Elaborazione automatica delle immagini per determinare la struttura delle dimensioni della comunità dei macroinvertebrati fluviali

La dimensione corporea è un importante tratto funzionale che può essere utilizzato come bioindicatore per valutare gli impatti delle perturbazioni nelle comunità naturali. La struttura delle dimensioni della comunità risponde ai gradienti biotici e abiotici, comprese le perturbazioni antropogeniche tra taxa ed ecosistemi. Tuttavia, la misurazione manuale di organismi di piccole dimensioni come i macroinvertebrati bentonici (ad esempio, >da 500 μm a pochi centimetri di lunghezza) richiede molto tempo. Per accelerare la stima della struttura delle dimensioni della comunità, qui, abbiamo sviluppato un protocollo per misurare semi-automaticamente le dimensioni corporee individuali dei macroinvertebrati fluviali conservati, che sono uno dei bioindicatori più comunemente usati per valutare lo stato ecologico degli ecosistemi di acqua dolce. Questo protocollo è adattato da una metodologia esistente sviluppata per scansionare il mesozooplancton marino con un sistema di scansione progettato per campioni d'acqua. Il protocollo consiste in tre fasi principali: (1) scansione di sottocampioni (frazioni di dimensioni del campione fini e grossolane) di macroinvertebrati fluviali ed elaborazione delle immagini digitalizzate per individualizzare ogni oggetto rilevato in ciascuna immagine; (2) creare, valutare e convalidare un set di apprendimento attraverso l'intelligenza artificiale per separare semi-automaticamente le singole immagini di macroinvertebrati da detriti e artefatti nei campioni scansionati; e (3) raffigurando la struttura dimensionale delle comunità di macroinvertebrati. Oltre al protocollo, questo lavoro include i risultati della calibrazione ed elenca diverse sfide e raccomandazioni per adattare la procedura ai campioni di macroinvertebrati e da considerare per ulteriori miglioramenti. Nel complesso, i risultati supportano l'uso del sistema di scansione presentato per la misurazione automatica delle dimensioni corporee dei macroinvertebrati fluviali e suggeriscono che la rappresentazione del loro spettro dimensionale è uno strumento prezioso per la rapida biovalutazione degli ecosistemi di acqua dolce.