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Immunology and Infection

Le sauvetage et la caractérisation du virus recombinant à partir d'un nouveau clone infectieux du virus Zika du monde

Published: June 7th, 2017

DOI:

10.3791/55857

1Department of Microbiology, Immunology, and Pathology, Colorado State University, 2Division of Vector-Borne Diseases, Centers for Disease Control and Prevention

Ce protocole décrit la récupération du virus Zika infectieux à partir d'un clone d'ADNc infectieux à deux plasmides.

Les clones d'ADNc infectieux permettent une manipulation génétique d'un virus, facilitant ainsi le travail sur les vaccins, la pathogenèse, la replication, la transmission et l'évolution virale. Nous décrivons ici la construction d'un clone infectieux pour le virus Zika (ZIKV), qui provoque actuellement une épidémie explosive dans les Amériques. Pour éviter toute toxicité pour les bactéries qui sont communément observées avec les plasmides dérivés du flavivirus, nous avons généré un système à deux plasmides qui sépare le génome du gène NS1 et est plus stable que les constructions complètes qui ne peuvent pas être récupérées avec succès sans mutations. Après la digestion et la ligature pour rejoindre les deux fragments, l'ARN viral complet peut être généré par une transcription in vitro avec de l'ARN polymérase T7. Après l'électroporation de l'ARN transcrit dans les cellules, le virus a été récupéré qui a montré une cinétique de croissance in vitro similaire et des phénotypes de virulence et d'infection in vivo chez les souris et les moustiques, respectivement.

Le virus Zika (ZIKV; Family Flaviviridae : Genre Flavivirus ) est un flavivirus transmis par des moustiques qui est arrivé au Brésil en 2013-14 et a ensuite été associé à une épidémie massive de maladie fébrile qui s'est répandue dans les Amériques 1 . En outre, le ZIKV a été lié à des résultats sévères liés à la maladie, tels que le syndrome de Guillain-Barré chez les adultes et la microcéphalie chez les fœtus et les nouveau-nés 2 . On savait peu à propos de ZIKV avant sa propagation rapide dans l'hémisphère occidental. Cela comprenait un manque d'outils moléculaires, entravant ainsi la re....

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1. Transformer et récupérer des plasmides de clones infectieux

  1. Transformez les deux plasmides (séparément) en utilisant un protocole de transformation commercial ( p. Ex . NEB 5 Minute Transformation Protocol) avec quelques modifications. Les deux plasmides contiennent un gène codant pour la résistance à l'ampicilline, utilisent donc l'ampicilline ou la carbénicilline pour la sélection. La carbénicilline est préférée, car elle est plus stable.
    1. Enlevez le.......

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Le protocole décrit ici permet la récupération du virus infectieux dérivé du clone Zika. La manipulation du système de clones infectieux à deux plasmides est simple lorsqu'ils sont exécutés avec précaution, par rapport aux versions intégrales très instables (données non représentées). Après la digestion et la ligature des deux pièces distinctes, l'ARN coiffé est produit en utilisant une transcription in vitro avec une polymerase T7 qui est ensu.......

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Here we describe a method for the recovery of a bipartite infectious cDNA clone system for ZIKV. Previously described clones for ZIKV suffer from either attenuation or require the addition of introns, making plasmids larger and preventing rescue in insect cells. Infectious virus can be recovered using the two-plasmid clone system in either mammalian or insect cells (data not shown). In addition, virus recovered from this system behaves similarly to wild-type virus in several cell lines, in an immunocompromised mouse mode.......

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Les auteurs souhaitent remercier Kristen Bullard-Feibelman, Milena Veselinovic et Claudia Rückert pour leur aide dans la caractérisation du virus dérivé du clone. Ce travail a été soutenu en partie par des subventions de l'Institut national d'allergie et de maladies infectieuses, NIH sous les subventions AI114675 (BJG) et AI067380 (GDE).

....

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NameCompanyCatalog NumberComments
NEB Stable CompetentE. coliNew England BioLabsC3040H
Carbenicillin, Disodium Saltvarious
Zyppy Plasmid Miniprep KitZymo ResearchD4036
ZymoPURE Plasmid Maxiprep KitZymo ResearchD4202
SalI-HFNew England BioLabsR3138S20,000 units/ml
NheI-HFNew England BioLabsR3131S20,000 units/ml
ApaLINew England BioLabsR0507S10,000 units/ml
EcoRI-HFNew England BioLabsR3101S20,000 units/ml
BamHI-HFNew England BioLabsR3136S20,000 units/ml
HindIII-HFNew England BioLabsR3104S20,000 units/ml
illustra TempliPhi 100 Amplification KitGE Healthcare Life Sciences25640010
NucleoSpin Gel and PCR Clean-upMacherey-Nagel740609.5
Shrimp Alkaline Phosphatase (rSAP)New England BioLabsM0371S1,000 units/ml
Alkaline Phosphatase, Calf Intestinal (CIP)New England BioLabsM0290S10,000 units/ml
T4 DNA LigaseNew England BioLabsM0202S400,000units/mL
HiScribe T7 ARCA mRNA KitNew England BioLabsE2065S
Vero cellsATCCCCL-81
ECM 630 High Throughput Electroporation SystemBTX45-0423Other machines are acceptable.
LB Broth with agar (Miller)SigmaL3147Can be homemade as well.
Terrific BrothSigmaT0918Can be homemade as well.
Petri DishCelltreat229693
Culture TubesVWR International60818-576
T75 flasksCelltreat229340
T182 flasksCelltreat229350
1x PBSCorning21-040-CV
RPMI 1640 with L-glutamineCorning10-040-CV
DMEM with L-glutamine and 4.5 g/L glucoseCorning10-017-CV
Fetal Bovine Serum (FBS)Atlas BiologicalsFP-0500-A
Tragacanth PowderMP BioMP 104792
Crystal VioletAmresco0528-1006
Ethanol DenaturedVWR InternationalBDH1156-1LP
6 well plateCelltreat229106
12 well plateCelltreat229111
Sequencing OligosIDTsee table 1
Qubit 3.0ThermoFisherQubit 3.0other methods are acceptable.
Qubit dsDNA BR Assay KitThermoFisherQ32850other methods are acceptable.
Qubit RNA HS Assay KitThermoFisherQ32852other methods are acceptable.
Class II Biosafety CabinetVariesN/AThis is necessary for live-virus work.

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