JoVE Logo
Faculty Resource Center

Sign In

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Representative Results

Discussion

Acknowledgements

Materials

References

Immunology and Infection

Pinne Prøvetaking metode for påvisning av humant Norovirus på overflater

Published: February 6th, 2017

DOI:

10.3791/55205

1Division of Viral Diseases, Centers for Disease Control and Prevention

A macrofoam based sampling methodology was developed and evaluated for the detection and quantification of norovirus on environmental hard surfaces.

Menneske noroviruses er en ledende årsak til epidemien og sporadisk gastroenteritt på verdensbasis. Fordi de fleste infeksjoner er enten spres direkte via person-til-person rute eller indirekte gjennom miljø overflater eller mat, forurenset fomites og livløse overflater er viktige kjøretøy for spredning av viruset i løpet av norovirus-utbrudd.

Vi utviklet og evaluert en protokoll ved hjelp macrofoam vattpinner for påvisning og typing av menneskelige noroviruses fra harde overflater. Sammenlignet med fiber-tipped vattpinner eller antistatiske våtservietter, macrofoam vattpinner tillate virus recovery (range 1,2 til 33,6%) fra toalettsete flater på opp til 700 cm 2. Protokollen omfatter trinn for utvinning av viruset fra vattpinner og ytterligere konsentrasjon av det virale RNA ved å bruke spinnkolonner. Totalt 127 (58,5%) av 217 penselprøver som hadde blitt samlet inn fra overflater i cruiseskip og langsiktig omsorg anlegg hvor norovirus gastroenteritt hadde værtrapportert testet positivt for GII norovirus ved RT-qPCR. Av disse var 29 (22,8%) kunne med hell genotypede. I konklusjonen, påvisning av norovirus om miljø overflater ved hjelp av protokollen vi utviklet kan bistå i å bestemme nivået av miljøforurensning ved utbrudd samt påvisning av virus når kliniske prøver er ikke tilgjengelig; det kan også legge til rette for overvåking av effektiviteten av utbedring strategier.

Menneske noroviruses er en ledende årsak til epidemien og sporadisk akutt gastroenteritt på verdensbasis en, to, tre. Viruset er svært smittsom og overføring skjer ved direkte person til person interaksjon eller indirekte gjennom kontakt med forurenset mat, vann eller miljømessige overflater. Noroviruses kan kaste i lengre perioder og forlenget overlevelse av virus på miljø overflater er dokumentert en, to, tre. Under topp shedding, er milliarder av viruspartikler frigjort pr ....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

1. Swab Prøvetaking i felt

  1. Bruk en ren par hansker.
  2. Måle størrelsen på samplingsområdet uten å berøre overflaten ved hjelp av et målebånd eller linjal. Prøv å anslå området så nøyaktig som mulig og fylle ut et rapportskjema (Supplerende tabell 1).
  3. Sjekk pinne kit for mulige lekkasjer og etiketten prøvetransportveske og penselsett.
  4. Flytt pinnen over prøvetakingsområdet som følger: ett slag i horisontal retning, ett slag i vertikal retning, og et.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Figur 1 viser et flytskjema av prøvetagnings vattpinnen protokollen. Denne protokollen består av fire hovedtrinn; 1) prøvetaking, 2) prøveoppbevaring og transport, 3) viralt RNA rensning og konsentrasjon og 4) RT-qPCR-analyse og genotyping.

Figur 1
Figur 1: Flytskjema av den endelige protokollen for miljø overflaten prøvetaking av nor.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Noroviruses har en 50% menneskelig smittende dose mellom 18 og 10 tre viruspartikler 20. Derfor kan til og med lavt nivå forurensning av overflater utgjør et offentlig helserisikoen. Flere aspekter av prøvetakingspinne protokollen ble evaluert inkludert: 1) ulike pensel materialer, 2) oppbevaring tilstand spinner under transport, 3) viral RNA konsentrasjon, og 4) coliphage MS2 som intern utvinning kontroll.

Inntil nylig hadde bare resultatene for kompres.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

The authors have no acknowledgements.

....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

NameCompanyCatalog NumberComments
Generic name for kits
Macrofoam swabPremoistened EnviroMax Swab kit Puritan2588060PFUW
 RNA Lysis buffer CDC UNEX bufferMicrobiologicsCat No MR0501
RNA extraction spin columnMidi columnOmega BiotekCat No R6664-02
RNA purification spin columnZymol RNA Clean and Concentrator kit Zymo ResearchCat No R1016
Real time RT-PCR kitAgPath kit One-Step RT-PCR KitLife TechnologiesCat No 4387391
Conventional RT-PCR kitQiagen one step RT-PCR kitQiagen kitCat No 210212
Gel extraction kitQiagen QIAquick gel extraction kitQiagen kitCat No 28704 or 28706
Coliphage MS2ATCCCat No 15597-B1
RNA run-off transcriptsBacteriophage MS2 (ATCC No. 15597-B1) can be cultivated using Escherichia coli (E.coli) Famp (ATCC No. 700891). 
Realtime PCR platformApplied BiosystemsModel ABI 7500GI and GII RNA run off transcripts were quantified spectrophotometrically at A260, diluted in diethyl pyrocarbonate-treated water to 1 × 106 copies/ μl, and stored at −80°C with 1.0 U /μl RNasin (Promega, Madison, WI). 
Optical 96-well reaction plateThermo ScientificCat No 4316813
MicroAmp Clear Adhesive Film Thermo ScientificCat No 4306311

  1. Isakbaeva, E. T., et al. Norovirus transmission on cruise ship. Emerg. Infect. Dis. 11, 154-158 (2005).
  2. Lopman, B. A., Gastañaduy, P., Park, G. W., Hall, A. J., Parashar, U. D., Vinjé, P. Environmental transmission of norovirus gastroenteritis. Curr. Opin. Virol. 2 (1), 1-7 (2011).
  3. Malek, M., et al. Outbreak of norovirus infection among river rafters associated with packaged delicatessen meat, Grand Canyon, 2005. Clin Infect Dis. 48 (1), 31-37 (2009).
  4. Atmar, R. L., et al. Norwalk virus shedding after experimental human infection. Emerg. Infect. Dis. 14 (10), 1553-1557 (2008).
  5. Glass, R. I., Parashar, U. D., Estes, M. K. Norovirus gastroenteritis. N. Engl. J. Med. 361 (18), 1776-1785 (2009).
  6. Park, G. W., et al. Evaluation of a New Environmental Sampling Protocol for Detection of Human Norovirus on Inanimate Surfaces. Appl. Environ. Microbiol. 81 (17), 5987-5992 (2015).
  7. Barker, J., Jones, M. V. The potential spread of infection caused by aerosol contamination of surfaces after flushing a domestic toilet. J. Appl. Microbiol. 99, 339-347 (2005).
  8. Tung-Thompson, G., Libera, D. A., Koch, K. L., de Los Reyes, F. L., Jaykus, L. A. Aerosolization of a Human Norovirus Surrogate, Bacteriophage MS2, during Simulated Vomiting. PloS one. 10, 0134277 (2015).
  9. Atmar, R. L., et al. Determination of the 50% human infectious dose for Norwalk virus. J. Infect. Dis. 209 (7), 1016-1022 (2014).
  10. Petrignani, M., van Beek, J., Borsboom, G., Richardus, J. H., Koopmans, M. Norovirus introduction routes into nursing homes and risk factors for spread: a systematic review and meta-analysis of observational studies. J. Hosp. Infect. 89 (3), 163-178 (2015).
  11. . Centers for Disease Control Prevention. Norovirus outbreak in an elementary school--District of Columbia, February 2007. MMWR. Morb. Mortal. Wkly. Rep. 56 (51-52), 1340-1343 (2008).
  12. Cheesbrough, J. S., Barkess-Jones, L., Brown, D. W. Possible prolonged environmental survival of small round structured viruses. J. Hosp. Infect. 35, 325-326 (1997).
  13. Julian, T. R., Tamayo, F. J., Leckie, J. O., Boehm, A. B. Comparison of surface sampling methods for virus recovery from fomites. Appl. Environ. Microbiol. 77, 6918-6925 (2011).
  14. Taku, A., et al. Concentration and detection of caliciviruses from food contact surfaces. J. Food. Prot. 65, 999-1004 (2002).
  15. Scherer, K., Ellerbroek, L., Schulenburg, J., Johne, R., Klein, G. Application of a swab sampling method for the detection of norovirus and rotavirus on artifically contaminated food and environmental surfaces. Food. Environ. Virol. 1 (42), 42-49 (2009).
  16. Herzog, A. B., et al. Evaluation of sample recovery efficiency for bacteriophage P22 on fomites. Appl. Environ. Microbiol. 78, 7915-7922 (2012).
  17. Vega, E., et al. CaliciNet: A Novel Surveillance Network for Norovirus Gastroenteritis Outbreaks in the United States. Emerging Infectious Diseases. 17 (8), 1389-1395 (2011).
  18. Rolfe, K. J., et al. An internally controlled, one-step, real-time RT-PCR assay for norovirus detection and genogrouping. J Clin Virol. 39 (4), 318-321 (2007).
  19. Kittigul, L., et al. Norovirus GII-4 2006b variant circulating in patients with acute Thailand during a 2006-2007 study. J. Med. Virol. 82 (5), 854-860 (2010).
  20. Teunis, P. F., et al. Norwalk virus: how infectious is it. J. Med. Virol. 80 (8), 1468-1476 (2008).
  21. Wollants, E., et al. Evaluation of a norovirus sampling method using sodium dodecyl sulfate/EDTA-pretreated chromatography paper strips. J. Virol. Methods. 122, 45-48 (2004).
  22. Weir, M. H., Shibata, T., Masago, Y., Cologgi, D., Rose, J. B. The Effect of Surface Sampling and Recovery of Viruses and Non-Spore Forming Bacteria on a QMRA Model for Fomites. Environ. Sci. Technol. 50 (11), 5945-5952 (2016).
  23. . Microbiology of food and animal feed-Horizontal method for determination of hepatitis A virus and norovirus in food using real-time RT-PCR. International Organization for Standardization (ISO). , (2013).
  24. Huslage, K., Rutala, W. A., Sickbert-Bennett, E., Weber, D. J. A quantitative approach to defining "high-touch" surfaces in hospitals. Infect. Control. Hosp. Epidemiol. 31 (8), 850-853 (2010).
  25. Wu, H. M., et al. A norovirus outbreak at a long-term-care facility: the role of environmental surface contamination. Infect. Control. Hosp. Epidemiol. 26 (10), 802-810 (2005).
  26. Ikner, L. A., Gerba, C. P., Bright, K. R. Concentration and recovery of viruses from water: a comprehensive review. Food Environ. Virol. 4 (2), 41-67 (2012).
  27. Gallimore, C. I., et al. Environmental monitoring for gastroenteric viruses in a pediatric primary immunodeficiency unit. J. Clin. Microbiol. 44 (2), 395-399 (2006).
  28. Ganime, A. C., et al. Dissemination of human adenoviruses and rotavirus species A on fomites of hospital pediatric units. Am J Infect Control. , (2016).
  29. Verani, M., Bigazzi, R., Carducci, A. Viral contamination of aerosol and surfaces through toilet use in health care and other settings. Am J Infect Control. 42 (7), 758-762 (2014).

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Research

Education

ABOUT JoVE

Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved