Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Representative Results
Discussion
Acknowledgements
Materials
References
Environment
जलीय पारिस्थितिकी प्रणालियों में माइक्रोबियल व्यवहार की जांच करने के लिए सीटू केमोटैक्सिस परख में
यहां प्रस्तुत एक सीटू केमोटैक्सिस परख के लिए प्रोटोकॉल है, जो हाल ही में विकसित माइक्रोफ्लुइडिक डिवाइस है जो पर्यावरण में सीधे माइक्रोबियल व्यवहार के अध्ययन को सक्षम बनाता है।
माइक्रोबियल व्यवहार, जैसे गतिशीलता और केमोटैक्सिस (रासायनिक ढाल के जवाब में अपने आंदोलन को बदलने के लिए सेल की क्षमता), बैक्टीरियल और आर्कियल डोमेन में व्यापक हैं। केमोटैक्सिस के परिणामस्वरूप विषम वातावरण में पर्याप्त संसाधन अधिग्रहण लाभ हो सकते हैं। यह सहजीवी बातचीत, रोग और वैश्विक प्रक्रियाओं, जैसे बायोजियोकेमिकल साइकिलिंग में भी महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। हालांकि, वर्तमान तकनीकों प्रयोगशाला के लिए केमोटैक्सिस अनुसंधान को प्रतिबंधित और क्षेत्र में आसानी से लागू नहीं कर रहे हैं । यहां प्रस्तुत एक कदम-दर-कदम प्रोटोकॉल है, जो सीटू केमोटैक्सिस परख (आईएससीए) की तैनाती के लिए है, एक ऐसा उपकरण जो प्राकृतिक वातावरण में सीधे माइक्रोबियल केमोटैक्सिस की मजबूत पूछताछ को सक्षम बनाता है। आईएससीए एक माइक्रोफ्लुइडिक डिवाइस है जिसमें 20 वेल सरणी होती है, जिसमें ब्याज के रसायनों को लोड किया जा सकता है । एक बार जलीय वातावरण में तैनात होने के बाद, रसायन कुओं से बाहर निकलते हैं, एकाग्रता ढाल बनाते हैं जो रोगाणुओं की भावना रखते हैं और केमोटैक्सिस के माध्यम से कुओं में तैराकी करके जवाब देते हैं। अच्छी सामग्री का नमूना लिया जा सकता है और इसका उपयोग (1) प्रवाह साइटोमेट्री, (2) अलग-थलग और संस्कृति उत्तरदायी सूक्ष्मजीवों के माध्यम से विशिष्ट यौगिकों के लिए केमोटेक्टिक प्रतिक्रियाओं की ताकत को निर्धारित करने के लिए किया जा सकता है, और (3) आणविक तकनीकों के माध्यम से प्रतिक्रिया देने वाली आबादी की पहचान और जीनोमिक क्षमता की विशेषता है। आईएससीए एक लचीला मंच है जिसे किसी भी प्रणाली में जलीय चरण के साथ तैनात किया जा सकता है, जिसमें समुद्री, मीठे पानी और मिट्टी के वातावरण शामिल हैं।
विविध सूक्ष्मजीव बद पोषक तत्वों के वातावरण का दोहन करने, मेजबान खोजने या हानिकारक परिस्थितियों से बचने के लिए गतिशीलता और केमोटैक्सिस का उपयोग करते हैं1,,2,,3। ये माइक्रोबियल व्यवहार बदले में रासायनिक परिवर्तन4 की दरों को प्रभावित कर सकते हैं और स्थलीय, मीठे पानी और समुद्री पारिस्थितिकी प्रणालियों2, 5,5में सहजीवी भागीदारी को बढ़ावा देते हैं।
पिछले 60 वर्षों से प्रयोगशाला स्थितियों के अंतर्गत चेमोटैक्सिस का व्यापक अध्ययन कियागयाहै . केमोटैक्सिस....
यह खंड समुद्री रोगाणुओं की रसायनोता प्रतिक्रिया को ग्लूटामाइन की एकाग्रता श्रृंखला में परीक्षण करने के लिए आईएससीए का उपयोग करके प्रयोगशाला परिणाम प्रस्तुत करता है, जो मिट्टी के बैक्टीरिया को आकर्?.......
इस शोध को गॉर्डन और बेट्टी मूर फाउंडेशन मरीन माइक्रोबायोलॉजी इनिशिएटिव द्वारा जेआर और आरएस को अनुदान GBMF3801 के माध्यम से, और आरएस को एक अन्वेषक पुरस्कार (GBMF3783) द्वारा वित्त पोषित किया गया था, साथ ही एक ऑस्ट्रेलियाई अनुसंधान परिषद फैलोशिप (DE160100636) J.B.R. के लिए, सिमंस फाउंडेशन से B.S.L. (५९४१११) के लिए एक पुरस्कार, और सिमंस फाउंडेशन (५४२३९५) से एक अनुदान माइक्रोबियल पारिस्थितिकी प्रणालियों (PriME) सहयोगात्मक के सिद्धांतों के भाग के रूप में आर एस ।
....| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Acrylic glue | Evonik | 1133 | Acrifix 1S 0116 |
| Acrylic sheet | McMaster-Carr | 8505K725 | Or different company |
| Adhesive tape | Scotch | 3M 810 | Scotch Magic tape |
| Autoclave | Systec | D-200 | Or different company |
| Benchtop centrifuge | Fisher Scientific | 75002451 | Or different company |
| Bungee cord | Paracord Planet | 667569184000 | Or different company |
| Centrifuge tube - 2 mL | Sigma Aldrich | BR780546-500EA | Eppendorf tube |
| Conical centrifuge tube - 15 mL | Fisher Scientific | 11507411 | Falcon tube |
| Conical centrifuge tube - 50 mL | Fisher Scientific | 10788561 | Falcon tube |
| Deployment arm | Irwin | 1964719 | Or different company |
| Deployment enclosure plug | Fisher Scientific | 21-236-4 | See alternatives in manuscript |
| Disposable wipers | Kimtech - Fisher Scientific | 06-666 | Kimwipes |
| Flow cytometer | Beckman | C09756 | CYTOFlex |
| Glutaraldehyde 25% | Sigma Aldrich | G5882 | Or different company |
| Green fluorescent dye | Sigma Aldrich | S9430 | SYBR Green I - 1:10,000 final dilution |
| Hydrophilic GP filter cartridge - 0.2 µm | Merck | C3235 | Sterivex filter |
| In Situ Chemotaxis Assay (ISCA) | - | - | Contact corresponding authors |
| Laser cutter | Epilog Laser | Fusion pro 32 | Or different company |
| Luria Bertani Broth | Sigma Aldrich | L3022 | Or different company |
| Marine Broth 2216 | VWR | 90004-006 | Difco |
| Nylon slotted flat head screws | McMaster-Carr | 92929A243 | M 2 × 4 × 8 mm |
| Pipette set | Fisher Scientific | 05-403-151 | Or different company |
| Pipette tips - 1 mL | Fisher Scientific | 21-236-2A | Or different company |
| Pipette tips - 20 µL | Fisher Scientific | 21-236-4 | Or different company |
| Pipette tips - 200 µL | Fisher Scientific | 21-236-1 | Or different company |
| Sea salt | Sigma Aldrich | S9883 | For artificial seawater |
| Serological pipette - 50 mL | Sigma Aldrich | SIAL1490-100EA | Or different company |
| Syringe filter - 0.02 µm | Whatman | WHA68091002 | Anatop filter |
| Syringe filter - 0.2 µm | Fisher Scientific | 10695211 | Or different company |
| Syringe needle 27G | Henke Sass Wolf | 4710004020 | 0.4 × 12 mm |
| Syringes - 1 mL | Codau | 329650 | Insulin Luer U-100 |
| Syringes - 10 mL | BD | 303134 | Or different company |
| Syringes - 50 mL | BD | 15899152 | Or different company |
| Tube rack - 15 mL | Thomas Scientific | 1159V80 | Or different company |
| Tube rack - 50 mL | Thomas Scientific | 1159V80 | Or different company |
| Uncoated High-Speed Steel General Purpose Tap | McMaster-Carr | 8305A77 | Or different company |
| Vacuum filter - 0.2 µm | Merck | SCGPS05RE | Steritop filter |
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