אבחון מהיר מבוסס תגובת שרשרת כמותית של פולימראז (qPCR) של זיהום הליקובקטר פילורי ועמידות לאנטיביוטיקה

Summary

הפרוטוקול מציג שיטה לא פולשנית לאבחון מהיר של זיהומי קיבה של הליקובקטר פילורי באמצעות בדיקת מיתרים וקובע את עמידותו האנטיביוטית לקלריתרומיצין ולבופלוקסצין באמצעות תגובת שרשרת כמותית של פולימראז (qPCR).

Abstract

הליקובקטר פילורי הוא פתוגן אנושי עיקרי המדביק כמחצית מאוכלוסיית העולם והופך לאיום בריאותי חמור בשל עמידותו הגוברת לאנטיביוטיקה. זהו הגורם הסיבתי של דלקת גסטריטיס פעילה כרונית, מחלת כיב פפטי וסרטן קיבה והוא סווג כמסרטן מקבוצה I על ידי הסוכנות הבינלאומית לחקר הסרטן. לכן, האבחון המהיר והמדויק של H. pylori וקביעת עמידותו לאנטיביוטיקה חשובים למיגור יעיל של פתוגן חיידקי זה. כיום, שיטות האבחון של H. pylori כוללות בעיקר את בדיקת הנשימה אוריאה (UBT), בדיקת האנטיגן, בדיקת נוגדנים בסרום, גסטרוסקופיה, בדיקת אוראז מהיר (RUT) ותרבית חיידקים. ביניהן, שלוש שיטות הגילוי הראשונות אינן פולשניות, כלומר הן בדיקות קלות לביצוע. עם זאת, לא ניתן לאחזר חיידקים באמצעות טכניקות אלה; לפיכך, לא ניתן לבצע בדיקות עמידות לתרופות. שלוש האחרונות הן בדיקות פולשניות, אך הן יקרות, דורשות מיומנויות גבוהות ויש להן פוטנציאל לגרום נזק לחולים. לכן, שיטה לא פולשנית, מהירה וסימולטנית לזיהוי H . pylori ובדיקת עמידות לתרופות חשובה מאוד למיגור יעיל של H. pylori בפרקטיקה הקלינית. פרוטוקול זה נועד להציג הליך ספציפי הכולל את בדיקת המיתרים בשילוב עם תגובת שרשרת כמותית של פולימראז (qPCR) לזיהוי מהיר של זיהום H. pylori ועמידות לאנטיביוטיקה. בניגוד לתרביות חיידקים, שיטה זו מאפשרת אבחון קל, מהיר ולא פולשני של מצב זיהום הליקובקטר פילורי ועמידות לתרופות. באופן ספציפי, השתמשנו ב-qPCR כדי לזהות rea עבור זיהום H. pylori ומוטציות בגנים 23S rRNA ו-gyrA , אשר מקודדים עמידות נגד clarithromycin ו-levofloxacin, בהתאמה. בהשוואה לטכניקות גידול שגרתיות, פרוטוקול זה מספק טכניקה לא פולשנית, בעלות נמוכה וחוסכת זמן כדי לזהות זיהום H. pylori ולקבוע את עמידותו לאנטיביוטיקה באמצעות qPCR.

Introduction

H. pylori הוא חיידק בצורת ספירלה, תנועתי מאוד, גראם-שלילי שחי בעיקר באזור הפילורוס של הקיבה¹. זהו פתוגן נפוץ שמדביק כמעט 50% מאוכלוסיית העולם². לרוב האנשים עם זיהום H. pylori אין ביטויים קליניים, ורובם מפתחים מחלות שונות לאחר מספר שנים של זיהום, כולל דלקת קיבה כרונית, כיבים פפטיים, כיבי קיבה וסרטן קיבה³. במספר מחקרים המבוססים על אוכלוסיות שונות,^הודגמה יעילות סילוק H. pylori למניעת סרטן הקיבה ונגעים טרום סרטניים ^4,5. לכן, ארגון הבריאות העולמי (WHO) הסוכנות הבינלאומית לחקר הסרטן המליצה על מיגור H. pylori כ....

Protocol

המחקר הנוכחי נערך בהתאם לשיקולים אתיים שנקבעו על ידי הוועדה האתית של בית החולים העממי המחוזי גואנגדונג, האוניברסיטה הרפואית הדרומית, גואנגג'ואו, סין (מספר אישור: KY-Q-2022-384-02). חולים בטווח הגילאים 18-60 נכללו במחקר זה. חולים הנוטלים אנטיביוטיקה, תרופות סיניות אנטיבקטריאליות, תרופות כגון מעכבי מ?.......

Discussion

זיהוי H. pylori יכול להתבצע בשיטות פולשניות ולא פולשניות¹³. טכניקות פולשניות נפוצות כגון היסטופתולוגיה, בדיקת אוראז מהירה, תגובת שרשרת פולימראז (PCR) ותרבית חיידקים דורשות אנדוסקופיה וביופסיה. בדיקות סרולוגיות, בדיקות נשימה של אוריאה ובדיקות אימונוסורבנטיות מקושרות אנזימים (.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
23S rRNA and gyrA gene point mutations detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin
ABI 7500 fluorescence quantitative PCR machine	Thermo Fisher Scientific	SEDA 20163220767	Fluorescent quantitative PCR amplification
ABI 7500 software	Thermo Fisher Scientific		Data Analysis
BSC-1500IIA2-X	BIOBASE	SEDA 20143222263	Biosafety cabinet
DNA extraction kit	Daan Gene
E-Centrifuge	WEALTEC		Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
H. Pylori DNA detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Testing for H. pylori infection
Stream SP96 automated nucleic acid extractor	Daan Gene	SEDA 20140104	For DNA extraction
String test kit	Hongmed Infagen		It contains a capsule attached to a string, scissors, cotton swab, and sample preservation tube
Ultra-low temperature freezers (DW-YL450)	MELING	SEDA 20172220091	-20 °C for storing reagents
Vortex-5	Kylin-bell		For mixing reagent