Na de glycolyse komen de geladen pyruvaatmoleculen via actief transport in de mitochondria terecht en ondergaan ze drie enzymatische reacties. Deze reacties zorgen ervoor dat pyruvaat in de volgende metabole route gebruikt kan worden, om de energie die is opgeslagen in de pyruvaatmoleculen kan worden benut door de cellen.

Het enzym pyruvaat dehydrogenase verwijdert eerst de carboxylgroep van de pyruvaat en geeft deze af als koolstofdioxide. Het gestripte molecuul wordt vervolgens geoxideerd, waardoor elektronen vrijkomen, die worden opgepikt door NAD + om NADH te produceren, waarbij acetaat te vormen wordt gevormd.

Ten slotte bindt het co-enzym A - een zwavelhoudende verbinding afgeleid van een vitamine B - zich aan het acetaat via zijn zwavelatoom om acetylco-enzym A of acetyl CoA te creëren. Acetyl CoA wordt dan in de citroenzuurcyclus opgenomen om verder geoxideerd te worden.