JoVE Logo
Faculty Resource Center

Sign In

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Representative Results

Discussion

Acknowledgements

Materials

References

Cancer Research

Kolorektal Kanser Riski ve Yaygınlığının Dışkı DNA Bütünlüğü Saptanması ile Değerlendirilmesi

Published: June 8th, 2020

DOI:

10.3791/59426

1Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy, 2Diatech Pharmacogenetics srl

ERRATUM NOTICE

Important: There has been an erratum issued for this article. Read more …

Sunulan tanısal FL-DNA kiti kolorektal kanser lezyonlarının varlığı güvenilir olasılığını belirlemek için zaman kazandıran ve kullanıcı dostu bir yöntemdir.

Günümüzde dışkı DNA'sı çeşitli yöntemlerle izole edilip analiz edilebilir. Dışkıdaki uzun DNA parçaları, pre-neoplastik veya neoplastik kolorektal lezyonların varlığına karşı güvenilir bir olasılık sağlayan bir qPCR testi ile saptanabilir. Floresan uzun DNA (FL-DNA) olarak adlandırılan bu yöntem, primer önleme sistemi üzerinde bir gelişme olan hızlı, non-invaziv bir işlemdir. Bu yöntem, genomik DNA'nın belirli hedeflerinin nicel amplifikasyonu ile dışkı DNA bütünlüğünün değerlendirilmesi üzerine kuruludur. Özellikle 200 bp'den uzun DNA parçalarının değerlendirilmesi, çok yüksek özgüllüğü olan kolorektal lezyonları olan hastaların saptanmasına olanak sağlar. Ancak, bu sistem ve mevcut tüm dışkı DNA testleri ele alınması gereken bazı genel sorunları (örneğin, testlerin yapılması gereken sıklığı ve her birey için her zaman noktasında toplanan dışkı örneklerinin en uygun sayıda) mevcut. Ancak, FL-DNA'nın en büyük avantajı, immünokimyasal tabanlı dışkı okült kan testi (iFOBT) olarak bilinen CRC tarama programında kullanılan bir testle birlikte kullanma imkanıdır. Gerçekten de, her iki test de aynı örnek üzerinde yapılabilir, maliyetleri azaltarak ve kolorektal lezyonların nihai varlığı daha iyi bir tahmin elde.

Kolorektal kanser (CRC) hangi sağlıklı epitel yavaş yavaş adenomlar veya polipler, zamanla malign karsinomlar içine ilerleme gelişir çok aşamalı bir süreç türetilmiştir1,2. CRC'nin yüksek insidansı oranına rağmen, ölüm lerin yüzdesinde bir düşüş eğilimi gözlenmiştir3. Nitekim tarama programlarında benimsenen erken tanı araçları pre-neoplastik adenomların veya poliplerin erken saptanması ve çıkarılmasına yol açmıştır4. Ancak, farklı teknik sınırlar nedeniyle, bu yöntemlerin hiçbiri en uygun değildir. Nitekim, duyarlılık ve özgüllüğü artırmak için, birçok dışkı DNA....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Hastalar 2013 ve 2015 yılları arasında Meldola'daki (FC, İtalya) Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori'de (IRST) işe alındı. Kayıtlı hastalar IRST Etik Komitesi tarafından onaylanan IRSTB002 protokolüne girmiştir (25/10/2012, ver. 1). Tüm yöntemler ilgili yönerge ve yönetmeliklere uygun olarak gerçekleştirilmiştir. Tüm hastalardan yazılı bilgilendirilmiş onam alındı.

1. Dışkıdan DNA çıkarma

  1. Dışkı örnekleri hazırlamak içi.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Bu protokolün iş akışı Şekil 1'degösterilmiştir. İş akışı, bu adım sonuçlarına göre iki denetim adımı ve farklı eylemler sağlar. İlk olarak, bir örnek uygun olmayan denetimler sunuyorsa, amplifikasyon tekrarlanmalıdır. İkinci olarak, amplifikasyon inhibe edilirse, örnek baştan yeniden işlenmeli veya değerli değil olarak sınıflandırılmalıdır.

Şekil 2 pozitif ve negatif örneklerle üretilen floresan eğrilerini göstermekte.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Önceki çalışmalar, manuel ve yarı otomatik yaklaşımlar la elde edilen dışkıDNA bütünlüğü analizi kolorektallezyonlarınerken teşhisi için alternatif bir araç temsil edebilir göstermiştir7 ,8,9,10,11,12. Kolorektal kanserin saptanması için yıllar içinde moleküler, noninvaziv tarama testleri geliştiril.......

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Yazarların hiçbir takdiri yok.

....

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

NameCompanyCatalog NumberComments
1.5 mL and 2 mL polypropylene twist-lock tubes (DNase-, RNase-, DNA-, PCR inhibitor-free)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Absolute Ethanol (quality of analytical degree)Reagent required for DNA extraction
Benchtop centrifuge Maximum speed of 20000 x g. Instrument required for DNA extraction
EasyPGX analysis software version 2.0.0Diatech PharmacogeneticsRT800-SWAnalysis software 
EasyPGX centrifuge/vortex 8-well stripsDiatech PharmacogeneticsRT803Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX qPCR instrument 96 Diatech PharmacogeneticsRT800-96Instrument recommended for the Real Time PCR assay
EasyPGX ready FL-DNADiatech PharmacogeneticsRT029Kit required for the Real Time PCR assay
Micropipettes (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Powder-free disposable glovesConsumables required for DNA extraction and Real Time PCR
QIAamp Fast DNA StoolQiagen51604Kit recommended for the DNA extraction and purification from stool
Sterile filter tips DNase-, RNase-free (volumes from 1 to 1.000 µL)Consumables required for DNA extraction and Real Time PCR
Thermal block e.g. EasyPGX dry blockDiatech PharmacogeneticsRT801Instrument required for DNA extraction
Vortex e.g. EasyPGX centrifuge/vortex 1.5 ml Diatech PharmacogeneticsRT802Instrument required for DNA extraction

  1. Fearon, E. R. Molecular Genetics of Colorectal Cancer. Annual Review of Pathology. 6, 479-507 (2011).
  2. Sears, C. L., Garrett, W. S. Microbes, Microbiota, and Colon Cancer. Cell Host and Microbe. 15, 317-328 (2014).
  3. Levin, B., et al. Screening and Surveillance for the Early Detection of Colorectal Cancer and Adenomatous Polyps, 2008: A Joint Guideline From the American Cancer Society, the US Multi-Society Task Force on Colorectal Cancer, and the American College of Radiology. Gastroenterology. 134, 1570-1595 (2008).
  4. Bosch, L. J., et al. Molecular tests for colorectal cancer screening. Clinical Colorectal Cancer. 10, 8-23 (2011).
  5. Ahlquist, D. A. Molecular detection of colorectal neoplasia. Gastroenterology. 138, 2127-2139 (2010).
  6. Calistri, D., et al. Fecal multiple molecular tests to detect colorectal cancer in stool. Clinical Gastroenterology and Hepatology. 1, 377-383 (2003).
  7. Calistri, D., et al. Detection of colorectal cancer by a quantitative fluorescence determination of DNA amplification in stool. Neoplasia. 6, 536-540 (2004).
  8. Calistri, D., et al. Quantitative fluorescence determination of long-fragment DNA in stool as a marker for the early detection of colorectal cancer. Cellular Oncology. 31, 11-17 (2009).
  9. Calistri, D., et al. Fecal DNA for noninvasive diagnosis of colorectal cancer in immunochemical fecal occult blood test-positive individuals. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 19, 2647-2654 (2010).
  10. De Maio, G., et al. Circulating and stool nucleic acid analysis for colorectal cancer diagnosis. World Journal of Gastroenterology. 20, 957-967 (2014).
  11. Rengucci, C., et al. Improved stool DNA integrity method for early colorectal cancer diagnosis. Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 23, 2553-2560 (2014).

Erratum

Erratum: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

An erratum was issued for: Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection. An affiliation was updated.

The first affiliation was updated from:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST)

to:

Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, Meldola, Italy

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Research

Education

ABOUT JoVE

Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved