g., fecal and litter/bedding samples from the poultry production spectrum), appropriate and effective DNA extraction methods need to be carefully chosen. Therefore, a novel semi-automated hybrid DNA extraction method was developed specifically for use with environmental poultry production samples. This method is a combination of the two major types of DNA extraction: mechanical and enzymatic. A two-step intense mechanical homogenization step (using bead-beating specifically formulated for environmental samples) was added to the beginning of the &#8220;gold standard&#8221; enzymatic DNA extraction method for fecal samples to enhance the removal of bacteria and DNA from the sample matrix and improve the recovery of Gram-positive bacterial community members. Once the enzymatic extraction portion of the hybrid method was initiated, the remaining purification process was automated using a robotic workstation to increase sample throughput and decrease sample processing error. In comparison to the strict mechanical and enzymatic DNA extraction methods, this novel hybrid method provided the best overall combined performance when considering quantitative (using 16S rRNA qPCR) and qualitative (using microbiomics) estimates of the total bacterial communities when processing poultry feces and litter samples.

A novel semi-automated hybrid DNA extraction method for use with environmental poultry production samples was developed and demonstrated improvements over a common mechanical and enzymatic extraction method in terms of the quantitative and qualitative estimates of the total bacterial communities.

Гибридная ДНК Добыча Метод для качественной и количественной оценки бактериальных сообществ из мяса птицы Образцы продукции

The efficacy of DNA extraction protocols can be highly dependent upon both the type of sample being investigated and the types of downstream analyses ...

Sampling Blood from the Lateral Tail Vein of the Rat

Blood samples are commonly obtained in many experimental contexts to measure targets of interest, including hormones, immune factors, growth factors, proteins, and glucose, yet the composition of the blood is dynamically regulated and easily perturbed. One factor that can change the blood composition is the stress response triggered by the sampling procedure, which can contribute to variability in the measures of interest. Here we describe a procedure for blood sampling from the lateral tail vein in the rat. This procedure offers significant advantages over other more commonly used techniques. It permits rapid sampling with minimal pain or invasiveness, without anesthesia or analgesia. Additionally, it can be used to obtain large volume samples (upwards of 1 ml in some rats), and it may be used repeatedly across experimental days. By minimizing the stress response and pain resulting from blood sampling, measures can more accurately reflect the true basal state of the animal, with minimal influence from the sampling procedure itself.

Blood samples are useful for assessing biomarkers of physiological states or disease in vivo. Here we describe the methodology to sample blood from the lateral tail vein in the rat. This method provides rapid samples with minimal pain and invasiveness.

Забор крови из боковой хвостовой вены крыс

Blood samples are commonly obtained in many experimental contexts to measure targets of interest, including hormones, immune factors, growth factors, ...