Coinkubations analyse til kvantificering af konkurrence interaktioner mellem Vibrio Stormhat isolater

Bakterier indkode forskellige mekanismer til at engagere sig i interbakteriel konkurrence. Her præsenterer vi en kultur baseret protokol til karakterisering af konkurrence interaktioner mellem bakterielle isolater, og hvordan de påvirker den rumlige struktur af en blandet befolkning.

Dette manuskript beskriver en kultur baseret, coinkubations analyse til påvisning og karakterisering af konkurrencemæssige interaktioner mellem to bakterie populationer. Denne metode anvender stabile plasmider, som gør det muligt for hver population at blive differentielt mærket med forskellige antibiotikaresistens kapaciteter og fluorescerende proteiner til udvælgelse og visuel diskrimination af hver population, hhv. Her beskriver vi forberedelsen og coinkubationen af konkurrerende Vibrio Stormhat -stammer, Fluorescens mikroskopi Imaging og kvantitativ dataanalyse. Denne fremgangsmåde er enkel, giver hurtige resultater, og kan bruges til at afgøre, om en population dræber eller hæmmer væksten i en anden population, og om konkurrencen er medieret gennem et diffusible molekyle eller kræver direkte celle celle kontakt. Fordi hver bakteriepopulation udtrykker et andet fluorescerende protein, tillader analysen den geografiske diskrimination af konkurrerende populationer i en blandet koloni. Selv om de beskrevne metoder udføres med symbiotisk bakterie V. Stormhat ved hjælp af betingelser, der er optimeret til denne art, kan protokollen tilpasses for de fleste bestemmelse antal kimtal bakteriel isolater.

Dette manuskript skitserer en kultur-baseret metode til at afgøre, om to bakterielle isolater er i stand til konkurrencemæssige interaktioner. Når man studerer blandede populationer, er det vigtigt at vurdere, i hvilket omfang de bakterielle isolater interagerer, især om isolater konkurrerer direkte gennem interferens mekanismer. Interferens konkurrence refererer til interaktioner, hvor en population direkte hæmmer væksten eller dræber en konkurrent befolkning¹. Disse interaktioner er vigtige at identificere, fordi de kan have dybtgående virkninger på en mikrobiel samfund struktur og funktion^2,3

1. Forbered stammer til Coinkubation

1. Vælg en passende referencestamme, der vil tjene som mål for bakteriel konkurrence under coinkukation assay. Se diskussionen om bedste praksis, når du vælger en referencestamme, og hvordan reference stammen vil påvirke resultaterne. I denne protokol vil V. Stormhat Strain ES114 tjene som referencestamme.
2. Afgøre, hvilke udvælgelses-og screeningsmetoder der vil blive anvendt til at skelne mellem isolaterne i coinkubation

For at vurdere den konkurrencemæssige interaktion mellem bakterie populationer blev der udviklet en coinkubations analyse protokol, som blev optimeret til V. Stormhat. Denne metode udnytter stabile plasmider at indkode antibiotikaresistensgener og fluorescerende proteiner, giver mulighed for differentiel udvælgelse og visuel diskrimination af hver stamme. Ved at analysere de data, der indsamles fra coinkubations analysen, kan det konkurrencemæssige resultat af en interaktion o.......

Den coinkubations analyse, der er beskrevet ovenfor, giver en effektiv metode til at opdage interbakteriel konkurrence. Denne fremgangsmåde gjorde det muligt at identificere den intraspecifikke konkurrence mellem V. Stormhat isolater og karakteriseringen af konkurrence mekanismen¹⁹. Selv om den beskrevne metode blev optimeret til marine bakterien V. Stormhat, det kan nemt ændres til at rumme andre bakterielle arter, herunder kliniske og miljømæssige isolater. Det er vigtigt a.......

Vi vil gerne takke anmeldere for deres nyttige feedback. A.N.S. blev støttet af Gordon og Betty Moore Foundation gennem Grant GBMF 255,03 til Life Sciences Research Foundation.