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Biology
基因芯片在基因表达分析的有力工具,在全基因组水平。这项技术已经在各种生物学科包括发育生物学和毒理学中的应用。在这段视频中,我们详细介绍一个使用斑马鱼为一个全面的寡核苷酸芯片平台,全球的基因表达分析的协议。
基因芯片技术允许全基因组的基础上的转录水平和基因表达分析的定量测量。基因芯片技术是使用在众多的生物学科中的各种应用,包括全球的发育阶段的基因表达分析,一种疾病状态,并在毒性反应。在此,我们使用一个全面的斑马鱼的特异性寡核苷酸芯片平台的全球基因表达分析演示。斑马鱼的表达微阵列平台包含385000探头,60个碱基对,长度可达12%目标探头的审讯37157目标。对于这个平台上,所有的cDNA和斑马鱼的基因组信息收集各种基因组数据库,包括Ensembl(http://www.ensembl.org),天威(http://vega.sanger.ac.uk),加州大学圣克鲁兹分校( http://genome.ucsc.edu),ZFIN(http://www.zfin.org)。因此,这种表达阵列提供完全覆盖目前斑马鱼的转录。斑马鱼表达微阵列是由罗氏NimbleGen(麦迪逊,威斯康星州)印刷。这种技术示范,包括荧光标记的cDNA产品,杂交标记的cDNA产品的芯片平台,使用一种颜色的分析策略的信号采集和阵列扫描。
Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
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Name | Company | Catalog Number | Comments | |
Array Microcentrifuge Dryer | ISC Bioexpress | C-1303-T | ||
BioPrime Array CGH Genomic Labeling System | Invitrogen | 18095-011 | ||
Cyanine 3-dCTP | PerkinElmer | NEL576 | ||
GenePix 4000B | Molecular Devices | GENEPIX 4000B | ||
Microcon YM-30 | Millipore | 42411 | ||
NimbleGen Array Processing Accessories | Roche NimbleGen | 5223539001 | ||
NimbleGen Hybridization Kit | Roche NimbleGen | 5223474001 | ||
NimbleGen Hybridization System 4 | Roche NimbleGen | 5223652001 | ||
NimbleGen Wash Buffer Kit | Roche NimbleGen | 5223504001 | ||
X1 Mixers | Roche NimbleGen | 5223725001 |
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