Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Representative Results
Discussion
Acknowledgements
Materials
References
Biology
Membranlipiddiversitet i struktur och sammansättning är en viktig bidragsgivare till cellulära processer och kan vara en markör för sjukdom. Molekyldynamiksimuleringar gör det möjligt för oss att studera membran och deras interaktioner med biomolekyler med atomistisk upplösning. Här tillhandahåller vi ett protokoll för att bygga, köra och analysera komplexa membransystem.
Lipider är strukturella byggstenar i cellmembran; Lipidarter varierar mellan cellorganeller och mellan organismer. Denna variation resulterar i olika mekaniska och strukturella egenskaper i membranet som direkt påverkar de molekyler och processer som sker vid detta gränsskikt. Lipidsammansättningen är dynamisk och kan tjäna till att modulera cellsignaleringsprocesser. Beräkningsmetoder används i allt högre grad för att förutsäga interaktioner mellan biomolekyler och ge molekylära insikter till experimentella observabler. Molekyldynamik (MD) är en teknik baserad på statistisk mekanik som förutsäger atomers rörelse baserat på de krafter som verkar på dem. MD-simuleringar kan användas för att karakterisera interaktionen mellan biomolekyler. Här introducerar vi kortfattat tekniken, beskriver praktiska steg för nybörjare som är intresserade av att simulera lipiddubbellager, demonstrerar protokollet med nybörjarvänlig programvara och diskuterar alternativ, utmaningar och viktiga överväganden i processen. Speciellt betonar vi relevansen av att använda komplexa lipidblandningar för att modellera ett cellmembran av intresse för att fånga lämpliga hydrofoba och mekaniska miljöer i simulering. Vi diskuterar också några exempel där membransammansättning och egenskaper modulerar interaktionen mellan dubbellager och andra biomolekyler.
Lipider är viktiga beståndsdelar i membran, som ger gränser för celler och möjliggör intracellulär kompartmentalisering 1,2,3. Lipider är amfifila, med en polär huvudgrupp och två hydrofoba fettsyrasvansar; Dessa självorganiserar sig i ett tvåskikt för att minimera kontakten mellan de hydrofoba kedjorna och vatten 3,4. Olika kombinationer av hydrofila huvudgrupper och hydrofoba svansar resulterar i olika klasser av lipider i biologiska membran, såsom glycerofosfolipider, sfingolipider och steroler (Figur 1)
1. Bygga systemkoordinaterna
För att åskådliggöra användningen av protokollet och de resultat som kan erhållas diskuteras en jämförande studie för membranmodeller för det endoplasmatiska nätverket (ER). De två modellerna i denna studie var (i) PI-modellen, som innehåller de fyra främsta lipidarterna som finns i ER, och (ii) PI-PS-modellen, som tillsatte de anjoniska fosfatidylserinlipiderna (PS). Dessa modeller användes senare i en studie av ett virusprotein och hur det interagerar med membranet, intresset för PS har nämnts som vikt.......
Experimentella tekniker kan visualisera biomolekyler med hög upplösning med hjälp av kryoelektronmikroskopi (cryo-EM)58, fluorescenstekniker och atomkraftsmikroskopi (AFM)59. Det är dock utmanande att fånga samspelet och dynamiken i molekylära interaktioner som ligger till grund för biologiska vägar, sjukdomspatogenes och terapeutisk leverans på atom- eller aminosyranivå. Här diskuterades MD-simuleringars möjligheter att studera lipidmembran och de viktigaste st.......
Författarna tackar Jinhui Li och Ricardo X. Ramirez för deras simuleringsbanor och diskussioner under skrivandet av detta manuskript. OC stöddes av University at Buffalo Presidential Fellowship och National Institute of Health's Initiative for Maximizing Student Development Training Grant 1T32GM144920-01 som tilldelades Margarita L. Dubocovich (PI).
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
Anaconda3 | Anaconda Inc (Python & related libraries) | N/A | |
CHARMM-GUI.org | Im lab, Lehigh University | N/A | |
GROMACS | GROMACS development team | N/A | |
Linux HPC Cluster | UB CCR | N/A | |
MATLAB | MathWorks | N/A | |
VMD | Theoretical and Computational Biophysics Group | N/A |
Tags
ABOUT JoVE
Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved