优化低温电子断层扫描数据采集策略

低温电子断层扫描（CryoET）是研究处于接近原生状态的生物样品3D结构的有力方法。目前的最先进的低温ET结合亚形图平均分析，使大分子复合体的高分辨率结构确定，这些复合物在断层重建中存在于多个副本中。断层扫描实验通常需要大量的倾斜系列才能通过具有重要操作运行成本的高端传输电子显微镜获得。虽然近年来自动数据采集程序的吞吐量和可靠性不断提高，但选择获取倾斜系列感兴趣的区域的过程不能轻易自动化，它仍然依赖于用户的手动输入。因此，设置大型数据收集会话是一个耗时的程序，可以大大减少可用于倾斜系列采集的剩余显微镜时间。在此，协议描述了基于串行EM封装和 PyEM 软件的最近开发的实现，这些软件显著提高了网格筛选和大规模倾斜系列数据收集的时间效率。所提交的协议说明了如何使用串行EM脚本功能来完全自动化网格映射、网格方形映射和倾斜系列采集。此外，该协议还描述了在启动自动数据收集后，如何使用 PyEM 在离线模式下选择其他获取目标。为了说明此协议，本文程描述了它在Sars-Cov-2倾斜系列高端数据收集中的应用。所呈现的管道特别适合最大限度地提高断层扫描实验的时间效率，这些实验需要仔细选择采集目标，同时需要收集大量的倾斜系列。