Чтобы настроить среду ускорения GPU, откройте терминал и введите команду nvidia-smi. Убедитесь, что команда успешно отображает всю информацию о карте графического процессора и что версия CUDA выше 10.2. Затем выполните команду conda V для подтверждения установки Conda.
Введите следующую команду. Настройте виртуальную среду и подождите несколько минут, пока среда не будет успешно настроена. Выполните команду conda activate CRYOSIEVE_ENV.
, чтобы активировать вновь созданную виртуальную среду. Чтобы установить CryoSieve, выполните команду pip install cryosieve. После установки введите команду cryosieve h, чтобы убедиться, что справочная информация отображается правильно.
С сайта EMPIAR загрузите окончательный набор данных стека EMPIAR-10097. Откройте GitHub, затем скачайте файл со звездой и маску. MRC и инициал.
Модель MRC. Поместите все эти файлы в папку вместе. Откройте терминал и используйте команду cd file path для перехода к папке, содержащей набор данных.
Затем введите команду conda activate CRYOSIEVE_ENV, чтобы активировать среду Conda. Используйте следующую команду. Чтобы начать просеивание частиц, следите за отображением на дисплее терминала выходных журналов для каждой итерации.
Введите указанную команду, чтобы распечатать результаты разрешения для 10 итераций просеивания. Стек частиц, отфильтрованный в седьмой итерации, имеет самое высокое разрешение, при этом наименьшее количество частиц показывает оптимальный результат. Чтобы импортировать просеянные частицы, откройте веб-интерфейс CryoSPARC.
Войдите в рабочее пространство и нажмите на кнопку конструктора в правом верхнем углу панели. Затем выберите и нажмите на опцию импорта стека частиц. В разделе параметров панели импорта стека частиц укажите метапуть частицы как _.
nstar из выходной папки и путь к данным частиц к папке, содержащей файл MRCS. Нажмите кнопку «Задание в очереди», а затем кнопку «Очередь», чтобы начать процесс. В верхней правой панели CryoSPARC нажмите на кнопку конструктора, затем выберите и нажмите на опцию «Импортировать 3D-объемы».
Укажите путь к данным тома в качестве начального. Файл MRC. Нажмите кнопку «Задание в очереди», а затем кнопку «Очередь», чтобы начать процесс.
Снова нажмите на кнопку конструктора и выберите опцию «Однородное уточнение». На главной панели слева откройте задание на импорт стека частиц четвертой итерации. Перетащите импортированный модуль частиц с правой стороны главной панели и поместите его в раздел «Стеки частиц» сборщика.
Нажмите на красный крестик, чтобы закрыть задание импорта стека частиц. Откройте задание на импорт 3D объемов. Перетащите импортированный модуль объемов с правой стороны главной панели и поместите его в начальный раздел объема конструктора.
В папке «Параметры» найдите параметр симметрии и установите его на C3. Найдите и отключите опцию Force re-do GS split. Нажмите кнопку Queue JOb, а затем кнопку Queue, чтобы начать однородное уточнение. После завершения всех заданий просмотрите результаты и убедитесь, что стек частиц, отфильтрованный на шестой итерации, дал оптимальный результат.
Показана модель для отображения и полуотображения кривых корреляции оболочек Фурье восстановленных карт плотности для набора данных тримера гемагглютинина гриппа до и после использования метода. Необработанные и четкие карты плотности также сравнивались с примененным эквивалентным уровнем контура. Улучшение реконструированных карт плотности очевидно из сравнения боковых цепей в четких картах.
После удаления большинства частиц в окончательной стопке B-фактор Розенталя Хендерсона вырос с 226,9 ангстрем квадрата до 146,2 ангстрем квадрата. Такие параметры, как локальное разрешение, локальный B-фактор и RESLOG, указывают на то, что CryoSieve улучшает как качество карт плотности, так и частиц.
