Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Representative Results
Discussion
Acknowledgements
Materials
References
Genetics
نقدم بروتوكولا لفحص الكروماتين الذي يمكن الوصول إليه بواسطة transposase مع تسلسل عالي الإنتاجية (ATAC-seq) على وجه التحديد على الخلايا الشحمية باستخدام فرز النواة مع الأنسجة الدهنية المعزولة من الفئران المراسلة المعدلة وراثيا مع وضع العلامات الفلورية النووية.
يعد فحص الكروماتين الذي يمكن الوصول إليه بواسطة transposase مع التسلسل عالي الإنتاجية (ATAC-seq) تقنية قوية تتيح تنميط إمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم. كانت هذه التقنية مفيدة لفهم الآليات التنظيمية للتعبير الجيني في مجموعة من العمليات البيولوجية. على الرغم من تعديل ATAC-seq لأنواع مختلفة من العينات ، لم تكن هناك تعديلات فعالة لطرق ATAC-seq للأنسجة الدهنية. تشمل التحديات التي تواجه الأنسجة الدهنية عدم التجانس الخلوي المعقد ، ومحتوى الدهون الكبير ، والتلوث العالي للميتوكوندريا. للتغلب على هذه المشاكل ، قمنا بتطوير بروتوكول يسمح ب ATAC-seq الخاص بالخلايا الشحمية من خلال استخدام فرز النواة المنشطة بالفلورة مع الأنسجة الدهنية من المراسل المعدل وراثيا وضع العلامات النووية وترجمة فأر تنقية تقارب الريبوسوم (NuTRAP). ينتج هذا البروتوكول بيانات عالية الجودة مع الحد الأدنى من قراءات التسلسل المهدرة مع تقليل كمية مدخلات النواة والكواشف. تقدم هذه الورقة إرشادات مفصلة خطوة بخطوة لطريقة ATAC-seq التي تم التحقق من صحتها لاستخدام نوى الخلايا الشحمية المعزولة من الأنسجة الدهنية للفئران. سيساعد هذا البروتوكول في التحقيق في ديناميكيات الكروماتين في الخلايا الشحمية عند المحفزات البيولوجية المتنوعة ، مما سيسمح برؤى بيولوجية جديدة.
الأنسجة الدهنية ، المتخصصة في تخزين الطاقة الزائدة في شكل جزيئات دهنية ، هي عضو رئيسي لتنظيم التمثيل الغذائي. يعد التحكم الصارم في تكوين الخلايا الشحمية وصيانتها أمرا حيويا لوظيفة الأنسجة الدهنية وتوازن طاقة الجسم بالكامل1. تلعب العديد من منظمات النسخ دورا مهما في التحكم في تمايز الخلايا الشحمية واللدونة والوظيفة. بعض هذه المنظمات متورطة في اضطرابات التمثيل الغذائي لدى البشر 2,3. سهلت التطورات الحديثة في تقنيات التسلسل عالية الإنتاجية للتعبير الجيني والتحليل فوق الجيني اكتشاف المنظمين الجزيئيين لبيولوجيا الخلايا الشحمية4. من الصعب إجراء دراسات التنميط الجزيئي باس....
تم إجراء رعاية الحيوان والتجريب وفقا للإجراءات المعتمدة من قبل لجنة رعاية واستخدام الحيوان المؤسسية في كلية الطب بجامعة إنديانا.
1. الاستعدادات قبل بدء التجربة
لتحليل الأنسجة الدهنية باستخدام بروتوكول ATAC-seq هذا ، قمنا بإنشاء فئران Adipoq-NuTRAP التي تم تغذيتها على وجبات الطعام. ثم قمنا بعزل نوى الخلايا الشحمية من الأنسجة الدهنية البيضاء البربخية (eWAT) والأنسجة الدهنية البيضاء الأربية (iWAT) والأنسجة الدهنية البنية (BAT) باستخدام قياس التدفق الخلوي. تم استخد.......
في هذه الورقة ، قدمنا بروتوكول ATAC-seq محسن لتقييم إمكانية الوصول إلى الكروماتين الخاص بالخلايا الشحمية في الجسم الحي. نجح بروتوكول ATAC-seq هذا باستخدام ماوس Adipoq-NuTRAP في إنشاء ملفات تعريف إمكانية الوصول إلى الكروماتين الخاصة بالخلايا الشحمية. العامل الأكثر أهمية لتجارب ATAC-seq الناجحة والقا?.......
تم دعم هذا العمل من قبل الصندوق الاستئماني لأبحاث IUSM Showalter (إلى HCR) ، وهو مركز IUSM لمرض السكري وأمراض التمثيل الغذائي التجريبي ومنحة الجدوى (إلى HCR) ، والمعهد الوطني للسكري وأمراض الجهاز الهضمي والكلى (R01DK129289 إلى HCR) ، وجائزة أعضاء هيئة التدريس المبتدئين لجمعية السكري الأمريكية (7-21-JDF-056 إلى HCR).
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
Animals | |||
Adiponectin-Cre mouse | The Jackson Laboratory | 28020 | |
NuTRAP mouse | The Jackson Laboratory | 29899 | |
Reagents & Materials | |||
1.5 mL DNA-LoBind tubes | Eppendorf | 86-923 | |
100 µm cell strainer | Falcon | 352-360 | |
15 mL tubes | VWR | 525-1071 | |
2x TD buffer | Illumina | 15027866 | |
384-well PCR plate | Applied biosystem | 4483285 | |
40 µm cell strainer | Falcon | 352-340 | |
50 mL tubes | VWR | 525-1077 | |
AMPure XP reagent (SPRI beads) | Beckman Coulter | A63881 | |
Bioanalyzer High Sensitivity DNA kit | Agilent Technologies | 5067-4626 | |
Clear adhesive film | Applied biosystem | 4306311 | |
DNase/RNase-free distilled water | Invitrogen | 10977015 | |
Dounce tissue grinder | DWK Life Sciences | 357542 | |
DTT | Sigma | D9779 | |
DynaMag-96 side skirted magnet | Thermo Fishers | 12027 | |
FACS tubes | Falcon | 28719128 | |
HEPES | Boston BioProducts | BBH-75 | |
Hoechst 33342 | Invitrogen | 2134015 | |
KCl (2 M) | Boston BioProducts | MT-252 | |
Magnetic separation rack for PCR 8-tube strips | EpiCypher | 10-0008 | |
MgCl2 (1 M) | Boston BioProducts | MT-200 | |
MinElute PCR purification kit | Qiagen | 28004 | |
NEBNext High-Fidelity 2x PCR master mix | BioLabs | M0541S | |
NP40 | Thermo Fishers | 28324 | |
PCR 8-tube strip | USA scientific | 1402-4708 | |
Protease inhibitor cocktail (100x) | Thermo Fishers | 78439 | |
Qubit dsDNA HS assay kit | Invitrogen | Q32851 | |
Sucrose | Sigma | S0389-1KG | |
SYBR Green I (10,000x) | Invitrogen | S7563 | |
TDE I enzyme | Illumina | 15027865 | |
Instruments | |||
Flow cytometer | BD Biosciences | FACSAria Fusion | |
Qubit fluorometer | Invitrogen | Q33226 | |
Real-Time PCR system | Thermo Fishers | QuantStudio 5 |
ABOUT JoVE
Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved