Diagnosi rapida basata sulla reazione a catena della polimerasi quantitativa (qPCR) dell'infezione da Helicobacter pylori e della resistenza agli antibiotici

Summary

Il protocollo presenta un metodo non invasivo per la diagnosi rapida delle infezioni dello stomaco da Helicobacter pylori attraverso il test di stringa e determina la sua resistenza antibiotica alla claritromicina e alla levofloxacina utilizzando la reazione a catena della polimerasi quantitativa (qPCR).

Abstract

L'Helicobacter pylori è un importante agente patogeno umano che infetta circa la metà della popolazione mondiale e sta diventando una seria minaccia per la salute a causa della sua crescente resistenza agli antibiotici. È l'agente eziologico della gastrite cronica attiva, dell'ulcera peptica e del cancro gastrico ed è stato classificato come cancerogeno di gruppo I dall'Agenzia internazionale per la ricerca sul cancro. Pertanto, la diagnosi rapida e accurata di H. pylori e la determinazione della sua resistenza agli antibiotici sono importanti per l'eradicazione efficiente di questo patogeno batterico. Attualmente, i metodi di diagnosi di H. pylori includono principalmente il test del respiro dell'urea (UBT), il test dell'antigene, il test degli anticorpi del siero, la gastroscopia, il test rapido dell'ureasi (RUT) e la coltura batterica. Tra questi, i primi tre metodi di rilevamento non sono invasivi, il che significa che sono test facili da condurre. Tuttavia, i batteri non possono essere recuperati attraverso queste tecniche; Pertanto, i test di resistenza ai farmaci non possono essere eseguiti. Gli ultimi tre sono esami invasivi, ma sono costosi, richiedono competenze elevate e hanno il potenziale di causare danni ai pazienti. Pertanto, un metodo non invasivo, rapido e simultaneo per il rilevamento di H. pylori e test di resistenza ai farmaci è molto importante per sradicare efficacemente H. pylori nella pratica clinica . Questo protocollo mira a presentare una procedura specifica che prevede il test di stringa in combinazione con la reazione a catena della polimerasi quantitativa (qPCR) per la rapida rilevazione dell'infezione da H. pylori e della resistenza agli antibiotici. A differenza delle colture batteriche, questo metodo consente una diagnosi facile, rapida e non invasiva dello stato di infezione da H. pylori e della resistenza ai farmaci. In particolare, abbiamo utilizzato qPCR per rilevare rea per l'infezione da H. pylori e mutazioni nei geni 23S rRNA e gyrA , che codificano la resistenza contro la claritromicina e la levofloxacina, rispettivamente. Rispetto alle tecniche di coltura utilizzate di routine, questo protocollo fornisce una tecnica non invasiva, a basso costo e che consente di risparmiare tempo per rilevare l'infezione da H. pylori e determinare la sua resistenza agli antibiotici utilizzando qPCR.

Introduction

H. pylori è un batterio gram-negativo a forma di spirale, altamente mobile, che vive principalmente nella regione del piloro dello stomaco¹. È un agente patogeno comune che infetta quasi il 50% della popolazione mondiale². La maggior parte delle persone con infezione da H. pylori non ha manifestazioni cliniche e la maggior parte sviluppa diverse malattie dopo diversi anni di infezione, tra cui gastrite cronica, ulcere peptiche, ulcere gastriche e cancro gastrico³. In diversi studi basati su diverse popolazioni, l'efficacia dell'eliminazione di H. pylori per prevenire il ....

Protocol

Il presente studio è stato condotto in conformità con le considerazioni etiche stabilite dal comitato etico del Guangdong Provincial People's Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, Cina (numero di approvazione: KY-Q-2022-384-02). I pazienti di età compresa tra 18 e 60 anni sono stati inclusi in questo studio. I pazienti che assumevano antibiotici, farmaci antibatterici cinesi, farmaci come inibitori della pompa protonica (PPI) o antagonisti del recettore H 2, ecc., Entro₂ settimane prima del test.......

Discussion

La rilevazione di H. pylori può essere eseguita utilizzando metodi sia invasivi che non invasivi¹³. Le tecniche invasive comunemente usate come l'istopatologia, il test rapido dell'ureasi, la reazione a catena della polimerasi (PCR) e la coltura batterica richiedono endoscopia e biopsia. I test sierologici, i test del respiro dell'urea e i saggi di immunoassorbimento enzimatico (ELISA) sono raccomandati tra le procedure non invasive¹⁴. Mentre i metodi non invasivi.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
23S rRNA and gyrA gene point mutations detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin
ABI 7500 fluorescence quantitative PCR machine	Thermo Fisher Scientific	SEDA 20163220767	Fluorescent quantitative PCR amplification
ABI 7500 software	Thermo Fisher Scientific		Data Analysis
BSC-1500IIA2-X	BIOBASE	SEDA 20143222263	Biosafety cabinet
DNA extraction kit	Daan Gene
E-Centrifuge	WEALTEC		Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
H. Pylori DNA detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Testing for H. pylori infection
Stream SP96 automated nucleic acid extractor	Daan Gene	SEDA 20140104	For DNA extraction
String test kit	Hongmed Infagen		It contains a capsule attached to a string, scissors, cotton swab, and sample preservation tube
Ultra-low temperature freezers (DW-YL450)	MELING	SEDA 20172220091	-20 °C for storing reagents
Vortex-5	Kylin-bell		For mixing reagent