Microvolumi Concentrazione Determinazione delle proteine ​​con il NanoDrop 2000c Spettrofotometro

Riepilogo

Campioni microvolumi sono quantificati da un sistema spettrofotometro che utilizza naturale tensione superficiale di conservare i campioni senza l'uso di cuvette o capillari. La gamma dinamica di concentrazioni di proteine ​​e la velocità con cui possono essere misurati sono notevolmente aumentata con questo metodo.

Abstract

Spettrofotometria tradizionale richiede ponendo i campioni in cuvette o capillari. Questo è spesso impraticabile a causa del volume campione limitato spesso utilizzati per l'analisi delle proteine. La Thermo Scientific NanoDrop 2000c Spettrofotometro risolve questo problema con un innovativo sistema di ritenzione del campione che tiene campioni microvolumi tra due superfici di misura utilizzando le proprietà di tensione superficiale dei liquidi, consentendo la quantificazione di campioni in volumi più bassi 0,5-2 microlitri. L'eliminazione di cuvette o capillari consente di modificare in tempo reale lunghezza del percorso, che riduce il tempo di misura mentre aumentando notevolmente la gamma dinamica delle concentrazioni di proteine ​​che possono essere misurati. La necessità di diluizioni è anche eliminata, e preparati per la quantificazione del campione sono relativamente facili come le superfici di misurazione può essere semplicemente cancellato con laboratorio pulire. In questo articolo video presenta le modifiche ai metodi tradizionali di proteine ​​concentrazione determinazione per la quantificazione degli importi microvolumi di proteine ​​utilizzando A280 letture di assorbanza o il saggio colorimetrico BCA.

Protocollo

I. Il NanoDrop 2000c spettrofotometro

NanoDrop tecnologia si basa su un innovativo sistema di ritenzione di esempio che utilizza la tensione superficiale di tenere e misurare campioni microvolumi tra due piedistalli ottico senza l'uso di cuvette o capillari. Il NanoDrop 2000c spettrofotometro utilizza questa tecnologia per misurare rapidamente e facilmente 0,5-2 ml di gocce proteine, DNA, RNA, e altre biomolecole. Questa capacità è diventato sempre più importante come si evolvono continuamente le tecniche molecolari di utilizzare piccole quantità di materiale per l'analisi. L'ideale spettrofotometro microvolumi per le condizioni in cui è limitato campione. Tuttavia, la facilità d'uso, ciclo di misura veloce e, e gamma di concentrazione estesa anche fare lo spettrofotometro adatto quando grandi quantità di campione sono disponibili. Il ciclo di misura è inoltre notevolmente ridotto, aiutando gli scienziati aumentare l'efficienza per tutta la loro flussi di lavoro.

Il microsample è posizionato direttamente sulla parte superiore della superficie di rilevamento e una colonna di liquido si crea tra le estremità delle fibre ottiche dalla tensione superficiale. Questa colonna liquida forma un percorso verticale ottico. Una lampada flash allo xeno fornisce la fonte di luce e uno spettrometro utilizza un CCD lineare viene utilizzato per analizzare la luce che passa attraverso il campione.

Rimozione dei dispositivi di contenimento tradizionali come cuvette dal sistema presenta diversi vantaggi: piccole quantità di campione sono necessari per la misura, la pulizia richiede semplicemente strofinando le superfici ottiche con un laboratorio pulire, e la lunghezza del percorso può essere modificato in tempo reale durante la misurazione.

Il 2000c NanoDrop determina la lunghezza ottimale percorso automaticamente (1 mm a 0,05 mm), fornendo la più ampia gamma di misure possibili concentrazione proteica senza diluizioni. Accorciando la lunghezza del percorso, più alte concentrazioni di proteine ​​può essere misurata. Questo rimuove efficacemente la necessità di effettuare diluizioni dei campioni più proteine. Ad esempio, il 2000c NanoDrop in grado di misurare le concentrazioni di BSA alto come 400 mg / ml.

Il NanoDrop 2000c spettrofotometro è uno spettrofotometro spettro per misurare la densità ottica di DNA, RNA, proteine ​​e altre biomolecole. Questo protocollo video sarà incentrato sulla misurazione delle proteine.

II. Microvolumi Concentrazione Determinazione delle proteine ​​Utilizzando A280 Misure Assorbanza

a. Principio di A280 Misure

Il metodo A280 proteina è applicabile a proteine ​​purificate che contengono triptofano, tirosina, fenilalanina o residui di cisteina-cisteina legami disolfuro e assorbanza esporre a 280 nm. Questo metodo utilizza il valore di assorbanza A280 in combinazione con il coefficiente di estinzione di massa o il coefficiente di estinzione molare per calcolare la concentrazione della proteina purificata. Il vantaggio di diretto A280 misure è che la generazione di una curva standard non è necessario per determinare la concentrazione di proteine. Se il campione è una soluzione proteica non caratterizzato, lisato cellulare, o l'estratto di proteina grezza, quindi utilizzando uno dei metodi colorimetrici preconfigurato disponibile sul 2000/2000c NanoDrop, come ad esempio BCA, Pierce 660 nm, Bradford, Lowry e saggi, è raccomandata.

b. Microvolumi Proteine ​​A280 Misure - Avvio

1. Selezionare l'applicazione A280 proteine ​​dal menu principale.
2. Seleziona il tipo di campione da misurare dal menu a discesa. L'impostazione predefinita è consigliata per la maggior parte delle miscele di proteine ​​sconosciute in cui 1 Abs = 1 mg / mL. Se misura una proteina precedentemente caratterizzata purificata, allora o il coefficiente di estinzione di massa o coefficiente di estinzione molare e peso molecolare possono essere inseriti per determinare la concentrazione di proteine ​​più preciso.
3. Scegliere l'unità di concentrazione dal menu a discesa.

c. Microvolumi Proteine ​​Misure A280 - Blanking

1. Stabilire il bianco con un buffer adeguato. E 'importante utilizzare il buffer in cui viene sospesa la proteina. Il buffer utilizzato deve essere lo stesso pH e di una forza simile ionica come la soluzione del campione. Nota: buffer RIPA contribuire assorbanza troppo a 280 nm e sono quindi incompatibili con le misure dirette proteine ​​A280. Per le proteine ​​sospese in un buffer RIPA, si consiglia di concentrazione proteica essere determinata usando un test tampone compatibile RIPA colorimetriche.
2. Pipettare 2 ml di soluzione appropriata di chiusura sul piedistallo in basso, abbassare il braccio e fare clic su Vuoto.
3. Pulire la soluzione del bianco dal piedistalli inferiore e superiore con un laboratorio panno asciutto.

d. Microvolumi Proteine ​​Misure A280 di misura

Considerazioni importanti: L'omogeneità del campione è estremamenteimportante, in quanto tale un piccolo volume che viene misurato. Per garantire che i campioni siano omogenei, mescolare delicatamente ma accuratamente i campioni immediatamente prima di assumere una aliquota per la misurazione. Evitare l'introduzione di bolle durante la miscelazione e pipettaggio.

A causa della variabilità della tensione superficiale tra le diverse proteine, si consiglia di carico 2 ml di campioni per assicurare un'adeguata formazione colonna. Utilizzare sempre bassi puntali di ritenzione. Per caricare un campione, toccare la punta della pipetta sulla superficie inferiore piedistallo ottica mentre espellere la soluzione per evitare che la soluzione di aderire alla parte esterna della punta della pipetta. Espellere inferiore all'importo totale del campione per evitare scoppio e l'introduzione di bolle nel campione.

1. Immettere un ID campione nel campo appropriato, carico 2 l di primo campione come descritto per la Misura vuoto e fare clic. Una nuova aliquota 2μL del campione dovrebbe essere utilizzato per ogni misura.
2. Rimuovere il campione dal piedistalli inferiore e superiore con un laboratorio panno asciutto.

e. Microvolumi Proteine ​​A280 Misure di pulizia

Un normale e privo di lanugine, pulire laboratorio è spesso sufficiente per pulire i piedistalli ottica tra le misurazioni.

f. Fare Proteine ​​A280 Misure Ricondizionamento

Soluzioni e reagenti contenenti tensioattivi può uncondition le superfici di misura piedistallo nel corso del tempo, impedendo la colonna di liquido campione di forma. Un appiattimento della goccia sul piedistallo più basso è indicativo della superficie ottica diventa incondizionato. Se le proprietà di superficie sono stati compromessi, ricondizionamento i piedistalli è importante garantire colonna formazione del campione. In questo caso, lucidare le superfici ottiche con forza usando laboratorio pulire o utilizzare Compound NanoDrop piedistallo Ricondizionamento (PR-1) come indicato.

III. Microvolumi Concentrazione Determinazione proteine ​​mediante test colorimetrici

a. Principio di rilevamento colorimetrico

Lo spettrofotometro NanoDrop 2000c può essere utilizzato anche per misurare soluzioni di proteine ​​non caratterizzato, lisati di cellule, proteine ​​ed estratti grezzi mediante test colorimetrici.

Metodi colorimetrici sono metodi indiretti che richiedono l'interazione di una tintura con la componente proteica del campione per la produzione di un nuovo complesso che assorbe la luce nella gamma di lunghezze d'onda visibili.

Lo spettrofotometro NanoDrop 2000c ha diversi test colorimetrici pre-configurati tra cui BCA, Pierce 660, Bradford, Lowry e metodi. Il test BCA sarà dimostrato come un test colorimetrico esempio utilizzando uno spettrofotometro microvolumi. (Screenshot)

L'(acido Bicinchoninic) BCA test è un metodo comune colorimetrico spesso utilizzato per soluzioni di proteine ​​diluite e proteine ​​in presenza di componenti che sono significativi UV (280 nm) assorbanza. A differenza del metodo A280 proteine, il metodo BCA Protein richiede che una curva standard essere generato prima di concentrazioni di proteine ​​del campione può essere misurata.

Il metodo utilizza acido bicinchoninic (BCA) come reagenti di rilevamento. Il Cu-BCA chelato formano in presenza di proteine ​​è misurata a 562 nm e normalizzato a 750 nm.

b. Microvolumi BCA saggio Misure BCA saggio Preparazione

1. I reagenti necessari sono contenuti nel kit riducente compatibile (Thermo Scientific gatto Pierce non 23250..): Reagente BCA A, B reagente BCA, reagente compatibilità, buffer di ricostituzione, e albumina (BSA) standard.
2. Equilibrare tutte le proteine ​​sconosciute e gli standard di proteine ​​a temperatura ambiente e mescolare accuratamente.
3. Preparare abbastanza fresca reagente di lavoro per gli standard ed i campioni da misurare con un rapporto di 50:1 di reagente A: B
4. Per l'analisi micro, utilizzare un rapporto 1:1 di reagente di lavoro a campione. Aggiungere 10 ml di reagente di lavoro a ciascuna provetta con tubi sufficiente a coprire tutti i campioni e standard. Per l'alta gamma test, utilizzare un rapporto di 20:01 di reagente di lavoro a campione. Aggiungere 190 ml di reagente di lavoro a ciascuna provetta con tubi sufficiente a coprire tutti i campioni e standard. Fare riferimento alla BCA Pierce corredo della documentazione per stabilire quale rapporto è adatto per i vostri campioni.
5. Aggiungere 10 ml di standard o campione per ciascun tubo contenente reagente. Mescolate bene delicatamente vortex.
6. Incubare le provette a 37 ° C per 30 minuti.
7. Lasciare le reazioni a temperatura ambiente (~ 10 minuti).

c. Microvolumi Misure saggio BCA Generazione Curva Standard

1. Selezionare il metodo BCA Protein dal menu principale. Se la finestra di verifica lunghezza d'onda appare, assicurarsi che il braccio è basso.
2. Immettere i valori per ogni concentrazione standard nella tabella riquadro di destra. Il software permette di riferimento e fino a 7 additstandard ionale. Il riferimento e / o norme devono essere misurate in replica.
   Nota: Il requisito minimo per la generazione di curva standard è la misura di due standard o la misura del riferimento zero e almeno uno standard. Si raccomanda che gli standard aggiuntivi essere inclusi come necessario per coprire il previsto intervallo di concentrazione test.
3. Stabilire un vuoto. Il vuoto per test colorimetrici è generalmente deionizzata H ₂ O.
4. Pipettare 2 ml di dH ₂ O sul piedistallo in basso, abbassare il braccio e fare clic su Vuoto. Solo un vuoto necessario per coprire tutte le successive misurazioni di riferimento e standard.
5. Stabilire il riferimento pipettando un'aliquota di 2 microlitri contenente solo reagente di lavoro e di buffer con nessuna proteina sul piedistallo più basso. Abbassare il braccio e Misura clic.
6. Nella scheda standard, evidenziare lo standard desiderato e Pipettare 2 ml di standard desiderato sul piedistallo più basso. Abbassare il braccio e Misura clic. Ripetere la procedura per tutte le norme. Assicurati di misurare tutti gli standard prima di campioni di misura. Per visualizzare curva standard fare clic su Visualizza Curva Standard.

d. Microvolumi Misure Assay BCA 2 Misure proteine ​​microlitri

1. Dopo tutti gli standard sono stati misurati, fare clic sul pulsante Campioni. Inserire l'ID del campione. Carico 2 l di campione sul piedistallo più basso e fare clic su Misura. Una nuova aliquota 2 l di campione deve essere utilizzato per ogni misurazione.
2. Pulire il campione dal piedistalli inferiore e superiore con un laboratorio panno asciutto.

e. Microvolumi Misure di analisi BCA di pulizia e ricondizionamento

Effettuare la pulizia e ricondizionamento, come descritto nella diretto A280 misurazioni dell'assorbanza.

Rappresentante dei risultati:

Determinazione delle proteine ​​microvolumi concentrazione è effettuata sia da un diretto A280 misura o un saggio colorimetrico indiretto. L'A280 esempio di misura determina la concentrazione di proteine ​​in base al coefficiente di estinzione della proteina di interesse. Il test colorimetrico BCA esempio determina la concentrazione di proteine ​​a base di una curva standard di concentrazioni di proteina nota.

Discussione

Quantificazione microvolumi utilizza le proprietà intrinseche tensione superficiale di un campione a formare una colonna di liquido tra due superfici di misura. L'assenza di un dispositivo di contenimento, la lunghezza del percorso permette di modificare in tempo reale, essenzialmente eliminando la necessità di eseguire diluizioni. Questa capacità aumenta notevolmente la gamma dinamica delle concentrazioni di proteine, nonché la velocità di misura. Utilizzando quantità minime di campione, un gran numero di campioni possono essere analizzati rapidamente e con precisione, permettendo agli scienziati di prendere più misure e ottenere il controllo di qualità migliore. Inoltre, e, se necessario, i campioni preziosi possono essere recuperati dopo l'assunzione di una misura. Quando questi piccoli volumi vengono misurati, l'omogeneità del campione è estremamente importante per evitare gli errori di campionamento. Bassa puntali di conservazione deve essere sempre usato per i campioni di carico e le punte dovrebbe essere cambiato tra il campione replica. Le superfici piedistallo devono essere puliti e condizionati a garantire i risultati più accurati. Infine, lo spettrofotometro microvolumi è ideale quando campione è limitato, tuttavia, la facilità d'uso, velocità e ampia gamma dinamica dello spettrometro lo rendono adatto campione quando è abbondante.

Materiali

Material Name	Type	Company	Catalogue Number	Comment
Name	Company	Catalog Number	Comments
NanoDrop 2000c Spectrophotometer		Thermo Scientific
Laboratory wipes
Pierce BCA Protein Assay Kit		Thermo Scientific	23250	Reducing agent compatible
PR-1 Reconditioning Kit		Thermo Scientific