JoVE Logo
Faculty Resource Center

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

Abstract

Medicine

تحديد

Published: February 1st, 2013

DOI:

10.3791/50156

1Department of Obstetrics, Gynecology & Women's Health, Masonic Cancer Center, University of Minnesota, Minneapolis, 2Department of Genetics, Cell Biology & Development, Center for Genome Engineering, University of Minnesota, Minneapolis

الجينومية وتحليل البروتين، transcriptomic، وepigenomic الأورام الإنسان تشير إلى أن هناك الآلاف من الحالات الشاذة في كل جينوم السرطان مقارنة مطابقة الأنسجة الطبيعية. بناء على هذه التحليلات من الواضح أن هناك العديد من السائقين الجينية غير مكتشفة من السرطان 1. للأسف مخفية ضمن برامج التشغيل هذه عدد أكبر بكثير من الحالات الشاذة الركاب في الخريطة الوراثية البشرية التي لا تساهم مباشرة في تشكيل الورم. وثمة جانب آخر للجينوم السرطان أن هناك عدم تجانس كبير الوراثية ضمن أنواع الأورام مماثلة. يمكن لكل ورم تؤوي الطفرات المختلفة التي توفر ميزة انتقائية لتكوين ورم 2. أداء غير منحازة شاشة الوراثية إلى الأمام في الفئران يوفر الأدوات اللازمة لتوليد أورام وتحليل تركيبتها الجينية، مع الحد من خلفية الطفرات الركاب. ونظام النوم الجمال ينقول (SB) هو أسلوب واحد من هذا القبيل 3. النظام يستخدم المحمول SB الخامسectors (ترانسبوزونات) التي يمكن إدراجها في جميع أنحاء الجينوم من قبل انزيم transposase. وتقتصر الطفرات إلى نوع خلية معينة من خلال استخدام أليل transposase الشرطي الذي يتم تفعيلها من خلال لجنة المساواة العرقية Recombinase. خطوط الماوس وجود العديد من لجنة المساواة العرقية التي Recombinase صريحة في أنسجة معينة. عن طريق عبور واحدة من هذه الخطوط إلى أليل transposase المشروطة (مثل السلمون المدخن للتوقف وكس-SB11)، يتم تنشيط نظام SB فقط في الخلايا التي تعبر عن لجنة المساواة العرقية Recombinase. ستقوم لجنة المساواة العرقية Recombinase المكوس شريط التوقف الذي يمنع التعبير عن أليل transposase، وبالتالي تفعيل الطفرات ينقول في نوع من الخلايا المعينة. يبدأ على شاشة SB عن طريق تربية ثلاث سلالات من الفئران المعدلة وراثيا بحيث تحمل الفئران التجريبية أليل transposase المشروط، وهو concatamer من ترانسبوزونات، وRecombinase لجنة المساواة العرقية أليل الأنسجة محددة. ويسمح لهذه الفئران في العمر حتى شكل أورام وتصبح المحتضرة. الفئران هي ثميتم عزل الحمض النووي الجيني وnecropsied من الأورام. المقبل، وتعرض الحمض النووي الجيني لPCR-رابط بوساطة (LM-PCR) التي تؤدي إلى التضخيم من مواضع الجينومية التي تحتوي على ينقول SB. LM-PCR يقوم على وجود ورم واحد سيؤدي إلى مئات amplicons متميزة تمثل مئات مواضع الجينومية التي تحتوي على الإدراج في 4 ينقول ورم واحد. يتم تحليل الإدراج ينقول في جميع الأورام وتحديد المواقع الإدراج المشترك (كيبك) باستخدام الأساليب الإحصائية المناسبة 5. الجينات داخل رابطة الدول المستقلة من المرجح للغاية أن تكون الجينات المسرطنة أو الجينات الكابتة للورم، وتعتبر جينات السرطان مرشح. مزايا استخدام نظام لتحديد الجينات SB سرطان المرشحة هي: 1) يمكن بسهولة أن يكون موجودا ينقول في الجينوم لأنه من المعروف تسلسل لها، 2) تبديل يمكن أن يوجه إلى نوع تقريبا أي خلية و3) وقادر على ينقول عرض كل مكسب والخسارة من وظيفة الطفرات 6. وfollowiنانوغرام بروتوكول يصف كيفية وضع وتنفيذ شاشة الوراثية إلى الأمام باستخدام نظام ينقول SB لتحديد جينات السرطان مرشح (الشكل 1).

Explore More Videos

72 DNA PCR

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Research

Education

ABOUT JoVE

Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved