ריצוף הדור הבא מבוסס אמפליקון מהיר במיוחד בסרטן ריאות של תאים לא קטנים שאינם קשקשיים

Summary

העלייה של סמנים ביולוגיים מולקולריים להיבדק עבור סרטן ריאה לא קשקשי של תאים לא קטנים (NS-NSCLC) ניהול הטיפול הניע את הפיתוח של שיטות זיהוי מולקולרי מהיר ואמין. אנו מתארים זרימת עבודה להערכת שינויים גנומיים עבור חולי NS-NSCLC באמצעות גישת ריצוף הדור הבא (NGS) מהירה במיוחד.

Abstract

מספר השינויים המולקולריים שייבדקו לטיפול ממוקד בחולי סרטן ריאות מסוג תאים לא קטנים שאינם קשקשיים (NS-NSCLC) גדל משמעותית בשנים האחרונות. זיהוי הפרעות מולקולריות הוא הכרחי לטיפול מיטבי בחולי NS-NSCLC מתקדמים או גרורתיים, ומאפשר מתן טיפולים ממוקדים עם שיפור בהישרדות הכוללת. עם זאת, גידולים אלה מפתחים מנגנוני עמידות שעשויים להיות ממוקדים באמצעות טיפולים חדשניים. שינויים מולקולריים מסוימים יכולים גם לווסת את תגובת הטיפול. האפיון המולקולרי של NS-NSCLC צריך להתבצע בזמן אספקה קצר (TAT), תוך פחות מ-10 ימי עבודה, בהתאם להמלצות ההנחיות הבינלאומיות. בנוסף, מקורן של ביופסיות הרקמה לניתוח גנומי הוא מגוון, וגודלן הולך ופוחת עם התפתחות שיטות ופרוטוקולים פחות פולשניים. כתוצאה מכך, פתולוגים מאותגרים לבצע טכניקה מולקולרית יעילה תוך שמירה על אסטרטגיית אבחון יעילה ומהירה. במאמר זה, אנו מתארים את זרימת העבודה של ריצוף הדור הבא (NGS) המבוססת על אמפליקון מהיר במיוחד המשמשת בתרגול שגרתי יומיומי בעת האבחנה עבור חולי NS-NSCLC. הראינו כי מערכת זו מסוגלת לזהות את המטרות המולקולריות הנוכחיות המשמשות ברפואה מדויקת באונקולוגיה של בית החזה ב- TAT מתאים.

Introduction

במהלך העשור האחרון, הפיתוח של טיפולים ממוקדים ואימונותרפיה הגדיל באופן משמעותי את ההישרדות הכוללת (OS) של סרטן ריאות של תאים לא קטנים שאינם קשקשיים (NS-NSCLC)^1,2. בהקשר זה, מספר הגנים ההכרחיים והמטרות המולקולריות לנתח בעת טיפול NS-NSCLC גדל בשנים האחרונות ^3,4.

ההנחיות הבינלאומיות הנוכחיות ממליצות לבדוק EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, RET ו- MET בעת אבחון NS-NSCLC⁵ מתקדם. יתר על כן, מכיוון שתרופות חדשות נתנו לאחרונה תוצאות מבטיחות מאוד בניסויי....

Protocol

כל הנהלים אושרו על ידי ועדת האתיקה המקומית (Human Research Ethics Committee, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Tumorothèque BB-0033-00025). הסכמה מדעת התקבלה מכל החולים להשתמש בדגימות ובנתונים שנוצרו. כל הדגימות נלקחו מחולים שאובחנו עם NS-NSCLC ב- LPCE (ניס, צרפת) בין התאריכים 20 בספטמבר עד 31 בינואר 2022 כחלק מהטיפול הרפואי.

Discussion

פיתוח גישת NGS מבוססת אמפליקון אולטרה-מהיר כבדיקת רפלקס להערכת שינויים מולקולריים בעת אבחון של כל שלב NS-NSLC היא אפשרות אופטימלית לזיהוי כל הסמנים הביולוגיים המומלצים והמתפתחים ב- NS-NSCLC ^5,22,23. בעוד ששיטות רציפות (IHC, PCR, FISH) מתמקדות רק בגנים ספצי.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 well hard shell plate clear	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	4483354
Adhesive PCR Plate Foil	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	AB0626
AutoLys M tube	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A38738	FFPE sample processing tubes
Genexus Barcodes 1-32 HD	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40261
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40269
Genexus Pipette Tips	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40266
Genexus Purification Instrument	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A48148	Automated purification instrument (API)
Genexus Sequencing Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40271
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40263
Genexus Integrated Sequencer	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45727
Ion Torrent  Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45539
Oncomine  Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD)	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A46291