JoVE Logo
Faculty Resource Center

Sign In

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Representative Results

Discussion

Acknowledgements

Materials

References

Cancer Research

Оценка риска колоректального рака и распространенности по обнаружению целостности ДНК стула

Published: June 8th, 2020

DOI:

10.3791/59426

1Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy, 2Diatech Pharmacogenetics srl

ERRATUM NOTICE

Important: There has been an erratum issued for this article. Read more …

Представленный диагностический комплект FL-DNA является экономичным и удобным для пользователя методом определения надежной вероятности наличия колоректального рака.

В настоящее время ДНК стула может быть изолирована и проанализирована несколькими методами. Длинные фрагменты ДНК в стуле могут быть обнаружены с помощью анализа qPCR, который обеспечивает надежную вероятность наличия преднеопластических или неопластических колоректальных поражений. Этот метод, называемый флуоресценции долго ДНК (FL-ДНК), является быстрой, неинвазивной процедурой, которая является улучшением на первичной системы профилактики. Этот метод основан на оценке целостности фекальной ДНК путем количественного усиления конкретных целей геномной ДНК. В частности, оценка фрагментов ДНК длиной более 200 вт позволяет выявлять пациентов с колоректальными поражениями с очень высокой специфичностью. Тем не менее, эта система и все имеющиеся в настоящее время тесты ДНК стула представляют некоторые общие проблемы, которые необходимо решить (например, частота, с которой тесты должны быть проведены и оптимальное количество образцов стула, собранных в каждый момент для каждого человека). Тем не менее, основным преимуществом FL-ДНК является возможность использовать его в связи с тестом, который в настоящее время используется в программе скрининга CRC, известной как иммунохимический фекальный оккультный анализ крови (iFOBT). Действительно, оба теста могут быть выполнены на одной и той же выборке, что снижает затраты и достигает лучшего прогнозирования возможного присутствия колоректальных поражений.

Колоректальный рак (CRC) происходит от многоступенчатого процесса, в котором здоровый эпителий медленно развивается в аденомы или полипы, которые прогрессируют в злокачественные канциномы с течениемвремени 1,2. Несмотря на высокий уровень заболеваемости КРП, за последнее десятилетие наблюдается тенденция к снижению долисмертей. Действительно, ранние диагностические инструменты, принятые в программах скрининга, привели к раннему выявлению и удалению преднеопластических аденомы или полипов4. Однако из-за различных технических ограничений ни один из этих методов не ....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Пациенты были набраны в Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) из Meldola (FC, Италия) в период с 2013 по 2015 год. Зачисленные пациенты были в протокол IRSTB002, утвержденный Комитетом по этике IRST - IRCCS AVR (25/10/2012, ver. 1). Все методы осуществлялись в соответствии с соответствующими руководящими принципам?.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Рабочий процесс этого протокола показан на рисунке 1. Рабочий процесс предоставляет два шага управления и различные действия в соответствии с результатами этих шагов. Во-первых, если образец представляет неподходящие элементы управления, усиление должно быть повторено. Во-вт?.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Предыдущие исследования показали, что анализ целостности ДНК стула, извлеченный с помощью ручных и полуавтоматических подходов, может представлять собой альтернативный инструмент для раннего выявления колоректальных поражений7,,88,9,<.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Авторы не имеют подтверждений.

....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

NameCompanyCatalog NumberComments
1.5 mL and 2 mL polypropylene twist-lock tubes (DNase-, RNase-, DNA-, PCR inhibitor-free)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Absolute Ethanol (quality of analytical degree)Reagent required for DNA extraction
Benchtop centrifuge Maximum speed of 20000 x g. Instrument required for DNA extraction
EasyPGX analysis software version 2.0.0Diatech PharmacogeneticsRT800-SWAnalysis software 
EasyPGX centrifuge/vortex 8-well stripsDiatech PharmacogeneticsRT803Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX qPCR instrument 96 Diatech PharmacogeneticsRT800-96Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX ready FL-DNADiatech PharmacogeneticsRT029Kit required for the Real Time PCR assay
Micropipettes (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Powder-free disposable glovesConsumables required for DNA extraction and Real Time PCR
QIAamp Fast DNA StoolQiagen51604Kit recommended for the DNA extraction and purification from stool
Sterile filter tips DNase-, RNase-free (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Thermal block e.g. EasyPGX dry blockDiatech PharmacogeneticsRT801Instrument required for DNA extraction
Vortex e.g. EasyPGX centrifuge/vortex 1.5 ml Diatech PharmacogeneticsRT802Instrument required for DNA extraction

  1. Fearon, E. R. Molecular Genetics of Colorectal Cancer. Annual Review of Pathology. 6, 479-507 (2011).
  2. Sears, C. L., Garrett, W. S. Microbes, Microbiota, and Colon Cancer. Cell Host and Microbe. 15, 317-328 (2014).
  3. Levin, B., et al. Screening and Surveillance for the Early Detection of Colorectal Cancer and Adenomatous Polyps, 2008: A Joint Guideline From the American Cancer Society, the US Multi-Society Task Force on Colorectal Cancer, and the American College of Radiology. Gastroenterology. 134, 1570-1595 (2008).
  4. Bosch, L. J., et al. Molecular tests for colorectal cancer screening. Clinical Colorectal Cancer. 10, 8-23 (2011).
  5. Ahlquist, D. A. Molecular detection of colorectal neoplasia. Gastroenterology. 138, 2127-2139 (2010).
  6. Calistri, D., et al. Fecal multiple molecular tests to detect colorectal cancer in stool. Clinical Gastroenterology and Hepatology. 1, 377-383 (2003).
  7. Calistri, D., et al. Detection of colorectal cancer by a quantitative fluorescence determination of DNA amplification in stool. Neoplasia. 6, 536-540 (2004).
  8. Calistri, D., et al. Quantitative fluorescence determination of long-fragment DNA in stool as a marker for the early detection of colorectal cancer. Cellular Oncology. 31, 11-17 (2009).
  9. Calistri, D., et al. Fecal DNA for noninvasive diagnosis of colorectal cancer in immunochemical fecal occult blood test-positive individuals. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 19, 2647-2654 (2010).
  10. De Maio, G., et al. Circulating and stool nucleic acid analysis for colorectal cancer diagnosis. World Journal of Gastroenterology. 20, 957-967 (2014).
  11. Rengucci, C., et al. Improved stool DNA integrity method for early colorectal cancer diagnosis. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 23, 2553-2560 (2014).

Erratum

Erratum: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

An erratum was issued for: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection. An affiliation was updated.

The first affiliation was updated from:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST)

to:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Research

Education

ABOUT JoVE

Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved