Подготовка образцов ДНК и РНК FFPE к секвенированию с помощью автоматизированного прибора для очистки (API)

Для начала разрежьте фиксированные формалином образцы ДНК и РНК ДНК и РНК. Включите автоматическую очистку или инструмент API и войдите в систему с логином и паролем. Затем в программном обеспечении Integrated Genomic Viewer в разделе образцы нажмите «Создать образцы», введите название образца и выберите категорию приложения.

После ввода данных образца нажмите «Сохранить» «Затем выберите прогоны»нажмите «Образец к результату» и введите название прогона, прежде чем нажать «Далее»Выберите анализ, за которым следует интересующий образец, и нажмите «Далее»После выбора каждого образца нажмите «Назначить»затем проверьте параметры элюирования и сохраните прогон. Поместите образцы тканей FFPE и пробирки для обработки образцов. Центрифугируйте пробирку при 2000 G в течение одной минуты.

Добавьте в пробирку мастер-смесь Protease Digest, приготовленную из набора для очистки нуклеиновых кислот. Инкубируйте образец при температуре 60 градусов Цельсия в течение одного часа, а затем инкубируйте его при температуре 90 градусов Цельсия в течение одного часа. После охлаждения образцов поднимите внутреннюю трубку пробирки для обработки образцов и зафиксируйте ее, повернув влево.

Центрифугируйте внутреннюю пробирку при 2000 G в течение 10 минут. Затем разблокируйте трубку, повернув направо и отделив ее от другой трубки. Выбросьте внутреннюю трубку и поместите внешнюю трубку на лед до загрузки на API.

Приготовьте мастер-смесь для расщепления ДНК и загрузите в предварительно заполненную вторую пластину для очистки ДНК и РНК FFPE. Загрузите подготовленные образцы в FFPE ДНК и одну пластину для очистки РНК. На экране API нажмите «Выполнить», затем выберите план запуска и нажмите «Далее»Следуйте инструкциям на экране, чтобы загрузить необходимые расходные материалы и реагенты для запуска очистки.

После того, как все реагенты загружены, нажмите «Далее», «Закройте дверцу API» и нажмите «Старт» в конце прогона, нажмите «Выгрузить» и немедленно удалите 48-луночную архивную пластину нуклеиновых кислот, содержащую очищенные ДНК и РНК. После того, как очистка образца будет завершена, запечатайте пластину и храните ее при температуре минус 80 градусов Цельсия.