אבחון מהיר מבוסס תגובת שרשרת כמותית של פולימראז (qPCR) של זיהום הליקובקטר פילורי ועמידות לאנטיביוטיקה

הליקובקטר פילורי הוא פתוגן אנושי עיקרי המדביק כמחצית מאוכלוסיית העולם והופך לאיום בריאותי חמור בשל עמידותו הגוברת לאנטיביוטיקה. זהו הגורם הסיבתי של דלקת גסטריטיס פעילה כרונית, מחלת כיב פפטי וסרטן קיבה והוא סווג כמסרטן מקבוצה I על ידי הסוכנות הבינלאומית לחקר הסרטן. לכן, האבחון המהיר והמדויק של H. pylori וקביעת עמידותו לאנטיביוטיקה חשובים למיגור יעיל של פתוגן חיידקי זה. כיום, שיטות האבחון של H. pylori כוללות בעיקר את בדיקת הנשימה אוריאה (UBT), בדיקת האנטיגן, בדיקת נוגדנים בסרום, גסטרוסקופיה, בדיקת אוראז מהיר (RUT) ותרבית חיידקים. ביניהן, שלוש שיטות הגילוי הראשונות אינן פולשניות, כלומר הן בדיקות קלות לביצוע. עם זאת, לא ניתן לאחזר חיידקים באמצעות טכניקות אלה; לפיכך, לא ניתן לבצע בדיקות עמידות לתרופות. שלוש האחרונות הן בדיקות פולשניות, אך הן יקרות, דורשות מיומנויות גבוהות ויש להן פוטנציאל לגרום נזק לחולים. לכן, שיטה לא פולשנית, מהירה וסימולטנית לזיהוי H . pylori ובדיקת עמידות לתרופות חשובה מאוד למיגור יעיל של H. pylori בפרקטיקה הקלינית. פרוטוקול זה נועד להציג הליך ספציפי הכולל את בדיקת המיתרים בשילוב עם תגובת שרשרת כמותית של פולימראז (qPCR) לזיהוי מהיר של זיהום H. pylori ועמידות לאנטיביוטיקה. בניגוד לתרביות חיידקים, שיטה זו מאפשרת אבחון קל, מהיר ולא פולשני של מצב זיהום הליקובקטר פילורי ועמידות לתרופות. באופן ספציפי, השתמשנו ב-qPCR כדי לזהות rea עבור זיהום H. pylori ומוטציות בגנים 23S rRNA ו-gyrA , אשר מקודדים עמידות נגד clarithromycin ו-levofloxacin, בהתאמה. בהשוואה לטכניקות גידול שגרתיות, פרוטוקול זה מספק טכניקה לא פולשנית, בעלות נמוכה וחוסכת זמן כדי לזהות זיהום H. pylori ולקבוע את עמידותו לאנטיביוטיקה באמצעות qPCR.