JoVE Logo
Faculty Resource Center

Sign In

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Representative Results

Discussion

Acknowledgements

Materials

References

Cancer Research

Evaluering af kolorektal cancer risiko og prævalens ved afføring DNA Integrity Detection

Published: June 8th, 2020

DOI:

10.3791/59426

1Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy, 2Diatech Pharmacogenetics srl

ERRATUM NOTICE

Important: There has been an erratum issued for this article. Read more …

Den præsenterede diagnostiske FL-DNA kit er en tidsbesparende og brugervenlig metode til at bestemme den pålidelige sandsynlighed for tilstedeværelsen af kolorektal cancer læsioner.

I dag, afføring DNA kan isoleres og analyseres ved flere metoder. De lange fragmenter af DNA i afføringen kan detekteres ved en qPCR-analyse, som giver en pålidelig sandsynlighed for tilstedeværelsen af prænamplastiske eller neoplastiske kolorektale læsioner. Denne metode, kaldet fluorescens lang DNA (FL-DNA), er en hurtig, ikke-invasiv procedure, der er en forbedring af det primære forebyggelsessystem. Denne metode er baseret på evaluering af fækal DNA-integritet ved kvantitativ forstærkning af specifikke mål for genomisk DNA. Især giver evalueringen af DNA-fragmenter på over 200 bp mulighed for påvisning af patienter med kolorektal læsioner med meget høj specificitet. Dette system og alle i øjeblikket tilgængelige afførings-DNA-test præsenterer imidlertid nogle generelle spørgsmål, der skal løses (f.eks. hvor hyppigt testene skal udføres, og det optimale antal afføringsprøver, der indsamles på hvert tidspunkt for hver enkelt). Den største fordel ved FL-DNA er imidlertid muligheden for at bruge det sammen med en test, der i øjeblikket anvendes i CRC-screeningprogrammet, kendt som den immunkemiske fækal okkulte blodprøve (iFOBT). Faktisk kan begge test udføres på den samme prøve, hvilket reducerer omkostningerne og opnå en bedre forudsigelse af den endelige tilstedeværelse af kolorektal læsioner.

Kolorektal cancer (CRC) stammer fra en multi-trinsproces,hvor sund epitel langsomt udvikler sig til adenomer eller polypper, som udvikler sig til maligne karcinomer over tid1,2. På trods af CRC's høje incidensrate er der observeret en nedadgående tendens i andelen af dødsfald i løbet af det seneste årti3. Faktisk, tidlig diagnostiske værktøjer vedtaget i screening programmer har ført til tidlig påvisning og fjernelse af præ-neoplastiske adenomer eller polypper4. Men på grund af de forskellige tekniske grænser er ingen af disse metoder optimale. For at forbedre fø....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Patienterne blev rekrutteret på Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) af Meldola (FC, Italien) mellem 2013 og 2015. Inkluderede patienter blev optaget i protokol IRSTB002, godkendt af den etiske komité i IRST - IRCCS AVR (25/10/2012, ver. 1). Alle metoder blev udført i overensstemmelse med relevante retningslinjer og bestemmelser. Der blev indhentet skriftligt informeret samtykke fra alle patienter.

1. DNA-ekstraktion fra afføring

  1. Brug et sæt t.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Arbejdsprocessen for denne protokol vises i figur 1. Arbejdsprocessen indeholder to kontroltrin og forskellige handlinger i henhold til disse trinsresultater. Hvis en prøve for det første udviser uegnede betjeningsorganer, skal forstærkningen gentages. For det andet skal prøven, hvis forstærkningen hæmmes, oparbejdes fra begyndelsen eller klassificeres som ikke værdifuld.

Figur 2 viser de fluorescenskurver, der frembringes af positive og negative prøve.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Tidligere undersøgelser har vist , at DNA-integritetsanalyse af afføring , der er udvundet ved manuelle og halvautomatiske tilgange , kan udgøre et alternativt redskab til tidlig påvisning af kolorektale læsioner7,8,9,10,11,12. Molekylære, noninvasive screeningtest er blevet udviklet i årenes løb til påvisning af kol.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Forfatterne har ingen anerkendelser.

....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

NameCompanyCatalog NumberComments
1.5 mL and 2 mL polypropylene twist-lock tubes (DNase-, RNase-, DNA-, PCR inhibitor-free)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Absolute Ethanol (quality of analytical degree)Reagent required for DNA extraction
Benchtop centrifuge Maximum speed of 20000 x g. Instrument required for DNA extraction
EasyPGX analysis software version 2.0.0Diatech PharmacogeneticsRT800-SWAnalysis software 
EasyPGX centrifuge/vortex 8-well stripsDiatech PharmacogeneticsRT803Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX qPCR instrument 96 Diatech PharmacogeneticsRT800-96Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX ready FL-DNADiatech PharmacogeneticsRT029Kit required for the Real Time PCR assay
Micropipettes (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Powder-free disposable glovesConsumables required for DNA extraction and Real Time PCR
QIAamp Fast DNA StoolQiagen51604Kit recommended for the DNA extraction and purification from stool
Sterile filter tips DNase-, RNase-free (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Thermal block e.g. EasyPGX dry blockDiatech PharmacogeneticsRT801Instrument required for DNA extraction
Vortex e.g. EasyPGX centrifuge/vortex 1.5 ml Diatech PharmacogeneticsRT802Instrument required for DNA extraction

  1. Fearon, E. R. Molecular Genetics of Colorectal Cancer. Annual Review of Pathology. 6, 479-507 (2011).
  2. Sears, C. L., Garrett, W. S. Microbes, Microbiota, and Colon Cancer. Cell Host and Microbe. 15, 317-328 (2014).
  3. Levin, B., et al. Screening and Surveillance for the Early Detection of Colorectal Cancer and Adenomatous Polyps, 2008: A Joint Guideline From the American Cancer Society, the US Multi-Society Task Force on Colorectal Cancer, and the American College of Radiology. Gastroenterology. 134, 1570-1595 (2008).
  4. Bosch, L. J., et al. Molecular tests for colorectal cancer screening. Clinical Colorectal Cancer. 10, 8-23 (2011).
  5. Ahlquist, D. A. Molecular detection of colorectal neoplasia. Gastroenterology. 138, 2127-2139 (2010).
  6. Calistri, D., et al. Fecal multiple molecular tests to detect colorectal cancer in stool. Clinical Gastroenterology and Hepatology. 1, 377-383 (2003).
  7. Calistri, D., et al. Detection of colorectal cancer by a quantitative fluorescence determination of DNA amplification in stool. Neoplasia. 6, 536-540 (2004).
  8. Calistri, D., et al. Quantitative fluorescence determination of long-fragment DNA in stool as a marker for the early detection of colorectal cancer. Cellular Oncology. 31, 11-17 (2009).
  9. Calistri, D., et al. Fecal DNA for noninvasive diagnosis of colorectal cancer in immunochemical fecal occult blood test-positive individuals. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 19, 2647-2654 (2010).
  10. De Maio, G., et al. Circulating and stool nucleic acid analysis for colorectal cancer diagnosis. World Journal of Gastroenterology. 20, 957-967 (2014).
  11. Rengucci, C., et al. Improved stool DNA integrity method for early colorectal cancer diagnosis. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 23, 2553-2560 (2014).

Erratum

Erratum: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

An erratum was issued for: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection. An affiliation was updated.

The first affiliation was updated from:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST)

to:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Research

Education

ABOUT JoVE

Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved