JoVE Logo
Faculty Resource Center
Authors
Librarians
High Schools
About

Sign In

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Representative Results

Discussion

Acknowledgements

Materials

References

Immunology and Infection

مسحة طريقة أخذ العينات للكشف عن نوروفيروس الإنسان على السطوح

Published: February 6th, 2017

DOI:

10.3791/55205

1Division of Viral Diseases, Centers for Disease Control and Prevention

A macrofoam based sampling methodology was developed and evaluated for the detection and quantification of norovirus on environmental hard surfaces.

noroviruses الإنسان هي السبب الرئيسي لانتشار الوباء والتهاب المعدة والأمعاء متفرقة في جميع أنحاء العالم. لأنه إما تنتشر معظم حالات العدوى مباشرة عبر الطريق من شخص إلى شخص أو بشكل غير مباشر من خلال الأسطح البيئية أو المواد الغذائية، الملابس والأشياء الملوثة والأسطح غير حية هي وسائل هامة لانتشار الفيروس خلال تفشي نوروفيروس.

قمنا بتطوير وتقييم بروتوكول باستخدام مسحات macrofoam للكشف والكتابة من noroviruses الإنسان من الأسطح الصلبة. مقارنة مع مسحات ذات الرؤوس الألياف أو مناديل التحجر، ومسحات macrofoam تسمح الانتعاش فيروس (المدى 1،2 حتي 33،6٪) من الأسطح مقعد المرحاض لمدة تصل إلى 700 سم 2. ويتضمن البروتوكول الخطوات اللازمة لاستخراج الفيروس من مسحات ومزيد من تركيز الحمض النووي الريبي الفيروسي باستخدام الأعمدة تدور. في المجموع، 127 (58.5٪) من 217 عينات المسحة التي تم جمعها من الأسطح في السفن السياحية ومرافق الرعاية طويلة الأجل حيث نوروفيروس التهاب المعدة والأمعاء كانذكرت ثبتت اصابتهم GII نوروفيروس بواسطة RT-QPCR. هذه 29 (22.8٪) يمكن مرمزة بنجاح. وفي الختام، والكشف عن نوروفيروس على الأسطح البيئية باستخدام بروتوكول ضعنا يمكن أن تساعد في تحديد مستوى التلوث البيئي خلال تفشي وكذلك الكشف عن الفيروس عندما العينات السريرية غير متاحة؛ كما أنها قد تسهل رصد فعالية استراتيجيات العلاج.

noroviruses الإنسان هي السبب الرئيسي لانتشار الوباء والتهاب المعدة والأمعاء الحاد متفرقة في جميع أنحاء العالم 1، 2، 3. فيروس معد للغاية ويحدث انتقال العدوى عن طريق الشخص المباشر للشخص التفاعل أو بشكل غير مباشر من خلال اتصال مع الغذاء الملوث أو الماء أو الأسطح البيئية. Noroviruses يمكن تسليط لفترات طويلة وطويلة بقاء الفيروس على الأسطح البيئية وقد تم توثيق 1، 2، 3. خلال ذروة سفك، يتم الإفراج عن المليارات من جزيئات الفيروس في كل غرام من الب....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

1. مسحة أخذ العينات في الميدان

  1. ارتداء زوج من القفازات النظيفة.
  2. قياس حجم المنطقة أخذ العينات دون لمس السطح باستخدام شريط قياس أو الحاكم. محاولة لتقدير المساحة بأكبر قدر ممكن، وملء استمارة الت.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

ويعرض الشكل 1 مخطط للبروتوكول أخذ العينات مسحة. يتكون هذا البروتوكول من أربع خطوات رئيسية. 1) جمع العينات، 2) تخزين العينات والنقل، 3) الفيروسية تنقية الحمض النووي الريبي وتركيز و4) RT-QPCR فحص والتنميط الجيني.

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Noroviruses لها الجرعة المعدية الإنسان 50٪ بين 18 و 10 3 جزيئات الفيروس 20. ولذلك، حتى التلوث على مستوى منخفض من الأسطح قد تشكل خطرا على الصحة العامة. تم تقييم عدة جوانب بروتوكول أخذ العينات مسحة بما في ذلك: 1) المواد مسحة مختلفة، 2) مسحات حالة التخزين أثناء الن?.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

The authors have no acknowledgements.

....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

NameCompanyCatalog NumberComments
Generic name for kits
Macrofoam swabPremoistened EnviroMax Swab kit Puritan2588060PFUW
 RNA Lysis buffer CDC UNEX bufferMicrobiologicsCat No MR0501
RNA extraction spin columnMidi columnOmega BiotekCat No R6664-02
RNA purification spin columnZymol RNA Clean and Concentrator kit Zymo ResearchCat No R1016
Real time RT-PCR kitAgPath kit One-Step RT-PCR KitLife TechnologiesCat No 4387391
Conventional RT-PCR kitQiagen one step RT-PCR kitQiagen kitCat No 210212
Gel extraction kitQiagen QIAquick gel extraction kitQiagen kitCat No 28704 or 28706
Coliphage MS2ATCCCat No 15597-B1
RNA run-off transcriptsBacteriophage MS2 (ATCC No. 15597-B1) can be cultivated using Escherichia coli (E.coli) Famp (ATCC No. 700891). 
Realtime PCR platformApplied BiosystemsModel ABI 7500GI and GII RNA run off transcripts were quantified spectrophotometrically at A260, diluted in diethyl pyrocarbonate-treated water to 1 × 106 copies/ μl, and stored at −80°C with 1.0 U /μl RNasin (Promega, Madison, WI). 
Optical 96-well reaction plateThermo ScientificCat No 4316813
MicroAmp Clear Adhesive Film Thermo ScientificCat No 4306311

  1. Isakbaeva, E. T., et al. Norovirus transmission on cruise ship. Emerg. Infect. Dis. 11, 154-158 (2005).
  2. Lopman, B. A., Gastañaduy, P., Park, G. W., Hall, A. J., Parashar, U. D., Vinjé, P. Environmental transmission of norovirus gastroenteritis. Curr. Opin. Virol. 2 (1), 1-7 (2011).
  3. Malek, M., et al. Outbreak of norovirus infection among river rafters associated with packaged delicatessen meat, Grand Canyon, 2005. Clin Infect Dis. 48 (1), 31-37 (2009).
  4. Atmar, R. L., et al. Norwalk virus shedding after experimental human infection. Emerg. Infect. Dis. 14 (10), 1553-1557 (2008).
  5. Glass, R. I., Parashar, U. D., Estes, M. K. Norovirus gastroenteritis. N. Engl. J. Med. 361 (18), 1776-1785 (2009).
  6. Park, G. W., et al. Evaluation of a New Environmental Sampling Protocol for Detection of Human Norovirus on Inanimate Surfaces. Appl. Environ. Microbiol. 81 (17), 5987-5992 (2015).
  7. Barker, J., Jones, M. V. The potential spread of infection caused by aerosol contamination of surfaces after flushing a domestic toilet. J. Appl. Microbiol. 99, 339-347 (2005).
  8. Tung-Thompson, G., Libera, D. A., Koch, K. L., de Los Reyes, F. L., Jaykus, L. A. Aerosolization of a Human Norovirus Surrogate, Bacteriophage MS2, during Simulated Vomiting. PloS one. 10, 0134277 (2015).
  9. Atmar, R. L., et al. Determination of the 50% human infectious dose for Norwalk virus. J. Infect. Dis. 209 (7), 1016-1022 (2014).
  10. Petrignani, M., van Beek, J., Borsboom, G., Richardus, J. H., Koopmans, M. Norovirus introduction routes into nursing homes and risk factors for spread: a systematic review and meta-analysis of observational studies. J. Hosp. Infect. 89 (3), 163-178 (2015).
  11. . Centers for Disease Control Prevention. Norovirus outbreak in an elementary school--District of Columbia, February 2007. MMWR. Morb. Mortal. Wkly. Rep. 56 (51-52), 1340-1343 (2008).
  12. Cheesbrough, J. S., Barkess-Jones, L., Brown, D. W. Possible prolonged environmental survival of small round structured viruses. J. Hosp. Infect. 35, 325-326 (1997).
  13. Julian, T. R., Tamayo, F. J., Leckie, J. O., Boehm, A. B. Comparison of surface sampling methods for virus recovery from fomites. Appl. Environ. Microbiol. 77, 6918-6925 (2011).
  14. Taku, A., et al. Concentration and detection of caliciviruses from food contact surfaces. J. Food. Prot. 65, 999-1004 (2002).
  15. Scherer, K., Ellerbroek, L., Schulenburg, J., Johne, R., Klein, G. Application of a swab sampling method for the detection of norovirus and rotavirus on artifically contaminated food and environmental surfaces. Food. Environ. Virol. 1 (42), 42-49 (2009).
  16. Herzog, A. B., et al. Evaluation of sample recovery efficiency for bacteriophage P22 on fomites. Appl. Environ. Microbiol. 78, 7915-7922 (2012).
  17. Vega, E., et al. CaliciNet: A Novel Surveillance Network for Norovirus Gastroenteritis Outbreaks in the United States. Emerging Infectious Diseases. 17 (8), 1389-1395 (2011).
  18. Rolfe, K. J., et al. An internally controlled, one-step, real-time RT-PCR assay for norovirus detection and genogrouping. J Clin Virol. 39 (4), 318-321 (2007).
  19. Kittigul, L., et al. Norovirus GII-4 2006b variant circulating in patients with acute Thailand during a 2006-2007 study. J. Med. Virol. 82 (5), 854-860 (2010).
  20. Teunis, P. F., et al. Norwalk virus: how infectious is it. J. Med. Virol. 80 (8), 1468-1476 (2008).
  21. Wollants, E., et al. Evaluation of a norovirus sampling method using sodium dodecyl sulfate/EDTA-pretreated chromatography paper strips. J. Virol. Methods. 122, 45-48 (2004).
  22. Weir, M. H., Shibata, T., Masago, Y., Cologgi, D., Rose, J. B. The Effect of Surface Sampling and Recovery of Viruses and Non-Spore Forming Bacteria on a QMRA Model for Fomites. Environ. Sci. Technol. 50 (11), 5945-5952 (2016).
  23. . Microbiology of food and animal feed-Horizontal method for determination of hepatitis A virus and norovirus in food using real-time RT-PCR. International Organization for Standardization (ISO). , (2013).
  24. Huslage, K., Rutala, W. A., Sickbert-Bennett, E., Weber, D. J. A quantitative approach to defining "high-touch" surfaces in hospitals. Infect. Control. Hosp. Epidemiol. 31 (8), 850-853 (2010).
  25. Wu, H. M., et al. A norovirus outbreak at a long-term-care facility: the role of environmental surface contamination. Infect. Control. Hosp. Epidemiol. 26 (10), 802-810 (2005).
  26. Ikner, L. A., Gerba, C. P., Bright, K. R. Concentration and recovery of viruses from water: a comprehensive review. Food Environ. Virol. 4 (2), 41-67 (2012).
  27. Gallimore, C. I., et al. Environmental monitoring for gastroenteric viruses in a pediatric primary immunodeficiency unit. J. Clin. Microbiol. 44 (2), 395-399 (2006).
  28. Ganime, A. C., et al. Dissemination of human adenoviruses and rotavirus species A on fomites of hospital pediatric units. Am J Infect Control. , (2016).
  29. Verani, M., Bigazzi, R., Carducci, A. Viral contamination of aerosol and surfaces through toilet use in health care and other settings. Am J Infect Control. 42 (7), 758-762 (2014).

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved