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In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • Representative Results
  • Discussion
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

La tropomodulina 3 (TMOD3) è stata sempre più studiata nei tumori negli ultimi anni. Questo studio è il primo a riportare che TMOD3 è altamente espresso nel carcinoma ovarico ed è strettamente associato alla resistenza al platino e all'infiltrazione immunitaria. Questi risultati potrebbero aiutare a migliorare i risultati terapeutici per il cancro ovarico.

Abstract

Il citoscheletro svolge un ruolo importante nella resistenza al platino nel carcinoma ovarico. La tropomodulina 3 (TMOD3) è fondamentale nello sviluppo di molti tumori, ma il suo ruolo nella resistenza ai farmaci del carcinoma ovarico rimane inesplorato. Analizzando i dati dei database Gene Expression Omnibus (GEO), The Cancer Genome Atlas (TCGA) e Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC), questo studio ha confrontato l'espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico e nei tessuti normali e ha esaminato l'espressione di TMOD3 dopo il trattamento con platino nei tumori ovarici sensibili al platino e resistenti al platino. Il metodo Kaplan-Meier è stato utilizzato per valutare l'effetto di TMOD3 sulla sopravvivenza globale (OS) e sulla sopravvivenza libera da progressione (PFS) nelle pazienti con carcinoma ovarico. I microRNA (miRNA) che hanno come bersaglio TMOD3 sono stati previsti utilizzando TargetScan e analizzati utilizzando il database TCGA. Per determinare la relazione tra l'espressione di TMOD3 e l'infiltrazione immunitaria sono stati utilizzati il Tumor Immune Estimation Resource (TIMER) e un portale integrato per le interazioni tumore-sistema immunitario (TISIDB). Le reti di coespressione TMOD3 nel carcinoma ovarico sono state esplorate utilizzando LinkedOmics, lo strumento di ricerca per il recupero di geni/proteine interagenti (STRING) e il database per l'annotazione, la visualizzazione e la scoperta integrata (DAVID) Bioinformatics. I risultati hanno mostrato che TMOD3 era altamente espresso nel carcinoma ovarico ed era associato al grading, alla stadiazione e alle metastasi del carcinoma ovarico. L'espressione di TMOD3 è risultata significativamente ridotta nelle cellule di carcinoma ovarico trattate con platino e nelle pazienti. Tuttavia, l'espressione di TMOD3 era più elevata nelle cellule e nei tessuti di carcinoma ovarico resistenti al platino rispetto a quelli sensibili al platino. Una maggiore espressione di TMOD3 è risultata significativamente associata a una riduzione di OS e PFS nelle pazienti con carcinoma ovarico trattate con chemioterapia a base di platino. La regolazione post-trascrizionale mediata da miRNA è probabilmente responsabile dell'elevata espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico e nei tessuti ovarici resistenti al platino. L'espressione dell'mRNA di TMOD3 è stata associata all'infiltrazione immunitaria nel carcinoma ovarico. Questi risultati indicano che TMOD3 è altamente espresso nel carcinoma ovarico ed è strettamente associato alla resistenza al platino e all'infiltrazione immunitaria.

Introduction

Il cancro ovarico è il secondo più alto tasso di mortalità dei tumori ginecologici in tutto il mondo1. Può essere classificato in tre tipi in base all'istopatologia: tumori a cellule germinali, mesenchimali gonadiche ed epiteliali, di cui il 90% delle pazienti è carcinoma ovarico epiteliale. I fattori di rischio associati al cancro ovarico includono l'ovulazione persistente, l'aumento dell'esposizione alle gonadotropine e le citochine infiammatorie2. Più del 75% dei casi di cancro ovarico non viene rilevato fino a stadi avanzati, con conseguente mancanza di un trattamento efficace. Le pa....

Protocol

1. Omnibus di espressione genica (GEO)

NOTA: L'espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico, nel carcinoma ovarico trattato con farmaci a base di platino e nel carcinoma ovarico resistente ai farmaci è stata derivata dai set di dati GEO. Il tipo di studio di tutti i set di dati era la profilazione dell'espressione per array e gli organismi erano Homo sapiens.

  1. Vai al database GEO (vedi Tabella dei materiali

Representative Results

Espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico
In primo luogo, il database GEO ha mostrato che i livelli di espressione dell'mRNA di TMOD3 erano elevati nei set di dati di microarray GSE51088 e GSE66957 (Figura 1A, B). TMOD3 è stato anche altamente espresso nel carcinoma ovarico rispetto ai tessuti ovarici normali mediante lo strumento web TNMplot (Figura 1C). L'analisi dei dati CPTAC con lo str.......

Discussion

Il citoscheletro è stato considerato essenziale nello sviluppo e nella progressione, nel trattamento e nella prognosi di vari tumori52. Rispetto a TMOD1, che è limitato agli eritrociti e al sistema cardiovascolare53, e TMOD2, che è limitato al sistema nervoso54, TMOD3 ha una distribuzione ubiquitaria, che rende più popolare lo studio di TMOD3 nei tumori sistemici 14,15,16,17,18,19

Acknowledgements

Questo lavoro è stato sostenuto da sovvenzioni della National Natural Science Foundation of China (n. 32171143, 31771280) e da sovvenzioni della Natural Science Foundation del Dipartimento provinciale dell'istruzione di Jiangsu (n. 18KJD360003, 21KJD320004).

....

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
cBioportalMemorial Sloan Kettering Cancer CenterCorrelation analysis of  TMOD3 with targeted miRNAs (https://www.cbioportal.org)
CTD databaseNorth Carolina State UniversityTo analyze the relationships between chemistry, genes, phenotype, disease, and environment (https://ctdbase.org/)
CytoscapeNational Institute of General Medical Sciences of the National Institutes of HealthNetwork Data Integration, Analysis, and Visualization (www.cytoscape.org/)
DAVIDFrederick National Laboratory for Cancer ResearchA comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand the biological meaning behind large lists of genes(https://david.ncifcrf.gov/)
GEONCBIGene expression analysis (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ )
HPAKnut & Alice Wallenberg foundationThe Human Protein Atlas (HPA) database helped analyze the distribution of TMOD3 in various immune cells (https://www.proteinatlas.org/)
KM-plotter Department of Bioinformatics of the Semmelweis UniversityPrognostic Analysis (https://kmplot.com/analysis/)
LinkedOmicsBaylor College of MedicineA platform for biologists and clinicians to access, analyze and compare cancer multi-omics data within and across tumor types (http://www.linkedomics.org/)
PubChem databaseU.S. National Library of MedicineTo determine the definitive molecular structure of the drug
ROC Plotter Department of Bioinformatics of the Semmelweis UniversityValidation of the interest gene as a predictive marker (http://www.rocplot.org/)
STRINGSwiss Institute of BioinformaticsCoexpression networks analysis(https://string-db.org)
TargetScanWhitehead Institute for Biomedical ResearchPrediction of miRNA targets (www.targetscan.org/)
TIMERHarvard UniversitySystematical analysis of immune infiltrates across diverse cancer types (https://cistrome.shinyapps.io/timer/)
TISIDBThe University of Hong KongA web portal for tumor and immune system interaction(http://cis.hku.hk/TISIDB/)
TNMplotDepartment of Bioinformatics of the Semmelweis UniversityGene expression analysis (https://www.tnmplot.com/ )
UALCANThe University of ALabama at Birmingham Gene expression analysis (http://ualcan.path.uab.edu)

References

  1. Gaona-Luviano, P., Medina-Gaona, L. A., Magaña-Pérez, K. Epidemiology of ovarian cancer. Chin Clin Oncol. 9 (4), 47 (2020).
  2. Ahmed, N., et al. Ovarian cancer, cancer stem cells and curr....

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