Zebra balığı Oligonükleotid Mikroarray Platformu kullanarak Global Gen İfadesi Analizi

Gen mikroarray'ler genom düzeyinde gen ekspresyonu güçlü araçlardır. Bu teknoloji, gelişim biyolojisi ve toksikoloji de dahil olmak üzere biyolojik disiplinlerin çeşitli uygulaması vardır. Bu video zebrafish için kapsamlı bir oligonükleotid mikroarray platformunu kullanarak küresel gen ekspresyon analizi için detaylı bir protokoldür.

Roarray teknolojisi genom bazında transkript seviyeleri kantitatif ölçüm ve gen ekspresyon profil izin verir. Roarray teknolojisi uygulamaları gelişimsel aşaması ile ilgili olarak küresel bir hastalık durumu gen ekspresyon analizi de dahil olmak üzere çeşitli pek çok biyolojik disiplinlerde kullanılan ve zehirli yanıtlarında. Burada, küresel gen ekspresyon analizi kapsamlı bir zebrafish özel oligonükleotid mikroarray platformu kullanarak bir göstergesi sayılabilir. Zebrafish ifade mikroarray platformu hedef yüzde 12 problar kadar 37.157 hedefleri sorguya 385.000 probları, uzunluğu 60 baz çifti içerir. Bu platform için, Zebra balığı kullanılabilir tüm cDNA ve genomik bilgiler Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC (dahil olmak üzere çeşitli genomik veritabanlarından toplanmıştır. http://genome.ucsc.edu) ve ZFIN (http://www.zfin.org). Sonuç olarak bu ifadeyi dizi güncel zebrafish transcriptome tam kapsama alanı sağlar. Zebrafish ifade mikroarray Roche NimbleGen (Madison, WI) tarafından basılmıştır. Bu teknik bir gösteri floresan cDNA bir ürün etiketleme, etiketli cDNA ürün mikroarray platformu hibridizasyon, ve tek renk analizi strateji kullanarak sinyal alımı için dizi tarama içerir.

Bölüm 1: cDNA Floresan Etiketleme

Cy3 boya mikroarray deneyde kullanılan fotoğraf bozulmaya karşı hassas. Bu prosedür, bir ışık az miktarda yer almalıdır. Etiketleme protokol BioPrime Array CGH Genomik Etiketleme Sistemi Kılavuzu ¹ uyarlanmıştır.

1. Etiketleme reaksiyon için reaktifler -20 ° C'de saklanır. BioPrime Array CGH Genomik Etiketleme Sistemi çözülme 2.5X Rastgele Primer Buffer, 10X dCTP karışımı, ve nukleaz ücretsiz su. Ayrıca Cy3 .......

Burada ayrıntılı dahil olmak üzere birçok mikroarray protokolleri, hibridizasyon ölçme ve nicel bir araç olarak floresan boya kullanın. Cy3 floresan boya, fotoğraf ve ozon bozulması duyarlı. Bu prosedür minimal aydınlatma yapılan olması tavsiye edilir. Buna ek olarak, küçük toz parçacıkları hibridizasyon ve tarama engelleyebilir. Çalışma alanını temiz ve tozdan arındırılmış emin olmak için özel dikkat verilmelidir.

Bu prosedürde açıklanan etiketleme proto.......