* These authors contributed equally
Os protocolos aqui descritos fornecem um guia para visualizar e quantificar a atividade de proteases neutrófilos na escarro humana. As aplicações dessa análise abrangem desde a avaliação de tratamentos anti-inflamatórios, até validação de biomarcadores, triagem de medicamentos e grandes estudos clínicos de coorte.
As proteases são reguladores de inúmeros processos fisiológicos e a investigação precisa de suas atividades continua sendo um desafio biomédico intrigante. Entre as ~600 proteases codificadas pelo genoma humano, as proteases de soroitina neutrófila (NSPs) são investigadas minuciosamente por seu envolvimento no surgimento e progressão de condições inflamatórias, incluindo doenças respiratórias. Exclusivamente, NSPs secretados não só difusos dentro de fluidos extracelulares, mas também localizam-se em membranas plasmáticas. Durante a formação de armadilha extracelular de neutrófilos (NETs), os NSPs tornam-se parte integrante da cromatina secreta. Tal comportamento complexo torna a compreensão da fisiopatologia nSPs uma tarefa desafiadora. Aqui, protocolos detalhados são mostrados para visualizar, quantificar e discriminar atividades de elastrófilo livre e ligado à membrana (NE) e cathepsin G (CG) em amostras de escarro. NE e CG são NSPs cujas atividades têm papéis pleiotrópicos na patogênese da fibrose cística (CF) e doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC): promovem a remodelação tecidual, regulam as respostas imunes a jusante e se correlacionam com a gravidade da doença pulmonar. Os protocolos mostram como separar a fração fluida e celular, bem como o isolamento de neutrófilos da escória humana para quantificação de atividade enzimática através de repórteres baseados em transferência de energia de ressonância Förster de pequena molécula (FRET). Para reunir insights específicos sobre o papel relativo das atividades de NE e CG, uma leitura de FRET pode ser medida por diferentes tecnologias: i) medições in vitro do leitor de placas permitem alta taxa e detecção em massa da atividade protease; ii) microscopia confocal resolvetempormente a atividade ligada à membrana na superfície celular; iii) a citometria de fluxo de fret de pequenas moléculas permite a rápida avaliação de tratamentos anti-inflamatórios através da quantificação da atividade protease unicelular e fenotipagem. A implementação desses métodos abre as portas para explorar a patobiologia dos NSPs e seu potencial como biomarcadores da gravidade da doença para CF e DPOC. Dado o seu potencial de padronização, sua leitura robusta e a simplicidade da transferência, as técnicas descritas são imediatamente compartilháveis para implementação em laboratórios de pesquisa e diagnóstico.
Neutrófilo desaróo (NE), cathepsina G (CG), proteinase 3 (PR3) e neutrophil serine protease 4 (NSP4) são os quatro proteases de soroitina neutrófila (NSPs)1. Eles são armazenados, juntamente com mieloperoxidase, dentro de grânulos primários ou azurofílicos. Devido ao seu alto teor proteolítico, a secreção dos grânulos primários é fortemente regulada e os neutrófilos devem ser sequencialmente desafiados com priming e ativação de estímulos2.
Dentro do fagolysosome, os NSPs funcionam como agentes bactericidas intracelulares3. Quando secretados, os NSPs tornam-se fortes mediadores da inflamação: eles cortam citocinas e receptores de superfície, ativando vias pró-inflamatórias paralelas3. É importante ressaltar que as condições inflamatórias apresentam uma secreção deSPs descontrolada. Por exemplo, dentro das vias aéreas inflamadas, a atividade excessiva de NE causa hipersecreção de muco, metaplasia de células de cálice, inativação de CFTR e remodelação da matriz extracelular4,5. Cathepsin G também participa da inflamação: ela se acovarda especificamente e ativa dois componentes da família IL-1, IL-36α e IL-36β6. Em conjunto com o NE, cg cleaves receptores ativados protease no epitélio das vias aéreas e também ativa TNF-α e IL-1β.
Anti-proteases endógenos como alfa-1-antitripsina, alfa-1-antiquimotripsina e o inibidor secreto leucócito protease regulam a atividade de neutrófilo e catepsina G5. No entanto, ao longo da progressão da doença pulmonar, a secreção contínua das proteases excede estequiometricamente o escudo anti-protease, levando à não resolução de neutrófilia nas vias aéreas, piora da inflamação e dano tecidual5,7. Embora a concentração e a atividade do NE em frações solúveis das vias aéreas do paciente tenham se mostrado um biomarcador promissor da gravidade da doença8,NE e CG também associam-se à membrana plasmática neutrófila e ao DNA extracelular através de interações eletrostáticas9,10 onde se tornam menos acessíveis aos anti-proteases. É importante ressaltar que estudos pré-clínicos definiram um cenário em que a atividade de protease associada à superfície celular aparece mais cedo e/ou independentemente de sua contraparte solúvel4,11. Na verdade, para se tornar detectável, a atividade protease livre primeiro precisa sobrecarregar o escudo anti-protease. Em vez disso, na superfície celular, a atividade de protease ligada à membrana permanece pelo menos parcialmente intacta devido à inacessibilidade de grandes inibidores da membrana plasmáticacelular 12. Esse comportamento complexo de protease tem consequências importantes no início e propagação da inflamação mediada por neutrófilos e, portanto, precisa ser investigado com ferramentas precisas e informativas.
Ao longo dos anos, as sondas baseadas em transferência de energia de ressonância de Förster (FRET) encontraram inúmeras aplicações biomédicas como ferramentas que avaliam eficiente e rapidamente uma atividade específica de protease em amostras humanas13. Para funcionar, os repórteres protease são compostos por um motivo de reconhecimento (ou seja, um peptídeo), que é reconhecido pela enzima alvo e conta com o FRET, um processo físico onde, após a excitação, um fluoróforo doador transfere energia para uma molécula aceitadora. O processamento operado pela enzima sobre o repórter, ou seja, o decote da parte de reconhecimento, resulta no aceitador para difundir longe do doador: a atividade enzimática é, portanto, medida como uma mudança dependente do tempo no doador sobre a fluorescência aceitadora. Essa leitura é auto-normalizadora e racionmétrica, portanto apenas marginalmente afetada por condições ambientais como pH e concentração de sonda local. NEmo-114 e sSAM15 são sondas FRET que relatam especificamente sobre a atividade NE e CG, respectivamente. No entanto, tais repórteres não localizam especificamente qualquer compartimento celular, portanto, são empregados para monitorar a atividade de protease presente nos fluidos humanos. Para monitorar a atividade de protease de forma espacialmente localizada, nós e outros desenvolvemos sondas FRET que se associam a componentes subcelulares através de etiquetas moleculares14,15,16,17,18,19. Tal estratégia sintética permitiu o desenvolvimento de NEmo-2 e mSAM, duas sondas FRET equipadas com âncoras lipídicas que se localizam na membrana plasmática. Esses repórteres alimentaram uma compreensão mais profunda das proteases ne e CG em fibrose cística e doenças pulmonares obstrutivas crônicas14,15.
Aqui, protocolos detalhados são fornecidos para a visualização e quantificação de atividades de NE e CG solúveis e ligadas à membrana em escarro humano por meio da série NEmo e SAM de sondas FRET. Para abordar diversos aspectos da fisiopatologia nSPs e fornecer uma série de métodos que podem ser empregados de acordo com a necessidade específica do usuário, a análise via espectroscopia de fluorescência, microscopia de fluorescência e citometria de fluxo são mostradas.
Os seguintes protocolos descrevem a análise realizada em escarro humano. O manuseio de amostras humanas foi aprovado pelo comitê de ética da Universidade de Heidelberg e o consentimento por escrito informado foi obtido de todos os pacientes ou de seus pais/responsáveis legais (S-370/2011) e controles saudáveis (S-046/2009).
NOTA: Os seguintes protocolos descrevem a preparação da amostra e a quantificação da atividade de proteases de serina de neutrófilos (NSPs). Os procedimentos experimentais aqui apresentados focam na medição da atividade de escarro e neutrófilo14,20,21 (NE) ou catepsina G15 (CG). No entanto, pequenas adaptações no protocolo de preparação da amostra tornam possível a análise de células derivadas do sangue e homogeneiza tumorais. Além disso, as atividades de metaloproteinase 12 e cathepsin S podem ser investigadas da mesma forma por meio de sondas FRET dedicadas22,23,24,25,26.
1. Preparação da amostra: isolamento celular e separação supernacante
NOTA: Se possível, o tratamento da escarro deve ser realizado dentro de 120 minutos após a expectativa e a escarro deve ser armazenada no gelo até um processamento posterior.
2. Medida de atividade de protease de serina de neutrófilo
NOTA: Aqui, diferentes métodos são introduzidos para quantificar a atividade de NSPs por meio de repórteres FRET. A escolha da tecnologia é ditada pela questão biomédica específica e pelo propósito do experimento. As sondas apresentadas foram extensivamente testadas para sua especificidade contra um conjunto de enzimas relevantes pulmonares14,15. Embora as sondas sejam específicas para sua enzima alvo, verifique sempre a especificidade da sonda na amostra clínica de interesse. Isso pode ser conseguido incubando a amostra com um inibidor específico de protease antes da adição da sonda, o que deve abolir qualquer aumento na razão D/A.
Figura 1: Imagens representativas e quantificação da atividade ne ligada à membrana em neutrófilos isolados da escarro do paciente CF. a) Imagens de microscopia confocal representativa de neutrófilos pré-incubados (painel superior) por 10 min com 100 μM de Sivelestat (w/) ou não tratadas (w/o) (painel inferior) antes do repórter NEmo-2 (2 μM) adição. A primeira coluna da esquerda mostra a mancha nuclear, o segundo o canal do doador, o terceiro canal de aceitação e o último a razão de D/A calculada obtida dividindo canais doadores e aceitantes em uma base pixel a pixel. As fronteiras da região de interesse (neutrófilo único) são retratadas como linha tracejada. São indicadas barras de escala (10 μm) e de calibração (razão D/A). b) Parcelas de caixa e ponto mostrando a razão D/A de neutrófilos escarro de um paciente cf representativo. Células incubadas com inibidor e células não tratadas são mostradas em cinza e azul, respectivamente. Cada ponto representa uma célula (N: c/ inibidor = 113 e inibidor w/o = 96). Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 2: Estratégia de gating e parcelas representativas da atividade ne ligada à membrana medida em neutrófilos isolados da escarro do paciente CF. a) Para os neutrófilos de escarro são utilizados os seguintes anticorpos: CD14 (1:50), CD16 (1:50), CD45 (1:33) e CD66b (1:50). Os neutrófilos são fechados como 7-AAD-CD45+CD14-CD16+CD66b+ eventos. Os eventos fechados são analisados para seu doador (λexc= 405 nm, λem= 450/50 nm) e acceptor (λexc= 405 nm, λem= 585/42 nm) intensidades médias de fluorescência (IM). b) Histogramas representativos de neutrófilos de escarro cf analisados para sua atividade ne ligada à membrana. A coluna esquerda mostra o sinal do doador, a coluna direita mostra o sinal de aceitador. A linha superior mostra intensidades médias de fluorescência de células tratadas com Sivelestat (c/) por 10 minutos antes da adição do repórter. A linha inferior mostra células não tratadas (w/o) cuja fluorescência repórter é medida imediatamente (0 min, cinza) e 10 minutos (azul) após a adição de repórter. Neutrófilos são fechados de acordo com a estratégia mostrada no painel a. c) A tabela de dados mostra um conjunto de dados representativo consistindo de MFIs brutos para o doador e sinal de aceitador em neutrófilos medidos ao longo de vários pontos de tempo (0-3-5-10-15-20 min) bem como a razão de D/A calculada. A razão D/A pode ser normalizada, ou seja, para o ponto de tempo de 0 min (fonte branca). 0 min indica uma gravação feita o mais rápido possível após a adição do repórter ao tubo de fluxo com células de escarro manchadas. Os dados de MFIs são mostrados como ± desvio padrão para 1000 neutrófilos. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Os resultados apresentados na Figura 1a ilustram um conjunto de dados representativo de microscopia. O sinal nuclear é usado para identificar neutrófilos por seus núcleos segmentados característicos. A região de interesse (ROI) é selecionada manualmente (linha tracejada na Figura 1a). A imagem da razão D/A é calculada dividindo as intensidades do canal doador pelas intensidades do canal aceitador em uma base pixel por pixel. Na última etapa, é calculada a relação média de D/A por célula (ROI). Na Figura 1b cada ponto representa a média de um ROI (neutrófilo). Recomenda-se a imagem e avaliar cerca de 100 células por condição.
Uma estratégia representativa de citometria de fluxo é mostrada na Figura 2a. Tal gating permite discriminar e estudar neutrófilos de escarro. Para evitar derramamento de fluorescência ou artefatos de compensação, recomenda-se dedicar uma linha laser (por exemplo, laser azul) à detecção de fluorescência da sonda FRET. A compensação da fluorescência de citometria de fluxo deve ser realizada para anticorpos e não para a sonda FRET. A Figura 2b retrata a distribuição do MFI em 0 e 10 minutos após a adição do repórter. Cada linha na Figura 2c indica os valores médios de doador e aceitação de MFIs para 1000 neutrófilos de escarro. A razão D/A é calculada dividindo os MFIs doadores e aceitos. O curso de tempo na Figura 2c do lado direito mostra a progressão da medida: após um rápido aumento inicial, a razão D/A atinge um platô, de acordo com a atividade da enzima ligada à membrana.
Os protocolos relatados explicam diferentes abordagens para quantificar a atividade de elastase neutrófila e cathepsina G em amostras de escarro humana. Pontos críticos para uma medição bem sucedida da atividade enzimária são o i) tempo preciso e padronização do procedimento operacional e ii) o uso de controles negativos e positivos confiáveis. Se essas condições forem atendidas, os métodos descritos não se limitam à escarro, mas também podem ser facilmente adaptados à análise da atividade protease no sangue, fluidos de lavage broncoalveolar e seções de tecido ou homogeneizadores.
Cada uma das três técnicas tem seus pontos fortes e limitações, que muitas vezes se complementam. Por exemplo, a citometria de fluxo permite a análise rápida de populações de células raras, bem como fenotipagem celular, mas não tem informações de resolução espacial, que podem ser obtidas por microscopia. Em vez disso, as medidas do leitor de placas permitem a avaliação paralela de várias amostras ou condições de forma de alto rendimento. Uma vez que as células de escarro frescas não podem ser congeladas e armazenadas, os três métodos exigem que as amostras sejam processadas rapidamente após a expectativa. Isso limita a flexibilidade ou o throughput das medidas de atividade ligadas à membrana. O desenvolvimento de um protocolo de citometria de fluxo que permite fixar células após a adição da sonda e decote enzimático se abriria para a medição paralela de um maior número de tubos. Além disso, deve-se prestar especial atenção ao manuseio e armazenamento das sondas FRET. Na verdade, alguns aminoácidos presentes no substrato peptídeo, como a metionina, sofrem oxidação que leva à diminuição da sensibilidade dos repórteres. Para aumentar a vida útil do repórter (estimado em cerca de três meses a 20 °C), eles podem ser armazenados em alíquotas de pequeno volume (1-2 μL) sob gás inerte como nitrogênio ou argônio.
Na CF e em outras doenças inflamatórias pulmonares crônicas é importante detectar a inflamação o mais cedo possível, e biomarcadores confiáveis têm o potencial de alcançar tal objetivo. A possibilidade de detectar a atividade de NSPs ligada à superfície, que tem se mostrado prejudicial para o tecido circundante, também em condições em que não há ou pouca atividade livre de NE, adiciona outro nível de informações valiosas, que dificilmente podem ser alcançadas por meio de outros métodos existentes4,11.
Os repórteres podem ser usados para estudar a ligação da atividade NSP associada à membrana com a gravidade e progressão da doença pulmonar, especialmente no seu início precoce. Os métodos podem ser utilizados para monitorar a eficácia do tratamento (por exemplo, tratamentos anti-inflamatórios ou moduladores e potencializadores cftr altamente eficazes28) e investigar o amortecedor resultante da inflamação orientada por neutrófilos. Além disso, os protocolos são baseados em procedimentos amostrais não invasivos que carregam um risco muito baixo para o paciente e, portanto, podem ser usados em uma escala muito ampla e abrir as portas para inúmeras aplicações emocionantes.
Os autores não declaram conflito de interesses.
Este projeto foi apoiado por subsídios do Ministério alemão da Educação e Pesquisa (FKZ 82DZL004A1 a M.A.M) e da Fundação Alemã de Pesquisa (SFB-TR84TP B08 a M.A.M). O trabalho descrito neste manuscrito foi apoiado pelo Centro Alemão de Pesquisa pulmonar (DZL) e pela EMBL Heidelberg através de uma bolsa de doutorado para M.G. Agradecemos a J. Schatterny, S. Butz e H. Scheuermann pela assistência técnica especializada.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
100 µm Nylon cell strainer | Corning Inc. | 431752 | |
2300 EnSpire (Multilabel Plate Reader) | PerkinElmer | ||
35x10mm Dish, Nunclon Delta | Thermo Fisher Scientific | 150318 | |
40 µm Nylon cell strainer | Corning Inc. | 431750 | |
50 mL tubes | Sarstedt | 10535253 | |
7-AAD, viability dye | Bio Legend | 420404 | 5 µL/100 µL |
Balance | OHAUS Instruments (Shanghai) Co., Ltd. | PR124 | |
BD Falcon Round-Bottom Tubes 5 mL | BD Bioscience | 352054 | |
BD LSRFortessa cell analyzer | BD Bioscience | ||
black flat bottom 96 well half area plate | Corning Life Science | 3694 | |
Cathepsin G | Elastin Products Company | SG623 | |
Cathepsin G Inhibitor I | Merck KGaA | 219372 | |
Centrifuge 5418R | Eppendorf AG | EP5401000137 | |
Combitips advanced 1.0 mL | Eppendorf AG | 0030 089 430 | |
cOmplete proteinase inhibitor | Roche | 11697498001 | |
Countig chambers improved Neubauer | Glaswarenfabrik Karl Hecht GmbH & Co KG | 40442 | |
coverslips Ø 25mm | Thermo Fisher Scientific | MENZCB00250RA003 | |
Cytospin 4 | Thermo Fisher Scientific | ||
DRAQ5 (nuclear stain) | BioStatus Limited | DR50050 | 1:10000 |
FACSDiva software, v8.0.1 | BD Bioscience | ||
FcBlock | BD Bioscience | 564219 | |
Fiji (Fiji Is Just ImageJ) | fiji.sc | ||
Flow Jo software, v10 | TreeStar | ||
FluoQ Plugin, v3-97 | |||
Heraeus Megafuge 16R | Thermo Fisher Scientific | ||
Human Sputum Leucocyte Elastase | Elastin Products Company | SE563 | |
Leica SP8 confocal microscope | Leica Microsystems | ||
Mini Rock-Shaker | PEQLAB Biotechnologie GmbH | MR-1 | |
mouse anti-human CD14, Pe-Cy7, clone M5E2 | BD Bioscience | 557742 Lot:8221983 | 1:50 |
mouse anti-human CD16, AF700, clone 3G8 | BD Bioscience | 557820 Lot:8208791 | 1:50 |
mouse anti-human CD45, APC-Cy7, clone 2D1 | BD Bioscience | 557833 Lot:8059688 | 1:33 |
mouse anti-human CD66b, PE/Dazzel 594, clone G10F5 | BioLegend | 305122 Lot:B241921 | 1:50 |
mSAM | in house | 2 mM | |
Multipette plus | Eppendorf AG | ||
NEmo-1 | SiChem | SC-0200 | 1 mM |
NEmo-2E | SiChem | SC-0201 | 2 mM |
Pari Boy SX with an LC Sprint jet nebulizer | Pari | 085G3001 | |
phosphate buffered saline | Gibco | 10010-015 | |
ROTI Histokitt (mounting medium) | Carl Roth GmbH + Co.KG | 6638.1 | |
Salbutamol | Teva GmbH | ||
Sivelestat | Cayman Chemicals | 17779 | |
Sputolysin | Calbiochem | 560000-1SET | |
sSAM | in house | 2 mM | |
SuperFrost Plus Adhesion slides | Thermo Fisher Scientific | 10149870 | |
Trypan Blue solution | Sigma-Aldrich | T8154 |
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