محاذاة بيانات السلاسل الزمنية المتزامنة باستخدام توصيف فقدان نموذج تزامن دورة الخلية للمقارنات عبر التجارب

غالبا ما يعتمد التحقيق في دورة الخلية على مزامنة مجموعات الخلايا لقياس المعلمات المختلفة في سلسلة زمنية حيث تجتاز الخلايا دورة الخلية. ومع ذلك ، حتى في ظل ظروف مماثلة ، تظهر التجارب المكررة اختلافات في الوقت اللازم للتعافي من التزامن واجتياز دورة الخلية ، وبالتالي منع المقارنات المباشرة في كل نقطة زمنية. تتفاقم مشكلة مقارنة القياسات الديناميكية عبر التجارب في المجموعات السكانية الطافرة أو في ظروف النمو البديلة التي تؤثر على وقت استعادة التزامن و / أو فترة دورة الخلية.

لقد نشرنا سابقا نموذجا رياضيا بارامتريا يسمى توصيف فقدان تزامن دورة الخلية (CLOCCS) الذي يراقب كيفية إطلاق المجموعات المتزامنة للخلايا من التزامن والتقدم خلال دورة الخلية. يمكن بعد ذلك استخدام المعلمات المستفادة من النموذج لتحويل النقاط الزمنية التجريبية من تجارب السلاسل الزمنية المتزامنة إلى مقياس زمني طبيعي (نقاط شريان الحياة). بدلا من تمثيل الوقت المنقضي بالدقائق من بداية التجربة ، يمثل مقياس شريان الحياة التقدم من التزامن إلى دخول دورة الخلية ثم عبر مراحل دورة الخلية. نظرا لأن نقاط شريان الحياة تتوافق مع مرحلة الخلية المتوسطة داخل السكان المتزامنين ، فإن هذا المقياس الزمني الطبيعي يسمح بإجراء مقارنات مباشرة بين التجارب ، بما في ذلك تلك التي لها فترات وأوقات استرداد مختلفة. علاوة على ذلك ، تم استخدام النموذج لمواءمة تجارب دورة الخلية بين الأنواع المختلفة (على سبيل المثال ، Saccharomyces cerevisiae و Schizosaccharomyces pombe) ، مما يتيح المقارنة المباشرة لقياسات دورة الخلية ، والتي قد تكشف عن أوجه التشابه والاختلاف التطورية.