Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Representative Results
Discussion
Acknowledgements
Materials
References
Immunology and Infection
बैक्टीरिया अंतरजीवाणु प्रतियोगिता में उलझाने के लिए विभिन्न तंत्र ोंकोश. यहाँ, हम जीवाणु अलग के बीच प्रतिस्पर्धी बातचीत की विशेषता के लिए एक संस्कृति आधारित प्रोटोकॉल पेश करते हैं और कैसे वे एक मिश्रित आबादी के स्थानिक संरचना को प्रभावित करते हैं.
इस पांडुलिपि का पता लगाने और दो जीवाणु आबादी के बीच प्रतिस्पर्धी बातचीत की विशेषता के लिए एक संस्कृति आधारित, coincubation परख का वर्णन करता है. इस विधि स्थिर प्लाज्मिड है कि प्रत्येक आबादी अलग एंटीबायोटिक प्रतिरोध क्षमताओं और चयन और प्रत्येक जनसंख्या के दृश्य भेदभाव के लिए फ्लोरोसेंट प्रोटीन के साथ टैग किया जा करने की अनुमति कार्यरत हैं. यहाँ, हम प्रतिस्पर्धा Vibrio fischeri उपभेदों, फ्लोरोसेंट माइक्रोस्कोपी इमेजिंग, और मात्रात्मक डेटा विश्लेषण की तैयारी और coincubation का वर्णन. इस दृष्टिकोण सरल है, पैदावार त्वरित परिणाम, और निर्धारित करने के लिए कि क्या एक जनसंख्या मारता है या एक और आबादी के विकास को रोकता है इस्तेमाल किया जा सकता है, और क्या प्रतियोगिता एक diffusible अणु के माध्यम से मध्यस्थता है या प्रत्यक्ष सेल सेल संपर्क की आवश्यकता है. क्योंकि प्रत्येक जीवाणु आबादी एक अलग फ्लोरोसेंट प्रोटीन व्यक्त करता है, परख एक मिश्रित कॉलोनी के भीतर प्रतिस्पर्धा आबादी के स्थानिक भेदभाव की अनुमति देता है. हालांकि वर्णित तरीकों सहजीवी जीवाणु वी fischeri इस प्रजाति के लिए अनुकूलित शर्तों का उपयोग कर के साथ प्रदर्शन कर रहे हैं, प्रोटोकॉल सबसे कृषि योग्य जीवाणु अलग के लिए अनुकूलित किया जा सकता है.
इस पांडुलिपि में यह निर्धारित करने के लिए एक संस्कृति-आधारित विधि की रूपरेखा दी गई है कि क्या दो जीवाणु अलग-अलग प्रतिस्पर्धी बातचीत करने में सक्षम हैं। मिश्रित आबादी का अध्ययन करते समय, यह निर्धारित करना महत्वपूर्ण है कि जीवाणु अलग-थलग किस सीमा तक बातचीत करते हैं, विशेष रूप से कि क्या अलग-अलग सीधे हस्तक्षेप तंत्र के माध्यम से प्रतिस्पर्धा कर रहे हैं। व्यतिकरण प्रतियोगिता उन अन्योन्यक्रियाओं को संदर्भित करती है जहां एक जनसंख्या सीधे वृद्धि को रोकती है या प्रतिस्पर्धी जनसंख्या1को मारता है . इन बातचीत की पहचान करने के लिए महत्वपूर्ण हैं क्योंकि वे एक माइक्रोबियल समुदाय की संरचना और समारोह2,3
1. Coincubation के लिए तनाव तैयार करें
जीवाणु आबादी के बीच प्रतिस्पर्धी बातचीत का आकलन करने के लिए, एक coincubation परख प्रोटोकॉल विकसित किया गया था और वी fischeriके लिए अनुकूलित . इस विधि स्थिर प्लाज्मिड का इस्तेमाल करता है कि एंटीबायोट?.......
ऊपर वर्णित coincubation परख interbactrial प्रतियोगिता की खोज करने के लिए एक शक्तिशाली विधि प्रदान करता है. इस दृष्टिकोण वी fischeri अलग और प्रतिस्पर्धी तंत्र की विशेषता के बीच intraspecific प्रतियोगिता की पहचान के लिए अनुमति दी
हम समीक्षकों को उनकी सहायक प्रतिक्रिया के लिए धन्यवाद देना चाहते हैं. ए.एन.एस. गॉर्डन और बेटी मूर फाउंडेशन द्वारा अनुदान GBMF 255.03 के माध्यम से जीवन विज्ञान अनुसंधान फाउंडेशन के लिए समर्थित किया गया था.
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
1.5 mL Microcentrifuge Tubes | Fisher | 05-408-129 | |
10 μL multichannel pipette | |||
100 μL multichannel pipette | |||
300 μL multichannel pipette | |||
10 μL single channel pipette | |||
20 μL single channel pipette | |||
200 μL single channel pipette | |||
1000 μL single channel pipette | |||
24-well plates | Fisher | 07-200-84 | sterile with lid |
96-well plates | VWR | 10062-900 | sterile with lid |
Calculator | |||
Chloramphenicol | Sigma | C0378 | stock (20 mg/mL in Ethanol); final concentration in media (2 μg /mL LBS) |
Fluorescence dissecting microscope with camera and imaging software | |||
forceps | Fisher | 08-880 | |
Kanamycin Sulfate | Fisher | BP906-5 | stock (100 mg/mL in water, filter sterilize); final concentration in media (1 μg/mL LBS) |
Nitrocellulose membrane (FS MCE, 25MM, NS) | Fisher | SA1J788H5 | 0.22 μm nitrocellulose membrane (pk of 100) |
petri plates | Fisher | FB0875713 | sterile with lid |
Spectrophotometer | |||
Semi-micro cuvettes | VWR | 97000-586 | |
TipOne 0.1-10 μL starter system | USA Scientific | 1111-3500 | 10 racks |
TipOne 200 μL starter system | USA Scientific | 1111-500 | 10 racks |
TipOne 1000 μL starter system | USA Scientific | 1111-2520 | 10 racks |
Vortex | |||
Name | Company | Catalog Number | Comments |
LBS media | |||
1M Tris Buffer (pH ~7.5) | 50 mL 1 M stock buffer (62 mL HCl, 938 mL DI water, 121 g Trizma Base) | ||
Agar Technical | Fisher | DF0812-17-9 | 15 g (Add only for plates) |
DI water | 950 mL | ||
Sodium Chloride | Fisher | S640-3 | 20 g |
Tryptone | Fisher | BP97265 | 10 g |
Yeast Extract | Fisher | BP9727-2 | 5 g |
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