Создание костной маски из файла, сгенерированного 3D-срезом, и статистический анализ выявленной эрозии костей у пациентов с ревматоидным артритом

Для начала запустите программу 3D Slicer. Для ввода изображения выявленных участков эрозии кости нажмите на кнопку с надписью «Данные» в окне 3D Slicer. Затем нажмите «Выбрать файлы», чтобы добавить и найти отдельные изображения, чтобы добавить файлы.

Чтобы импортировать весь каталог изображений за один раз, нажмите опцию «Выбрать каталог для добавления», затем найдите и вставьте нужный каталог. Затем нажмите на выпадающее меню панели инструментов 3D Slicer. Наведите курсор на модули анализа костей и нажмите на «Автоматическая маска».

На вкладке «Шаг 2 Автоматическая маска» выберите входную громкость в раскрывающемся меню входной громкости. Выберите «Создать новый объем карты надписей» в раскрывающемся меню сегментации вывода. Если вы предпочитаете использовать другую выходную метку, нажмите Create New Label Map Volume As и укажите нужную метку.

Введите количество костей, которые должны быть замаскированы, в указанное текстовое поле, затем выберите ORMR или Dual Threshold из выпадающего меню алгоритма. Нажмите Get Mask, чтобы запустить алгоритм и вывести результат в соответствующий каталог изображений. Если изображение содержит несколько костей, для каждой из них будет сохранена отдельная маска.

Чтобы импортировать двоичную маску в 3D Slicer, скопируйте файлы масок в каталог load masks, расположенный в папке BAM. Вернитесь в окно 3D Срез и нажмите на вкладку Шаг 3 Ручная коррекция. Чтобы загрузить файлы масок и автоматически преобразовать их в сегментацию среза, нажмите «Загрузить».

Чтобы внести изменения в маску, используйте инструменты, предоставленные во вкладке ручной коррекции. Чтобы начать статистический анализ, нажмите на модуль объема эрозии в выпадающем меню на панели инструментов. Загрузите изображение и соответствующую маску.

Выделите входное изображение и маску, создайте сегментацию выходных данных и разместите исходные точки на эрозии. Нажмите кнопку «Получить эрозии», чтобы запустить алгоритм измерения эрозии. Если размер и форма автоматически обнаруженных объемов эрозии неудовлетворительны, вручную отредактируйте их на вкладке Шаг 5 Ручная коррекция.

Теперь нажмите на вкладку с надписью «Статистика Шага 6», чтобы экспортировать компьютерные данные в файл электронной таблицы. Затем введите объем эрозии в выпадающее меню с надписью Input Erosions. Теперь укажите изображение в оттенках серого и ширину его вокселя в миллиметрах в текстовом поле под меню мастер-громкости.

Нажмите «Получить статистику», чтобы создать файл электронной таблицы в каталоге выходных данных эрозии, расположенном в папке BAM.