Coincubation assay voor het kwantificeren van concurrerende interacties tussen Vibrio fischeri isolaten

Bacteriën coderen diverse mechanismen voor het aangaan van interbacteriële concurrentie. Hier presenteren we een op cultuur gebaseerd protocol voor het karakteriseren van concurrerende interacties tussen bacteriële isolaten en hoe ze van invloed zijn op de ruimtelijke structuur van een gemengde populatie.

Dit manuscript beschrijft een op cultuur gebaseerde, coincubation assay voor het opsporen en karakteriseren van concurrerende interacties tussen twee bacteriële populaties. Deze methode maakt gebruik van stabiele plasmiden die het mogelijk maken elke populatie te differentieel gelabeld met verschillende antibioticaresistentie capaciteiten en fluorescerende eiwitten voor selectie en visuele discriminatie van elke populatie, respectievelijk. Hier beschrijven we de voorbereiding en coincubatie van concurrerende Vibrio fischeri stammen, fluorescentiemicroscopie beeldvorming en kwantitatieve gegevensanalyse. Deze aanpak is eenvoudig, levert snelle resultaten op en kan worden gebruikt om te bepalen of een populatie de groei van een andere populatie doodt of remt, en of de concurrentie wordt gemedieerd door een diffugeerbaar molecuul of directe celcelcontact vereist. Omdat elke bacterie populatie een ander fluorescerend eiwit uitdrukt, maakt de bepaling de ruimtelijke discriminatie van concurrerende populaties in een gemengde kolonie mogelijk. Hoewel de beschreven methoden worden uitgevoerd met de symbiotische bacterie V. fischeri met voorwaarden die zijn geoptimaliseerd voor deze soort, kan het protocol worden aangepast voor de meeste culturable bacteriële isolaten.

Dit manuscript schetst een op cultuur gebaseerde methode om te bepalen of twee bacteriële isolaten in staat zijn om concurrerende interacties te maken. Bij het bestuderen van gemengde populaties is het belangrijk om te beoordelen in hoeverre de bacteriële isolaten interageren, met name of isolaten rechtstreeks concurreren door middel van interferentie mechanismen. Interferentie concurrentie verwijst naar interacties waarbij één populatie direct de groei remt of een concurrent populatie doodt¹. Deze interacties zijn belangrijk om te identificeren, omdat ze ingrijpende gevolgen kunnen hebben voor de structuur van een microbiële Gemeenschap en de ....

1. bereid stammen voor Coincubation

1. Kies een geschikte referentiestam die zal dienen als doelwit voor bacteriële concurrentie tijdens de coincubation assay. Zie discussie voor aanbevolen procedures bij het selecteren van een referentiestam en de invloed van de referentiestam op de resultaten. In dit protocol, V. fischeri stam ES114 zal dienen als de referentiestam.
2. Bepalen welke selectie-en screeningsmethoden zullen worden gebruikt om onderscheid te maken tussen de .......

Om de concurrerende interacties tussen bacteriële populaties te beoordelen, werd een coincubation assay protocol ontwikkeld en geoptimaliseerd voor V. fischeri. Deze methode maakt gebruik van stabiele plasmiden die antibioticaresistentie-genen en fluorescerende eiwitten coderen, waardoor differentiële selectie en visuele discriminatie van elke stam mogelijk zijn. Door het analyseren van de gegevens verzameld uit de coincubation Assay, het concurrentie resultaat van een interact.......

De coincubation assay die hierboven is beschreven, biedt een krachtige methode om interbacteriële concurrentie te ontdekken. Deze aanpak stond in voor de identificatie van intraspecifieke concurrentie tussen V. fischeri isolaten en de karakterisering van het competitieve mechanisme¹⁹. Hoewel de beschreven methode geoptimaliseerd is voor de mariene bacterie V. fischeri, kan deze gemakkelijk worden aangepast om andere bacteriesoorten te herbergen, waaronder klinische en milieu-iso.......

We willen reviewers bedanken voor hun nuttige feedback. A.N.S. werd gesteund door de Gordon en Betty Moore Foundation via Grant GBMF 255,03 aan de Life Sciences Research Foundation.