Auto-Identificação Superior de Parasitas Tripanossomas Usando um Modelo Híbrido de Aprendizagem Profunda

Summary

Parasitas sanguíneos médicos em todo o mundo foram rastreados automaticamente usando passos simples em uma plataforma de IA low-code. O diagnóstico prospectivo de filmes de sangue foi aprimorado com o uso de um método de detecção e classificação de objetos em um modelo híbrido de aprendizagem profunda. A colaboração de monitoramento ativo e modelos bem treinados ajuda a identificar focos de transmissão de tripanossomas.

Abstract

A tripanossomíase é um importante problema de saúde pública em várias regiões do mundo, incluindo o Sul da Ásia e o Sudeste Asiático. A identificação de áreas de focos de calor sob vigilância ativa é um procedimento fundamental para o controle da transmissão da doença. O exame microscópico é um método diagnóstico comumente utilizado. Depende, no entanto, principalmente de pessoal qualificado e experiente. Para resolver essa questão, um programa de inteligência artificial (IA) foi introduzido que faz uso de uma técnica híbrida de aprendizagem profunda de identificação de objetos e backbones de rede neural de classificação de objetos na plataforma interna de IA low-code (CiRA CORE). O programa pode identificar e classificar as espécies de protozoários tripanossomas, Trypanosoma cruzi, T. brucei e T. evansi, a partir de imagens microscópicas de imersão em óleo. O programa de IA utiliza o reconhecimento de padrões para observar e analisar vários protozoários dentro de uma única amostra de sangue e destaca o núcleo e o cinetoplasto de cada parasita como características específicas usando um mapa de atenção.

Para avaliar o desempenho do programa de IA, dois módulos exclusivos são criados que fornecem uma variedade de medidas estatísticas, como precisão, recordação, especificidade, precisão, pontuação F1, taxa de classificação incorreta, curvas de características operacionais do receptor (ROC) e curvas de precisão versus recall (PR). Os resultados da avaliação mostram que o algoritmo de IA é eficaz na identificação e categorização de parasitas. Ao fornecer uma ferramenta de triagem rápida, automatizada e precisa, essa tecnologia tem o potencial de transformar a vigilância e o controle de doenças. Também poderia ajudar as autoridades locais a tomar decisões mais informadas sobre estratégias de bloqueio da transmissão de doenças.

Introduction

A tripanossomíase é um desafio significativo para os problemas de saúde global devido à variedade de espécies zoonóticas causadoras de doenças humanas com ampla distribuição geográfica fora dos continentes africano e americano, como sul e sudeste da Ásia ^1,2,3. A tripanossomíase africana humana (HAT), ou doença do sono, é causada pelo Trypanosoma brucei gambiense e T. b. rhodesiense que produzem as formas crônica e aguda, respectivamente, representando a maior disseminação na África. O parasita causador pertence ao grupo Salivaria devido à transmissão de mos....

Protocol

Os filmes de sangue arquivados e o desenho do projeto foram aprovados pelo Comitê Institucional de Biossegurança, pelo Comitê Institucional de Cuidados e Uso de Animais da Faculdade de Ciências Veterinárias da Universidade de Chulalongkorn (IBC No. 2031033 e IACUC No. 1931027), e pelo Comitê de Ética em Pesquisa Humana do Instituto de Tecnologia de Ladkrabang do Rei Mongkut (EC-KMITL_66_014).

1. Preparação de imagens brutas

1. A preparação do conjunto de dado.......

Discussion

A observação microscópica para a infecção por protozoários Trypanosoma é precoce e comumente usada, especialmente durante a vigilância em áreas remotas, onde há falta de técnicos qualificados e processos trabalhosos e demorados, que são obstáculos para relatar a organização de saúde em tempo hábil. Embora técnicas de biologia molecular, como imunologia e reação em cadeia da polimerase (PCR), tenham sido aprovadas como métodos de alta sensibilidade para apoiar a eficácia dos achados laboratoriais, pr.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Darknet19, Darknet53 and Densenet201	Gao Huang, Z. L., Laurens van der Maaten. Densely Connected Convolutional Networks. arXiv:1608.06993 [cs.CV]. (2016)	https://github.com/liuzhuang13/DenseNet	Deep convolutional neural network model that can function to  classification Generic name: YOLO model/ detection model?
Olympus CX31 Model CX31RRBSFA	Olympus, Tokyo, Japan	SN 4G42178	A light microscope
Olympus DP21-SAL U-TV0.5XC-3	Olympus, Tokyo, Japan	SN 3D03838	A digital camera Generic name: Classification models/ densely CNNs
Window 10	Microsoft	Window 10	Operation system in computers
YOLO v4-tiny	Naing, K. M. et al. Automatic recognition of parasitic products in stool examination using object detection approach. PeerJ Comput Sci. 8 e1065, (2022).	https://git.cira-lab.com/users/sign_in	Deep convolutional neural network model that can function to both localization and also classification
		https://git.cira-lab.com/users/sign_in