Приложения для microplate-совместимых панелей для освещения с открытым исходным кодом

Summary

Microplate Assisttting Light Emitter (M.A.P.L.E.) является компьютерным устройством, которое систематически освещает скважины микротитеров, чтобы обеспечить руководство для ручной подготовки микроплит.  M.A.P.L.E. повышает точность подготовки микроплит при автоматизации учета данных.  Кроме того, он может помочь в изучении качества микроплит ы или помочь в обнаружении ошибок.

Abstract

Микроплиты широко используются в современных лабораторных условиях для выполнения самых разнообразных задач как в небольших лабораторных работах, так и в крупномасштабных кампаниях по скринингу высокой пропускной силы (HTS). Хотя лабораторная автоматизация значительно повысила полезность микроплит, остаются случаи, когда приборы на основе автоматизации не являются осуществимыми, экономически эффективными или совместимыми с потребностями форматирования микроплит. В этих случаях микроплиты должны быть подготовлены вручную. Проблема для ручных манипуляций с микроплитами заключается в том, что ряд трудностей может возникнуть в отношении точного отслеживания операций образца, ведения учета данных и контроля качества (КК) на обнаружение артефактов скважин или ошибок форматирования. По мере увеличения плотности скважин микроплиты (т.е. 96-ну, 384-ну, 1536-ну), потенциал для введения ошибок также резко возрастает.  Кроме того, для небольших лабораторных операций на скамейке запасных существует необходимость в повышении простоты и точности обработки образцов с точки зрения экономии. В этом случае мы описываем систему, которая действует как полуавтоматический пипеттинг руководство называют Microplate Вспомогательные Pipetting Свет Излучатель (M.A.P.L.E.).  M.A.P.L.E. имеет несколько применений для поддержки соединения хит-сбор и микроплиты подготовки для проверки развития в высокой пропускной стадии скрининга или лабораторных скамейке операций, а также КК / качество гарантии (ЗА) диагностической оценки микроплиты качество или визуализация хорошо форматирования ошибок.

Introduction

Как недавно опубликовано¹, ведущая лаборатория идентификации в Scripps Research² разработала и выпустила открытым исходным кодом панели освещения для микроплиты подготовки называют Microplate Вспомогательные Pipetting Свет Излучатель (M.A. P.L.E.). Ручная подготовка микроплит, независимо от того, сделаны ли они для комплексного управления или био-анализ потребностей, могут быть склонны к человеческим ошибкам, которые резко увеличиваются, а плотность микроплиты увеличивается. Кроме того, надлежащая учет и регистрация данных микроплит/формата также подвержены ошибкам ручного ввода. В системах автоматизации высокой пропускн....

Protocol

1. Полуавтоматизированная подготовка образца передачи "пластина на тарелку"

1. Создайте файл CSV, как показано на рисунке 1, содержащий исходные и назначенияные пластины с помощью приложения для редактирования электронных таблиц. Сгенерированный файл CSV должен иметь следующие столбцы заголовков в перечисленном порядке: Source'barcode; Destination-barcode; Источник-хорошо; Dest'well; Трансферное.
2. Под столбцы заголовков убедитесь в том, чтобы включить одну строку в файл CSV для каждой желаемой операции трубачирования (т.е. переноса образца) со следующей информацией:
   1. Источник-штрих-код: Альфанумерика штрих-кода исхо....

Discussion

Выпуская M.A.P.L.E. в качестве платформы с открытым исходным кодом, мы внедрили лабораторный инструмент, который обеспечивает полезность, но также может быть легко расширен для удовлетворения меняющихся потребностей конечного пользователя. Подготовка образца микроплиты Бенчтопа являетс.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 or 384 well microplate			https://en.wikipedia.org/wiki/Microplate
Microplate Assistive Pipetting Light Emitter	Open source		https://github.com/pierrebaillargeon/Microplate-Assistive-Pipetting-Light-Emitter
Pipettor			https://www.jove.com/science-education/5033/an-introduction-to-the-micropipettor
Spectrometer	Ocean Optics	USB-650 Red Tide