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Cancer Research

Valutazione del rischio di cancro colorettale e della prevalenza da parte del rilevamento dell'integrità del DNA delle feci

Published: June 8th, 2020

DOI:

10.3791/59426

1Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy, 2Diatech Pharmacogenetics srl

ERRATUM NOTICE

Important: There has been an erratum issued for this article. Read more …

Il kit di diagnostica FL-DNA è un metodo che consente di risparmiare tempo e di utilizzare per determinare la probabilità affidabile della presenza di lesioni del cancro colorettale.

Al giorno d'oggi, il DNA delle feci può essere isolato e analizzato con diversi metodi. I lunghi frammenti di DNA nelle feci possono essere rilevati da un test qPCR, che fornisce una probabilità affidabile della presenza di lesioni colorettali pre-neoplastiche o neoplastiche. Questo metodo, chiamato DNA lungo a fluorescenza (FL-DNA), è una procedura veloce e non invasiva che è un miglioramento del sistema di prevenzione primario. Questo metodo si basa sulla valutazione dell'integrità del DNA fecale mediante amplificazione quantitativa di specifici obiettivi del DNA genomico. In particolare, la valutazione di frammenti di DNA più lunghi di 200 bp consente di rilevare pazienti con lesioni colorettali con specificità molto elevata. Tuttavia, questo sistema e tutti i test del DNA delle feci attualmente disponibili presentano alcuni problemi generali che devono essere affrontati (ad esempio, la frequenza con cui devono essere effettuati i test e il numero ottimale di campioni di feci raccolti in ogni momento per ogni individuo). Tuttavia, il principale vantaggio di FL-DNA è la possibilità di usarlo in associazione con un test attualmente utilizzato nel programma di screening CRC, noto come esame del sangue occulto fecale a base immunochimica (iFOBT). Infatti, entrambe le prove possono essere eseguite sullo stesso campione, riducendo i costi e ottenendo una migliore previsione dell'eventuale presenza di lesioni colorettali.

Il cancro colorettale (CRC) deriva da un processo a più fasi in cui l'epitelio sano si sviluppa lentamente in adenomi o polipi, che progrediscono in carcinomi maligni nel tempo1,2. Nonostante l'elevato tasso di incidenza del CRC, nell'ultimo decennio3è stata osservata una tendenza al ribasso della percentuale di decessi. Infatti, i primi strumenti diagnostici adottati nei programmi di screening hanno portato alla diagnosi precoce e alla rimozione di adenomas pre-neoplastici o polipi4. Tuttavia, a causa dei diversi limiti tecnici, nessuno di questi metodi è ottima....

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I pazienti sono stati assunti presso l'Istituto Roma Romagnolo per lo Studio e la Cura del Tumori (IRST) di Meldola (FC, Italia) tra il 2013 e il 2015. I pazienti arruolati erano nel protocollo IRSTB002, approvato dal Comitato Etico dell'IRST - IRCCS AVR (25/10/2012, ver. 1). Tutti i metodi sono stati eseguiti in conformità con le linee guida e i regolamenti pertinenti. Il consenso informato scritto è stato ottenuto da tutti i pazienti.

1. Estrazione del DNA dalle feci

  1. Utilizzare u.......

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Il flusso di lavoro di questo protocollo è illustrato nella Figura 1. Il flusso di lavoro fornisce due passaggi di controllo e azioni diverse in base a questi risultati. In primo luogo, se un campione presenta controlli inadatti, l'amplificazione deve essere ripetuta. In secondo luogo, se l'amplificazione è inibita, il campione deve essere rielaborato dall'inizio o classificato come non prezioso.

La figura 2 mostra le curve di fluorescenza prodotte da campio.......

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Studi precedenti hanno dimostrato che l'analisi dell'integrità del DNA delle feci estratte da approcci manuali e semiautomatici può rappresentare uno strumento alternativo per la diagnosi precoce delle lesioni colorettali7,8,9,,10,11,12. Nel corso degli anni sono stati sviluppati test molecolari di screening non invasivi pe.......

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Gli autori non hanno alcun riconoscimento.

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NameCompanyCatalog NumberComments
1.5 mL and 2 mL polypropylene twist-lock tubes (DNase-, RNase-, DNA-, PCR inhibitor-free)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Absolute Ethanol (quality of analytical degree)Reagent required for DNA extraction
Benchtop centrifuge Maximum speed of 20000 x g. Instrument required for DNA extraction
EasyPGX analysis software version 2.0.0Diatech PharmacogeneticsRT800-SWAnalysis software 
EasyPGX centrifuge/vortex 8-well stripsDiatech PharmacogeneticsRT803Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX qPCR instrument 96 Diatech PharmacogeneticsRT800-96Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX ready FL-DNADiatech PharmacogeneticsRT029Kit required for the Real Time PCR assay
Micropipettes (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Powder-free disposable glovesConsumables required for DNA extraction and Real Time PCR
QIAamp Fast DNA StoolQiagen51604Kit recommended for the DNA extraction and purification from stool
Sterile filter tips DNase-, RNase-free (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Thermal block e.g. EasyPGX dry blockDiatech PharmacogeneticsRT801Instrument required for DNA extraction
Vortex e.g. EasyPGX centrifuge/vortex 1.5 ml Diatech PharmacogeneticsRT802Instrument required for DNA extraction

  1. Fearon, E. R. Molecular Genetics of Colorectal Cancer. Annual Review of Pathology. 6, 479-507 (2011).
  2. Sears, C. L., Garrett, W. S. Microbes, Microbiota, and Colon Cancer. Cell Host and Microbe. 15, 317-328 (2014).
  3. Levin, B., et al. Screening and Surveillance for the Early Detection of Colorectal Cancer and Adenomatous Polyps, 2008: A Joint Guideline From the American Cancer Society, the US Multi-Society Task Force on Colorectal Cancer, and the American College of Radiology. Gastroenterology. 134, 1570-1595 (2008).
  4. Bosch, L. J., et al. Molecular tests for colorectal cancer screening. Clinical Colorectal Cancer. 10, 8-23 (2011).
  5. Ahlquist, D. A. Molecular detection of colorectal neoplasia. Gastroenterology. 138, 2127-2139 (2010).
  6. Calistri, D., et al. Fecal multiple molecular tests to detect colorectal cancer in stool. Clinical Gastroenterology and Hepatology. 1, 377-383 (2003).
  7. Calistri, D., et al. Detection of colorectal cancer by a quantitative fluorescence determination of DNA amplification in stool. Neoplasia. 6, 536-540 (2004).
  8. Calistri, D., et al. Quantitative fluorescence determination of long-fragment DNA in stool as a marker for the early detection of colorectal cancer. Cellular Oncology. 31, 11-17 (2009).
  9. Calistri, D., et al. Fecal DNA for noninvasive diagnosis of colorectal cancer in immunochemical fecal occult blood test-positive individuals. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 19, 2647-2654 (2010).
  10. De Maio, G., et al. Circulating and stool nucleic acid analysis for colorectal cancer diagnosis. World Journal of Gastroenterology. 20, 957-967 (2014).
  11. Rengucci, C., et al. Improved stool DNA integrity method for early colorectal cancer diagnosis. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 23, 2553-2560 (2014).

Erratum

Erratum: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

An erratum was issued for: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection. An affiliation was updated.

The first affiliation was updated from:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST)

to:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy

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