Automatische identificatie van dendritische takken en hun oriëntatie

De structuur van neuronale dendritische bomen speelt een sleutelrol bij de integratie van synaptische inputs in neuronen. Daarom is karakterisering van de morfologie van dendrieten essentieel voor een beter begrip van de neuronale functie. De complexiteit van dendritische bomen, zowel geïsoleerd als vooral wanneer ze zich binnen neuronale netwerken bevinden, is echter niet volledig begrepen. We ontwikkelden een nieuwe computationele tool, SOA (Segmentation and Orientation Analysis), waarmee automatisch de oriëntatie van dendritische takken kan worden gemeten op basis van fluorescentiebeelden van 2D-neuronale culturen. SOA, geschreven in Python, gebruikt segmentatie om dendritische takken te onderscheiden van de achtergrond van de afbeelding en verzamelt een database over de ruimtelijke richting van elke tak. De database wordt vervolgens gebruikt om morfologische parameters te berekenen, zoals de directionele verdeling van dendritische takken in een netwerk en de prevalentie van parallelle dendritische takgroei. De verkregen gegevens kunnen worden gebruikt om structurele veranderingen in dendrieten te detecteren als reactie op neuronale activiteit en op biologische en farmacologische stimuli.