Анализ изображений в программном обеспечении Gen5 для анализа реакции на лекарственные препараты в органоидах, полученных от пациентов, с использованием мультиплексной визуализации живых клеток

Для начала визуализируйте флуоресцентно меченные PDO с помощью системы визуализации живых клеток Cytation 5. Затем запустите программное обеспечение Gen5. Перейдите в раздел «Эксперименты» и нажмите «Открыть» в диспетчере задач.

Откройте нужный эксперимент и выберите «Пластина», а затем «Просмотр» на панели инструментов. Затем переключите выпадающее меню данных на Z-проекцию. Дважды кликните по выбранному углублению.

Выберите Анализировать. Нажмите, я хочу настроить новый шаг уменьшения данных анализа изображения, и нажмите OK.In Настройки анализа, установите тип на Сотовый анализ и канал обнаружения на Z Проекция преобразованного TSF Brightfield. Нажмите Опции, чтобы открыть страницу основной маски и подсчета.

Установите флажок «Авто» в поле порогового значения и нажмите «ОК», чтобы закрыть всплывающее окно. В разделе «Выбор объекта» задайте минимальный и максимальный размеры объектов для фильтрации клеточного мусора или отдельных клеток, а также выберите другие объекты по мере необходимости. Далее нажмите «Применить», и замаскированные объекты будут выделены.

Чтобы настроить анализ субпопуляции на панели инструментов клеточного анализа, нажмите «Вычисляемые метрики». Затем нажмите Выбрать или создать интересующие вас метрики на уровне объекта в правом нижнем углу. Среди доступных метрик объекта выберите нужные метрики, такие как Circularity, и нажмите кнопку Вставить.

Нажмите OK для подтверждения. Затем выберите «Анализ субпопуляции» на панели инструментов клеточного анализа и нажмите «Добавить», чтобы создать новую субпопуляцию. Введите имя подпопуляции.

В метриках объекта нажмите кнопку Добавить условие, чтобы добавить выбранную метрику. Введите нужные параметры в окне Редактировать условие и нажмите OK. Выберите желаемые результаты в таблице в нижней части окна и нажмите OK, а затем Apply. В разделе Сведения об объекте выберите назначенную подпопуляцию для просмотра маскирования.

Если все устраивает, нажмите OK в окне Cellular Analysis и нажмите Add Step, чтобы применить анализ ко всем скважинам.