Sequenziamento ultraveloce di nuova generazione basato su ampliconi nel carcinoma polmonare non squamoso non a piccole cellule

Summary

L'aumento dei biomarcatori molecolari da testare per la gestione della cura del carcinoma polmonare non squamoso non a piccole cellule (NS-NSCLC) ha spinto lo sviluppo di metodi di rilevamento molecolare rapidi e affidabili. Descriviamo un flusso di lavoro per la valutazione dell'alterazione genomica per i pazienti NS-NSCLC utilizzando un approccio di sequenziamento di nuova generazione (NGS) ultraveloce.

Abstract

Il numero di alterazioni molecolari da testare per la terapia mirata dei pazienti con carcinoma polmonare non squamoso non a piccole cellule (NS-NSCLC) è aumentato significativamente negli ultimi anni. L'individuazione di anomalie molecolari è obbligatoria per la cura ottimale dei pazienti NS-NSCLC avanzati o metastatici, consentendo la somministrazione di terapie mirate con un miglioramento della sopravvivenza globale. Tuttavia, questi tumori sviluppano meccanismi di resistenza che sono potenzialmente bersaglio utilizzando nuove terapie. Alcune alterazioni molecolari possono anche modulare la risposta al trattamento. La caratterizzazione molecolare di NS-NSCLC deve essere eseguita in un breve tempo di risposta (TAT), in meno di 10 giorni lavorativi, come raccomandato dalle linee guida internazionali. Inoltre, l'origine delle biopsie tissutali per l'analisi genomica è diversa e le loro dimensioni diminuiscono continuamente con lo sviluppo di metodi e protocolli meno invasivi. Di conseguenza, i patologi sono chiamati a eseguire tecniche molecolari efficaci mantenendo una strategia di diagnosi efficiente e rapida. In questo articolo, descriviamo il flusso di lavoro ultraveloce di sequenziamento di nuova generazione (NGS) basato su ampliconi utilizzato nella pratica di routine quotidiana per la diagnosi dei pazienti con NS-NSCLC. Abbiamo dimostrato che questo sistema è in grado di identificare gli attuali bersagli molecolari utilizzati in medicina di precisione in oncologia toracica in un TAT appropriato.

Introduction

Nell'ultimo decennio, lo sviluppo di terapie mirate e immunoterapeutiche ha aumentato significativamente la sopravvivenza globale (OS) del carcinoma polmonare non a piccole cellule non squamoso (NS-NSCLC)^1,2. A questo proposito, il numero di geni obbligatori e bersagli molecolari da analizzare nel trattamento di NS-NSCLC è aumentato negli ultimi anni ^3,4.

Le attuali linee guida internazionali raccomandano di testare EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, RET, e MET alla di....

Protocol

Tutte le procedure sono state approvate dal comitato etico locale (Comitato etico per la ricerca umana, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Tumorothèque BB-0033-00025). È stato ottenuto il consenso informato da parte di tutti i pazienti per l'utilizzo di campioni e dati generati. Tutti i campioni sono stati prelevati da pazienti con diagnosi di NS-NSCLC in LPCE (Nizza, Francia) tra il 20 settembre e il 31 gennaio 2022 nell'ambito delle cure mediche.

1. Preparazione di campioni di.......

Discussion

Lo sviluppo di un approccio NGS ultraveloce basato su ampliconi come test riflesso per la valutazione dell'alterazione molecolare alla diagnosi di NS-NSLC in qualsiasi stadio è un'opzione ottimale per la rilevazione di tutti i biomarcatori raccomandati dalle linee guida ed emergenti in NS-NSCLC ^5,22,23. Mentre i metodi sequenziali (IHC, PCR, FISH) si concentrano solo su geni specifici e possono causare l'esaurimento del materia.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 well hard shell plate clear	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	4483354
Adhesive PCR Plate Foil	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	AB0626
AutoLys M tube	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A38738	FFPE sample processing tubes
Genexus Barcodes 1-32 HD	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40261
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40269
Genexus Pipette Tips	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40266
Genexus Purification Instrument	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A48148	Automated purification instrument (API)
Genexus Sequencing Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40271
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40263
Genexus Integrated Sequencer	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45727
Ion Torrent  Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45539
Oncomine  Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD)	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A46291