Et tilpasset optisk densitetsbaseret mikropladeassay til karakterisering af actinobacterioophageinfektion

Bakteriofager er en vigtig del af naturlige miljøer, og de har en stærk evne til at forme bakteriepopulationer. For at forstå, hvordan individuelle fager interagerer med langsomt voksende bakterieværter som actinomycetes, er der behov for en nem og pålidelig metode til kvantificering af langsigtet bakterievækst i nærvær af fager. Spektrofotometriske mikropladelæsere giver mulighed for gentagne målinger med høj kapacitet, men inkubation af et lille volumen i længere tid kan give tekniske udfordringer. Denne procedure tilpasser en standard 96-brønds mikroplade for at muliggøre samdyrkning af fager og bakterier uden delprøveudtagning i 96 timer, hvor bakterievæksten registreres hver 8. time ved hjælp af spektrofotometriske absorbansværdier. Disse optiske densitetsværdier analyseres ved hjælp af R for at give infektionsmålinger, herunder den procentvise væksthæmning, relativ virulens og Stacy-Ceballos-indekset. De metoder, der er skitseret her, giver en effektiv måde at udføre og analysere eksperimenter med mikropladevækstkurve med forlænget varighed og inkluderer ændringer for at reducere fordampning og lågkondensering. Disse protokoller letter mikropladebaserede analyser af interaktioner mellem langsomt voksende bakterieværter og deres bakteriofager.