Analyse immunohistochimique multiplex du paysage cellulaire immunitaire spatial du microenvironnement tumoral

Le paysage cellulaire immunitaire du microenvironnement tumoral contient potentiellement des informations pour la découverte de biomarqueurs pronostiques et prédictifs. L’immunohistochimie multiplex est un outil précieux pour visualiser et identifier différents types de cellules immunitaires dans les tissus tumoraux tout en conservant ses informations spatiales. Nous fournissons ici des protocoles détaillés pour analyser les populations de cellules lymphocytaires, myéloïdes et dendritiques dans des coupes de tissus. De la découpe de sections fixées au formol et noyées en paraffine, des procédures de coloration multiplex automatique sur une plate-forme automatisée, du balayage des lames sur un microscope d’imagerie multispectrale, à l’analyse d’images à l’aide d’un algorithme d’apprentissage automatique développé en interne, ImmuNet. Ces protocoles peuvent être appliqués à une variété d’échantillons tumoraux en changeant simplement de marqueurs tumoraux pour analyser les cellules immunitaires dans différents compartiments de l’échantillon (tumeur ou marge invasive) et appliquer une analyse du voisin le plus proche. Cette analyse ne se limite pas aux échantillons tumoraux mais peut également être appliquée à d’autres tissus (non-)pathogènes. Les améliorations apportées à l’équipement et au flux de travail au cours des dernières années ont considérablement réduit les délais de traitement, ce qui facilite l’application future de cette procédure dans le cadre du diagnostic.