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* These authors contributed equally
La tropomodulina 3 (TMOD3) è stata sempre più studiata nei tumori negli ultimi anni. Questo studio è il primo a riportare che TMOD3 è altamente espresso nel carcinoma ovarico ed è strettamente associato alla resistenza al platino e all'infiltrazione immunitaria. Questi risultati potrebbero aiutare a migliorare i risultati terapeutici per il cancro ovarico.
Il citoscheletro svolge un ruolo importante nella resistenza al platino nel carcinoma ovarico. La tropomodulina 3 (TMOD3) è fondamentale nello sviluppo di molti tumori, ma il suo ruolo nella resistenza ai farmaci del carcinoma ovarico rimane inesplorato. Analizzando i dati dei database Gene Expression Omnibus (GEO), The Cancer Genome Atlas (TCGA) e Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC), questo studio ha confrontato l'espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico e nei tessuti normali e ha esaminato l'espressione di TMOD3 dopo il trattamento con platino nei tumori ovarici sensibili al platino e resistenti al platino. Il metodo Kaplan-Meier è stato utilizzato per valutare l'effetto di TMOD3 sulla sopravvivenza globale (OS) e sulla sopravvivenza libera da progressione (PFS) nelle pazienti con carcinoma ovarico. I microRNA (miRNA) che hanno come bersaglio TMOD3 sono stati previsti utilizzando TargetScan e analizzati utilizzando il database TCGA. Per determinare la relazione tra l'espressione di TMOD3 e l'infiltrazione immunitaria sono stati utilizzati il Tumor Immune Estimation Resource (TIMER) e un portale integrato per le interazioni tumore-sistema immunitario (TISIDB). Le reti di coespressione TMOD3 nel carcinoma ovarico sono state esplorate utilizzando LinkedOmics, lo strumento di ricerca per il recupero di geni/proteine interagenti (STRING) e il database per l'annotazione, la visualizzazione e la scoperta integrata (DAVID) Bioinformatics. I risultati hanno mostrato che TMOD3 era altamente espresso nel carcinoma ovarico ed era associato al grading, alla stadiazione e alle metastasi del carcinoma ovarico. L'espressione di TMOD3 è risultata significativamente ridotta nelle cellule di carcinoma ovarico trattate con platino e nelle pazienti. Tuttavia, l'espressione di TMOD3 era più elevata nelle cellule e nei tessuti di carcinoma ovarico resistenti al platino rispetto a quelli sensibili al platino. Una maggiore espressione di TMOD3 è risultata significativamente associata a una riduzione di OS e PFS nelle pazienti con carcinoma ovarico trattate con chemioterapia a base di platino. La regolazione post-trascrizionale mediata da miRNA è probabilmente responsabile dell'elevata espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico e nei tessuti ovarici resistenti al platino. L'espressione dell'mRNA di TMOD3 è stata associata all'infiltrazione immunitaria nel carcinoma ovarico. Questi risultati indicano che TMOD3 è altamente espresso nel carcinoma ovarico ed è strettamente associato alla resistenza al platino e all'infiltrazione immunitaria.
Il cancro ovarico è il secondo più alto tasso di mortalità dei tumori ginecologici in tutto il mondo1. Può essere classificato in tre tipi in base all'istopatologia: tumori a cellule germinali, mesenchimali gonadiche ed epiteliali, di cui il 90% delle pazienti è carcinoma ovarico epiteliale. I fattori di rischio associati al cancro ovarico includono l'ovulazione persistente, l'aumento dell'esposizione alle gonadotropine e le citochine infiammatorie2. Più del 75% dei casi di cancro ovarico non viene rilevato fino a stadi avanzati, con conseguente mancanza di un trattamento efficace. Le pa....
1. Omnibus di espressione genica (GEO)
NOTA: L'espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico, nel carcinoma ovarico trattato con farmaci a base di platino e nel carcinoma ovarico resistente ai farmaci è stata derivata dai set di dati GEO. Il tipo di studio di tutti i set di dati era la profilazione dell'espressione per array e gli organismi erano Homo sapiens.
Espressione di TMOD3 nel carcinoma ovarico
In primo luogo, il database GEO ha mostrato che i livelli di espressione dell'mRNA di TMOD3 erano elevati nei set di dati di microarray GSE51088 e GSE66957 (Figura 1A, B). TMOD3 è stato anche altamente espresso nel carcinoma ovarico rispetto ai tessuti ovarici normali mediante lo strumento web TNMplot (Figura 1C). L'analisi dei dati CPTAC con lo str.......
Il citoscheletro è stato considerato essenziale nello sviluppo e nella progressione, nel trattamento e nella prognosi di vari tumori52. Rispetto a TMOD1, che è limitato agli eritrociti e al sistema cardiovascolare53, e TMOD2, che è limitato al sistema nervoso54, TMOD3 ha una distribuzione ubiquitaria, che rende più popolare lo studio di TMOD3 nei tumori sistemici 14,15,16,17,18,19
Questo lavoro è stato sostenuto da sovvenzioni della National Natural Science Foundation of China (n. 32171143, 31771280) e da sovvenzioni della Natural Science Foundation del Dipartimento provinciale dell'istruzione di Jiangsu (n. 18KJD360003, 21KJD320004).
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
cBioportal | Memorial Sloan Kettering Cancer Center | Correlation analysis of TMOD3 with targeted miRNAs (https://www.cbioportal.org) | |
CTD database | North Carolina State University | To analyze the relationships between chemistry, genes, phenotype, disease, and environment (https://ctdbase.org/) | |
Cytoscape | National Institute of General Medical Sciences of the National Institutes of Health | Network Data Integration, Analysis, and Visualization (www.cytoscape.org/) | |
DAVID | Frederick National Laboratory for Cancer Research | A comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand the biological meaning behind large lists of genes(https://david.ncifcrf.gov/) | |
GEO | NCBI | Gene expression analysis (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ) | |
HPA | Knut & Alice Wallenberg foundation | The Human Protein Atlas (HPA) database helped analyze the distribution of TMOD3 in various immune cells (https://www.proteinatlas.org/) | |
KM-plotter | Department of Bioinformatics of the Semmelweis University | Prognostic Analysis (https://kmplot.com/analysis/) | |
LinkedOmics | Baylor College of Medicine | A platform for biologists and clinicians to access, analyze and compare cancer multi-omics data within and across tumor types (http://www.linkedomics.org/) | |
PubChem database | U.S. National Library of Medicine | To determine the definitive molecular structure of the drug | |
ROC Plotter | Department of Bioinformatics of the Semmelweis University | Validation of the interest gene as a predictive marker (http://www.rocplot.org/) | |
STRING | Swiss Institute of Bioinformatics | Coexpression networks analysis(https://string-db.org) | |
TargetScan | Whitehead Institute for Biomedical Research | Prediction of miRNA targets (www.targetscan.org/) | |
TIMER | Harvard University | Systematical analysis of immune infiltrates across diverse cancer types (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) | |
TISIDB | The University of Hong Kong | A web portal for tumor and immune system interaction(http://cis.hku.hk/TISIDB/) | |
TNMplot | Department of Bioinformatics of the Semmelweis University | Gene expression analysis (https://www.tnmplot.com/ ) | |
UALCAN | The University of ALabama at Birmingham | Gene expression analysis (http://ualcan.path.uab.edu) |
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