После выполнения магнитно-резонансной томографии с высоким разрешением преобразуйте файлы взвешенного T1, взвешенного T2 и нулевого эхо-эха DICOM из формата DICOM в формат NIfTI с помощью инструмента dcm2niix. Используя инструмент SimNIBS Charm, выполните совместную регистрацию и извлечение тканевой маски. Затем откройте программу Brainsight.
Нажмите на кнопку «Новый пустой проект» и загрузите взвешенное по T1 изображение NIfTI участника. Перейдите на вкладку «Реконструкции», затем в выпадающее меню «Новая реконструкция». Нажмите «Скин», а затем «Вычислить скин» в новом окне.
После завершения нажмите на кнопку «Закрыть» в верхнем левом углу окна. На вкладке «Реконструкции» нажмите на выпадающее меню «Новая реконструкция», а затем выберите «Полная криволинейность мозга». Теперь отрегулируйте положение зеленого прямоугольника на сагиттальной, корональной и поперечной плоскостях, перетаскивая его края, чтобы плотно окружить мозг.
Прокрутите все срезы, чтобы края ткани не перекрывались. Нажмите «Вычислить криволинейный» и отрегулируйте глубину отслаивания до четырех миллиметров. Затем перейдите на вкладку «Ориентиры» в Brainsight, а затем выберите «Настроить ориентиры».
Поместите перекрестие на кончик носа и в поле имени обозначьте ориентир Нос. Затем поместите перекрестие между глазами над переносицей и обозначьте ориентир Nasion. Затем поместите перекрестие на левое ухо и обозначьте ориентир L Ear.
Затем поместите перекрестие на правое ухо и обозначьте ориентир R Ear. После этого перейдите на вкладку «Целевые объекты», а затем нажмите «Настроить целевые объекты». Установите перекрестие прицела на местоположение нужной цели и используйте переключатели угла в правой части экрана, чтобы задать угол траектории.
После выбора желаемой цели и траектории нажмите на новое выпадающее меню и выберите «Траектория». Чтобы присвоить целевому объекту имя, введите его в текстовое поле рядом с именем. Нажмите «Экспорт», чтобы экспортировать цель, и сохраните ее в соответствующей папке темы.
Откройте BabelBrain и выберите необходимые файлы для акустического и теплового моделирования. Чтобы выбрать текстовый файл, ранее экспортированный из Brainsite, нажмите «Выбрать траекторию» и выберите соответствующий файл участника. Нажмите на Select SimNIBS, чтобы выбрать файл SimNIBS, созданный ранее.
Нажмите «Выбрать T1W» и выберите взвешенное изображение T1, созданное и использованное ранее для картографирования цели и траектории. Теперь выберите Real CT для компьютерной томографии, CTE для компьютерной томографии или нет, чтобы использовать упрощенную маску, созданную инструментом Charm. При использовании изображения КТ или ХТЭ нажмите на раскрывающееся меню Корега, а затем на КТ в МРТ. Нажмите «Выбрать» и выберите соответствующее изображение из соответствующего файла участника.
Нажмите кнопку "Выбрать тепловой профиль" и выберите файл теплового профиля, описывающий параметры ультразвуковой обработки эксперимента с точки зрения длительности включения, длительности выключения и рабочего цикла. Затем нажмите на выпадающее меню рядом с «Датчиком» и выберите датчик, используемый для экспериментов. Нажмите на выпадающее меню рядом с вычислительным сервером и выберите вычислительный сервер компьютера, на котором выполняется моделирование.
После ввода всей информации нажмите «Продолжить», чтобы завершить оставшуюся часть моделирования. Теперь выберите частоту ультразвука датчика и соответствующие точки на каждой длине волны. Нажмите на кнопку Рассчитать маску планирования.
Осмотрите изображение, чтобы убедиться, что границы кожи, черепа и мозга были точно распознаны. Для акустического моделирования нажмите на вкладку Step 2 AC Sim. Отрегулируйте расстояние от конуса до фокальной точки, введя соответствующее расстояние.
Чтобы выполнить моделирование, нажмите кнопку «Вычислить поля». Отрегулируйте значение ZSteering так, чтобы перекрестие находилось в центре фокусной точки. Нажмите стрелки вверх или вниз или вручную введите необходимое значение.
Затем нажмите на кнопку «Вычислить поля». Для теплового моделирования перейдите на вкладку «Шаг 3 Thermal Sim», затем нажмите «Рассчитать тепловые поля».
